数字病理智能诊断系统扫片使用说明

1、南京福怡科技发展有限公司智能数字病理系统使用说明V 1.0 BetaFiki选取日期制作人：王征制作人联系方式：MobQ：23942986Email：fiki制作时间：2015.3目录一系统的组成2硬件组成2软件组成2二系统基本使用方法3基本使用流程3样本扫描操作流程4三系统的标定10坐标类型10标定流程11组织全片坐标标定方法11细胞学全片坐标标定方法13四系统硬件检验与故障排除13五软件使用报错检验14相机相关故障：15硬件平台相关故障：15分析相关故障：16一 系统的组成本系统由软、硬件两部分组成。硬件名称照片名称照片硬件扫描平台上片机平台下片机平台条码打印机报

2、告打印机各种型号彩色打印机二维码扫描相机软件名称图标名称图标扫描分析软件：FEPA二维码相机软件：ECAP扫描相机配置软件：StGigECtrl扫描相机采集软件：StGigEPlay服务器同步软件：数据库操作软件：MySQL Workbench平台测试控制软件：二 系统基本使用方法基本使用流程1. 上电前系统异常状态检查，检查内容依次为：a) 上片机中是否有残留的样本玻片盒，玻片盒中是否有玻片；b) 上片传送带上是否有残留玻片，旋转片夹上是否有残留玻片，下片传送带上是否有残留玻片，显微镜平台上是否有残留玻片；c) 下片盒是否取出；d) 显微镜的片夹是否与旋转片夹接触；e) 系统中是否有明显机械

3、变性或异常残留。2. 打开机器电源，系统自动上电自检启动，这一过程无需干预，需要留意异常声响，以判断是否发生了机械故障，一旦发现异常，立刻切断电源。3. 打开电脑主机电源，启动电脑，如电脑显示如下对话框，则代表数据库同步软件正常启动，否则需手动启动数据库同步软件，启动方法为右键点击服务器同步软件，以管理员身份运行。4. 开始样本录入与扫描等操作流程。样本扫描操作流程1 程序启动i. 点击桌面上的FEPA.exe快捷方式，启动程序ii. 输入预先给定的用户名和密码，并单击登陆，进入运行主界面，主界面包括3个功能，分别为样本输入，负责病人和样本信息录入；样本查询，负责对已经录入的样本信息进行查询，

4、补打二维码，浏览病理报告；样本采集，负责实现病理样本扫描。点击按钮则打开对应的功能对话框，如当前已有其他对话框处于打开状态，则将该对话框隐藏（不关闭，如正在扫片，点击“样本输入”按钮后，样本采集窗口被隐藏，但该扫片不会被中断）2 病人及样本录入样本输入界面如下：其中左上侧为病人信息栏，显示病人信息，右侧为新增样本信息栏，当录入病人时，在“身份证号”对话框中输入病人身份证号，随着号码的输入，病人信息栏中更新显示相应身份证号码病人的信息，可双击列表中的病人记录，选择为某病人添加样本。如最终没有该病人信息，则软件弹出对话框提示无此病人：点击确认后，核查输入病人身份证号码是否错误，如正确，表明该病人在

5、当前机器数据库中无记录，此时点击左下角添加病人按钮，可实现新增病人的录入：点击该按钮，弹出添加新病人对话框：在身份证号码、姓名等对话栏中填写对应信息，正下方空白处填写备注，带“*”号的为必填项，点击“确定”按钮保存结果。如果身份证号码与出生日期不匹配，或身份证号码长度有误，会弹出相应报错对话框。选中病人后，也可以删除该病人，方法为点击左下方“删除病人信息”按钮，如按钮灰化表明没有病人被选中：点击后会弹出确认对话框：单击“确定”按钮删除该病人，此删除将从数据库中永久性删除一个病人的信息，不可恢复，点取消放弃删除。（此按钮使用需格外慎重）双击病人列表中具体病人后，为病人选中状态，此时添加样本信息按

6、钮为可用状态：点击该按钮，则为当前选中病人添加病理样本，弹出添加样本对话框：在此对话框中添加样本信息，注意，样本编号长度最好不要超过7个字节，可以为英文或数字，但不能为其他符号，过长的编号在打印二维码时过长，不能完整显示。扫描区域选择当前样本的取材组织名称，在添加DNA分析样本时，选择：“脱落细胞”（默认选项，无需修改）。分析方法中包括：当前选择“DNA分析”，如组织全片或脱落细胞全片，则可以选择“细胞全片扫描”，后期根据功能的逐步完备，可以选其他选项。单击“确定”按钮后，为病人添加一条样本信息，但此时尚未写入数据库，也不能打印对应二维码，需要核实信息后，点击“确认样本信息”按钮，将该记录写入

7、数据库，并在对话框右侧待打印二维码的样本列表中显示。如发现错误，可以点击“放弃添加”按钮，放弃当前添加的信息，可以一次输入多条记录，但经过确认样本信息后，该数据不能再通过软件进行修改，只能通过数据库手动后台修改，因此需谨慎小心。在输入数据后，点击条码预览/打印按钮，在二维码打印机上，打印录入的样本二维码，打印后，样本列表数据清空，表明当前没有待打印二维码的样本。3 样本查询在主界面上点击“样本查询”按钮，则进入样本查询界面：与样本输入对话框相同，在身份证号框内输入身份证号码，并在上方病人列表中通过双击选中病人，然后在右侧样本编号下拉框中选择该病人需要浏览或补打二维码的样本编号，然后，点击打印报

8、告，浏览本机生成的报告（将来版本中也可为浏览中心服务器同步的病理报告），如有需要，点击补打二维码，可以重新打印该样本的二维码，打印结果与第一次打印结果相同。（如有需要，也可以修改该部分代码，使得两次打印结果不同。）4 样本扫描分析将样本盖玻片朝下，二维码端向右侧插入片盒，注意不要错行，然后点击“开始采集”按钮，则采集开始，单片样本采集流程为：二维码识别、自动对焦、背景采集、扫描样本、自动分析、数据上传，该过程为全自动过程，且在一片扫描完毕后，其分析与下一张的扫描相互独立无干扰。一直到系统弹出“片盒中已无待扫描样本，扫描工作完成”，则扫描工作完成。每张样本分析结束后，弹出提示对话框：“xxx样本

9、分析完成”。如扫描及分析中出现错误，会弹出错误提示对话框，根据该对话框内容进行相应操作。三 系统的标定坐标类型系统安装部署时为定位坐标，需进行标定工作，标定内容为各工作状态的坐标。系统中的坐标如下表所示：坐标名称工作状态坐标名称工作状态坐标原点（0,0,0）坐标，用于标定全平台坐标基准取片点坐标片夹处于待取片状态，增加x轴即可从旋转片夹中取出玻片x轴在0位全景图坐标在取片坐标下，增加x轴坐标，使得片夹刚刚夹紧玻片时的坐标二维码坐标二维码图像位于二维码相机下中央时的坐标背景坐标采集背景补偿图像时的初始坐标，需回避玻片边缘以及细胞、组织区域DNA样本中心坐标DNA样本中目标区域的中心点坐标细胞样本

10、中心坐标复染样本目标区域的中心点坐标PlatPoint坐标四个角点的标定坐标标定流程（具体方法见组织全片坐标标定方法）1. 标定取片点，由取片点的y、z坐标，作为setting文件中的BarY、BarZ、FullPosY参数，取片点位x坐标必须为02. 标定全片坐标FullPosX3. 标定二维码坐标BarX4. 标定背景坐标BackGroundX、BackGroundY5. 标定最佳焦面CentPosZ，即调整到最佳焦面后，在当前z轴坐标基础上加1000；6. 标定DNA样本区域中心坐标CentPosDNAX、CentPosDNAY7. 标定复染样本区域中心坐标CentPosCellX、Ce

11、ntPosCellX8. 标定二维码相机下全片坐标参数ImageLUX 、ImageLUY、ImageLDX ImageLDY 、ImageRUX、ImageRUY、ImageRDX、ImageRDY、9. 标定二维码相机下的分析区域FullImageRectX 、FullImageRectY 、FullImageRectWidth 、FullImageRectHeight 10. 标定扫描相机下全片坐标参数PlatPointLUX、PlatPointLUY、PlatPointLDX、PlatPointLDY 、PlatPointRUX 、PlatPointRUY 、PlatPointRDX、

12、PlatPointRDY 组织全片坐标标定方法标定工作中，首先制作标定用玻片，制作方法为：1 修改setting.ini文件中的自动上片参数OnlyScan为1并保存退出；2 取一片干净的玻片；3 在玻片中有效区域（二维码区域除外）的四个顶点用记号笔绘制4个深色圆点；4 在深色圆点的中心，用削尖的铅笔点四个小点；5 确定全片拍摄坐标：a) 利用平台测试控制软件，将平台复零位，并选择2号片夹；b) 该状态下，将玻片放入旋转片夹中c) 将平台复位d) 用慢速增加x坐标，至片夹刚好夹紧玻片e) 在二维码相机下观察，四个黑点是否都在可见的范围内，如不在可见范围内，则重新绘制四个点，直到四个点在二维码相

13、机下均可见。将该时刻的x、y坐标计入setting.ini文件中全片坐标FullPosX、FullPosY。6 增加x坐标，使得二维码区域位于二维码相机中间位置，记录下该时刻的x、y坐标，计入setting.ini文件中条码的坐标BarX、BarY、BarZ。7 运行FEPA软件，直到软件弹出：“无法识别二维码错误”，然后退出该程序。8 打开D盘根目录下的Color.jpg图像文件，采用编辑状态，确定四个角点坐标，填入Setting、文件中ImageLUXImageRDY，其中LU、对应上图中左上角点，LD对应左下角点，RU对应右上角点，RD对应右下角点。以图中可见有效区域（也可以四个角点对应

14、坐标）为Setting文件中的FullImageRectX、FullImageRectY、FullImageRectWidth、FullImageRectHeight参数。9 利用平台测试软件与扫描相机采集软件在显微镜下确定四个角点的平台坐标，填入PlatPointLUXPlatPointRDY，其中LU、LD、RU、RD与8中所述相同。细胞学全片坐标标定方法细胞学全片分为DNA样本和复染样本两种，DNA样本中心点参数对应setting文件中：CentPosDNAX参数与CentPosDNAY参数；复染样本中心点参数对应setting文件中：CentPosCellX参数与CentPosCell

15、Y参数。与组织全片坐标标定方法类似，首先在空白玻片上细胞区域中心画一黑点，然后在镜下确定该点平台坐标，写入setting文件。四 系统硬件检验与故障排除可能的硬件故障及解决方案包括：故障名称验证方法解决方法二维码相机无法采集通过二维码相机软件无法获取相机图像重新插拔连接线，判断能够恢复扫描相机无法采集采用扫描相机采集软件，无法访问相机获取数据，或采集数据异常（过亮或过暗）1. 检查网卡及相机IP设置2. 检查链接网线，判断相机上的指示灯是否正常3. 检查相机电源线4. 检查相机曝光时间、增益参数5. 检查光源亮度是否正常6. 检查物镜是否处于适当位置上片系统故障是否无法正常上片1. 检查上片盒

16、是否自由落下2. 检查上片盒最下方四片是否被放入玻片3. 检查上片盒中玻片是否间隔过大4. 检查旋转片夹是否旋转到位5. 检查玻片在传送带上是否过于倾斜6. 检查取片点坐标是否设置合理下片系统故障是否无法正常下片1. 检查挡板与旋转片夹是否卡住玻片2. 检查传送带中玻片是否过于倾斜3. 检查下片盒是否就位，是否自由落于固定的平台（轻按时没有弹性）4. 检查平台复位前下片盒中的玻片是否已被全部取出5. 检查下片盒是否装反6. 检查下片盒型号是否正确平台移动故障平台无法移动1. 检查平台是否处于手动控制状态2. 检查平台是否已经处于限位状态3. 检查平台是否处于卡死状态五软件使用报错检验为配合定位

17、故障原因，一旦出现故障，请第一时间终止程序运行，记录当时的运行状态，然后将SourceImage文件夹、ImageDIR文件夹、Test文件夹下对应样本文件夹（以样本编号为文件夹名的文件夹）压缩为压缩文件，以便于日后提供给技术人员解决。相机相关故障：对话框内容可能原因解决方法无法获取图像，请检查像机连接无法发现相机,或相机数量不为无法连接相机相机无法开始采集相机采集图像超时采集失败设置相机参数失败无法获取相机参数相机采集失败检查相机连接及工作状态，打开STC相机软件，查看相机状态，如依然无法显示图像，则检查连接线路，如连接正常，拔掉相机连接网线，等待10秒后重新插上，然后重启STC相机软件。彩

18、色图像与黑白图像尺寸不匹配相机像素数不匹配两路相机间参数不一致检查两台相机类型及链接状态。通过STC软件，判断两台相机像素是否相同，并联系技术人员解决条码相机无法打开条码相机采集失败二维码相机故障可尝试用条码相机软件查看相机工作是否正常，如不正常，检查线路。硬件平台相关故障：对话框内容可能原因解决方法片盒中已无待扫描样本，扫描工作完成程序正常运行结束无无法初始化COM端口，请确认端口已连接且未占用COM口初始化失败。1. 检查平台是否已经上电2. 检查设备是否处于手动控制状态自动上片失败自动上片异常参照硬件故障中上片系统故障自动下片失败自动下片异常参照硬件故障中下片系统故障移动失败设备未能按照

19、指定坐标移动参照硬件故障中平台移动故障调整亮度失败调整亮度无法达到预定阈值目标首先可以再次运行软件，如依然不行，首先检查z轴坐标是否异常、光源亮度是否异常、样本是否染色异常，如过深或过淡，排除以上原因后，可再次启动程序，或现通过王工的程序，调整亮度至预定阈值，如依然不行，通过王工程序检查是否已达到亮度调整极限，如已达极限，调整相机曝光时间，如依然不能满足需要，调整相机增益，并联系技术人员解决分析相关故障：对话框内容可能原因解决方法无法打开数据库,请确认数据库连接数据库连接时出现问题联系技术人员解决无法从数据库中找到病理样本数据库连接时出现问题，或数据库同步问题联系技术人员解决输入图像无效内部数

20、据传输错误联系技术人员解决背景补偿矩阵无效内部数据（图像传输矩阵）传输错误联系技术人员解决无效的扫描块数数据库写入错误联系技术人员解决无效的子图大小数据库写入错误或相机参数读取错误联系技术人员解决无效的移动步长移动步长设置错误，或步长转换系数错误检查setting文件对应参数是否正确拼接失败，请检查样本片拼接失败检查样本是否对焦不准，或扫描区域内有大片空白，联系技术人员解决图像缺失内部数据传输错误联系技术人员解决图像拼接不完全有图像没有被拼接联系技术人员解决无法打开svm文件无法打开分类器文件联系技术人员解决无效的仿射变换文件无法打开放射变换文件联系技术人员解决报告图像文件无法读入读取Setting文件中的图片失败联系技术人员解决无法打开临时细胞特征文件Test文件夹下的report.txt文件读取失败联系技术人员解决无效的图像缓存类型内部数据传输错误，在生成文件名时报错联系技术人员解决无效的匹配方向内部数据传输错误联系技术人员解决设定的ROI越界内部数据传输错误联系技术人员解决匹配结果图的大小有