GeneBank的使用

1、生物信息学数据库核酸序列数据库蛋白质序列数据库蛋白质结构数据库基因组数据库生物信息学数据库的分类生物信息学数据库欧洲分子生物学实验室的EMBLhttp:/www.embl-heidelberg.de美国生物技术信息中心的GenBank/Genbank/日本国立遗传研究所的DDBJhttp:/www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.html核酸序列数据库GenBank数据库结构GenBank数据库数据注释数据库数据注释(/genbank/ )GenBank数据库结构数据库结构GenBa

2、nk数据库结构(/genbank/GenbankGenbank 查找页面D31716描述部分CDs are recurring units in polypeptide chains (sequence and structure motifs), the extents of which can be determined by comparative analysis. Molecular evolution uses such domains as building blocks and these may be recombined in dif

3、ferent arrangements to make different proteins with different functions. CD s编码序列，含终止密码子 polyA_signal 多聚A信号 D31716特性表序列本身关键字CDs are recurring units in polypeptide chainsD31716序列本身序列结束4859 bpD31716GenBank数据记录GenBank数据记录GenBank数据库结构GenBank数据库结构GenBank数据库GenBank数据库注释内容LOCUSACCESSIONKEYWORDSSOURCEREFERE

4、NCEFEATURESORIGINGenBank数据库数据库格式GenBank数据库数据库数据库格式数据库格式(1)FASTA格式序列的提交GenBank数据库数据库格式(1)GenBank数据库数据库格式(2)GBFF文件格式头部中部尾部GBFF格式GBFF格式头部Locus行GBFF格式头部格式头部Locus行行GBFF格式头部Locus行GBFF格式头部Locus行GBFF格式头部Locus行GBFF格式头部Locus行GenBank分类码（GenBank Division）GBFF格式头部Locus行GBFF格式头部DEFINITION行GBFF格式头部DEFINITION行GBFF格

5、式头部-ACCESSION行GBFF格式头部-ACCESSION行GBFF格式头部VERSION行GBFF格式头部VERSION行GBFF格式头部KEYWORDS行GBFF格式头部 SOURCE行GBFF格式头部REFERENCE行GBFF格式头部REFERENCE行GBFF格式中部 GBFF格式中部GBFF格式中部FEATURESGBFF格式中部FEATURESGBFF格式中部FEATURESGBFF格式中部特性表关键词GBFF格式中部特性表关键词GBFF格式中部特性表关键词GBFF格式中部特性表关键词GBFF格式中部LocationGBFF格式中部LocationGBFF格式中部Locat

6、ionGBFF格式中部LocationGBFF格式中部 Qualifiers易患痛风的关节炎过氧化氢酶常见的特性表关键词所使用的限定词 常见的特性表关键词所使用的限定词(续) GBFF格式尾部ORIGIN总结图C2.2人类某一EST克隆的Genbank(dbEST)EMBLEMBL的研究内容的研究内容EMBL的研究内容EMBL数据记录EMBL数据库结构EMBL数据库结构EMBL数据库结构EMBL数据库记录注释代码和内容说明http:/www.ebi.ac.uk/ena/相关文献数据库(DR) 的说明EMBL数据库记录相关文献数相关文献数据库据库相关文献数据库(DR) 的说明相关文献数据库(DR

7、)的说明General InformationAdditional InformationAdditional InformationSequencePrimary Accession头部Primary Accession中部Primary Accession尾部序列文件格式序列文件格式例子（Fasta）序列文件格式例子(GenBank) 序列文件格式例子(GenBank)序列文件格式例子（GCG）序列文件格式例子（GCG）序列文件格式例子(ASN.1)ASN.1是NCBI用来存储和维护所有数据的格式 基因组数据库的注释基因组注释工具 基因组注释工具基因组注释工具微生物基因组序列合作注释工具

8、What Is There(WIT)“What Is There”(WIT)，由Argonne国家实验室的Ross Overbeek和密西根州 大学的Niels Larsen合作研制，Web节点/WIT2/TIGR已经使用WIT注释各种基因组数据。WIT Web节点/WIT/HTML/curate.html/Genbank/index.htmlAuthorsSequinBankItSequence dataGenBankAccession number2 daysDraftrecord序列提交在线提交序列（BankIt）在线提交序列（BankIt）填写表单信息（1）填写表单的内容包括四个方面一些注意事项和介绍填写表单信息（2）基本信息：提交的序列数目，联系人的信息，公开序列发布日期等。填写表单信息（3）参考信息：序列作者，相关文献等信息填写表单信息（4）来