PrimerPremier使用技巧PPT课件

1、可通过两个方法将序列输入软件中可通过两个方法将序列输入软件中在表中粘贴序列在表中粘贴序列打开原有的序列文件打开原有的序列文件第1页/共38页选择序列文选择序列文件所在位置件所在位置第2页/共38页 在对话框中输入待扩增序列在对话框中输入待扩增序列 点击左上角的点击左上角的“Primer”按钮按钮第3页/共38页Hairpin: 引物自身是否会形成发夹结构引物自身是否会形成发夹结构Dimer: 同一种引物是否会形成二聚体同一种引物是否会形成二聚体False primiring: 引物在待扩增序列中其他位置是否有配对引物在待扩增序列中其他位置是否有配对Cross Dimer: 正向与反向引物间是否

2、会形成二聚体正向与反向引物间是否会形成二聚体引物设计界面引物设计界面正向和正向和反向引反向引物的互物的互换换正向和反向正向和反向引物的评价引物的评价正向和反向正向和反向引物的信息引物的信息每点击左每点击左边红色的边红色的按钮，就按钮，就出现相应出现相应的内容的内容对正向和反向引物进行编辑对正向和反向引物进行编辑第4页/共38页参数选择参数选择突变碱基突变碱基第5页/共38页第6页/共38页第7页/共38页Premier的主要功能：Premier 的主要功能分四大块， 其中有三种功能较常用，即引物设计()，限制酶切点分析()，基元查找()。另个功能是同源性分析（） ，并非Premier 的特长，

3、在此略过。该软件还有别的一些功能，如序列”朗读”，DNA与蛋白序列的互换（） 第8页/共38页第9页/共38页第10页/共38页引物搜索选项设定引物类型搜索模式5引物位置范围3引物位置范围产物大小范围引物长度第11页/共38页第12页/共38页第13页/共38页搜索结果28对引物引物分值100分为满分每对引物的信息双击选中一对引物引物及产物信息第14页/共38页是否出现hairpin,dimer,false priming and cross dimer回到主窗口第15页/共38页引物编辑第16页/共38页可对引物进行增加或减少碱基可对引物进行增加或减少碱基用键盘输入了用键盘输入了5 5个碱基

4、个碱基第17页/共38页引物的信息引物的信息改动后引物的信息改动后引物的信息第18页/共38页重新回到双引物的界面重新回到双引物的界面第19页/共38页“Edit”“Copy”“Sense Primer”5 CGCCTCGAGAAAAGACAGGACTCCACCTCA 3输出引物序列输出引物序列第20页/共38页引物编辑Edit primer hereAnalysis the edit resultAccept the edit result Return to the main window第21页/共38页第22页/共38页第23页/共38页第24页/共38页第25页/共38页酶切位点分析

5、第26页/共38页Oligo 6.44 Oligo 6.44 使用说明主要功能：专门的引物设计软件Oligo 6.44 启动界面Open sequence file第27页/共38页3个弹出窗口第28页/共38页G Internal Stability第29页/共38页Frq为邻近6至7 个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。该频率高则可增加错误引发的可能性。第30页/共38页用Oligo 设计引物时的3个标准 Tm 值曲线以选取5到3的下降形状有利于引物引发聚合反应。 Frq 曲线宜选用3端Frq 值相对较低的片段。 G 值在5端和中间值比较高，而在3端相对低第31页/共38页第32页/共38页选中引物上游引物下游引物只是示意图第33页/共38页引物分析 首先检查引物二聚体尤其是3端二聚体形成的可能性。l二项检查是发夹结构（hairpin）；与二聚体相同，发夹结构的能值越低越好。l第三项检查为GC 含量，以45-55为宜。l第四False priming 检查第34页/共38页引物分析Key information of primerHairpinDimer and cross DimerGC%Total PCR information第35页/共38页Final PCR