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文档简介
1、GaussView界面教程【1】界面介绍Gview是一个专门设计丁高斯配套使用的软件,其主要用途有两个:构建高斯的 输入文件;以图的形式显示高斯计算的结果。除了可以自己构建输入文件外, Gview还可读入Chem3D HyperChemffi晶体数据等诸多格式的文件。从而使其可 以丁诸多图形软件连用,大大拓宽了使用范围。开启GaussView会看到一大一小两个窗口,后面灰色背景的窗口为选择窗口,在 里面选择要输入的分子或基团;前面紫色的窗口为绘图窗口,使用鼠标绘制想要 绘制的图形。£ile £dit View falculate Results Jirdows Me-lp菜
2、单栏File】主要功能是建立,打开,保存和打印当前的文件Edit】完成对分子的剪贴、拷贝、删除、抓图等【View】与显示分子相关的都在这个菜单下,如显示氢原子、键、 元素符号、坐标等Calculate】直接向Gaussian提交计算Results】接收并显示Gaussian计算后的结果【WindowSI控制窗体,如关闭、恢复等Help帮助快速工具栏Carbon Tetrahedral【左面第一个】选择元素与价键,单击打开会看到一个元素周期表,通过它可以 选择需要绘制的元素以及价态。【左面第二个】环工具,作用与上一个差不多,只是这里提供的都是环状化合物 残基;OO【左面第二个】提供常用的R基团模
3、板,其中包括乙基、丙基、异丙基、异丁基誓 R-Group Fragments名【左面第四个】 氨基酸残基,使用它可以迅速绘制氨基酸【左面第五个】用户自定义基团,您可以将常用的基团存放到此处=< X m r歹|才孔| 招这条快速编辑栏中从左到右依次是【键调整】|【键角调整】|【二面角调整】|【查询已有结构】|【增加化学键】|【删除化学键】|【翻转原子】|【单个选择】|【框选】|【去除选择】|【全选】这里面的所有选项都可以通过在绘图窗口点击右键得到。智己 略泛3、常用工具栏这两条条工具栏是最常用的,几乎所有软件都有的新建打开等工具GaussView教程【2构建分子这里以构建一个问氟苯乙烷分子
4、并从GaussView里递交计算为例来说明1、开启 Gview2、双击 园按钮,选择苯基(第一个),会看到主程序框体中出现苯环在工作窗口单击,可以看到工作窗口也出现了一个苯环。单击左键,可以将主程序框体中的分子或基团加入到工作窗口;按上下左右键,或者左键单击不放移动鼠标,可以调节分子的角度;滚动鼠标滚轮,可以放大缩小分子;按住shift键,左键单击不放移动鼠标,可以移动分子;当工作窗口内有多个分子时(在构建大的分子时,这种情况很容易出现)用Shift+Alt+鼠标左键组合,移动想要移动的分子;用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度;双击I"运(I图标(或者左键不放),
5、在元素周期表中选择【F】元素,回到工作窗 口在苯的任意一个【H】上单击,使之变成【F】双击.图标,从链轻库中选择【乙基】(第一个),然后点击问位上的【 H 即可至此,分子式已经构建完成,Gview存储个人常用分子的功能,双击view上的网 图标,在下面的对话框中键入相关项目,保存即可。(注:我的程序此项功能不行,用户自定义基团)Fll* Edit Vkw Cakuljhlv Rruultt Windlgwt H<1p生 _gj /l " Wjj Fry A孕:辛Jp hill«r Firy"%Librur9 /皿财* ktclv* fr 尸i.M/.H/OI
6、I 1J 七尚且1TIH5r<flq?-FrDiTcripii-KnS /Fe<uI A 74*函 A岫GlrMLVl - NewTy R ABuil>dPI irerneft查看分子坐标:单击Gview界面的A.图标,查看分子的坐标至此,我们保存一下我们构建好的问氟苯乙烷分子,在绘图界面右键单击【File】【Save】然后选择保存路径即可。GaussView教程【3】向Gaussian提交计算上一讲我们已经构建好了一个问氟苯乙烷分子,现在打开问氟苯乙烷分子。点击Gview界面上的【Calculate】【Gaussian Calculate Setup 】Q* Gauss V
7、iew 5.Q.S从对话框中我们可以选择许多参数,下面依次选择一下0 C L:KL £ VI 一 G&ujssLUk C &LcTLls.t: ion Setup可TiTiHie Cu 4 Buua.ii ed kfiTS'Zl etyth*净尸物11七t o 1Jab Type ITitle Li idr nGer祢F I &h&e:e KRi 1 予弓匚cJ-VG-ticri I Mdd IpEr-tr(FVXlli ti heiL ECs/irsf ls:Sctiane. (Default Scbwne)Am zk Ln心chEt.He
8、faults【Job Type工作类型:Energy 能量】|【Optimization 优化】| Frequency 频率】|【Opt+Freq 优化+频率】|【Scan扫描】|【Stability 稳定性】|【NM骸磁】,这里我们选择【NMR核磁【Method】方法:每种计算模式都提供了若干种方法,这里选择默认值即可Title】题目:这项可以根据自己的项目自行命名Link 0】给检查点文件命名其它选择默认即可选好后点击【Submit】提交至Gaussian,并保存。(最好存到安装文件所在磁 盘)Run Gaussian系统会询问是否提交至 Gaussian,选择【O" , Gau
9、ssian会自动开启并计算, 计算时间因硬件配置而异计算完毕后系统会提示关闭Gaussian ,点击【是】计算完毕后会生成两个文件,.log的是系统日志,便丁查看计算结果们选择.chk文件【Ok这里我但这次我们【SummarJ接下来我们乂一次看到了刚才绘制的那个分子, 表面上没什么不同, 可以预言它的许多性质了,在 GView的主界面点击【Results】 可以看到刚才的计算总结,点击【View File】可以看到日志文件。轴 G2:M1:V1 - Gaussian Calculation Summary因为我们刚才选择计算模式是【NMR核磁,所以我们点击【Results】一一【NMR, 随即我们看到了很熟悉的核磁图谱,但似乎很乱,因为这是所有元素
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