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文档简介
1、蛋白质序列查找CDK2 Homo sapiens第1页/共29页序列提交第2页/共29页Pdb文件下载第3页/共29页蛋白质空间结构的显示 用Swiss-pdbviewer打开结构CDK2第4页/共29页蛋白质空间结构的显示 调出Control Panel 选择以ribbon显示肽链并消除棍棒结构 选择以不同的颜色显示螺旋与折叠第5页/共29页蛋白质空间结构特征的分析 一不同类型残基的分布 二蛋白质的静电势分析 三残基分布与其的溶剂可及性 四邻近残基的选择及氢键分析第6页/共29页一、不同类型残基的分布 碱性残基的分布第7页/共29页酸性残基的分布第8页/共29页极性残基的分布第9页/共29页
2、非极性残基的分布第10页/共29页二、蛋白质的静电势分析第11页/共29页三、残基分布与其的溶剂可及性 点“select”，选择“accessible residues” =30第12页/共29页四、氢键分析 tools选项中选择compute H-bonds第13页/共29页邻近残基的选择及氢键分析第14页/共29页计算氢键第15页/共29页第16页/共29页第17页/共29页五、结构的同源模建 Automated modle第18页/共29页第19页/共29页打开序列第20页/共29页打开模板结构第21页/共29页Fit raw sequence第22页/共29页序列提交第23页/共29页返回结果第24页/共29页六、刚性与柔性colorB-factor第25页/共29页七、相似性分析第26页/共29页Magic fitCalculator RMS第27页/共29页
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