基因组信息学实验课讲义--序列

1、基因组信息学实验课序列分析第一部分：课堂知识复习形式：题目问答，请同学单独回答以下问题，并陈述答题理由。1 判断对错：两条序列的同源程度为60%。2 判断对错：两条序列的相似性很高，所以它们一定是同源序列。错误3 计算下面两条序列的海明距离： AGCAAACACACTAACATAAGCACACA4 通过字符编辑操作将序列s转换成ts：AG-CAt：ACAC-5 分析两条序列的关系时，（）方法可以通过观察矩阵对角线迅速发现可能的序列比对。A Dot-plot B Pairwise-Alignment C BLAST D FASTA E Score Matrix6 下列哪些是核酸序列数据库（）。A

2、 GenBank B PDB 蛋白质结构数据库 C Entrez D EMBL-Bank E DDBJ7 下列哪些是蛋白质序列数据库（）。A PIR 蛋白质信息资源 B SWISS-PROT C TrEMBL D EPD 真核生物启动子 E PDB大分子结构图8 PDB文件的显示序列信息中，关键字（）作为显式序列标记，以该关键字打头的每一行都是关于序列的信息。A HEADER B REMARK C SEQRES D EXPDTA9 下列哪些是可以用来显示分子结构的软件（）。A GCG-DS Visualizer B RasMol C ChemView D DSSP 10 Entrez数据库集成

3、系统中集成了NCBI中哪些数据库中的信息（）。A 核酸序列 B 蛋白质序列 C 生物大分子结构 D 基因组数据 E 生物分类数据库 F 孟德尔人类遗传学数据（OMIM） G Pubmed 11 排序：一个基本的DNA序列分析方案的分析顺序是： 1 发现重复元素 2分析功能位点 3数据库搜索 4综合分析 5 序列组成统计分析12 序列ATTCGATCGCAA的三种ORF顺序是：第二部分：例题演示及讲解形式：通过对例题的演示以及讲解，使同学能够更好的理解序列分析中数据的获得及处理方法，开发同学的分析问题解决问题的能力。例题1、登陆到NCBI，查看Entrez包括哪些数据库，了解Entrez系统的使

4、用方法。附：查询OMIM向导实例：1、What human genes are related to hypertension? Which of those genes are on chromosome 17?2、List the OMIM entries that describe genes on chr10.3、List the OMIM entries that contain information about allelic variants.4、 Retrieve the OMIM record for the cystic fibrosis transmembrane co

5、nductance regulator (CFTR), and link to related protein sequence records in Entrez. CFTR: is an ABC transporter-class protein and ion channel that transports chloride ions across epithelial cell membranes.5、 Find the OMIM record for the p53 tumor protein, and linkout to related information in Entrez

6、 Gene and the p53 Mutation Database.例题2、熟悉EBI的CLUSTALW程序， http:/www.ebi.ac.uk/clustalw/ 将下列三种蝎毒蛋白用CLUSTALW进行比对，将返回结果写入Word文档，并说明三种蛋白中哪两种的同源性更强。1. 1SN1:A2. 1SN4:A3. 1SNB:_从PDB中下载序列的FASTA格式，然后提交到CLUSTALW例题3、序列分析在真核生物启动子数据库中下载启动子数据：TSS上游-250bp到TSS下游49bp总长度为300bp的人类启动子数据手工剔出含N的序列自己编写程序，计算出ATCG4碱基频率表以及频率

7、矩阵。用相同的操作对已知的非启动子数据集进行分析。在Excel或其它软件中，对启动子和非启动子的频率表做统计图，发现ATCG4个碱基在不同位置出现频率的差异。第三部分：习题作业形式：学生综合掌握例题中的知识点及方法后，仿照例题完成以下习题。习题1、任选一个数据库，熟悉其查询和比对的操作，将操作方法和查询比对的例子写入word文档。提示：阅读数据库首页的说明以及帮助。习题2、试从Genbank中查找10条SARS冠状病毒（coronovirus）的基因组序列，利用软件clustalw进行多重比对。Clustalw for windowsftp:/ftp.ebi.ac.uk/pub/software/clustalw2/习题2、试通过生物大分子结构数据库PDB服务器取出一个蛋白质结构数据，并用相应的分子图形学软件显示该结构。GCG-setupdsv201.exePDBRasmolChemview习