生物医学数据库检索方法与技巧讲义

1、主要内容qPubMedPubMed概况 qPubMed数据来源qPubMed检索机制qPubMed检索运算符qPubMed检索方法q结果的显示、打印、保存q其他辅助功能1. PubMed概况p创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI)1997年6月开始向全球开放p特色：具有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文。2. PubMed数据来源pMEDLINE： pubmed-indexed for medlinepIn Process Citations：每天收录，尚未经规范处理的数据。pubmed-in processpPu

2、blisher-Supplied Citations：由出版商提供的电子文献，每条记录标有PubMed-as supplied by Publisher。3. PubMed检索机制n自动转换匹配功能n(Automatic Term Mapping)n对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是：nMeSH表 期刊刊名表 短语表 作者索引n如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，各个词之间也是AND逻辑

3、关系。3.1 自动转换匹配功能自动转换匹配功能人重组三叶因子（human recombinant trefoil factor）n(humansMeSH Terms OR humansAll Fields OR humanAll Fields) AND recombinantAll Fields AND (trefoil factorSupplementary Concept OR trefoil factorAll Fields)4. PubMed检索运算符n逻辑运算符逻辑运算符n逻辑“与”运算AND： 检索式写成A and B，表示文献中同时包含检索词A和检索词B的文献才是命中文献。 AI

4、DS and therapy n逻辑“或”运算OR： 检索式写成A or B，表示包含检索词A的文献或者包含检索词B的文献或者同时包含检索词A和B的文献为命中文献。 AIDS or Acquired Immunodeficiency Syndromen逻辑“非”运算NOT： 检索式写成A not B，表示包含检索词A同时不包含检索词B的文献为命中文献。 Hepatitis not AnimalnIP地址：PubMed 网址基本检索高级检索主题检索临床咨询5. PubMed检索方法n5.1 基本检索n5.2 高级检索n5.3 主题检索n5.4 临床咨询5.1 基本检索默认检索字段为主题、作者、期

5、刊关键词、词(词组)或短语： 输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer； 带有双引号” ”作为短语检索：”cancer therapy”； 带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。限制检索字段：如liver cancerti Smith J 、 仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如： Smithau2002年以后的文献若文中有作者全称可用全称检索如：Joshua Lederberg5.1 基本检索期刊刊名： 可用期刊全称：GENE THERAPYTA； 可用期刊简称：JAMATA；(The Journal of the American Medic

6、al Association) n复杂表达式：liver cancer AND therapyn带有摘要文献的检索 ：liver cancer AND hasabstract5.1 基本检索n分析该检索课题，包含两个方面： n肝癌：liver cancer；n酒精：alcoholn两个主题之间的逻辑关系是AND，即nliver cancer AND alcohol 基本检索举例：肝癌和酒精的关系基本检索举例：肝癌和酒精的关系输入：liver cancer AND alcohol“肝癌和酒精的关系”的基本检索结果5.2 高级检索高级检索5.2 高级检索n分析该检索课题，包含两个方面： n作者为：

7、马大龙（ma dl）；n作者单位为： 北京大学（peking university）。 高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献输入：ma dl输入：peking university高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献5.3 主题检索n根据medline数据主题标引的规范性，利用主题词进行的研究，对提高查全率、查准率会有相当的帮助。点击MeSH Database打开主题检索界面高级检索主题检索基本检索5.3 主题检索主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献n分析该检索课题，有2个

8、概念：长春新碱（Vincristine ） 、白血病（leukemia）：n对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应组配副主题词“治疗应用（therapeutic use）”；n对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组配副主题词“药物疗法（drug therapy）”。n同时这两个概念之间是AND的关系。主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（le

9、ukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用副主题词主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的

10、文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine ）治疗白血病（leukemia）的文献5.4 临床咨询和系统评价n可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；n也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等。 5.4 临床咨询和系统评价临床咨询系统评价检索医学遗传学研究方面的文献6. 结果的显示、打印、保存n显示n保存、打印6.1

11、结果的显示n显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下4种：n（1）Summary：为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。n（2）Abstract：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。n（3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。6.1 结果的显示6.1 结果的显示n保存记录n在“send to”下拉菜单中选择“File”，可完成将记录保存为文件。n选择“E-mail”，则可将结果发送至邮箱。n在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存；而“Clipboard”页面可用于保存一次或多次检索的结果记录。6.2 检索结果的保存 6.2 检索结果的保存 7 其他辅助功能n7.1 检索策略的存储和调用n7.2 全文链接n7.3 相关文献链接7.1 检索策略的存储和调用n使用My NCBI(Cubb