Chem3D详解-文档资料

1、1计算化学实验Chem3D软件指南2Chem3D开始:点击桌面 “Chem3D Ultra 10.0” 图标 3Chem3D一览菜单和工具栏区组成区坐标区光谱区输出结果区构象区2D分子区3D绘图区4Chem3D详解菜单和工具栏区文件打开输入打印设置编辑拷贝粘贴修改选择显示工具结构测量旋转饱和修正重叠计算界面结果密度面轨道电势面分子面电影旋转轨迹数据库窗口排列帮助说明例子5Chem3D详解文件新分子模型样本分子打开文件中的分子结构保存6Chem3D详解编辑撤消操作重复操作清除当前分子7Chem3D详解视图分子显示方式显示取向工具栏分子组成ChemDraw直角坐标Z-矩阵测量列表参数表输出区构象区

2、光谱显示区文件输入原子类型MM2类型8Chem3D详解结构测量列表分子位置和取向设置Z-matrix饱和价键(加氢)自动调整分子结构重叠分子对接9Chem3D详解计算模块计算结果管理停止计算二面角计算(构象搜索)EHMO计算电荷轨道MM2分子动力学模块分子性质计算模块GAMESS计算界面Gaussian计算界面Jaguar计算界面Mopac计算界面10Chem3D详解计算模块二面角计算(构象搜索)扫描一个二面角扫描两个二面角11二面角计算(构象搜索)扫描一个二面角12二面角计算(构象搜索)扫描二个二面角构象过渡态13Chem3D详解计算模块EHMO电荷分子面总电子密度面分子轨道14Chem3D

3、详解计算模块EHMO电荷15Chem3D详解计算模块EHMO总电子密度面等值面图isoval=0.0116Chem3D详解计算模块EHMO分子轨道等值面图isoval=0.0117MM2分子动力学模块Chem3D详解计算模块运行MM2输入文件优化构型(能量极小化)分子动力学性质计算打印力场参数18MM2分子动力学模块Chem3D详解计算模块力场参数M2 Constant Value Quality Cubic stretch constant-2.000 4Quartic stretch constant2.333 4X-B,C,N,O-Y Stretch-Bend interaction f

4、orce constant0.120 4X-B,C,N,O-H Stretch-Bend interaction force constant0.090 4Sextic bending constant (* 10*8)7.000 4Cutoff distance for charge/charge interactions35.000 4Cutoff distance for charge/dipole interactions25.000 4Cutoff distance for dipole/dipole interactions18.000 4Cutoff distance for v

5、an der Waals interactions10.000 4MM2 Atom Radius Eps Weight Reduct Lone Pairs Quality 5 1.500 0.047 1.008 0.915 0 42 1.940 0.044 12.000 0.000 0 4Bond KS Bond Length Dipole Quality 2-5 4.600 1.100 0.000 42-2 9.600 1.337 0.000 4Angle KB XR2 XRH XH2 Quality 2-2-5 0.360 120.0 120.5 0.0 42-2-2 0.430 120.

6、0 0.0 0.0 4Atoms Force Constant Quality 2-2 0.050 42-5 0.050 4Torsional V1 V2 V3 Quality 5-2-2-5 0.000 15.000 0.000 42-2-2-5 0.000 9.000 -1.060 42-2-2-2 -0.930 8.000 0.000 4PiAtom Electron Ionization Repulsion Quality 2 1 -11.160 11.134 4PiBond DForce DLength Quality 2-2 4.600 0.166 43, 4次键伸缩常数键伸缩-弯

7、曲作用参数截断距离LJ非键参数键伸缩参数键弯曲(角)参数键扭转参数键(共轭)修正参数19MM2分子动力学模块Chem3D详解计算模块优化构型(能量极小化)收敛要求: 最小均方根梯度(力)输出结果能量分解总能量20MM2分子动力学模块Chem3D详解计算模块分子动力学模拟步长结构输出间隔轨迹步数升温速率目标温度参数一览21MM2分子动力学模块Chem3D详解计算模块分子动力学模拟暂停/开始停止22MM2分子动力学模块Chem3D详解计算模块分子动力学模拟输出结果时间(10-15秒)总能势能温度23MM2分子动力学模块Chem3D详解计算模块分子动力学模拟输出结果分子平动能 = 0分子转动能 =

8、0非平衡平衡态24MM2分子动力学模块Chem3D详解计算模块分子动力学模拟输出结果总能守恒!温度控制!25MM2分子动力学模块Chem3D详解计算模块性质: 键键级 能量26Chem3D详解计算模块分子性质计算模块27Chem3D详解计算模块GAMESS优化构型优化过渡态分子性质频率分析红外光谱NMR光谱运行输入文件创建输入文件查看输出结果文件28Chem3D详解计算模块GAMESS作业类型方法基组波函数类型基组极化函数基组扩散函数基组指数优化方法限制性部分优化坐标自旋多重度 = 单电子数+1净电荷29Chem3D详解计算模块GAMESS高级设置 - 1最大SCF循环次数优化最大步数收敛要求

9、 (力)温度(仅用于热力学计算)溶剂模型溶剂参数初始猜测方法分子对称性点群内存要求30Chem3D详解计算模块GAMESS性质偶极电子密度静电势Lowdin电荷和布居分析分子面Mulliken电荷和布居分析电子势能电子总能量电子动能31Chem3D详解计算模块GAMESS计算方法激发态密度泛函理论从头算理论基态32Chem3D详解计算模块GAMESS等电子密度面(0.001)HF/STO-3G IR光谱苯甲醇NMR光谱33Mopac计算界面Chem3D详解计算模块优化平衡构型优化过渡态分子性质IR光谱34Mopac计算界面Chem3D详解计算模块作业类型方法波函数优化方法溶剂模型限制性优化收敛

10、要求坐标35Mopac计算界面Chem3D详解计算模块电荷偶极静电势生成焓超精细耦合常数电离能极化率电荷溶剂介电常数36Chem3D详解分子面模块分子面探测半径显示模式颜色模式分辨率选择分子轨道等值面值溶剂面总电子密度面总自旋密度面静电势面分子轨道清除所有面37Chem3D详解分子面模块SA面总电子密度面isoval=0.01总电子密度面/静电势isoval=0.01静电势isoval=1Connolly面HOMO轨道LUMO轨道甲醇38Chem3D详解工具栏新分子打开保存拷贝剪切粘贴恢复重复打印模型背景特效红蓝镜像坐标原子符号原子编号残基全屏电影播放选择平移旋转缩放移动选中键型清除饱和调整字

11、符输入擦写分子面探测半径显示配色分辨率分子轨道等值状态优化旋转停止39Chem3D详解文件格式晶体结构文件Gaussian输入输出文件cif文件pdb文件(蛋白质)40Chem3D详解晶体结构文件有机分子晶体: CCDC数据库, http:/www.ccdc.cam.ac.uk草酸晶体Pbca空间群 (61)OXALAC06.dat41Chem3D详解晶体结构文件无机晶体: ICSD, AMCSDAmerican Mineralogist Crystal Structural Databasehttp:/rruff.geo.arizona. edu/AMS/amcsd.php不能正确处理周期性的体系!42Chem3D详解生物大分子pdb文件(蛋白质)RSCB PDB蛋白质晶体结构数据库/pdb/home/home.do1AAQ43Chem3D详解振动模式用JMOL显示GAMESS的频率分析输出文件需要把Gamess输出文件修改一下才能用Jmol5.0正确读出! 将这些含“REDUCED MASSES”的行全部删除! 然后保存退出此处只留一个空行!