01-从0搭建R语言数据分析平台

1、从0开始搭建R语言数据分析平台本文从实用的角度，一步步搭建一个基于R语言的数据分析和可视化（作图）平台，完成相关的系统配置和软件设置，达到“拿来即用”的目的。本文是“R语言基础系列”的第一篇，该系列共分3篇，第二篇讲R语言的基本操作，第三篇讲R语言的基本图形。这一系列的介绍完成之后，读者已经可以利于R语言进行基本的数据管理、分析和可视化工作。本文包括3个部分：1、下载和安装R、RStudio；2、相关配置和设置；3、一些常见问题。完成后的样子如下图所示：1、下载和安装R、RStudio这两个软件都是开源软件，均可在网上自由下载，不需要付费注册。R支持win7以后的系统，win XP已经不再支持

2、。下载R的时候要选择国内的镜像站点，这样速度更快。第一次安装选择“base”选项。进入下载页面，选择最新版本（当前为4.02）：Download R 4.0.2 for Windows。这个文件包含32bit和64bit两个版本的组件，所以不管系统是32bit还是64bit都只下载这一个文件。等待文件R 4.02下载完成。该文件是一个可执行文件(.exe)，在windows系统中双击即可运行。下载RStudio时，选择 RStudio Desktop Free （桌面版免费版）。若是64位系统，则直接下载最新版本，当前版本是1.3.1073.若是32位系统则点击页面下方的链接，下载老版本，版本

3、号为1.2.5042.下载完成后得到两个可执行文件：安装R和RStudio：首先，运行R-4.0.2-win.exe. 选择安装语言，下一步，设置安装目录，选择安装组件。在“选择组件”这一步要注意区分32-位和64-位windows系统。若是64-位系统则全选，若是32-位系统则取消64-bit Files。下一步，接受默认设置即可。下一步，不要关联.Rdata文件，稍后用RStudio关联。等待安装完成。接下来安装RStudio：双击运行安装程序，下一步选择安装目录，下一步安装，等待安装完成即可。2、相关配置和设置（1）设置环境变量：涉及系统对R的调用。右击计算机-属性-高级系统设置：再点击

4、右下角的“环境变量”：然后编辑系统变量PATH的值，在原有值后面添加R启动文件的位置，与原有值之间用英文分号“;”隔开，如：“;D:Program FilesRR-4.0.2binx64”.（2）RStudio界面的设置: Tools Global Options Appearance 中设置编辑器主题（Editor theme），找一个黑色背景，这样在长时间编写、阅读代码时眼睛受光线刺激较小。（3）R软件库的设置: Tools Global Options Packages 中设置一个中国的镜像，这样安装软件时速度较快。（4）设置面板：在RStudio工具栏中有一个田字格状的按钮，可以设置面

5、板的样式，将R控制台放在右侧（Console on Right），这样可以并排查看脚本编辑器代码和已运行的R控制台代码。（5）安装R中常用的包：agricolae（农业田间试验）、nlme（非线性混合模型）、xlsx（excel文件读写）、reshape 2（数据转换）、ggplot2（高级作图）、gplots（热图作图）、lme4（线性混合模型）、emmeans（边际效应）、psych（相关分析）、multcompView（多重比较）。图形化操作：在右下角的面板中，点击Packages-Install，打开软件包安装管理器：输入软件包的名称，点击安装（Install）即可自动安装软件包，并自

6、动安装相关的依赖程序包。命令行模式：运行下面一段命令，一次性完成全部所需软件包的安装。update.packages()#安装之前先升级原有的包，防止出现依赖问题install.packages(c(“agricolae”, “nlme”, “xlsx”, “reshape2”, “ggplot2”, “gplots”, “lme4”, “emmeans”, “psych”, “multcompView”).libPaths()#查看安装位置（6）安装并配置JAVA：某些软件包使用JAVA，所以必须安装JDK。在网上下载最新的JDK，安装后要设置环境变量，象上述R环境变量设置过程一样，在系统变

7、量中PATH变量值增加Java相关启动程序的位置。如下图所示：3、一些常见问题Rstudio与ATI显卡有冲突。在双显卡的电脑中，若独立显卡是ATI的，为Rstudio配置成独立显卡则会出错，提示加载库异常，无法打开。为其配置为核心显卡模式则没有异常。R语言的升级比较复杂。一般地，要先卸载老版本R，卸载完成后再重新安装新版本。卸载老版本R时会保留原来安装的软件包，位置在：安装目录RR-X.X.Xlibrary，对于这些软件包有两种处理方式。第一种，如果都是从网上下载的则可以直接删除文件夹重新安装，这样可以保持软件包也是最新的。第二种，如果有自己构建的则直接拷贝到新版本所在文件夹里的library文件夹，在R中运行update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)。RStudio升级可以在Help-Check fo