如何查找基因序列

1、如何查找基因序列？在Genbank中寻找目的基因的实例1.根据文献搞reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开,在Search后的下拉框中选择Nucleotide,把GenbankID号输入GO前面的文本框中，点“GQ就可以找到他了。举例说明，例如：在2003年JBC的文章（ConditionalKnock-outofIntegrin-linkedKinaseDemonstratesanEssentialRoleinProteinKinase

2、B/AktActivation中出现了“calreticulin（GenBankaccessionnumbergi16151096那么把“16151096俞入GO前面的文本框中，点“GO,就可以找到该基因了（当然包括基因序列等相关信息）。在出现了检索结果界面（下图）后，直接点击红箭头所指的AY047586就可以看到基因的相关信息了.（呵呵，是不是有点太.easy了）这里需要指出一下，在显示基因的页面右侧有一个Link,点击后出现一个小菜单，里面是与该基因相关的链接，很有用的，值得一个一个地去看看，这里我就不多说了。点击AY047586后出现的界面如下：如果你只想获得序列（例如去设计PCR引物的

3、时候），那就可以选择FASTA这样就得到了FAST的式的序列文件，没有其他数字和格式的干扰。EIEIDIEDEEEIEEEDUPGAKDEL*ma匚口Ept.LctcS.593，QfCJtW/product-vasesin/notf*derivedfromcalrclcuLIhfollouingpojt-tranalationalcleavage,rORIGINL611211日LML501*1421白LS415D15617217&13419EJ196Latffccffgagggtcgtzttaei旧匚DGjtqGcqctqct*口LUftaggagcdgtcrcrggacaqtuagam；tc

4、aaattcaaaaggtctgcagacaag口三：aguaa。口国铁。guGmq专。口，uq贝。？q明cqqug*acggaartcteatgtgcaa.crg-atga呵/g-a.agaiztecacccaaagaAtecaacu&匚七七七七也七0三n七一七actgaeaetcagcqaciq已七ccaaga.tcgfttgatcccacactg(2cctgatgct.aii.jaacccagtgattc-agaacrccrtca3attacaaqgqcaettqqctfhatitetacacctflft1081LL4L101125Ljjaacgagacqtggegtaitjigcaga

5、s。工工eiaq口考号miga门aaqq弓gqaiqjgga工首800区1321usq/qcig口力etgaggeetg1331cvgtgragactegagaaerttftggycccyc-ggiQGCVGGVCgggagacgggccggfTgcac值二寸u二QqQQQ5gO0GQLaicatgtctgtacaagggeicsczctgtcicacaggrggagtgatcctgatgactccaagccccgaggact(孑七raEij-farccacccafflaeictttoacrtett5aesa3a&aggcrsg口小州总中只3口gmoammgmgcccagcctsggaQCCT

6、Ctcctgcac3iI1615109JobIATO458t.11Hennasnpien?CBlretLculinICALR)ruRNA,ceiftpletscdsCTGXGGAGflCTCGTTTIAiAGGG-CCGGCGCGTTGCCGGCCCTGGGCCCGCCATGCTGCTATCCG7GCCMTWTGCTCCOCCTCiTCM-MTCGCCdTCCeCGAdCeTCeeGTCTICTTClAMiMljCTrTCTCGjGGAGXCGGGTiTGJICT7CCCGCTGGATCGAATCCX1ACACAATCAG*TTTT&GAAATTCGTTlTC1GTTCCOKARGTTCTK匚

7、8TO*CGAi(jAGA.AAiJATkAA7GTTTGCAOA：AAGCCJITGCAC(jCTTTTJlTtKTUTGTCSCCAGTTTCGJIGCCTTTCAKAACAJLAGCCAGAfCACCk.；AAjTTC1T6TqATr-TTC*二丁耳匚N中HGa05gqtqaTAA(；aXXACATC：C4TTGCA*8；*丁。问T74匚4CACCTGTACACACTGATTGTGCGCCIGACAACiCCTATGACGTGAACATTC-ACAACA(XCAGGTCC1GT:GGCTCCrrCMAkiMCGATTCKiGACTTCCTGCCICCC1G1AG1TJULAGiSATCC

8、TG1TGCTTCAJUiACC2.根据已经获得的基因的相关信息进行查找如果只是知道基因的名字，怎么查序列呢？还是举例说明，比如我想做的基因名称是人的VEG现因，那么怎么在Genbank中找到它呢？还是一步一步来.打开/在search后面的下拉框中选择Gene,然后在中间的文本框中输入基因名称“VEGF点击GO.搜索结果出来了，letmesee.啊，怎么这么多？689条，哪一条是我想要的基因呢？点击箭头所指的Limits我们接着来，在Limits这个界面，先选择查询的限定范围。我们要找什么基因来着？想起来了，是人的VEGFfflU,那就开始选

9、择：先选Genename侬因名称）；然后再选择LimitbyTaxonomy（生物分类BS定）中的Homosapiens（人类），然后再点击“GO直接点击基因名称“VEGFA可以看到有关基因的信息了。需要指出的是，在Genbank中，基因有很多别名（Aliases）,和Genbank中记录的名称有可能不一致，大家要睁大眼睛哦。比如在这里，VEGFAIGenbank中记录的基因名称，而它还有很多别名，比如MGC70609,VEGF（这就是我们要找的基因名称），VEGF-A,VRF还有，在这里可以看到该基因在染色体上的位置.点击VEGFAf出现界面再往下看，可以看至UGenomicregions,transcripts,andproducts这里显示了该基因在基因组中的位置，以及转录本的生成情况：就看见了目的基因的mRNA的链接（如NM_001025366.1）和蛋白质的链接（如NP_001020537.2)这里得说两句，有的基因也许只有一个编码序列，但有的基因有很多的mRNA剪接体，但都是归在一个基因名称下面。比如，在VEGF基因下面有7个序列，分别是vascularendothelialgrowthfactorAisoforma,isoform