PCR异常扩增曲线分析

1、PCR异常扩增曲线分析1. PCR正常扩增曲线随着实验的进行，扩增产物不断累积，相应的荧光信号也不断在增加，每进行一 个循环就采集一次荧光的信号，经过一定的循环数后（比如40个循环），就可 以得到下面的扩增曲线图（横坐标代表扩增的循环数cycle，纵坐标代表荧光的 强度）。075这其中还需要弄清楚一些基本概念，如:基线：指在PCR扩增反应的最初的几个循环里，荧光信号变化不大。接近一条直 线，该直线叫做基线。这个了解即可，对实验操作没什么影响。阈值线：一般来说，前15个循环的荧光信号作为荧光本底信号，阈值的设定就 是3-15个循环荧光信号标准差的10倍，在PCR扩增的指数期（如图中箭头所指）。说

2、的这么严肃，其实很多仪器自动设定的阈值线基本能够满足我们的实验要求， 不需要我们手动设置的。CT值：我们常会用CT值来计算我们的相对含量，即扩增产物的荧光信号到达设 定的阈值线时所经历的扩增的循环数，也就是图中扩增曲线和阈值线的交汇处的 横坐标所显示的值。2.标准曲线怎么做呢？每个模板的CT值与该模板的起始的拷贝数的对数是存在线性关系 的，起始的拷贝数越大，CT值就越小。标准品按照一定的倍数稀释5-6个浓度 左右，根据RT-PCR的反应条件进行反应。以标准品拷贝数的对数值为横坐标， CT值为纵坐标，绘制线性曲线。而未知样品的拷贝数即可根据曲线方程计算得 来。那么，问题来了，这个标准曲线的标准品

3、怎么确定呢？（1）如果是做绝对定量，标准品的要求比较高，这个的制备过程也相对复杂一 些，但结果也更加精确。要求：必须是准确定量的、标准化的、稳定的质粒DNA （也可以是基因组DNA，纯化后 的PCR产物等），5-6个稀释梯度；PCR反应仪器要同一种，并且同时操作；反应的条件一致：反应体系、参数等等；反正能一致的都一致就对了。（2）如果只是想看看扩增效率（E） （E=10-1/斜率），检验PCR的反应体系是 否符合要求，我们有时候也采用待测试样品作为标准品，逐步稀释后进行反应， 最终看标准曲线的斜率和R2是否符合要求，我比较懒，常会用这种方法，不过 有些发文章的要求会比较高，那还是要乖乖去做的。

4、3.溶解曲线简单点说，就是考察染料标记法结果的特异性的。再简单点，就是分分钟确定你 的引物是否有效。复杂的原理我就不解释了，关键是怎么看和怎么判断。如果反应产物单一，曲线 会出现一个尖峰；如果有二聚体或者非特异性的扩增，就会出现至少两个峰或者 更糟糕。采用SYBR Green染料时是必须要做溶解曲线的，毕竟这是一个非特异 性的染料。CH亡sJodoH B>JE>OMelt Curve252.01.5L00.5Temperature ()在实验中，大家还是会碰到很多问题的，下面列举几个比较常见的问题：（1）扩增曲线经过40个循环后没有平台期？或者扩增曲线根本无法呈现指数 上升？这种情

5、况下很有可能是你的起始模板浓度太低了，即便经过40个循环也是达不 到平台期的，可以通过增加循环数来验证是否是该问题。（2）溶解曲线的问题：比如多个峰，或者尖峰的前面有个小小的小峰，或者没 有峰？这个跟引物以及反应的体系温度有关系，如果说没有峰值或者杂乱无章，很有可 能是引物的问题，建议重新设计引物。有时候有小的峰，可以通过优化反应条件， 比如退火温度的优化来消除这个影响。常见异常曲线分析: 1确认软件设置是否正确 对照试剂盒说明书，检查时间、温度、循环数、荧光采集等是否设置正确。有一 个比较容易忽略的设置问题是，需要看下所选用的试剂中是否含有ROX来作为参 比荧光染料。2确定耗材及仪器配件是否

6、使用正确 耗材对于荧光定量PCR来说比较重要，很多异常的扩增曲线是由于耗材使用不当 引起的。常见的耗材相关问题包括：Cycle1）错误使用成普通PCR仪器所对应的耗材普通PCR耗材一般透光度比较差，会造成荧光扩增曲线异常，比如打折的扩增曲 线（图三）。Amplification Plot a be 口e HfgAmplificatian PlotI.TKJMMJ口 前ME抬3”-250.000 -图三：错误使用普通PCR耗材的结果tWOMCI1250JCMM-1.0W.WO50D.WQ-250XM02）未选择跟仪器加热模块规格匹配的耗材荧光定量PCR仪加热模块分0.201跟0.101两种，如果

7、0.1ml加热模块用成0.2ml 耗材，则会造成耗材压扁，甚至造成机器故障；如果0.2ml加热模块用成0.1ml 耗材，则会造成反应管的外壁和荧光定量PCR仪器的温控模块没有充分接触，从 而出现热传导不充分，进而影响酶的活性，会引起重复性不好（图四），或者溶 解曲线多峰（非特异扩增），甚至是假阴性结果；图四：耗材规格跟加热模块不匹配造成重复孔间差异Bo后s4>on之Muttfcompometit Plot3）使用了质量比较差的耗材 目前市面上荧光定量PCR耗材种类繁多，质量也是良莠不齐，在耗材选择上尽量 选择质量、品牌好一点的，否则会引起一系列问题，造成不必要的浪费。比如质量不好的耗材可

8、能会引起荧光值不稳定，这会造成反应孔的自动基线扣除 错误，得到不准确的CT值（图五左图），更换质量好的耗材后，荧光信号正常 （图五右图）；通皿575JOOO 皿QOO 525.000 SW.OOO 47 8 0U 4UJHH 4»,DOO EM 的gfl 3KJEW 3SOOO 皿CMH 1 g.QW2B4 gMe ».0UOi 也必 疗MW印 11阵由8 田曲 100.00075,000 SQCKn ».Qi»隹X案oniL2.5OT.CBD LOO.CW Z.3KF.QM13JWSQ3O ji.acA.iXin LPDCli.aODLgQM I.OD

9、Q.OJD I.SOO ,030 I.4D0,CDDL3g.eBOUM».®0L1DO.CDOI.DOT .OTO300,000200,030 1D0.CBDCycle71mm口0W.OTO400,030图五：质量不好的耗材引起荧光值不稳定图（上）如果使用的PCR反应板封膜质量不好，在PCR过程中受到水蒸气的影响，容易产 生变形（图六），这样会引起“optical warping”，即“光学扭曲”现象（图 七左图），该实验中由于使用了 ROX作为参比染料，ROX有效的校正了这种荧 光信号的变化，均一化的扩增图结果是正常的。Water vapor图六：PCR过程中水蒸气使得封

10、膜变形MM01aMo170XMXg 1切口w§ 130JMM 2 120.00 曰 1WJCNX 1DD.QK翼ma即ma70XKQeo.aaj50 mo4D.aoa箍MO20.CKGI©肛洞Amplification PlotMulticompanQnt Plot图七：光学扭曲结果图及ROX均一化结果图除了耗材外，跟仪器配套使用的配件也要检查是否使用正确，比如配套的8联管 托架，在使用的时候只用托架的下半部分，如果忘记把上半部分取下，有可能会 影响扩增（图八）。550.0005DQJ000J50.M040DJ000aoDjocio2f0.0C020DJ000150.000

11、1DDJ00QMulticomponent PlotQ 2 i ®81 01T li I。 傅 20 或 加 翁 需 刘 3? 维正 前 却©JU Cycle图八：未将托架上半部分取下，造成有些靶标未扩增3确定所用试剂是否正常如果设置都正确，耗材及配件也都没问题，但是扩增曲线还是异常，这时候要确 定下所用试剂是否正常。首先要确定试剂是否有效，包括查看试剂是否在有效期内，是否反复冻融多次， 运输条件是否正常。可以通过比较试剂的批次号，结合实验中的阳性对照结果， 确定试剂的有效性。其次要观察扩增完的试剂体积，如果在扩增过程中有试剂的蒸发，可能会引起扩增曲线抬升现象，如果实验体系

12、中加入了 ROX作为参比荧光， ROX荧光可以区分扩增曲线抬升是真扩增，还是蒸发。比如反应体系存在蒸发，水分丢失，ROX浓度会增加，ROX参比荧光上抬（图九 左图），而正常孔中ROX荧光会一直不变（图九右图），所以在加完试剂上机前， 一定要检查耗材是否已经密封，防止试剂蒸发，试剂蒸发严重的还可能导致整个 实验室的气溶胶污染。Multicomponent PlotMiiltlcomponpiit Pint2 ggg，必，皿iD = 4图九：试剂蒸发引起扩增曲线抬升4确定实验过程中的操作细节如果以上都正常，还要确定下实验过程中的操作细节。比如在做标准曲线的时候是否是梯度稀释的标准品，如果不是梯度稀

13、释标准品， 可能会引起标准曲线扩增效率或者R2值异常；从冰箱冷冻中取出的试剂是否有混匀，如果试剂融化后没有混匀，这时候取出的 试剂不是均一的，会影响后面的扩增；定量PCR预混液跟核酸模板加好后是否混匀，如果没有混匀，特别是样本体积比 较大的时候（超过PCR体系的20%），更容易发生optical mixing现象。因为样本是水相会在上层，试剂（含有甘油成分）会在下层，在前期的PCR过程 中不足以混匀完全，这样会形成折射，荧光较强，而一般加热几个循环后样本跟 预混液会混匀，荧光就变稳定了（图十）。Time1B| 6部由1一:=岳：=:1:三：=!二图十：样本跟预混液未混匀现象 还有上机的反应体系

14、里尽量不要有大的气泡，有气泡的话，中间容易形成折射， 干扰荧光的采集（图十一）。所以实时荧光定量PCR实验的细节还是要特别注意 的。Muliic omp on entPlot2.8000002.7DQ.OOO 2,60D.0(X?j«ooa十曲初 2；(K».O« I.9D0CNX) L8D0WQ 1.7W.WQ i.m.W1.4®OT i.jra.ooo i .wo.ooa |.1的必 1.000.000融003 800,000 7W.0QQ5oo.ocn 400.000 51»,000 2.000100.000图十一：反应体系中有气泡其他异

15、常曲线，实战分析：异常曲线1：PCR扩增抑制AJOSFAWUnlm外经2 i Qi.4乙HD7FAMUrikiL外参1原因分析：H07存在扩增抑制 解决方案：将样本稀释后进行扩增（抑制物的影响可通过稀释样本消除）异常曲线2：自动基线设置问题原因分析：自动基线问题解决方案：手动设置基线。将Baseline End设置为“扩增信号出现的前一个循环”即，图 片展原始为26,将其设置为20，点击OK即可恢复正常曲线。异常曲线3：荧光定量PCR实验结果中无Ct值出现原因分析：（1） PCR参数设置错误：在设计循环参数时没有设置荧光信号采集;（2）模板降解：避免样品制备中杂质的引入及反复冻融的情况；（3）

16、引物或者探针降解：可通过PAGE电泳检测其完整性；（4）电脑设置了自动休眠。解决方案：按照原因分析进行一一核查，对症处理。异常曲线4：斜直线型扩增曲线PCR实验首次检测呈斜直线型扩增曲线，再次复检后结果基本均为正常阴性。原因分析：分液不准确，检查检测后的反应管可发现管内的PCR反应液量明显少于正常管； 反应管气密性差，反应过程中溶液蒸发引起探针浓度增加，导致曲线呈斜直线状。解决方案：分液均匀，上机前检查八连管液面是否在同一水平线上；八连管盖盖严，上机前 检查是否有缝隙。PCR实验结果中有曲线出现末尾起跳但是没有完整扩增的现象。原因分析: （1）阴参曲线末尾起跳，通常表示存在污染；（2）复检样本

17、，排除非特异性扩增的可能性；（3）正常样本也可存在曲线末尾起跳，表示样本浓度低或者加样量不准确。解决方案： 排除是否存在污染；排除污染原因后复检样本，如果复检后曲线为阴性直线则说 明之前的末尾起跳为非特异性扩增，如果复检后曲线仍与之前一致则说明末尾起 跳表示该样本中待检病毒核酸的浓度偏低。原因分析：严重的蒸发会呈现先上升后下降的曲线，轻微的蒸发会是一种缓慢的上升，这两 类异常的曲线可以看一下检测后的反应管液面是否有下降的现象来证明。解决方案：上机检测前检查八连管管盖，保证无缝隙后上机扩增。异常曲线7：扩增曲线有向上或者向下的尖峰*I i | r i I i i | r s I r | I i I 1 r 1|1 r i i |£19IIH»居4j11_tj原因分析：（1）仪器不稳定导致的扩增曲线异常（也可能突然停电或者电压不稳）；