化学分子式的输入教材

1、化学分子式的输入目录n基本知识n1 无机结构式的输入n2 有机结构式的输入n3 三维结构的输入1 无机结构式的输入n使用Word、PowerPoint直接输入n使用Word的自动更正功能n使用公式编辑器键入Fe2(SO4)3 SO42-24SO公式编辑器的使用o2500 C30MPa223224422NaOHHClH ONaClN3H2NHCaSOCaSOH O(l)H O(g) 2 有机结构式的输入n软件介绍n安装与使用n基本应用-简单结构n应用进阶-画更复杂的结构2.1 软件介绍软件名称网址ChemSChemDrawhttp:/ Windowhttp:/ Drawhttp:/www.ch.

2、cam.ac.uk/SGTL/MDL/ISISdraw.html2.1 ChemSktech软件n软件介绍n安装与打开n基本使用-简单结构n高级使用-复杂结构n附带工具n性质预测n自动命名2.1.1 软件介绍nACD/ChemSketch 是高级化学发展有限公司(ACD)设计的用于化学画图用软件包，该软件包可单独使用或与其他软件共同使用。该软件可用于画化学结构、反应和图形。也可用于设计与化学相关的报告和演讲材料。n公司主页：主要功能n结构模式：用于画化学结构和计算它们的性质。n画图模式：用于文本和图象处理n分子性质模式：对以下性质进行估算：n*分子量n*百分组成n*摩尔折射率，n*摩尔体积n*

3、等张比容n*折射率n*表面张力n*密度n*介电常数n*极性n*单一同位素质量, 标称分子量和平均分子质量 附加软件nChemBasic - 一种特殊的汇编语言, 用户可以使用这个软件来根据自己的需要灵活地设定ACD软件的功能 (可以从 http:/ 下载)。ACD/I-Lab 一种可以从因特网进入的化学数据库和化学性能预测软件。.nACD/同分异构体 - 检查并生成有机结构的最常见的异构体(商业版和免费版均有)。nACD/字典 可以用来查询普通药品名称所对应的分子结构. 它们包含85，000个化学和生物中常见的系统和非系统命名的化合物。全部覆盖200多个领域。包括超过500种不同酶的名称和结构

4、(只有商业版有)。nNew!ACD/免费化学名称软件 给出有机物, 生化结构和无机物的IUPAC名称,这个功能是完全免费的ACD ChemSketch附件.详情请参考12.4.nACD/沸点与蒸汽压预测软件 计算从0.001毫米汞柱到10个大气压下任意压力下的沸点，一般情况下精确到+/-10度或更好, 详细内容请参阅”ACD / 沸点与蒸汽压计算用户指南”, 这是独立于ChemSketch 的软件.nACD/西格码预测软件 - 显示不同原子团的Hammett 类型或相关参数, 独立于ChemSketch 的”ACD/Sigma 用户指南”中有详细记载.nACD 化学结构式软件 可以给出相应化学

5、有机物和天然产品衍生物IUPAC名称的结构式,详情请参考独立于ChemSketch的”ACD/名称到结构式用户指南”. 免费版与专业版其他信息n软件下载 n新闻组 news:/ 安装与使用n安装程序n设定可兼容的文件类型n更改可兼容的文件类型 FileFile Associationsn改变缺省文件路径 OptionsPreference启动n启动n程序启动后，将在左下角任务栏出现ACD Host，可用于管理所有ACD系列程序。nACD Host的使用和设置。n可以从Chemsketch的ACD/Labs菜单中启动其他程序。退出n退出n在屏幕右上脚点击关闭按钮 . n在 ACD/Labs 菜单

6、中选择 Close All. 这将退出所有ACD软件.n从ACD Host中选择Close All退出所有ACD软件.n从File 菜单中选择 Exit ?在退出之前, 计算机将提示您存盘.基本操作保存打开输出Export输入Import打印Print打印预览Print Preview结构模式Structure与绘图模式Drawn结构模式： 用于绘制各种分子结构式，反应式，以及对结构式进行各种操作，如命名，预测性质等。n绘图模式：进行复杂的图形编辑，为分子结构增加图形和注释，以构成一份完整的报告。nStructure/Draw的切换结构模式Structure基本界面Title barMenu

7、barStatus barColor PaletteStructure toolbarChemBasic toolbarGeneral toolbarWorkspaceAtomstoolbarReferencetoolbar绘图模式Draw基本界面Title barMenu barStatus barColor PaletteEditing toolbarChemBasic toolbarGeneral toolbarWorkspaceDrawingtoolbar2.3 基本应用-简单结构CH3CH3CH3CH3CH3CH3CH3CHCH3n画原子, 化学键(单键, 双键, 三键, 共价键,

8、等等), 和标签.n翻转分子结构式. n选择, 旋转和扩大与缩小结构图 n将结构式输出至文件夹, 文件及打印机.n清理屏幕.画原子, 化学键和标签.nDraw Normal工具n画一个最简单的构型n双键、三键的画法n原子之间的连接n使用Clean命令清洁结构CH3CH3CH3删除n删除按钮n删除键 n删除原子n删除结构n使用键盘删除全部内容nCtrl+A 选择全部内容n按Del键删除改变原子n原子工具栏的定制n周期表的使用n改变原子选择、移动和旋转n选择n矩形选择n自由选择n移动n旋转n三维旋转翻转n键翻转为水平n键翻转为垂直n以键为中心翻转n上下翻转n左右翻转Draw Continuous

9、工具nCleanDraw Chains 工具CH3CH3CH3使用立体键、配位键和非定义化学键工具 n在立体结构中,指向您的键n在立体结构中,远离您的键n配位键n非定义键COHCH3HHNCHNCHCHNCHNCH3CH3CH2CH2COCH CH2CH3CHCH3CH2CH2COOOCH2Fe血红素分子结构式CH3OHHH原子标签的编辑n基本用法n改变位置n扩展ExpandF(CH2)3PhFFF本节练习课堂答疑n如何画AcO-n如何隐藏/显示碳原子n如何把题目Copy到ChemSketch中2.4应用进阶-画更复杂的结构n如何用化学基团表画化学基团;n如何迅速地画环结构;n如何删除和替换原

10、子;n如何画双键和三键;n如何画原子的电荷,阳离子和阴离子;n如何改变不同原子的性能.化学基团表画环结构OHOOHOOHOOHOOHOOHO加上羧基 COOH删除和替换原子n在连续模式下不能替换原子OOHOOHOOHOOHOOHOOHOCH3CH3CH3CH3CH3删除替换NHNNHNHNNOOHOHOHNH2NH2设定双键和单键NHNNHNHNNOOHOHOHNH2NH2NN+NNHNNOOHOHOHNH2NH2标定电荷和定义阳离子与阴离子 nIncrement (+) Charge 键nIncrement (+) Charge 正电荷nDecrement (-) Charge负电荷nRad

11、ical自由基;nPositive Radical Ion正离子基;nNegative Radical Ion负离子基.NH2+CH3CH3例题CH3CH3CH3NH CH3CH3NH2+CH3CH3NCH3CH3NCH3NH2改变原子和结构的性质n双击nToolsStructure Properties2.5 2D和3D优化n2D优化nToolsClean StructurenF9键nClean按钮清理功能(Clean)可以理解为2D的优化。例如：可以重新画和调整大小，以使所有键长和键角符合标准。使用该功能，您可以很容易地画出完美的结构。2D优化应用举例n环烷烃n环形氨基酸3D优化n3D优化

12、和3D旋转使您可以很容易地创建含有非标准角度和键长的结构。n该3D优化算法是基于CHARMM变量方法，考虑力场的分子机理。优化包括一些简化和增加计算速度和稳定性。请注意:3D优化不是分子全方位的优化，它的目标是由2D结构中建立稳定的可重复的三维结构，并不是简单的3D优化。n有机分子往往拥有很多结构，优化只能产生其中的一个。例如，您期望环己烷的结构是椅子形状的，当实际优化的结果是双曲船形，一种可能形状之一(事实上，许多这种结构是双曲船形)。在这种情况下，您可以改正结构(如手工移动原子，再进行3D优化)。n您也可以用特定的分子机理或量子化学几何优化包对您的分子进行实际的结构分析。 应用举例13D优化3D Viewer应用举例2应用举例3关于3D优化n对于一般应用，3D优化获得的结果是可靠的。n3D优化采用了简化模型计算分子的空间结构。因此，对于复杂的结构得到的结果是否可用，应由使用者加以判断。n3D优化并不能保证得到所有的构型。2.6 反应式n反应箭头n反应条件+2.7 使用模板自定义模板2.8 其他功能n显示/隐藏氢原子n显示/隐藏芳环n自动命名n性质预测n自动为原子编号2.9 Draw模式2.10 3D Viewern在ChemSketch中建