重建系统发育树

1、重建系统发育树(PAUP的ML法和贝叶斯法)1多重序列比对将待比对的序列以fasta格式保存，利用clustalx2.1或MEGA中的clustalW 软件进行多序列比对。2保守区的选择将1得到的序列提交Gblock在线服务器( HYPERLINK http:/www.phylogeny.fr/one_task.cgi7task_typetgblocks),%e5%be%97%e5%88%b0%e4%bf%9d%e5%ae%88%e5%8c%ba%e7%9a%84%e5%ba%8f%e5%88%97.fasta http:/www.phylogeny.fr/one_task.cgi7task_

2、typetgblocks),得到保守区的序列.fasta, 并通过MEGA软件将其转换为.nex;3核昔酸替换饱和度检测用DAMBE软件验证替换饱和。只要比较ISS和ISS.c值大小及显著与否，即 可。当ISS小于ISS.c且p=0.0000(极显著)，就说明没序列替换未饱和，可以建树。4核昔酸替换模型的选择在进行系统发育分析过程中，建树序列的进化模型选择是至关重要的一步，尤 其对进化模型敏感的ML法和BI法。通过MrMTgui软件选择核酸替代模型。4.1 安装 PAUP、ModelTest (或 MrModelTest)软件，然后再安装 MrMTgui 软件。配置 MrMTgui，分别设置

3、PAUP、ModelTest 和 MrModelTest 路径。win-paup4b4a.exe2013/7/9 14:32成程序! 5win-paup4blO-cion5Qle.exe2C 06/1/IC 14:15应用袒序4.2 运行 PAUP点击Run Paup，选择2中.nex文件当模型参数值计算完毕，程序会提示是否立即启动分析，选择“否”，先保存scores文件。然后选择.*,、，运行MrModeltest，就得到模型数据了。一种是基于hLRT标准选择的模型,另一种是基于AIC标准选择的模型，一般选择AIC标准。4.3添加模型参数，添加到建树的文件.nex。5使用PAUP软件重建ML

4、树（运行时间较长）将用AIC标准选择的模型参数直接拷贝到Nexus文件的最后。|p.veBicatuiD_XYX20110815021ACAACTTCCCTCrAGATTTAGCTTCTGTTGAAGCT3CTTC：GTAA.TGGT7AArA7TTTA GTTATAATTTTMTrTTTTAAAATTATaTAMaTMGATAACKCTTGMaAATAaTGAC CTTAGGGCTTT AATTCT AAGGTC 虹 T aTTTTCT ATTT AGTGG AAATC AAT AAATGGC ；GACGTGGCCAaGTGGaTT.AGGCAGTP.ve3icatum_m2011(i815

5、041ACAACTTCCCTCrAGATTTAGCTTCTG7TGAACCT?CTTC?GTAA.TGGT7AArA7TTTAGTTATA?.TT7TArTATTTTmTTATATAAAATAGGATMCMCTTGAAAAArAATGAC CTTAGGGCTTTAATTCCTAAGGTCETT也TTTTCTATTTAGTGCAAXK AATAAATGGC；GACGTGGCCAaGTGGaTTW-GCAGTer.d;BEGIN FAUP；Lset Bas= ,0. 3578 0. 1222 0. 0980) Nst=2 7Ratio=2. 0223 F.ates=ganma Skape=C. 2

6、416 Pinwar=0;EMj：参数设置:set criterion=likelihood 转化为似然法。outgroup 1 2.设定外类群bootstrap nreps=1000 keepall=yes brlens=yes 此命令设定循环次数为 1000 次（具体 次数可根据实际情况自定），保存枝长。describetrees 1/plot=both brlens=yes 此命令设定了描述树的方式，即 phylogram 和 cladogram均显示，显示枝长。最后用 savetrees from=1 to=1000 保存树。6贝叶斯树6.1在Nexus文件的最后加入一个 MrBaye

7、s block （MEGA输出Nexus格式文件 不能被Mrbayes识别，因此要进行修改） 格式修改前:psbA-trnH-rnexus二二同史电F）宅螭E格式O查宿（VI蒂助可:7111= begin taxs;Idin 已 nslcins nt ax-3?;taxibeisbr：/rni_capillain 已 _Y 16521Brmii_3rg enl eum_Y? J2O11O212OP. acitjir WYF2009131B5P. acutuin LY201207D5018P. r t Tr_TT J 20090-! 2P.宵代】71_叩？那1门刑豚P. ac.it-.iir_Y

8、GS20110?093end;begin characters; |JilLCl.il UJ1L5 iljcll = 205, luiiutL HLLSsijig-: ap- .ualdiclit-L-. dililye-iiLiclej tide, matrixBraizi-Capillai 已 _YfhTAAlHCLLTU 福眼口 HIGILGAA北 ILtJlTCIGTAMCAGIlAAMmTTGT?ATMTnTAT7C?TAT.A.TTA7ACA.MTGAT/ACA.CTTA?A/lTAATGACCT?MGAnTAG7TCCTMGSTCAT7A7TTTTCWTTA/lTAA.A.TGM

9、TA/lG7GGCG aCGTGJCMGTGGA?TUGDAGT格式修改后:end;BEGIN IRBATES,ujlgruup Drylu；i_api 1 _oi-c_i15D21 ?uJlgiuup Drlu.i_ngtir.ejil_YYJ2)11Lid iibl-2 i tilch-giiiLLLia,Frs已 1 st mt已freqpr-diri:hlet ：1, 1, 1, 1);m:nc ng已n-lCOOO primfr已q-100 samp 1 已frec-10 r.chains-4 tenp-0.1 sav已brl已口日一预已m e sjirt contype=all c

10、oinpat buinin=25;E 就J；6.2运行mrbayes.exe，在命令行界面中输入转换或者修改的Nexus文件，点击回车, 最后生成*.tre,即最终的BI树。用Figtree查看生成.treA F：e$jB.Bi!1,4WSSil:nnrbayes-3.1n2rrirbayes-2il.2mrbayes.0X0口 1 n exc 22-nexusExecutincr file 2-2nexusDOS line tevninat ionLongest line length = 80Pars ing f ileExpecting NEXUS formatted fileReadi

11、jng data blockAllocated m-atr-ixMatrix has 95 taxa and 2S5 clio.raGt：c：i3Missing data coded as ?Gaps coded as -Matching ciaihactei*s ceded as .Data is DnaSetting default paitition (does not diuide Lip charactersTaxon 1 - Brpun_capillai*e_ViJ16521Tawon 2 -enteLinJVJ20110912OTaxon 3 - P.acLi-tnri_WVF2

12、00?10185Taxon 4 - F. ACM.tLinn_Ii2012070!j018Taxon 5 - F.acLitLim_TLL200?0012Taxon 6 - F.acutLiin_WYF2Ml 109186Taxon ? - P.acntnmJGS2011S5003Taxon 8 - P.acutLim_WSZ2012B?050Taxon 9 - P.acLitLim_MX201i0722005Taxon IB - F-a.cut:unii_JX2(3l381QI325Taxon 11 - P. acutlh_WVF201109194Taxcn 12 - F. acutLinJWJ2002-413Taxon 13 - F.acutumJYJ200364B5100Taxon 14 - F.arbuscli 1lih_WYF20128HHlaxan 15 - P. aibuscliIlihJ7560Taxon 16 - F.