如何用Diamond构建Polyhedral图_第1页
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文档简介

1、1.导入晶胞:打开后,弹出以下窗口,点击下一步,即可。继续点击下一步。关于如何构建晶体结构,我们前期介绍了CrystalMaker这款软件。下面几期内容我们将介绍另夕款常用的晶体结构软件“Diamond。本期内容将介绍如何用Diamond构建立体多边形结构(本期内容来自广州大学汤政斌同学的投稿,在此表示感谢)。把cif文件拖入diamond即可;或者openI电电当弹出picturedesign设置窗口时,建议把background颜色选白色(个人爱好)。按下一步,再按完成,即出现下图。EBpfrfl*r七員fcpJr严轉rimEVOM)dpsIVKMeUkfiwtridlMMb4Inrr:i

2、r|Imthvft:iriric-hHHRi下一*梅-畅!4iAtabMOML.PMxHripiffTAJMt幣豊准甲lw!,illIdllU-TI4111u1Tljj1LI1I.添加与修饰多面体点击工具栏的Build,选择PolyhedraAddPolyhedra(添加多面体)。:F:awi?raKi:总殆机工紬QlO多-创订比二Uri-mvtMtaEHpAHiniTumijCamTHtactvipiuicrwrihAhAjhIbLdb选择中心原子与对应配位原子,构成多面体。(首先Al和0配位)然后,点击Design。rjthWuuMkML,Olit-:iH也匕卩%孝心串X遇E律1IWvex

3、.-rdu.!-WIIEU11型盘C1Uj-HfjcqicCBLIf4MHI11-wai:试叫1*raurnTGIraattii*E.ILWNI1L1U*4WLII刚讨j闽仙4i4W4TI|屯册贺JWWJJ4Merh*粗F3a.弹出polyhedradesign设置窗口(颜色选了turquoise,透明度调至0.6),然后点b.弹出Materialsettings窗口如下图(Blue调至0.3)个人觉得此处可以把多面体调亮点,更有光泽。C.总体设置如下图。KlwIUrIMMWwpliiVEFriBrwwM强WlhiM*MftpW*BnwarirviAn.Mz3zl:=mJ:盘工I.1a+IlJ

4、R.IJ4i941nfrrtw护l碍ftd.设置完上述步骤,即可点击Applynow。AddPolyhedraTypeofsphE已Generic(spheresfromconne匚tiWtlist)QFixedRMini:0RMaxS:2.5Angleepsilondeg,usedtoextendtrianglestohigherpolygons;0Replaceexistingpolyhedrae.Al和O配位的效果图如下。M.二口二TI一计BweWMJ轨初冊血JTftlz豐*FBrLlx*311-*aii-F*亠Ll-tiHTThw,FCHi融*1/f*muHTlii,iti*&aAfr

5、H*q-*kwnisp:MejlAuiRH9DIIKHKmilrwiau*-w心lUw1附Mumioui-m曲31*1141均IBaiBLl1sjQU-b-刊H4UIIMXLL-M4WCIIlmALadh郴HflWH重复步骤二的-,建立Lu和0的配位的多面体结构(红色、透明度:0.8;materialsettingRed:0.50)。即可得到如下效果图。Z-SJIM-;添加骨架,点击工具栏的picturePolyhedralDesigns把勾去掉PolyhedronDesignStyleandColorsHatchingOthersGlobesettjrigsthatapplyto訓coord

6、inationpolyhedraandcannotbeastgnecitoselectedpolyhedraonly:PIDarkenbackfacesPlHidebondsbetweencentralndligandatom-Ligandatomsreducing0-9AACancelOUpdateexistingpolyhedra添加骨架后的效果图aMnm*!呈vnoAnidU二EM*mwuid-Sll-WheilQHOlMLEtCHlbIttFMt-au-WKSt-电|W*HIB申4叫*卄H咤-Al-HM4LEisi_jfn11.HMril1T陶剧i机;|F呼Iff3UIA4:KM1nt

7、MLsQL;2M*le0Lww-*ffaamviratSj!b*口总3Mrdlta*:.二:*豈:*=盘355-!-3KlbHfenE-LLLLLtILLIFL-L-inL设置Al和Lu原子的颜色:工具栏pictureatomdesign丄4!*Inb-rZBkA曹肚卑俎*Rn*駁供q3虹J*-Mm|etoAdtaf.bT4MnM.电Am.R:貞Eir:juik二r-iri.?Ijij$-p*=_.上*i一一iij=.I_t一_F_afrrwrau:二he料耳净取s网隹*页碼气nt赵乂毛归*cKta懺+*iu匕拼诗涉匚中网总盘非ForH絹.pressFl选择其中一个Lu原子点击鼠标右键copy

8、鼻u.Effir1fL-liLilOt$KIX*!.Trurf.#.t4审知4kTjQFCWrMnwMNmlhEdtMri*lhhmvkcm*如TnIf-ww1*iiiirl4-|M-.AWh十.VWtFTiirkD|4LE矶:LIWMSHr陆Zlttivui.K6B1LMS:I爼时ImviianSrfihl二帶!iutMM囂鳥二:上w=LIllIJlll-huIJ-llllli“l-l!FUtftnKQpqfcil|;MmitHK!TiiLBIAtLrrd:uzdiiswu4*UB1TiT询UKAKH祖i土.6S-.fl柚!i!IHnS-.4W,屮-W,11Mi选中整个多面体结构,点击工具栏

9、BuildConnectAtomsEEkriBriMdpMiBww?rtnm&MwrlhMnrihCW-MHgn厶融七.些趙yCwhtMfcN5HIJW411IW曙:lMWIHMMICopytonewpicture后的效果图如下:口*巳為q*-审右耳魅屯4n|vnn-MIM*E40F#氓OL-*Ml-tlLL呂賢Oh心丰史斗當iUJiAEwwDKFtmtianEgVMMhmBMtZni显:i*MvHlEtFMSrpm中FjAcpnrarJQ.41IMUa.m!聲82-3S3KJLJNfy*口ie*$“-IHfliLlJ3nt3*ilAr*iJin-hu色普d百*D*啕廿靜.RMtaMU4XrC

10、H4NtwMOEdr33UILUILJLJU1L5*01rtlj-3liaia*.2-WUSRMhCJj.nw*WR17STjMMl41JLZNJ444EI4M*3WiJ-wJJ|FWWLuJCiV-dLfQMwRwr.ggrr利.加,LnLjLKTffalCMt.TMO.1JHM,护血i”rHftbfvIKEE二匕E?1*右比|4吒iM;KiTflWfronFM.Mon咼申叫34jbl354103Ot2Ml*1ULJW4W3MW再叭UL15-MZJ4L4At*:ULa4扎1M*14HfrU.ISCbDUSX131MLEFUL1MWaa3LUsinpww*99VWTCfJHNIMFB1RIWI

11、!Mh_.ifT&.nvw.1!,叶影呻2nWHrirfnActn-rari.Aqkpi*FJbwradJhWJ61smM2J(M輛爾:3t2Bl4K*+-|LunB40KZ3ELWS肿JMU沪期101叶Ml3MUZXM-5l4!SI:肆sn*W翟呵lu*jhit弊1.力=(炉如*kfcjri,Mt,nMa.选择随便其中一个原子,右键copy;再点击工具栏Editcopytonewpicture得到新的图如下,把所有氧原子选中(按着Ctrl键,点击鼠标左键),再点击右键destroyatoms.导出图片。a.点击工具栏的picturlayoutbitmap调成200或者300(个人喜欢,看起来更清晰)。Layout丁目B葫匚kgroundChoose,Hthpirture-starget抵aprintoutP爭号e旦bitmap.arn口n=ofthem.OWindowThilayouthasn

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