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文档简介
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2、enTHREADER+SwissModel如何获得蛋白质的三级结构2. 计算方法 - 从头计算法蛋白质结构 - 三级结构预测从头计算法:1973年 Anfinsen 科学:蛋白质的三维结构决定于自身的基酸序列,并且处于最低自由能状态。需要1-2天的时间QUARK /QUARK 从头计算法: QUARKQUARK /QUARK 从头计算法: QUARKRobetta综合了同源建模法和从头计算法两种方法。(全自动) 如何获得蛋白质的三级结构2. 计算方法 - 综合法蛋白质结构 - 三级结构预测ROBETTA: 如何获得蛋白质的三级结构2. 计算方法 - 综合法蛋白质结构 - 三级结构预测Robet
3、ta综合了同源建模法和从头计算法两种方法。(全自动)模型质量评估软件(Model Quality Assessment programs, MQAPs) 对于通过计算方法获得的模型,必须进行必要的模型质量评估,以确定模型的可靠性。A model on hand, finish? a random model (a low quality model) = maybe如何获得蛋白质的三级结构2. 计算方法 - 预测结果的质量评估蛋白质结构 - 三级结构预测I-TASSERC-score 的取值范围是 -5,2,分值越高模型越可靠。Swiss-ModelQMEAN4的取值范围是 0,1,分值越高模型越可靠。QUARKTM-score 0.5 说明模型的可靠,而TM-score95% 就很没问题!三维模型质量评估软件QMEAN: /qmean/模型的每个氨基酸位置打分0,1如何获得蛋白质的三级结构2. 计算方法 - 预测结果局部结构精修ModLoop /modloop 蛋白质结构 - 三级结构预测如何获得蛋白质的三级结构2. 计算方法 - 预测结果局
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