分子对接和全局最优化方法

1、关于分子对接与全局最优化方法第1页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四分子对接配体受体的相互作用结合自由能的理论计算优化方法第2页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四配体与受体的相互作用生理过程与其有关生物大分子与大分子之间小分子与生物大分子之间蛋白质的生理和药物作用体现在蛋白质与小分子之间第3页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四结合自由能的理论计算静电相互作用氢键相互作用范德华相互作用疏水作用第4页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四结合自由能的理论计算几何形状互补静电相互作用互补氢键作用互补疏水作用互补第5页

2、，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四几种计算方法分子动力学自由能微扰方法(FEP)经验计算方法第6页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四自由能的经验计算方法(Autodock)第7页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四自由能的经验计算方法(Autodock)第8页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四网格能量(Grid Map)近似计算利用计算好的参数三线性插值第9页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四现在的问题和今后的方向溶剂化效应、水分子、柔性问题精确的计算和计算时间的问题表面计算数据库第10

3、页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四Autodock的处理Pdb文件的准备/pdb/小分子的准备第11页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四分子处理文件格式：pdb, mol2, mol, pdbq优缺点各种软件的使用babel，chemoffice，weblab viewer，hyperchem等等第12页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四babel转换分子类型，支持几十种分子类型，dos界面。使用方法：babel ipdb 文件名 -h/-d -omol2 文件名Wendows界面babelwin第13页，共29页，2022年

4、，5月20日，11点12分，星期四Chemoffice画小分子的三维结构(由分子式转化)计算其最小能量构形用PM3或者AM1计算原子电荷或者其他参数第14页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四处理蛋白质程序weblab viewer显示格式加氢减氢氨基酸显示去水除去小分子第15页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四显示格式第16页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四加氢减氢利用play scriptSetProperty Atom element=Oxygen :select=onSetProperty Atom element=Su

5、lfur :select=onSetProperty Atom element=Nitrogen :select=onHydrogens Add第17页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四多种显示模式New Hierarchy WindowNew Data Window第18页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四去水第19页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四除去小分子第20页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四全局优化方法SAGA-NGATabu-Search第21页，共29页，2022年，5月20日，11点12

6、分，星期四Tabu-Search第22页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四新的发展Reactive Tabu SearchEnhanced Continuous Tabu SearchContinuous Reactive Tabu Search第23页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四缺点初始解具有较强的依赖性单-单操作第24页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四与NGA的结合现在的做法：在NGA计算到减少Scale的时候，把最好的值作Tabu Search，TS时sacle也是逐步减少，到一定步数时如果数值不见好的话，就跳回到

7、最好的地方重新开始。缺点第25页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四计算结果计算次数NGANGA-TS计算结果所用时间(s)计算结果所用时间(s)10.2305083392900.2305083373620.251533333460.2305083382630.230508344190.2305083392340.230508344150.2305083405350.230508335390.2305083385162.351950000350.2305083383470.230508338310.2305083385080.251533333370.2305083346890.4825583331190.23050833960100.251533333410.23050833963第26页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四第27页，共29页，2022年，5月20日，11点12分，星期四讨论重点找到一