经贸数据课件-5.研究可重复

一、可重复的研究问泉哪得清如许,为有活水来1.1何谓研究的可重复性？所谓研究的可重复性，就是确保能够用作者所提供的方案和材料将研究结果重现出来。1.2为何需要可重复的研究？可重复性可以保证科研成果的严谨性和透明性，可较好地促进科研能够健康可持续地发展。重视并坚持可重复性将成为学术领域的发展趋势。2014年6月，来自30多家生物医学类学术期刊的编辑、基金资助机构和一些学术机构的首脑们在

科学促进会总部，对关于临床前生物医学研究的原则和准则，及如何实现研究可重复性的目标进行了

。会议的参与人包括NIH、《自然》和《科学》杂志。二、文学化编程路漫漫其修远兮，吾将上下而求索！文学化编程（LiterateProgramming）是Knuth(1984)大神提出来的一种编程范式，它与传统的结构化编程不同。结构化编程就是写那些循环（for/while）、选择分支（ifelse）、函数模块之类的代码，让计算机去按设定好的程序结构去执行;而文学化编程则是把代码嵌入所谓的文学作品中，之所以说所谓的，是因为这里的文学不一定真的是那种常规意义下的文学，只是指人类语言而已2.1

文学化编程简介文学化编程的思想很简单：代码和正文混和在同一个文档中，编译的时候既可以把代码抽出来运行得到结果，也可以把正文抽出来形成文档。最初它是为了写

而设计的，这种设计方式的优势显而易见：代码和文档在一起，方便互相更新和照应。把R代码嵌入报告中，编译报告的时候R代码被执行，源文档中的R代码在输出的时候被替换为相应的运行结果，这些结果和原来的报告正文混合起来就形成

了一篇有结果的报告。

只需要

包含源代码的源文档，让结果文档自动生成，而不要手工运行代码并粘贴结果到文档里，这样做既累人又容易出错。记住，只有源代码是可以信赖的。2.2

R+LaTeX=SweaveSweave/LyX/pgfSweaveSweave实际上是由S（代表S语言，也就是R语言它）和weave（编织）组成的，Weave是文学化编程的概念，就是把文字和代码编织到一起。Sweave继承了一个伟大的想法。将LaTeX文档和R代码混合起来，先调用R执行一遍这个文档中有特定标记的代码，并输出相应的结果到这个文档中（源代码都被相应的计算结果代替），然后再调用

LaTeX编译文档为PDF。*.rnw=>*.tex=>*.pdf但在具体实现上走入了一个死角，默认功能不强，扩展性又太差。•2.3和Knitr包knitr这个包的名字是怎么来的呢？我在考虑包的名字的时候，由于满心要对Sweave的各种不利索吐槽，所以我决定给 新包一个利索的名字，英语里说利索通常用neat这个词，而同时编织还有另一个词叫knit，二者发音相近，用它取名可谓一石二鸟，音意两全。knit后面加上字母r也有几重考虑：R代表R语言，为什么小写？因为小写对用户来说输入方便，不用按Shiftknitr看起来和读起来像knitter，谐音neater，充分表达了某种要凌驾于对手之上的情绪，说得不好听就是自恋knitr不是一个正常的英文单词，所以 搜索的第一，方便用户搜到文档，，比如#knitr（

、条确定一定以及肯定会是在各种社交网络上它也可以作为）knitr的九条设计原则:(1)

默认美观knitr默认代码高亮（无论什么输出格式）以及代码重整理，这都是为了增强代码和结果的可读性。formatR包(2)

自然输出同样的代码粘贴在R中看到的结果全部都会在knitr的默认输出中看到，有图出图，有表出表，不需要设置任何选项，一切自然而然。(3)以分析为中心knitr解放了图形大小设置的问题，你可以对每一幅图形设置输出宽度（out.width选项）；(4)可重用的输出让那些提示符>和续行符+有多远滚多远！把提示符去掉了，输出也被注释掉，不影响 代码运行。(5)功能模块化knitr的设计主线也就三部分：文档解析器、代码运行器、输出

。一个文档拿来，先抽代码出来，运行它，再根据运行结果写入输出文档。knitr在生成器上解放了生产力，引进了输出钩子函数的概念，让用户可以自定义结果输出方式。(6)好的功能照单全收knitr收录了大多数跟Sweave有关的包的功能，这些功能基本上都以更简单的代码重写了，tikz图形、缓存和动画功能。(7)照顾初学者如果点一下按钮就能生成结果，那么让用户点就是了，不必非得了解背后是怎么回事。超级简单，你可以在 之内基本学会它的用法，若再多花点时间，完全有可能学完它的用法，注意是“学完”。(8)开放源代码knitr里除了几乎处处开放，举一个小例子：尽管knitr基于R，但它不一定非得运行R代码，如果你乐意，你可以嵌入Pytho

的运行代码部分，其它n或AWK或其它语言代码，这体现在engine参数上。(9)文学化编程文学化编程（Literate

Programming）是整个设计的思想，但过去的模式局限在“代码+文档”的简单模型上，knitr使得一份文档变得可编程。July

26,

2013July

15,

20132.4

knir+pandoc=>rmarkdown包直接将markdown文件转换为PDF直接将markdown文件转换为Word直接将markdown文件转换为HTML问题：在支持中文方面目前尚欠佳三、可重复研究的实践大道之行也，天下为公！4.1

工具准备Rstudio:

http

/安装knitr:install.packages+librarayPandoc:安装rmarkdown：

/install.packages+libraray4.2

markdown写作语法（1）代码块及正文markdown文档：*.Rmd```{r

*}代码```正文*.Rnw文档=>pdf<<*>>=代码@正文（2）内联代码markdown文档：*.Rmd正文`r

代码`正文*.Rnw文档=>pdf正文\Sexpr{代码}正文（4）简单字体**加粗**-斜体-**-斜体-**（3）标题#一级标题##二级标题###三级标题####四级标题#####五级标题或一级标题================二级标题（6）超[文字](url)（7）公式$

equation

$$$

equation$$（5）列表无序列表List

itemList

item有序列表item

1item24.3

自动化生成报告方法一:一键生成直接点击Rstudio中的转换按钮方法二:命令生成利用rmarkdown包中的render命令将*.Rmd文档转换为任意类型的文件（包括pdf,html和word)render(“*.Rmd","pdf_

")render(“*.Rmd",“html_

")render(“*.Rmd",“word_

")render(“*.Rmd",“all")四、进一步的学习学无止境！学然后知不足,教然后知困。：h/course/535.html：h/course/526.html•