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文档简介

生物信息学实验§1-----核酸、蛋白序列数据库及PubMed文献检索§2-----DNA序列的拼接、linux系统操作§3-----基因功能注释、分类与代谢途径分析§4-----多序列比对、进化树绘制

生物信息学（Bioinformatics）是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。第一讲核酸、蛋白序列数据库检索数据库网址国际三大序列数据库GenBank(NCBI,美国国立生物技术信息中心)：EMBL(欧洲分子生物学实验室数据库)：DDBJ(日本核苷酸数据库)：（一）NCBI简介NCBI即美国国立生物技术信息中心()，于1988年11月4日立法建立，NCBI的主要任务是发展新的生物资讯技术，以增进对于健康和疾病相关的基本遗传分子的理解。（二）NCBI数据检索

例子1：下载一个耐药基因：floR打开NCBI网址：选择目标数据库Gene输入检索词及条件检索基因序列

例子2:检索2015年至今提交的水稻mRNA序列打开NCBI网址：选择目标数据库Nucleotide输入检索词及限制条件检索基因序列

例子3:下载大肠杆菌（escherichia

coli）的tetA蛋白序列打开NCBI网址：选择目标数据库Protein输入检索词检索蛋白质序列3.检索长度为501个氨基酸的乙醛脱氢酶(acetaldehyde

dehydrogenase)的蛋白质序列；课堂练习2.检索近十年来发表在Nature上的大肠杆菌核酸序列；4.检索自己感兴趣的基因序列。1.熟悉NCBI数据库及其他数据库；

第二讲PubMed文献检索PubMed是美国国家医学图书馆开发的基于网络服务的文献查询系统。它是一个免费的搜寻引擎，提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要。网址是：。（一）PubMed简介WebofScience美国ThomsonScientific（汤姆森科技信息集团）基于WEB开发的产品，是大型综合性、多学科、核心期刊引文索引数据库。今年出售给

OnexCorp和霸菱亚洲投资。网址：

例子1:

检索有关人类癌症的文献（二）PubMed文献检索打开PubMed网址：Advanced中输入检索词设置限定条件检索文献例子2:

检索近十年发表在Science杂志上的水稻相关文献打开PubMed网址：Advanced中输入检索词设置限定条件检索文献例子3:

检索近三年以温州医科大学为单位发表的SCI，并查看引文报告打开webofscience网址：选择核心数据库输入检索词及条件检索文献课堂练习1.检索标题中含有Archaea和transcriptionfactor的文献;2.检索docking相关的文献;3.检索与docking和moleculardynamicssimulation都相关的文献;4.检索200

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