中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)实验室检测20150609

第一页，共32页。参考标准中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）实验室检测技术指南WHO:Laboratory

TestingforMiddleEastRespiratorySyndrome

Coronavirus：interim

recommendations(revised)

.(September

2014

）USCDC：InterimGuidelinesforCollecting,Handling,andTestingClinicalSpecimensfromPatientsUnderInvestigation(PUIs)forMiddleEastRespiratorySyndromeCoronavirus(MERS-CoV)-Version2第二页，共32页。MERS-CoV感染标本采集对象中东呼吸综合征冠状病毒感染疑似病例、临床诊断病例及需要进一步研究的确诊病例；其它需要进行MERS-CoV感染诊断或鉴别诊断者。第三页，共32页。标本采集要求从事MERS-CoV检测标本采集的技术人员应经过生物安全培训，培训合格且具备相应的实验技能。在标本采集过程中，采样人员进行安全防护。住院病例的标本由所在医院医护人员在当地疾控机构专业人员指导下采集。密切接触者标本由当地疾控机构负责采集。根据实验室检测工作的需要，结合病程再次采样。第四页，共32页。采集标本种类和要求呼吸道（上、下呼吸道）和其他样品（血清、尿液和粪便）、尸检标本。每个病例应尽可能同时采集上、下呼吸道标本，下呼吸道标本最佳，建议同时采集粪便和尿液标本。应尽可能采取发病初期和恢复期双份血清标本以确定是否感染，双份血清样品间隔14~21天采集比较理想，第一份血清应在发病第一周内采集。但单份样品的检测对于确定疑似病例也有价值，如果只能采集一份样品，应该在出现症状后至少14天采集。第五页，共32页。标本的保存样品采集后应尽快送至实验室，运输过程需合理。若呼吸道样品72小时以上才能到达实验室，强烈推荐将样品储存在-80℃并使用干冰进行运输，应避免样品反复冻融。从全血分离的血清应4℃储存并运输，或用干冰、液氮冷冻并运输。由于无霜冰柜温度波动较大，应避免使用无霜冰柜储存呼吸道和血清样品。第六页，共32页。院内转运时，标本应该放置在耐用、防渗透的二级容器中进行转运。为减少任何标本破、漏的风险，不要使用任何气动传输系统来转运任何可能疑似患者标本。转运至CDC的MERS-CoV标本应该充分包裹，转运时不能开盖或分装标本。标本转运应该符合三重包装系统要求：内层是主要的容器（一个可密封的标本袋缠绕以可吸收材料），第二层是防水、防渗漏的容器，外层是用于转运的包装。MERS-CoV感染标本包装和运输第七页，共32页。

MERS-CoV感染实验室检测方法核酸检测：为目前早期诊断、早期发现MERS-CoV感染病例的主要检测方法，采用Real-timePCR进行病毒核酸检测和诊断，患者呼吸道样本中扩增到特异性核酸，可确诊MERS-CoV感染。传统RT-PCR因易出现污染使用受限，但可以获得病毒基因序列。抗原抗体检测:IgM捕获法ELISA检测血清特异性IgM抗体间接法ELISA或免疫荧光方法检测IgG抗体利用假病毒进行中和抗体检测第八页，共32页。第九页，共32页。MERS-CoV的实验室检测靶标目前病毒核酸的检测方法主要有：检测E蛋白上游基因（upE）、ORF1b、ORF1a

、N2基因四种。这些方法均高度敏感，推荐upE检测用于初筛;检测ORF1b基因的方法不如针对ORF1a的方法敏感，但比其更加特异;N2基因检测具有较高的灵敏性。另外，已确定了中东呼吸综合征冠状病毒基因组中位于RNA依赖的RNA聚合酶（RdRp）和衣壳蛋白（N）基因的几个适合测序验证的靶序列。第十页，共32页。巢式PCR普通PCRPCR产物电泳或测序逆转录，获得cDNA核酸提取标本采集PCR检测荧光定量PCR实验方案第十一页，共32页。待检样品upE特异性RT-PCR检测阳性阴性ORF1aRT-PCR检测阳性阴性确诊RdRp测序或N测序阴性抗原检测抗体检测病毒分离阳性实验流程第十二页，共32页。继续采样，如有必要应送样至有MERS-CoV检测经验的参比实验室进行检测入选病例rRT-PCRupE基因进行筛查实验阳性阴性rRT-PCRORF1a、ORF1b或N基因区进行确证实验阴性，但如果临床和流行病学证据充分，继续采样重复检测阴性阳性RdRp或N区测序实验阴性显示为其他序列显示MERS-CoV确诊病例确诊病例第十三页，共32页。upEupE-Fwd5'-GCAACGCGCGATTCAGTT-3'upE-Rev5'-GCCTCTACACGGGACCCATA-3'upE-Prb5'FAM-CTCTTCACATAATCGCCCCGAGCTCG-TAMRA3'ORF1bORF1b-Fwd5'-TTCGATGTTGAGGGTGCTCAT-3'ORF1b-Rev

5'-TCACACCAGTTGAAAATCCTAATTG-3'ORF1b-Prb5'FAM-CCCGTAATGCATGTGGCACCAATGT-TAMRA3'ORF1aORF1a-Fwd 5'-CCACTACTCCCATTTCGTCAG-3'ORF1a-Rev 5'-CAGTATGTGTAGTGCGCATATAAGCA-3'ORF1a-Prb5'FAM-TTGCAAATTGGCTTGCCCCCACT-TAMRA3'N2N2-Fwd 5'-GGGTGTACCTCTTAATGCCAATTC-3'N2-Rev

5'-TCTGTCCTGTCTCCGCCAAT-3'N2-Prb5'FAM-ACCCCTGCGCAAAATGCTGGG-BHQ-3'分子检测引物与探针第十四页，共32页。Y=-3.56x+39.19R2=0.9881e61e41e31e2第十五页，共32页。荧光定量RT-PCR检测结果判断阴性:无Ct值或Ct为40。阳性：Ct值<37,可报告为阳性。Ct值在37-40之间的样本建议重做,若重做结果Ct值<37，该样本判断为阳性,否则为阴性。第十六页，共32页。MERS-CoV核酸检测结果报告在实验室要确认一个样本为阳性，需要满足以下两个条件的其中一个：至少两种MERS-CoV特异性PCR结果阳性；一种PCR结果为阳性，另外一种PCR产物序列测序，与MERS-CoV序列相符。当针对MERS-CoV的两种不同的检测方法结果不一致的时候，应当采用反转录PCR扩增，对扩增产物进行测序以确认检测结果。第十七页，共32页。检测结果判读阴性结果也不能排除临床病人的感染，一些因素可能产生假阴性，包括：样本质量差，比如口咽等部位的呼吸道样本；样本收集的过早或过晚；没有正确的保存、运输和处理样本；技术本身存在的原因，如病毒变异，PCR抑制等。当PCR检测结果为阴性，但临床表现和流行病学特点提示是MERS-CoV感染时，可采用血清学方法进行检测。双份血清标本能够满足血清学检测的要求。第十八页，共32页。我国首例输入性中东呼吸综合征病例的

实验室快速确诊2015年5月27日晚10时世界卫生组织向中国卫生计生委通报，韩国1例确诊中东呼吸综合征（MERS）病例的密切接触者经香港入境广东省惠州市。5月28日下午，经广东省疾控中心对病例标本进行核酸检测，初筛结果为阳性。样本接收时间：日凌晨1点40分（中国疾控中心病毒病所）实验室确诊结果上报：日凌晨5点40分第十九页，共32页。疑似MERS-CoV感染的实验室快速确诊样本来源：KIMMYEONGSHIK(韩国）广东省惠州市样本类型：鼻咽拭子(3份）血清(1份）采样日期：实验室复核检测流程：BSL-3实验室：分装灭活BSL-2实验室：核酸提取

荧光定量RT-PCR(三个靶标UpE、ORF1b和N2)

结果判定与报告

第二十页，共32页。广东省CDC疑似MERS-CoV感染的复核检测UpE检测扩增曲线ORF1b检测扩增曲线N2检测扩增曲线第二十一页，共32页。靶标鼻咽拭子血（－）（－）（－）（＋）123UpE34.1833.933.84NoCtNoCtNoCtNoCt25.51ORF1b35.8535.1634.73NoCtNoCtNoCtNoCt27.95N231.2131.2730.7636.5NoCtNoCtND21.34疑似MERS-CoV感染的送检样本复核检测荧光定量RT-PCR检测结果（Ct值）第二十二页，共32页。结论采用upE/ORF1b/N2三个靶标，进行三种荧光定量RT-PCR扩增，在对照成立的基础上，三管咽拭子样本检测结果皆为阳性。基于N2靶标的荧光定量RT-PCR扩增，血清标本呈弱阳性。结论：广东疑似MERS-CoV病人实验室检测确定为MERS-CoV感染阳性。第二十三页，共32页。上海辉瑞合作研发试剂盒（单管双靶标）应用验证MERS-CoVRNA双色检测试剂盒ORF1b/upE（FAM/VIC）1342样品编号CT值1阳性对照22.582咽拭子样本36.35样品编号CT值3阳性对照22.544咽拭子样本33.17第二十四页，共32页。基于浊度仪和羟基萘酚蓝颜色变化的简单快速和灵敏的环介导逆转录等温扩增技术RT-LAMP检测方法的特异性浊度图和显色图特异性高，检测下限分别为每管反应500与1000拷贝，有望应用于MERS-CoV感染的快速筛选，具有在基层医疗卫生机构和现场推广和应用的潜力第二十五页，共32页。RT-PCR扩增RdRp或N基因后测序检测MERS-CoVRdRpSeqassay:EMC-SeqRdRP-Rev:GCATWGCNCWGTCACACTTAGGEMC-SeqRdRP-Fwd:TGCTATWAGTGCTAAGAATAGRGCEMC-SeqRdRP-Rnest:CACTTAGGRTARTCCCAWCCCAW=A/T,N=A/C/T/G,R=A/GFragmentsize:firstround:242bp(includingprimers),secondround228bp(includingprimers)Nseqassay:EMC-SeqN-Fwd:CCTTCGGTACAGTGGAGCCAEMC-SeqN-Rev:GATGGGGTTGCCAAACACAAACEMC-SeqN-Fnest:TGACCCAAAGAATCCCAACTACFragmentsize:firstround:306-312bp(includingprimers),secondround279-285bp(includingprimers)Reference:Corman/Mülleretal.;Eurosurveillance,Volume17,Issue49,06December2012第二十六页，共32页。通用引物检测冠状病毒冠状病毒通用引物RT-PCR扩增产物电泳One-stepRT-PCRassays(OneStepRT-PCRkit；

QIAGEN)

反应条件：1.反转录:50℃

for30min2.PCR扩增:95℃

for15min(激活)，50cycles(30secat94

℃；30se