基因芯片数据GO和KEGG功能分析文档

基因芯⽚（Affymetrix）分析4：GO和KEGG分析版权声明：本⽂为博主原创⽂章，未经博主允许不得转载。/u014801157/article/details/24372393基因列表的分析⼀般都会涉及GO和KEGG分析，Bioconductor提供了很多这⽅⾯的R⼯具包。选择⼯作⽬录，读⼊上⼀次分析和保存的数据：results.sig<-read.csv(head(results.sig),header=TRUE,as.is=TRUE)##XlogFCAveExprtP.Valueadj.P.ValB##1254818_at6.21510.36341.387.304e-101.169e-0511.538##2254805_at6.8447.28030.816.095e-094.878e-0510.431##3245998_at2.77810.01125.442.411e-089.545e-059.528##4265119_at4.3808.28224.073.588e-089.545e-059.240##5256114_at4.4617.66823.923.745e-089.545e-059.208##6265722_at-2.9139.276-23.913.760e-089.545e-059.205colnames(results.sig)[1]<-genes.sig<-results.sig[,1];1获取AGI、GO和KEGG注释library(ath1121501.db)ls()ath1121501GO为拟南芥基因的GO数据库，ath1121501PATH为KEGGpathway数据库。但不是每⼀个基因（probeset）都有GO或KEGG注释，哪些基因有注释可以⽤mappedkeys函数获得：length(mappedkeys(ath1121501PATH))##[1]3018length(mappedkeys(ath1121501GO))##[1]20299head(mappedkeys(ath1121501PATH))

switch()函数使⽤。switch()是⾮常神奇的条件转向开关函数，它的参数（列表）可以是各种类型，变量、表达式、函数等都可以使⽤。列表到数据框类型数据的转换，我们使⽤了plyr软件包的llply和ldply函数。plyr是很著名的软件包，⽤于数据糅合。这不属于本节的讨论范围，先不介绍，请⾃⾏学习使⽤。由于探针id是唯⼀的，上⾯的代码⽤它作为关键字糅合数据。得到的结果是数据框：str(results.anno)##'data.frame':740obs.of5variables:##$logFC:num1.37-1.13-1.62-1.711.44...这样每⼀个探针都得到了对应的AGI、GO和KEGG途径注释（如果有）。其他类型数据如PubmedID可以使⽤类似⽅法获得，但编程之前得先了解它们的数据结构，最直接的⽅法就是使⽤head，summary和str等函数查看。得到的结果⽤write.csv或其他存盘函数保存。2GO和KEGG富集分析Bioconductor中有不少软件包可以进⾏GO和KEGG统计分析和作图，如GOstats和KEGGgraph，但我不建议使⽤它们。对于这类分析，我推荐使⽤另外⼀个不是R软件包的⽹络分析软件：Cytoscape。它是免费的开源软件，由多所⼤学和⼏个公司联合开发和维护，已经逐渐成为⽹络分析的标准⼯具，软件⽹址为：R软件包RCytoscape可以把R的分析结果推送到Cytoscape，充分利⽤R的统计功能和Cytoscape的可视化能⼒。但是RCytoscape不⼀定能跟上Cytoscape的软件更新步伐，所以最好还是把R分析的结果保存成⽂件，再⽤Cytoscape直接分析。事实上，如果使⽤Cytoscape进⾏GO和KEGG富集或⽹络分析，我们只需要获得AGI列表，⽽不需要获得GO和KEGG注释。3SessionInfosessionInfo()

##Rversion3.1.0(2014-04-10)##Platform:x86_64-pc-linux-gnu(64-bit)####locale:##[1]LC_CTYPE=zh_CN.UTF-8##[3]LC_TIME=zh_CN.UTF-8LC_NUMERIC=CLC_COLLATE=zh_CN.UTF-8##[5]LC_MONETARY=zh_CN.UTF-8LC_MESSAGES=zh_CN.UTF-8LC_NAME=C##[7]LC_PAPER=zh_CN.UTF-8##[9]LC_ADDRESS=CLC_TELEPHONE=C##[11]LC_MEASUREMENT=zh_CN.UTF-8LC_IDENTIFICATION=C####attachedbasepackages:##[1]paralleltcltk##[8]methodsbase##statsgraphicsgrDevicesutilsdatasets##otherattachedpackages:##[1]plyr_1.8.1ath1121501.db_2.14.0org.At.tair.db_2.14.0##[4]RSQLite_0.11.4DBI_0.2-7AnnotationDbi_1.27.3##[7]GenomeInfoDb_1.1.2Biobase_2.25.0BiocGenerics_0.11.0##[10]zblog_0.1.0##knitr_1.5##loadedviaanamespace(andnotattached):##[1]