国外生物医学科研数据管理服务与启示

国外生物医学科研数据管理服务与启示摘要基于生物医学领域科研人员对科研数据管理服务的需求分析了国外生物医学领域学科馆员为科研用户提供的数据管理服务美国N物医学学科馆员支持科研课题研究数据管理服务的模式内容和效果探讨了国外生物医学数据管理服务对我馆学科化服务的启示。关键词科研数据；学科馆员；数据管理；生物医学论文；大数据；学科服养科研数据是指数字形式的研究数据，包括在研究过程中产生并能存储在计算机上的任何数据也包括能转换成数字形式的非数字形式数据随着科学技术的快速发展，海量的科学数据不断产生在—scen境下科学研究范式转变为以数据密集型为基础进行科学发现的第四范式科技创新越来越依赖于海量数据的控制和再利用。越来越多的研究者科研机构以及政府部门意识到整合集成后的科研数据不仅具有重大的科学价值还具有巨大的经济价值和社会价值很多国家开始重视科研数据的管理，并制定了较为完善的科研数据管理与共享的相关政策。对的。生物医学科研数据管理的形势．生物医学科研的客观要求生命科学在2世纪后期出现了飞跃式的发展，以基因测序、基因组学、蛋同时依赖这些海量数据。有些基因数据由于观测和实验的不可重复性，或时间、设备和经济条件等其他条件的限制数据获取难度大有效保存和科学管理这些数据是非常有必要的。在临床医学领域，现代数字化医疗系统也正在产生海量如光检查、核磁共振、彩色超声、内窥镜、血管造影等医学影像数据和电子病历数据。这些数据不仅有助于做出临床诊治决策，也是开展流行病学过程中产生的数据量非常庞大，如果能将隐藏在数据中的知识通过定量的方法挖掘出来用以指导下一阶段的研究方案的设计可大大提高药物研发资源的利用率，提高研发效率。事实上，生物医学科研模式也正在悄然发展改变。20l月发表在Sc／en上一篇题为“BioloFuur”的论文介的研究模式“干试验(drlabbiolog该文以美国斯坦福大学4岁的终身教师Bu他在糖尿病肥胖症移植排斥反应以及新药发现主要是发现治疗肺癌的新药，以及治疗其他一些疾病的新药等方面都颇有建树。他抛弃了传统实验室的工作模式，他们实验室既不培养细胞也不做D序，他们在海量的数据库中搜集公开的信息，如人类基因组序列数据(HumnGenomequences)瘤基因 组序列数据(CanGenomeads)t、脑扫描成像数据(BrainImagicans)尿病阿尔茨海默病等多种疾病相应的生物标志物数据(Bomar，并对这些生物医学科研数据进行深度挖掘。美国哥伦比亚大学的AsaAbelio等人通过对一个迟发型阿尔茨海默病患者和正常人脑组织的基因表达数据的公共数据库进行大数据分析发现一个新的分子能够部分决定携带了AP的人是否会患上阿尔茨海默病，并在实验室里用小鼠动物实验以及选择公共的阿尔茨海默病患者脑扫描成像数据库对患者数据进行分析并验证了该结果。可见，未来生物医学科研数据的利用、共享和复用甚至可以使科研人员不用再做真实的试验。．国内外相关科研政策出台美国自然科学基金委员会(NSF2布的N目管理指南规定，从20月1日开始，所有提交到N项目申请书必须包含“数据管理计划”(DatManagemPln，没有数据管理计划的项目申请将不予接受。对已批准的项目，管理者会根据项目的年度进展和最终报告对其数据管理计划的实施情况进行评估。英国七大研究理事会中，除工程和物理科学研究理事会(EPSR，其他[,六个理事会均颁布了相应的数据管理政策。如生物技术与生物科学研究理事会(BBSC)求研究者提交数据共享计划，包含数据范围与数据类型、标准和元数据与其他在公共存储库的数据的关系二次使用数据共享的方法共享保护、时间轴以及最终数据集的格式等。由于提供研究基金的机构如NSF科研数据管理提出了明确要求，研究者必须了解如何与他人共享科研数据科学数据保存的方式与技术以及如何保护自己的科研数据由此科研机构及科研人员对高质量的数据管理服务的需求与日俱增。．国内外相关项目启动20国家科技部正式启动了科学数据共享工程。20国家人口健康科学数据共享平台正式进行长期服务-20科技部计划司、国家科技基础条平台中心试点启动了人口健康领域“十一五”国家科技计划项目所形成的科技资源汇交工作推动人口健康领“十一五国家科技计划项目所形成的科研数据等科技资源向国家人口与健康科学数据共享平台汇交。美国国立卫生研究院(N使生物医学领域研究者能够更充分地利用各个研究社区所产生的大数据，在20宣布启动名为“大数据到知识”(BigatatoKnoleBD2目该项目拟在最初的年里投入约96美元建立多个研究中心和课题组推动新算法以及其他数据分析方法的开发攻克与数据标准化数据库准人和遗传信息隐私等领域相关的难题。国外医学图书馆对科研数据管理服务的摸索国外许多图书馆为了应对大数据带来的机遇和挑战，纷纷探索科研数据管理服务的方法与模式马建玲等对New大学排名中前5名的大学进行调研，发现其中有1所大学图书馆已经开展了与研究数据管理相关的服务-美国麻省理工大学图书馆的名学科馆员为科研人员提供各类数据管理和出版服务指南文档，帮助研究人员制定数据管理计划等。英国爱丁堡大学数字图书馆构建了机构数据存储库(EdiburhDaaShar，并在其主页上提供基于科研流程的科研数据管理指南[引。总体上看，目前图书馆开展的支持研究的数据管理服务大致分为两类一类是是咨询服务如各基金机构数据管理政策、数据管理计划、数据格式和元数据标准、数据共享与数据出版政策、数据的利用与复用等另外一类是数据存储服务如提供科研数据管理相关的存储设备、提供云存储方案、提供科研数据加密服务，以及指导科研人员寻找和使用外部的基于主题的数据存储库等。美国国立医学图书馆(N界上最大的医学图书馆其规模和成就素有盛名，一直领导着世界医学图书馆界的发展。20月NL发布了基金公告(1215布为现已接受美国国立卫生研究院(NH)金资助的研究团队提供学科馆员服务行政补助¨引。该基金项目为个课题组提供为期2年万美元的资助其目的有两个一是为了加强多中心多学科合作的临床和基础研究通过信息专家学科馆员融人课题组以更好地获取存储组织、管理整合揭示和传播生物医学研究数据--评估和记录学科馆员参与的价值和影响。学科馆员为个NI基金课题提供的数据管理服务如表所示。以纽约大学健康科学图书馆学科馆员支持的“蛋白质和肽在癌症疼痛中的作用”研究项目为例，探讨学科馆员在生物医学数据管理服务中的模式和作用。纽约大学“蛋白质和肽在癌症疼痛中的作用”项目是NI批准的基金项目，由纽约大学医学院牙科的布赖恩博士和波士顿生物医学所蛋白质化学家马库斯博士合作主持，其工作重点是识别和确定口腔鳞状细胞癌的微环境中蛋白质和多肽的潜在的疼痛中介作用。研究人员要对数百个候选因子进行筛选和验证他们招募和筛选口腔癌患者并让其完成口腔癌疼痛问卷然后在手术时对癌症侧和健侧进行微渗析之后取样被送到实验室采用质谱技术和化学活性分析对蛋白质和肽进行识别和表征。研究人员发现存在一些障碍使得研究过程缺乏效率，研究结果不够理想。首先，识别与疼痛相关蛋白质和肽需要进行系统的文献回顾，但使用关键词在PubM和Googch检索非常耗费人力和时间，而且结果很不理想；其次，该研究团队的1名研究人员分布在两个城市，科学数据和引文的共享和跟踪存在问题。学科馆员获得基金支持，解决了该科研团队在研究初期数据管理的关键问题一是针对蛋白质文献检索的问题学科馆员协助科研人员拟定了一套检索策略，并编写Matla程序获取并处理NC据库中的数据。通过蛋白质名称检索PubM数据库，按相关度和关联程度对检出文献排序后，生成该蛋白质所有相关文献的矩阵，识别出毫无关联的蛋白质，提高发现相关文献和生物医学信息的机会。二是针对引文共享和跟踪问题首先确定Endnote和Mendeley作为文献管理工具，然后和研究团队讨论每种工具的优缺点以确定哪种更加符合需求，最终引入了EndnoWe作为共享引文工具并完善了相关工作流程。三是针对两个小组研究数据共享问题，引入共享数据和标本的工具及工作流程。启示科。．加强生物医学科研数据管理计划服务科研数据管理计划是描述研究过程中及研究项目完成后科研数据数据处理方式的正式文件清晰完备的数据管理计划不仅使得科研数据生成保存共享和利用等操作规范化，也可保证他人分享数据和长期保存数据的完整性和一致性。近几年，世界各国基金机构都开始在科研项目管理中，对所资助项目的数据管理做出明确的要求无论在投标准备阶段还是基金到位后数据产生和维护的计划都是极为必要的。并且，各基金机构对于数据管理计划的格式、涉及内容等都有各自的要求不同学科领域也对数据管理的政策内容数据出版以及共享方式等都有不同的规定。在此情况下，如何为生物医学领域的科研人员提供相应的数据管理计划服务就成为医学图书馆的重要课题之一兰州理工大学学报医学图书馆不仅可以就基金机构对生物医学数据管理的政策为科研人员提供咨询服务，还可就不同的基金和课题的要求为用户提供研究生物医学数据管理规划的模板或指南生物医学科研数据管理计划服务可以提供关于生物医学科研数据的类型各类数据、样品、软件、课程教材以及科研过程中产生的其他材料等、数据格式、访问数据和数据共享的实践和政策，利用政策以及数据归档计划等咨询服务。．基于科研数据生命周期提供生物医学科研数据管理服务生物医学科研数据是根据生物医学科研工作的流程而产生的，如同科研项目科研团队一样科研数据也有其生命周期提供基于科研数据生命周期的科研数据管理服务要从生物医学科研项目初始设定科研数据管理计划，提供生物医学数据存储格式与标准生物医学科研数据仓储库的构建或引入生物医学数据共享政策与模式，生物医学科研数据分析、利用、挖掘，生物医学数据评估的方法及标准他人的数据获取与复用生物医学科研数据管理工具的开服和引入、以及数据的出版等，并按科研进程不同阶段对生物医学科研数据管理服务的需求，有效地提供科研数据服务。．提升生物医学学科馆员数据管理服务能力生物医学领域的学科馆员通常具有生物医学、行为科学或生物科学的学科背景又有图书馆和信息科学的实践经验交叉学科背景可使其以独特的视角研究生物医学科研数据的采集、存储、管理和使用，在嵌入生物医学科研过程的物存。员，。，如各基金机构对于数据管理的政策，数据出版政策，数据版权、知识产权，数据引用、数据长期保存和备份的规定其次学科馆员要了解生物医学领域科研数据的范围和存储格式，如撰写数据管理计划、科研数据类型和范围界定，以及生物医学科研数据的元数据标准等再次学科馆员要了解生物医学科研数据管理工具如创建数据计划的工具、获取数据的工具、分析挖掘数据的工具等，提供对科研数据的分析等数据增值服务科研数据管理服务能力将成为未来学科馆员的必备能力之一。．加强用户基于数据管理的信息素养教育除了提供科研数据存储和科研数据管理咨询对科研人员进行科研数据管理知识和技能方面的培训也是图书馆开展数据管理服务的重要项目之一医学图书馆学科馆员还需要向用户提供基于生物医学数据管理的信息素养教育服务信息素养教育内容包括信息意识、信息技能和信息安全。信息意识教育是让用户具备基本的生物医学科研数据管理的意识，了解政府和科研机构对生物医学科研数据管理的政策与要求以及提升用户分享生物医学科研数据的意愿；信息技能教育是培养用户在生物医学科研数据管理实践中所需的技能，如数据管理计划的制定，数据的获取、创建及存储等工具的使用，数据分析工具