HKL2000使用说明解读

HKL2000使用说明StructureDiffractionCrystalPhasing2023最新整理收集do

something启动HKL2000在终端窗口输入：

HKL2000

启动HKL2000软件选择数据收集地点配置文件选择实验数据收集地点的配置文件，上海光源BL17U1线站的配置文件是

SSRF-BL17U1-MX225选择数据所在路径选择“Data”选项卡调整“DirectoryTree”到数据所在目录，并选中路径的最后一个目录12点击该按钮将数据路径加入“NewRawDataDir”3建立并选择输出目录点击“CreateDirectory”，出现“CreateNewDirectory”对话框。1输入输出目录名称，比如“HKL2000”将新建的目录作为输出目录23选择数据点击“LoadDataSets”出现数据列表对话框如果只选择单张或少量数据先选中“ShowAllFiles”选中说要处理的数据123确认和更改数据参数a)HKL2000支持边收集边处理数据。HKL2000会将已收集的数据先处理之后暂停等待，一旦有新的数据出现，HKL2000会自动继续处理，以节约用户处理数据的时间。要想使用此功能只要将“NumberofFrames”设为计划收集的帧数即可。b)SSRFBL17U1目前在调整波长时单色器和MarCCD控制软件需要分别调整，否则会出现实际波长与记录波长不一致的情况，因此数据处理前要核对波长。c)通常κ角对数据收集没有影响，但如果使用MarCCD控制软件进行对中，在对中和收集数据的过程中κ角必须为0º，否则难以处理到理想结果。PeakSearch&Index点击“Peaksearch”1出现一个新的窗口，显示一张衍射图，红圈圈住的点就是HKL2000按一定规则找到的衍射点。2点击“Index”进行指标化3PeakSearch&Index点击“Index”后又会出现一个新的窗口。它的内容可以分为三栏：第一栏是14种布拉维晶格，按对称性从高到低排列；第二栏是个百分数，反映了晶胞参数与布拉维晶格之间的吻合程度，数值越低越好；第三栏是晶胞参数。绿色的选项是HKL2000认为较有可能是正确的解。一般来说，优先选择对称性最高的解。在本例中样品是鸡蛋清溶菌酶，正确的解自然是四方晶格。选好后点击“Apple&Close”。Refinement点击“ProffitR”切换预测的衍射点显示的范围。蓝、黄和红色的圆圈代表预测的衍射点的位置。蓝色代表FullReflection；黄色代表PartialReflection；红色代表Overlap。需要修正的参数衍射点和背景的大小和衍射点的形状晶胞参数、距离等χ2点击“Refine”开始修正Refinement点击“Intbox”在每个衍射点出现两个圆圈和一个方框。最内层的圆圈表示参与积分的衍射点范围，由SpotSize控制大小；最外层的方框表示背景，由BoxSize控制大小；两个圆圈的中间部分是过渡带，既不作为衍射点的部分也不作为背景，它的大小在“MoreOptions”中可以调整，但一般用默认值就可以了。Refinementχ2对于修正的结果有重要的指示意义，修正后一般应在1左右。但如果所有参数都正常χ2高至3~4也是有可能的。SigmaCutoff和SpotSize都对χ2有明显影响。减小SigmaCutoff和SpotSize，χ2也会随之减小。SpotSize可根据实际情况调整，但不能为了追求χ2=1过分减小SpotSize，否则即使χ2更接近于1，实际的数据质量也是变得更差。Integrate在Refinement完成后点击“Integrate”Integrate点击“Integrate”选项卡，进入积分界面，在这里可以监视积分的过程。Scale结果显示区输出文件名Scale的一些参数选择空间群点击“Scale”进入Scale选项卡1点击“ScaleSets”开始均一化2Scale点击“ShowLogFile”查看logfile2Logfile根据数据的实际情况，调整参数，可能要进行多轮Scale。3在结果显示区查看结果1Scale“Anomalous”和“ScaleAnomalous”是明显区别的：1)“ScaleAnomalous”适用于Redundancy较高的情况；2)在确有反常散射信号且选用“Anomalous”时，χ2不等于1，而是随着分辨率的提高逐渐降低，而“ScaleAnomalous”仍应为1StrategyHKL2000支持Strategy功能，能够帮助用户预测收集完整数据所需要的起点和终点。将鼠