分子生物学学习资料：07分子期末

07分子期末一．比较基因组、转录组、及蛋白质组的异同点，你认为基因组、转录组、蛋白质组的主要研究内容和终极目标是什么？提出假说来说明CAP-cAMP如何激活Lac基因的转录，并说明其中聚合酶alpha亚基的C末端在其中的作用。描述linkerscanning的实验过程。这个实验可以提供哪些信息?（判断）在araBAD操纵子的araO2和araI位点之间如果插入非整数倍的DNA螺旋（即10.5bp的整数倍）的序列仍然可以由AraC抑制转录；但如果插入整数倍的DNA螺旋的序列则这种抑制作用消失。二．1．假如你知道一个蛋白质的部分氨基酸序列，怎样克隆出该蛋白质的基因？2．什么证据可以证明CAP-cAMP结合到DNA上而使DNA弯曲？3．列出II类启动子的两种常见的上游元件.4.(判断)T7噬菌体编码一种新的sigma因子，从而完成从早期转录到晚期转录的转换。三．1．怎样分离已知DNA序列（核DNA或才DNA）的旁侧序列？2．TFIIF和RNA聚合酶II可以互相结合，但这两者都不能单独结合在前转录起始复合体上。描述一个可以证明以上结论的实验，并给出实验的结果。3．简述CAP激活麦芽糖调控子的作用模型。4。（判断）谷氨酸和天门冬氨酸的侧链易于与DNA骨架形成氢键。四．1．描述检测蛋白质与DNA相互作用的方法原理，并比较这些方法的异同点。2．色氨酸（trpattenuation）衰减作用是如何克服色氨酸缺乏的情况？3.在TATAbox中用dC取代dT，用dI取代dA，对于TFIID的结合没有影响。提出一个能说明这个事实的假说。4．（判断）氨基酸上的甲级和亚甲基基团趋向于和DNA形成氢键。五．1．RNA聚合酶各组分在转录中的作用？2．简要描述枯草杆菌细胞在形成孢子的过程中，其改变转录体系的机制。3．TBP具有怎样的外形？TBP于TATAbox的相互作用中它们的空间相互关系是怎样的？4．（判断）Lac启动子能在结合到CAP-cAMP复合体时弯曲90度。六．1．描述大肠杆菌在乳糖代谢中相关基因的转录调控。2．为什么说大肠杆菌Glu合成酶基因含有两个不同的启动子在调控上具有优势？3．图示在不含TATAbox的II类启动子中TBP（和其他因子）与启动子的结合模型？4。（判断）真核生物中RNA聚合酶I负责合成mRNA前体，RNA聚合酶II负责合成rRNA前体，聚合酶III负责合成tRNA和5SrRNA的合成。七．1。如何证明一个待研究的基因有两个不同的启动子，分别被两个sigma因子识别？一个基因含有两个不同的启动子有什么好处？2．给出一个模型说明N蛋白引起的抗终止作用在裂解生长的晚期过程中的作用涉及到哪些蛋白？3．图示TBP-TFIIA-TFIIB三聚体与DNA结合后的大概结构轮廓，并指出这些蛋白的相对位置，这一结构与三者的作用有什么联系？4．（判断）增强子和沉默子都是位置非依赖型和方向非依赖型的DNA元件，他们的活性也是组织非特异性的。八．1．噬菌体lamda使使宿主细胞进入解离循环的早早期/晚早期/晚期的转换机制是受反终止子调控的，N，Q在反终止过程中分别有什么作用？2．为什么蛋白寡聚体要比蛋白单体更能成功的结合DNA？3．列举典型的原核生物的螺旋转角螺旋（helix-turn-helix）与Zif268锌指结构域的一处相同和三处不同？4．（判断）TFIID转录因子（包括一个TATA-box结合蛋白TBP）和一些TBP相关因子(TAFIIs),人TBP的TATA-box结合结构域位于其N端的180个氨基酸。九．1。概括一个模型以说明lamda噬菌体浸染大肠杆菌细胞后，cI和cro基因对于建立溶原周期和裂解周期的竞争。2．我们如何知道I型聚合酶合成大的rRNA前体，II型聚合酶合成mRNA前体？描述一个简单的体外转录实验，以及书中所述的实验。3．为什么蛋白二聚体对比单体来说在结合DNA上更有效？为什么转录激活因子和DNA的亲和性非常重要？4．（判断）TFIIH的作用是连接TFIID和TFIIH/聚合酶II复合体.十．1．如何描述ＤＮＡ与蛋白质的相互作用？２．描述实验证明聚合酶III参与tRNA和５ｓRNA的合成，并给出实验结果。３．多增强子授予一个基因的优点有哪些？４．（判断）ＴＦＩＩＨ可以磷酸化ＲＮＡ聚合酶ＩＩ最大亚基的ＣＴＤ。另外，ＴＦＩＩＨ还有ＤＮＡ解旋的活性。十一。举例说明是什么使得原核生物细胞中发生的特异性ＤＮＡ与蛋白质的相互作用如此特异？描述如何用表位标签的方法（epitopetagging）从酵母中一步纯化ＲＮＡ聚合酶ＩＩ。绝缘子有什么作用？（判断）转录激活子的ＤＢ（DNAbindingdomain）与ＡＤ(activitydomain)的作用是相互独立的。十二。就转录装置而言，原核生物和真核生物之间有什么不同？有什么证据表明，真核生物ｒＲＮＡ聚合酶ＩＩ中最大的三个亚基分别与原核生物ＲＮＡ聚合酶的β’,β,和α亚基同源。图示并描述ＣＢＰ的活化因子在这种情况下作为中介子：去磷酸化的ＣＲＥＢ。（判断）剪接在剪接体内进行，酵母和哺乳动物的剪接体分别是一个沉降系数约为６０Ｓ和４０Ｓ的颗粒。十三。画出一个真核生物ＩＩ类启动子的示意图，并显示它可能有的所有种类的元件。哪些类型的基因有TATAbox序列，哪些类型的基因没有？图示并描述ＣＢＰ的活化在这种情况下作为中介子：核受体．（判断）U1snRNP最初与５｀剪接位点结合，U2与分支点序列结合，然后３个snRNP即U4,U5,U6才能结合上去。十四。如何证明一个候选蛋白确实是一个转录激活因子？将TATAbox从一个第二类启动子移走的两个最可能的结果是什么？画出第一组内含子自剪接的步骤图。（判断）Tetrabymena26SrRNA前体的一个内含子属于ＩＩ类内含子，能够在体外被剪切，且不需要其他蛋白质因子的参与。十五。