黑龙江部分地区野鸟新城疫病毒分子流行病学调查及代表株全基因组序列分析的开题报告

黑龙江部分地区野鸟新城疫病毒分子流行病学调查及代表株全基因组序列分析的开题报告【选题背景】鸟类病毒性疾病是鸟类养殖业的重要制约因素之一，也是鸟类野生种群健康的威胁。其中，新城疫病毒(NewcastleDiseaseVirus，NDV)是一种重要的禽类病毒性疾病。NDV属于基因单一、膜蛋白糖基化、带有柠檬酸和硫辛酸去羧酶的RNA病毒，属小亚目轮状病毒科，与流感病毒类型A相似。经常感染鸟类，导致高发，高病死率和重大经济损失。我国北方地区农业以畜牧业为主，其中养殖业是当地饲料工业的关键驱动因素。但是，由于自然条件和人类活动的影响，NDV感染的范围和数量也在不断增加。因此，从流行病学角度研究NDV在当地种群中的分布情况及其对当地经济的影响至关重要。【选题意义】近年来，NDV在我国黑龙江部分地区的野鸟中的感染率和病死率明显上升，给当地鸟类养殖业和野生鸟类种群带来了严重的威胁。然而，目前关于NDV在黑龙江野鸟中的流行情况及其相关流行病学机制的研究相对较少。因此，本研究旨在通过代表株全基因组序列肽链分析和野鸟新城疫病毒分子流行病学调查结合，全面了解NDV在当地野鸟种群中的分布情况、感染机制及其对当地经济的影响，为黑龙江地区野鸟NDV疫情的预防和控制提供科学依据。【预期目标】1.采集黑龙江部分地区野鸟样本，对NDV感染情况进行流行病学调查，包括对NDV分布、感染率、病死率等因素的分析和控制措施的建议；2.对NDV分离株进行全基因组分析和比对，分析毒株取源于野鸟种群还是人工饲养禽类；3.比较分析不同年份和地区NDV株间的遗传差异，探讨其可能的毒性和毒力变异因素；4.研究NDV的受体、宿主与感染机制，为NDV快速检测、防治提供科学依据。【研究方法】1.样品采集我们将对黑龙江部分地区野鸟样本进行采集，其中包括新城疫病毒感染的和未感染的鸟类样本，共计约100份。所有样本将通过鹫鹰或其它抓鸟器抓捕，标本标准化后送至实验室进行处理和分析。2.流行病学调查通过对野生鸟类中NDV的感染率、传播途径、病死率等指标进行分析，探讨NDV在当地野生鸟类中的流行情况、种群分布和传播特征。3.代表株全基因组测序将感染NDV的野鸟样本陈列稀释，并通过RT-PCR方法分离出NDV分离株。分离出的RNA样本将通过外部引物PCR扩增，然后采用IlluminaMiseq高通量测序技术对其全基因组进行测序和分析。4.生物信息学和分子进化分析通过对NDV全基因组的序列比对、序列同源性分析和生物信息学预测等技术，深入研究NDV在黑龙江野鸟中的流行病学机制和遗传变异情况，为掌握控制策略提供科学依据。【研究预算】本研究的预算将包括实验材料费用、实验室设备折旧费用、研究人员工资和差旅费用。预计总费用为40万元，其中实验材料费用占70%、实验室设备折旧费用占20%、研究人员工资和差旅费用占10%。【研究时间计划】本研究预计在三年内完成，具体的时间安排如下：第一年：研究计划制定、采样和全基因组测序，以及全基因组序列分析和提交。第二年：分子进化分析、生物信息学分析和实验数据统计和分析。第三年：论文撰写、研究成果汇报和宣传推广。【研究团队】本研究团队由黑龙江省畜牧水产科学研究所和东北农