生物医学文献检索第一章

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医学信息检索医学信息检索教研室医学信息管理系信息检索需要解决的问题……如何从信息的海洋中获取我需要的知识?我们被信息的海洋包围着,但是确被知识饿死了!信息社会信息资源日益庞大出版速度加快据国外报导，2006年全世界出版科技文献2000印张/秒4-5种新书/小时新增3种刊物/小时载体形式多样化网络信息的大量涌现这门课的目的(Purpose)是:01面对日益增长的信息资源，如何通过一种有效的方法，以最少的时间与精力来获取自己所要的信息02─这就是信息检索所要解决的问题03培养自学能力培养信息素养进行知识更新进行循证医学实践培养科研能力和创新能力学会了信息检索有什么好处？据美国科学基金会统计，一个科研人员花费在查找和消化科技资料上的时间需占全部科研时间的51%，计划思考占8%，实验研究占32%，书面总结占9%。由上述统计数字可以看出，科研人员花费在科技出版物上的时间为全部科研时间的60%。---美国科学基金会NSF(NationalScienceFoundation)123文献资源在科研工作中的时间比重一个科研人员的时间分配表查资料51%写报告9%实验研究32%计划思考8%信息检索课是科学技术迅速发展的现代信息社会应运而生的产物0101020304是一门专门研究如何获取所需医学知识的科学方法课涉及医学、情报学、文献学、计算机、网络等多学科知识目的在于培养和提高学生的信息素养能力，科研能力及创新能力020304课程介绍21世纪，与信息素养能力培养结合90年代，转变为“信息检索与利用课”并引入现代信息技术如网络我校从1986年开始研究生教学（1984年4月，国家教育部（84）教高一司字004号文件）80年代以后，我国开始在高等学校开始普及20世纪60-70年代，发达国家开设课程的发展过程掌握文献和信息检索的基础知识掌握计算机检索的基本技能具有有效利用信息技术的素质有较高的信息意识和信息能力基本要求信息素养概念是从图书馆检索技能演变而来。美国将图书馆检索技能和计算机技能结合成为一种综合的能力、素质，即信息素养。1989年，美国图书馆协会下属的"信息素养总统委员会"在其研究的终结报告中给信息素养下了这样一个定义"要成为一个有信息素养的人，就必须能够确定何时需要信息，并具有检索、评价和有效使用信息的能力。什么是信息素养01确定所需信息的范围02有效地获取所需的信息03鉴别信息及其来源、将检出的信息融入自己的知识基础04有效地利用信息去完成一个具体的任务05了解利用信息所涉及的经济、法律和社会问题，合理、合法地获取和利用信息信息素养培养目标信息检索基础理论01计算机信息检索基础02网络信息检索03常用医学数据库04检索引擎、医学网站05网络全文数据库06循证医学信息检索07学习内容（30学时）使用教材杨克虎

人民卫生出版社郭继军

人民卫生出版社第一章绪论（基础理论）第一节重要概念第二节信息类型第三节信息检索知识第四节计算机检索技术信息（information)反映事物本质特征的一切外在表现统称为信息。如物质存在方式及其运动规律特点等普遍性、差异性、特征性可传递性、可存储性第一节信息及其相关概念生物信息自然信息机器信息社会信息二、知识（knowledge）

知识是人们通过信息对自然界，人类社会以及思维活动规律的认识与掌握，是人脑通过思维重新组合的系统化信息的集合。信息→知识人们利用获取的知识创造新信息。知识→信息经济合作与发展组织(OECD)，按内容分：

Know-what（指记载事实的数据）

Know-why（指记载自然和社会的原理与规律方面的理论）

Know-how（指某类工作的实际技巧和经验）

Know-who（指谁知道是什么，谁知道为什么和谁知道怎么做的信息）

01020304解决特定问题所需要的知识或信息传递性：动态接受与利用知识性：情报来源于知识，任何情报都具有一定的知识性效用性：启迪思维、增进见识、改变知识结构、提高认识能力，发挥实用的、社会的、经济的价值。05情报（Information）四、文献(Literature,Document)记录已有知识的一切载体载体是知识的外在表现形式文献记录的知识形式可以是文字、图像、符号、声频、视频等医学文献的现状与特点文献数量激增医学期刊：17世纪——10种20世纪初——1600种20世纪末——21000种医学文献：21世纪2百万/年文种繁多MEDLINE(43种文字）发表分散老化加快医学文献信息的作用记录、保存、传递医学信息科研和临床实践借鉴、交流的重要载体评价科研水平与成果的主要依据推动促进科研发展的资源动力主要体现在信息意识、信息能力和信息道德三个方面。有效地定位、获取、评价和利用信息的一系列能力的总和信息观念，是人们对信息需求的自觉反映。包括对信息的捕捉、分析、判断和吸收的敏感性、主动性和积极性六、信息素养五、信息意识

信息←→知识→情报

知识情报信息文献信息与文献、情报的关系文献第二节.信息资源类型按出版类型网络信息资源按载体形式按使用级别一、按载体类型印刷型缩微型视听型机读型纸张-图书、期刊、专利文献等感光材料-缩微胶片、平片、胶卷磁带等-录音带、录像带、电影胶片磁、光盘-电子期刊、图书、数据库印刷型文献纸张阅读方便存储密度低不易保存缩微型文献胶片、平片存储密度较高易复制不宜阅读视听型文献磁带、录像带载体特点形象、直观机读型文献硬盘、光盘存储密度高、可控性好、形象、易复制、易交流…文献类型不方便磁盘（MagneticDisc）01光盘(CD;CompactDisc)02网络(network)资源03网络检索工具：搜索引擎、网络目录等04电子出版物：电子图书、电子期刊05专业网站：以提供专业信息为主的站点06网络数据库：>1万种，内容涉及不同领域和专业07机读（电子型）文献文本型txtdocpdf01超文本/多媒体型htmlxhtmljpg02流媒体型vod视频点播03机读文献类型按出版类型图书期刊特种文献其它文献资料出版物的总称，信息全面、密度高，一般图书馆不做重点收藏版物,是学习和参考的主要信息源InternationalStandardBookNumber内容比较成熟、系统、可靠的出01期出版物。所含信息量大、新颖，是科研工作主要信息源(ISSN)有固定名称和连续卷号、期号的定02文献出版类型电子图书电子期刊三、按使用级别三次文献零次文献原始创作：记录科研活动，报道新技术、新发明、新见解的文献一次文献书目文献：收集整理一次文献而形成的索引、目录、摘要等高级信息产物：综合分析研究大量一次文献，浓缩提炼而成的文献未经记录、未形成文字材料的非文献型情报信息二次文献03如期刊论文、学位论文、科研报告、专利文献、会议文献等02是指原始的创造，首次记录科研成果，包括新技术，新知识，新发明，新见解等01原始学术信息一次文献(原始信息类）记录内容包括书名、期刊名、文献中的题名、著者、以及主题、原文的出处（刊登的期刊名称、年、卷期页、网址等）01是按一定规律和方法编制成的查找原始文献的检索工具。如目录、索引、文摘等02OPAC(联机公共目录检索系统)、CBMDisc(中国生物医学文献光盘数据库）等03二次文献CBMDisc题录格式1标题：红细胞葡萄糖6磷酸脱氢酶缺陷与糖尿病关系的研究2著者：朱易萍;陶元；陈莉农3出处：四川医学1996.06.15;17(3):152-1544书目文献数据库三次文献在阅读一次文献的基础上，分析综合归纳信息后，组织形成具有资料性、查考性、阅读性的文献。如教科书、综述、百科全书、事实性数据库等综述(Survey,Review)是指综合分析和描述一定时间范围内，某一学科或专业科研发展、现状、并预测未来的一类文献。“通过计算机网络可以利用的各种信息资源的总和”网络中存在着大量的生物学和医药学信息资源，它连接着世界上许多著名的医学研究机构、医科大学和医院,成为一个集生物医学信息资源为一体的数据资源网在数量、结构、分布和传播的范围、载体形态、内涵和传递手段等方面都显示出了新的特点四、网络信息资源010203040506网络搜索引擎：Google,Medscape联机馆藏目录：OPAC（联机公共目录检索系统）数据库资源：CBM,cnki,Medline,PubMed电子出版物:电子期刊，电子图书参考工具：牛津大词典，网际金典网络动态信息：E-Mail,BBS,NewsGroup网络资源类型网络资源特点数量巨大，增长迅速内容丰富，形式多样时效性强，变化迅速交互性好，可以共享分布广泛,无序化信息冗余,缺乏管理商业性强,多数收费第三节信息检索知识第一部分检索原理1.第二部分检索语言2.3.4.第四部分检索途径与检索标识第三部分检索工具第五部分检索步骤5.第六部分检索效率6.01信息检索（informationretrieval）是指将信息按一定的方式组织存储起来，并根据信息用户的需要找出相关信息的过程02信息检索是由信息的存储和信息的查寻两个不可分割的过程所组成一、检索原理一、检索原理大量信息信息存贮信息检索信息特征存贮标识不同索引分析检索转化分析排序转化选择途径检索标识提问标识检索需求检索工具检索语言检索工具关键：检索标识与存贮标识相一致匹配二、检索语言用以描述文献信息特征，表达检索需求的一种专门的人工语言，是联系信息生产者、管理者与使用者之间的桥梁。2017规范性012018非规范性：标题、关键词022019规范性：分类、叙词（主题词）032020描述信息特征042021外部特征：标题、著者、序号、引文052022内部特征：分类、主题、代码（分子式）06检索语言的种类检索语言的类型外部特征的检索语言以文献著者姓名字顺为标识的检索语言。著者包括译者、编者、文摘人、专利权人、学会和机关团体名、学术会议名等。著者索引题名索引文献序号索引引文索引外部特征的检索语言logo著者索引题名索引文献序号索引引文索引以文献发表时的题目（篇名）、刊名或书名字顺为标识的检索语言。包括书名目录（索引）、刊名目录（索引）、篇名索引等。外部特征的检索语言以文献所特有的序号为检索标识的检索语言。专利号索引、科技报告序号索引、技术标准号、国际标准书号（ISSN)索引等。著者索引题名索引文献序号索引引文索引外部特征的检索语言以文献所附注的参考文献为检索标识的检索语言。利用文献的引用和被引用关系建立起来的文献检索系统称为引文索引。参考文献指著者在文献末尾附加的用来表明论据或数据来源出处的文献资料。著者索引题名索引文献序号索引引文索引内部特征的检索语言分类检索语言主题检索语言以分类号和类目名称作为标识符号，按学科、专业集中文献。典型代表：《中图法》以名词术语为标识符号，从主题概念的角度来集中文献。典型代表：《MeSH》是我国目前统一使用的分类法壹贰其分类号由字母与数字组成叁共分为22个大类肆R类为医药卫生类，共有17个二级类目伍按概念间的隶属关系进行排列中国图书分类法（中图法）

R医药、卫生

R1预防医学、卫生学

R2中国医学

R3基础医学

R4临床医学

R5内科学

R6外科学

R71妇产科学

R72儿科学

R73肿瘤学

R74神经病与精神病学

R75皮肤病学与性病学

R76耳鼻咽喉科学

R77眼科学

R78口腔科学

R79外国民族医学

R8特种医学

R9药学01R73肿瘤学02R733造血器及淋巴系肿瘤03R733.1网状内皮系统肿瘤04R733.2脾脏肿瘤05R733.3骨髓肿瘤06R733.4淋巴结肿瘤07R733.7白血病08R733.71急性白血病09R733.72慢性白血病10R733.73其他类型白血病按学科、专业集中文献，从知识分类的角度揭示不同文献在内容上的区别和联系体系分类语言（学科分类语言）美国医学主题词表（MeSH)树状结构表（TreeStructure）以分类号为标识符号中国图书分类法12345分类语言主题检索语言：主题词:能表达文献的实质内容，经过规范化处理的名词术语。关键词：能表达文献主要内容的词汇或术语，未经过规范化处理。关键词与主题词的关系：关键词(自由词)：cancer,tumor,neoplasm用《医学主题词表》进行规范化处理主题词neoplasm医学主题词表—MeSH01（MedicalSubjectHeadings）02美国NLM出版，相当于一部医学检索词典，用于指导医学检索工具的主题标引和检索，是规范标引用词和检索用词的工具。03目前，MeSH使用的主题词约22000个，副主题词83个。04直接揭示文献的内容特征按照字顺编排，检索方便文献集中表达新概念主题语言的特点01借助自然语言的形式,以反映特定事物为中心,以名词术语为标识符号,以主题字顺体系为基础的检索语言02又分为：03叙词（主题词）语言04关键词语言05篇名词语言主题语言主题语言的特点直接揭示文献的内容特征按照字顺编排，检索方便文献集中表达新概念叙词语言最具代表性叙词（主题词）的特点：词语与概念唯一对应可组配副主题词增加专指性采用参照系统揭示词间关系有主题词分类索引（TreeStructure)内容与规则构成一部主题词表（MeSH）医学主题词表（MeSH）前言/介绍（包括副主题词表、主题词变更表） 主题词字顺表(包括主题词,副主题词,常用非主题词）树状结构表(分类表，分16个大类）

AAnatomy解剖学

BOrganisms生物体

CDiseases疾病

DChemicals&Drugs化学物质与药物

EAnalytical……诊断治疗技术与设备

FPsychiatry……精神病与心理学

……作用规范主题词

结构16个主要类目疾病主要类目HemicandImmume..(NonMeSH)A15BloodA15.145BloodCellsBloodPlateletsErythrocytes3ErythrocytesMembraneErythrocytes,AbnormalLeukocytes

Leukocytes,Mononuclear5LymphocytesKillerCellsB-LymphocytesT-Lymphocytes

CD4-PositiveT-Lym…CD8-PositiveT-ym….

CD4阳性T淋巴细胞→

CD4-PositiveLymphocytes检索工具的特点收录内容的有限性报道信息的时滞性标引深度的有限性检索工具的作用存储作用检索作用报道作用检索工具的要求收录全面，标引准确，检索途径多，更新迅速，下载方便三、检索工具02印刷型：说明、正文、辅助索引、附录电子型：文档、记录、字段检索工具的结构01印刷型：目录、索引、文摘电子型：书目型、事实型、全文型、多媒体型检索工具的类型三、检索工具01书目型检索工具一般只提供文献的题录，如文献的篇名、著者、原文登载的期刊刊名及其卷、期、页和文摘。02印刷型：中目(医药卫生)、IM、EM、BA,SCI03光盘数据库：CBM,Medline,IPA(国际药学文摘)04网络数据库：PubMed，BIOSISPreviewsNSTL数据库,CNKI数据库，维普（VIP）数据库，万方数据库常用工具-书目型检索工具中国学术期刊库（CNKI清华同方公司）01中国科技期刊库(重庆维普公司）02万方全文数据库（万方资讯）03OvidJournalFulltext(美)04SpringerLink(德)05ScienceDirect(荷兰)06Freemedicaljournals(法)07HighwirePress(美)08常用工具-全文型检索工具四、检索途径与检索标识篇名途径：以文献篇名中的名词术语为检索点主题途径：以规范化的主题词为检索点分类途径：以学科分类号或类目名称为检索点关键词途径：以文献的关键词为检索点著者途径：以著者姓名或机构名称为检索点引文途径：以被引文献为检索点。著者地址：以著者地址或机构名称为检索点刊名途径：以期刊全称或简称中的词汇为检索点序号途径：以文献的各种代码为检索点，专利号、ISSN号、化学物质登记号等其他检索途径：如：分子式、药物名称五、检索步骤分析拟检课题，明确检索要求选择检索工具，确定检索方法确定检索途径和检索标识构建检索策略修正检索策略获取原始文献查本馆馆藏目录（期刊目录、图书目录），找原文复印---通过图书馆期刊部或流通部01查本校订购的全文数据库，---登录校园网或到电子阅览室下载02通过图书馆原文订购服务（NSTL）---到图书馆信息研发部联系03与作者本人或出版社联系04获取原始文献的方法（由近及远）根据原文出处---期刊、图书、学位论文等影响因素：检索效率：评价指标：检索结果的有效程度，是对检索结果好坏的评价查全率=[检出相关文献量/相关文献总量]*100%查准率=[检出相关文献量/检出文献总量]*100%检索策略制定、检索系统和工具、检索途径和标识、检索技能等六.检索效率第四节计算机检索基础概论计算机检索类型计算机检索技术一计算机信息检索概论计算机检索的概念计算机检索的特点计算机信息检索系统的构成计算机检索类型计算机检索就是将大量的文献资料或数据进行加工整理，按一定格式存贮在机读载体上，建成机读数据库，利用计算机对机读型数据库进行检索的信息检索方式。

对于信息用户来讲，计算机检索也就是利用电子计算机对机读型的数据库进行检索。计算机信息检索概念122、计算机检索的特点检索速度快：检索途径多：更新快：资源共享：检索更方便灵活：检索结果可以直接输出计算机信息检索系统构成硬件设备软件系统信息资源计算机信息检索类型01（60-70年代）国际联机信息检索02（80年代中）光盘信息检索03（90年代）网络信息检索国际联机检索国际联机检索是指用户利用计算机终端设备，通过国际（卫星）通讯网络，与世界上任何国家的大型计算机检索系统的主机联结，从而检索世界各国存储在计算机数据库中的信息资料。通过INTERNET实现国际联机检索（2）光盘与光盘检索系统光盘：即高密度光盘(CompactDisc)是近代发展起来不同于磁性载体的光学存储介质，用聚焦的氢离子激光束处理记录介质的方法存储和再生信息，又称激光光盘。光盘检索系统：即利用光盘驱动器和光盘数据库及其检索软件，结合计算机建立起来的信息检索系统。只读式光盘（CompactDisc-ReadOnlyMemory,CD-ROM）信息一旦录入，用户无法改变盘片上的内容，也无法录入自己的信息。01写读光盘（WriteOnceReadMemory，WORM）不仅可以读出已录入的信息，而且可在空白的盘片空间追加录入新的信息。02可擦写光盘（OpticalRandomAccessMemory,ORAM）可以删除、改写已录入的信息，也可以在盘片空间允许的情况下录入新的信息。03光盘的种类光盘信息检索的特点中国生物医学文献数据库（CBM）01中文生物医学期刊数据库（CMCC）02IPA（国际药学文摘库）03MEDLINE（医学文献联机数据库）04EMBASE（荷兰医学文摘数据库）05CAonCD（美国化学文摘数据库）06常用的光盘数据库（3）网络信息检索网络信息检索是使用计算机网络系统检索网上资源的信息检索方式由计算机处理的一定数量同类信息的有序集合。1文献数据库是一定专业范围内的信息记录及其索引的集合体，由大量的文献记录构成，是检索的对象。3数据库中的信息为文献信息，称为文献数据库。2概念二、计算机检索数据库文献数据库由文档构成，文档由记录构成，记录由字段构成。记录（record）是数据库的信息单元，每条记录描述了一个原始信息的外部特征和内部特征。一条记录代表一篇文献。字段（field）是比记录更小的单位，是组成记录的数据项目。反映一篇文献的具体特征.数据库文档1文档2文档3文档4记录1记录2记录3结构字段1字段2字段3①书目数据库（bibliographicdatabase）②数值数据库（numericdatabase）③全文数据库（fulltextdatabase）④事实数据库（factdatabase）⑤超文本型数据库（hypertextdatabase）二、计算机信息检索数据库类型自由词（Text，KeyWord）1主题词（SubjectHeadings,D