生物信息学表达序列标签省公开课一等奖全国示范课微课金奖课件

第6章表示序列标签

ExpressedSequenceTags(EST)1/21一、表示序列与表示序列标签什么是表示序列?

基因组表示为mRNA序列2/21中心法则3/21EST取得技术路线克隆区域5‘测序位置3’测序位置4/21表示序列标签

（expressedsequencetag,EST）

从已建好cDNA库中随机取出一个克隆，从5′末端或3′末端对插入cDNA片段进行一轮单向自动测序，所取得约60-500bp一段cDNA序列。一、表示序列标签5/21二、EST数据分析方法随机挑取克隆进行5′或3′端测序序列前处理聚类和拼接基因注释及功效分类后续分析6/21去除低质量序列（如使用Phred）应用BLAST、RepeatMasker或Crossmatch屏蔽数据组中不属于表示基因赝象序列(artifactualsequences)

●

载体序列(/repository/vector)

●重复序列(RepBase，)

●污染序列(如核糖体RNA、细菌或其它物种基因组DNA等)去除其中嵌合克隆（一）序列前处理7/21EST数据预处理流程8/21聚类目标：未来自同一个基因或同一个转录本含有重合部分(over-lapping)ESTs整合至单一簇(cluster)中聚类作用：

●产生较长一致性序列(contigs)，用于注释●降低数据冗余，纠正错误数据。●能够用于检测选择性剪切。（二）ESTs聚类9/21（三）序列注释和分析序列注释后续分析10/21三、EST用途基因识别基因表示谱构建发觉新基因SNP（singlenucleotidepolymorphism）发觉

电子PCR克隆11/21(一)ESTs与基因识别在同一物种中搜寻基因家族新组员(paralogs)在不一样物种间搜寻功效相同基因(orthologs)已知基因不一样剪切模式搜寻使用适当比对参数，大于90％已经注释基因都能在EST库中检测到。12/21(二)ESTs与基因表示谱构建表示量比较分析：不一样组织或发育阶段基因表示量比较EST起源于不一样组织，那么就能够对不一样起源基因表示进行比较13/21(三)ESTs与新基因预测因为EST起源于cDNA，所以每一条EST均代表了文库建立时所采样品特定发育时期和生理状态下一个基因部分序列。14/21(四)ESTs与SNP位点预测来自不一样个体冗余ESTs可用于发觉基因组中转录区域存在SNPs。应注意区分真正SNPs和因为测序错误而引发本身不存在SNPs。处理这一问题能够经过：●提升ESTs分析准确性。●对所发觉SNPs进行试验验证。15/21

（五）电子PCR克隆电子PCR克隆，指利用已经有片段进行全长基因序列分析。535316/21四、EST数据不足ESTs很短，没有给出完整表示序列；低丰度表示基因不易取得;因为只是一轮测序结果，犯错率达2%～5%；有时有载体序列和核外mRNA起源cDNA污染或是基因组DNA污染；有时出现镶嵌克隆；序列冗余，造成所需要处理数据量很大。17/21五、惯用EST数据库数据库名称网址说明dbEST/dbEST/综合UniGene/unigene综合GeneIndices/tgi/综合18/21（一）dbEST（databaseofEST）

Genbank一部分63,236,621条数据（1016）描述：向dbEST提交数据按格式编辑数据