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文档简介
实
验
手
册
华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室
细胞工程分室柑桔课题组
二OO二年七月•武汉
录
翩B1
因缴招B2
1、培养基母液的配制3
2、柑桔胚性愈伤组织的诱导5
3、柑桔原生质体操作6
4、柑桔胚性愈伤组织和茎尖的超低温保存11
5、微嫁接13
6、花粉的制备和保存13
更钾丝初^14
1、DNA提取和检测15
2、SouthernbIotting19
3、NorthernbIotting27
4、AFLP标记30
5、SSR操作步骤36
6、ISSR操作步骤37
7、根癌农杆菌介导柑橘愈伤组织遗传转化38
8、PCR产物的TA克隆41
9、植物RNA的分离和纯化(异硫氨酸胭法)47
10、GISH分析49
假圉何O51
1、色彩色差计CR-300的使用流程及注意事项52
2、细胞流式仪(PA)操作规程55
Wecomehereforthecommoninterest.Everyyearweputourheartintotheresearch
soastofindsomething.Butforabeginneritisofgreatdifficultyforhimtoinitiatethefirst
step.Muchtimeshouldbespentontheprotocolreading,documentretrievalandmethod
optimization.Inorderto,tosomedegreeifnotcompletely,avoidthistedious,
time-consumingandbafflingperiodthestudentsintheCitrusResearchGroupofCell
EngineeringDivisionofNationalKeyLaboratoryofCropGeneticImprovement,Huazhong
AgriculturalUniversity,comeupwiththeideaofsummarizingtheirresearchprotocolsand
ideas,whichiswhatyouwillseenow.Ithinkthiswillbeofgreathelpforthosewhowant
todothesimilarworkshownherein.Thoughyoucanseetheprotocolsinotherreferences
youcannotgeteverydetailfortheexperimentbecausetheintroductionthereisverysketchy.
Onthecontraryyoucanseethedetailsfromthestudents9personalgeneralizationinthis
manual.Thepresentmanualcoversmanyhorizonsofbiologicalsciences,rangingfromtissue
culturetomolecularmarkersthatarestate-of-the-arttopicsforthetimebeing.Inaddition
someintroductionofmachineoperationsareincludedsothatthosewhowanttousethe
instrumentcanbenefitfromthismanual.
ThanksshouldbeextendedtoProf.XiuxinDengforhiskindofferofthefinancial
supportforthesmoothpublicationofthismanual.Inthemeantimegratitudeshouldbegiven
toallofthepostgraduatestudentswhohavebeenworking,areworkinghere.Withouttheir
hardworkwewouldnothavebeenabletogetaverythroughsummaryofthework.
第一部分
1、培养基母液的配制
一.大量元素(10倍液):称取下列药品分别溶解定容到1升后,加到5升存储瓶中。
KNO395g
NH4NO382.5g
KH2P。48.5g
MgSO4*7H2O18.5g
CaCb・2H2。22.0g
注意事项:
1配置母液前要仔细清洗存储容器
2.应按照顺序分别彻底溶解后混合,每加完一种药品,摇动存储瓶使其混合均匀;
3.溶解时最好加热,以便充分溶解,避免沉淀的产生;
4.夏季要用新制的蒸储水,并加热,这样可以避免因为水中带菌量过大而产生沉淀,
同时可以减缓绿藻的生成;
5.沉淀的产生一是由于溶解不充分就混合造成的(浑浊型沉淀),所以配置时一定不
要急;二是由于长菌而产生絮状沉淀,所以要用新制的蒸储水并加热。
二.微量元素母液的配制(100倍):取少量(200-300ml)温水依次加入下列药品,每加一种
药品后搅拌溶解,最后定容到1L:
KI0.083g
H3BO30.62g
ZnSO4*7H2O0.86g
NaMoO4*2H2O0.025g
CUSO4*5H2O0.0025g
COC12*6H2O0.0025g
MnSO4*4H2O2.23g(MnSO4*H2O1.69g)
注意:配好后在室温下放置10h以上再放入冰箱保存,即刻放入冰箱易产生结晶沉
淀。配制过程中产生沉淀的原因有:1.前一个没彻底溶解就加入了后一个药品;2.蒸
储水pH值过高,可加几滴盐酸校正。
三.甘氨酸和肌醇的配制(100倍):
甘氨酸:0.2g溶解定容到一升;肌醇:10g溶解定容到一升。
四.铁盐的配制(100倍):
称取EDTA3.73g,FeSO4-7H2O2.78g,分别溶解后混合定容到1L,放入棕色细口瓶
中,室温放置10h以上(防止结晶沉淀),然后放入4℃冰箱。
五.维生素B的配制(100倍):
改良MT:VBi(盐酸硫氨素)1g,MS:10mg
VB6(盐酸毗哆素)1g,50mg
VB5(烟酸)0.5g,50mg
分别称取顺序溶解在温热的蒸储水中,定容到1升。
注:需要溶解完一个再加另一个。VB5不易溶解,需要搅拌,必要时可以加热。
六.Vc的配制:
称取VcO.5g溶解在蒸储水中,定容到1升即可。
七淇它
BA,NAA,IBA,GA3等激素类试剂可先用少量INNaOH彻底溶解,再加水定容。配
好后在室温放置一段时间,再放入冰箱中冷藏保存。有些试剂在乙醇或盐酸中也可溶解,
但比较而言,用碱溶解比较稳定,不易产生沉淀。
注意:母液最好不要配制太多,如果配制的量较大,短时间内用不完,最好分装一
部分到小的细口瓶中,在做培养基时使用。这样不容易产生沉淀。
2、柑桔胚性愈伤组织的诱导
1幼嫩胚珠诱导愈伤组织培养基
(1)MT+ME(500mg/L)
(2)MT+BA10mg/L
(3)MT+IAA(O.lmg/L)+KT(O.5mg/L)
2.成熟果实未发育胚珠诱导愈伤组织培养基
(1)GA3(lmg/L)+SAD(40mg/L)+MT
(2)2,4-D(O.Olmg/L)+BA(0.1mg/L)+MT
附成熟果实未发育胚珠的灭菌及培养方法:
取成熟果实,将果实剖开,去掉果肉,可发现囊衣内紧靠中柱处有许多未发育的小
胚珠,长约L5-2.5mm。用小镶子将这些未发育胚珠轻轻挑下,放入一培养皿中,培养
皿中预先放入一张滤纸,以预防小胚珠干燥失水,取无菌滤纸一张,漏斗一支,将滤纸
放入漏斗中,而后将已取出的小胚珠放入其中,再将3%次氯酸钠倒入漏斗进行消毒,
消毒15分钟后,用无菌水进行冲洗3-5次,每次10分钟,然后将滤纸及小胚珠取出接
种于诱导培养基中,进行暗培养。1-2个月后即可看到有胚状体的形成,有的从胚状体
上直接形成愈伤组织,有的胚状体继续发育形成小植株,部分胚状体会产生次生胚状体,
将这些胚状体在MT+AgNO35mg/L培养基上进行暗培养,有利于愈伤的形成。
3、柑桔原生质体操作
一、材料的准备
1.胚性悬浮系的建立:从固体培养基上取继代20天左右生长旺盛的愈伤组织于MT+ME0.5g
/L+谷氨酰胺L5g/L+蔗糖40g/L的液体培养基中(每瓶50ml),100转振荡培养,每两周继代一
次,3代后用于分离原生质体。
2.无菌苗的获得:柑桔种子无菌条件下播种于MT培养基上,20-30天后叶片充分展开后用于
分离原生质体。
二、原年质体的分离
1.悬浮系原生质体的分离:用吸管吸取1g左右的继代6-10天的悬浮培养物于15x60mm的
培养皿中,吸干培养基,加入L5mlO.7EME和1.5ml酶混合液,轻轻摇匀,封口膜封口,置于摇
床上(20-30转)或静置,28℃暗条件下酶解16-24小时。
2.叶肉原生质体的分离:1.5mlO.6EME加入一15x60mm的培养皿中,在此培养皿用解剖刀
将叶片切成0.05-0.1cm的细条,后加入1.5ml酶混合液,轻轻摇匀,封口膜封口,置于摇床上(20-30
转)或静置,28℃暗条件下酶解16-24小时。
三、原生质体的纯化:
1.酶解后的原年质体经孔径为4511m的不锈刚网去掉渣质,CPW13洗涤以收集大量原生质
体,滤液在10ml离心管中离心(100转)10分钟,使原生质体沉于管底。
2.沉淀物用3mlCPW25悬浮,在其上轻轻加入1mlCPW13,100转离心2-6分钟,原生质
体在两液面间形成一条带,其它杂质及少量原生质体沉于管底。(注:如果此种情况下无法形成界面,
则原生质体沉淀物用CPW13悬浮)
3.将原生质体轻轻吸出,置于另一离心管中,用电融合液离心洗涤6-8分钟,去掉上清液,用
电融合液悬浮至5-10x105个/ml备用。(用血球计数板调密度,一个大方格中原生质体数X10000
即是原生质体密度)
四、原生质体活性检查
FDA用丙酮配制成5mg/ml的浓度。按25ulFDA/ml原生质体的比例加入FDA,5分钟后
在万能显微镜下检查原生质体活性(暗视野下发荧光原生质体数/明视野下原生质体总数)。
注:叶肉原生质体发红色荧光,而悬浮原生质体发黄色荧光。
五、原生质体融合
一)PEG法
1.将悬浮好的双亲原生质体等体积混合
2.用吸管滴2滴混合好的原生质体于15x60cm塑料培养皿中央,立即加入40%的PEG2滴
诱导融合
3.10分钟后,加入稀释液(9A/1B)2滴
4.15分钟后,从边缘缓缓加入12滴EME培养基,保持20分钟后用吸管沿边缘小心移走
5.从边缘再加入15滴EME培养基,保持10分钟后小心移走。
6.重复步骤5两次
7.最后加10-15滴BH3培养基,在培养皿中央形成一小池,沿培养皿边缘加入15-20滴BH3培
养基,保持培养皿内的湿度,封口膜封口。
二)电融合法
1.将双亲原生质体用电融合液悬浮,混合备用(胚性愈伤组织原生质体「5x个小1;叶
肉原生质体10-20x10s个/ml).
2.融合小室先用融合液洗涤,以防原生质体聚集于电极两侧的角落里,然后取大约0.8ml
(FTC-03)或1.6ml(FTC-04)悬浮液于环形融合小槽,融合小室中央加几滴电融合液以保
持湿度,parafilm封口。
3.静置5To分钟,待大量原生质体沉淀后,在选择好的电融合参数下诱导融合,倒置显微镜
下观察融合过程。
4.融合后,静置15-20分钟以利于融合的原生质体圆球化。
5.轻轻吸出融合产物于10ml离心管中离心5-6分钟,用培养基悬浮至0.5-1x个/面.
六、原生质体培养
1.原生质体培养常采用液体浅层培养或固体包埋培养法。
2.原生质体培养在暗培养箱中进行,3-10天后原生质体再生细胞壁,并开始第一产次分裂。
3.等原生质体分裂形成多细胞团时(大约20-30天),开始降低培养基的渗透压,具体:1)各
加入5-10滴0.6MBH3和0.3MEME培养基,降压至0.45M
2)7-15天后再各加入5-10滴0.6MBH3和0.3MEME培养基,降压至0.3M
3)此后要及时稀释,降低细胞团的浓度,以利于胚状体发生,等细胞团长到一定大小时,
转入EME500上诱导胚状体的发生。
4)细胞团长出球形胚、心形胚后,及时转入EME1500培养基上,以利于胚状体的进一步
发育和转绿。
5)将发育到子叶胚时期的胚状体转入生芽培养基(MT+BA0.5mg/L+KT0.5mg/L+NAA
0.1mg/L)中诱导丛生芽。
6)将丛生芽转入生根培养基(l/2MT+IBA0.1mg/L+NAA0.5mg/L+蔗糖20g/L+琼脂7g/L)中
诱导生根或嫁接到试管中的砧木上。
7)再生苗的鉴定及移植于温棚中。
七、再生苗的鉴定方法
1形态学观察:叶形、气孔等。
2细胞学观察:海氏苏木精法
3分子标记鉴定:RAPD,AFLP,SSR,CAPS,RFLP等
八、相关培养基的配方
1.酶液混合液®帙参考,不同时间购买的酶活力不同,故浓度会有不同程度的变化)
40ml60ml
甘露醇(12.7%)5.10g7.68g
NaH2PO4.2H2O(0.011%)0.0044g0.0066g
CaCl2.2H2O(0.36%)0.144g0.216g
MES(0.12%)0.048g0.072g
CellulaseR-10(1.5%)0.6g0.9%
离析酶R-10(3%)1.2gL8g
2.EME培养基:MT+500mgME(麦芽提取物)
0.3EME:MT+500mgME/L+102.5g蔗糖/L
0.6EME:MT+500mgME/L+205.38g蔗糖/L
0.7EME:MT+500mgME/L+239.61g蔗糖/L
EME500:MT+500mgME/L+50g蔗糖/L+7g琼脂/L
EME1500:MT+1500mgME/L+50g蔗糖/L+7g琼脂/L
3.电融合液(100ml)
甘露醇(0.7M):12.74g
无水CaCl2(0.25mM):0.02775gPH值:5.8压灭菌
4.CPWstockI(100ml)CPWstockII(100ml)
KH2PO40.272g无水CaCb1.5g
KNO31.0g
MgSO4•7H2O2.5g
KI0.002g
CuSO4-5H2O0.00003g
CPW13(100ml):CPWstockI1ml+CPWstockII1ml+13g甘露醇
CPW26(100ml):CPWstockI1ml+CPWstockII1ml+26g蔗糖
5.PEG融合液(100ml)
PEG(分子量6000)40g
H2O80ml
无水CaC120.97g
Glucose5.41g
定溶至100mL加热溶解,PH6.0,过滤灭菌
6.稀释液A:Glucose7.21g稀释液B:Glycine2.25g
(100ml)无水CaCl20.97gPH10.0过滤灭菌(KOH)
DMSO10ml
PH6.0过滤灭菌
使用前按9A:1B混合澄清。
7.BH3培养基(1升)
ME1.0g
蔗糖51.34g
甘露醇81.99g
谷氨酰胺3.1g
MgSO4•7H2。0.37g
KH2PO40.17g
KC11.5g
MT微量元素10ml
MTCa+MTvit+MT铁盐各10ml
水解酪蛋白0.25g
VitStockA2.0ml
VitStockB1.0ml
KIStock1.0ml
有机糖贮存液10ml
有机酸贮存液10m
椰子汁20ml
定容到1000mLpH5.8过滤灭菌
#KIstock75mg/100ml
(mg/lOOml)
#有机酸贮存液
丙酮酸钠盐200
柠檬酸400
苹果酸400
延胡索酸
400
#有机糖贮存液(mg/lOOml)
果糖2500
核糖2500
木糖2500
甘露醇2500
鼠李糖2500
纤维二糖2500
半乳糖2500
甘露醇2500
#VitstockA
Mg/lOOml
生物素
1
核黄素
10
叶酸
20
对氨基苹果酸
1
氯化胆碱
50
VC
100
Caloiumpantathenase
50
#VitStockBMg/lOOml
VitA
1
VitD3
1
VitB12
2
4、柑桔胚性愈伤组织和茎尖的超低温保存
胚性愈伤组织超低温保存
i.建立悬浮系
取大约3克胚性愈伤组织,在含500mg/L麦芽提取物和5g/L的谷胺酰胺的MT培
养基中,在摇床上进行悬浮培养。
2.玻璃化冻存
取悬浮培养8-10天的细胞系0.3mg左右,加入L8ml冷冻管,吸干培养基,然后加
入15mlpVS2玻璃化溶液,迅速颠倒然后,100g离心5min,弃上清液,用0.5mlPVS2重
新悬浮愈伤组织后处理3min,将冻存管迅速投入液氮,进行保存
3.解冻,
超低温保存一段时间后,将冻存管从液氮中取出,迅速投入40度水浴中化冻,无
菌状态下,弃去PVS2,加入L5mH.2M蔗糖溶液,颠倒混匀后,处理约lOmin,中间混
匀两次,弃去上清液
4.培养
将愈伤组织转入直径90mm的培养皿中(内含20mlMT固体基本培养基)的两层滤
纸上,过夜后,愈伤组织连同上层滤纸一起转入新的培养基上,在常规条件下或弱光下
培养。
茎尖的超低温保存
1.预培养
取在BAL5/L+IBA0.2mg/L+MT培养基上继代的试管苗,切取1mm长的茎尖,在
DMS05%的MT培养基上进行预培养3天,
2装载与脱水
无菌状态下切取2mm左右的顶端,放入60%PVS2中装载(loading)30分钟,后在0
度下用PVS2处理60分钟,将材料与PVS2一起转入冷冻管,放入自制纱布袋中,迅速
投入液氮。
3化冻与洗涤
将装有冷冻管的纱布袋从液氮中迅速取出,在40度水浴中化冻,然后在无菌状态
下吸出PVS2,加入L2M蔗糖+MT培养基,洗涤3-4次,每次10分钟。
4恢复培养
将材料转入原生芽培养基中暗培养,一天后换新鲜培养基,暗培养一周后,转入光
培养。
注:PVS2成份:甘油30%+乙二醇15%+DMSO15%+0.4M/L蔗糖+MT基本培养基。各
成份先灭菌后,再配制。
5、微嫁接
1.将枳等砧木种子无菌条件下接种在MT培养基上,暗培养箱中暗培养15-20天左右
(高度大约为4cm左右),选取粗壮的黄化苗用于嫁接。
2.将接穗芽留0.5-L0cm长,用手术刀片将其基部削成契形,与此同时,将试管中黄
化砧木在子叶下去掉主根,在子叶上L0-L5cm处去掉茎,并将其劈开。随后,将
接穗芽插入裂口。
3.整个操作过程均在无菌条件下进行,并且动作要快。
4.伤口愈合后,及时清除砧木的萌捏孽。
5.待伤口充分愈合后,并且接穗芽长出新叶后,移入温室。
6、花粉的制备和保存
1.花的采集:选取大气球期花蕾或刚刚开放的花,这样的材料出粉量大,花粉质量好。
2.散粉:材料采回后,取下花药,在27C左右的室内或烘箱内放置散粉。
3.保存:散粉完成后,在30℃左右的烘箱中放置6h左右,使花粉充分干燥,然后装
入青霉素小瓶或盛放胶卷的塑料瓶中,用PARAFILM封严密,然后放入-20C冰箱
中可长期保存。
第二部分
靖国初善
1、DNA提取和检测
实验准备工作:
1所用离心管、枪头要洗净、烘干(最好灭菌)。
2试剂配制:
1MTris-HCl(pH8.0):称取Tris-Base121g,加入约800ml水在磁力搅拌器上搅拌,使其充分
溶解后加入浓盐酸调整pH至8.0后加水定溶至1000ml.灭菌后于室温保存。
0.5MEDTA(pH8.0):称取EDTA-Na2盐187g加入约800ml水,在磁力搅拌器上边搅拌边加
入固体NaOH,当EDTA和NaOH均完全溶解,溶液变清时其pH值刚好达到8.0左右,再用pH试
纸略加调整即可,灭菌后于室温保存。
5.0MNaCl:称取NaCl300g,加入蒸储水约800ml于磁力搅拌器上充分搅拌,约5分钟后停
止搅拌,静止2~3分钟,倒出上清液,再加入100ml蒸储水重复前面的步骤,直到NaCl充分溶解
后定溶至1000ml.,灭菌后于室温保存。
酚:氯仿:异成醇(25:24:1)的配制:可参考《分子克隆》亦可按如下方法配制取重蒸酚100
ml,蒸储水50ml,8-羟基唾咛0.05g加入500ml玻璃烧杯于磁力搅拌器上边加热边搅拌,待酚达
到水饱和后加入18gTris-Base,等Tris-Base完全溶解后加入100ml氯仿:异戌醇(24:1),搅拌
10~20分钟,静止约10分钟,除去上层水相后,装入棕色瓶,最后加入20ml0.1M的Tris-HCl保护
液于4℃保存。
DNABuffer的配制:
1MTris-HCl(pH8.0)100ml
0.5MEDTA(pH8.0):100ml
5.0MNaCl:300ml
H2O500ml
灭菌后于室温下保存3个月左右,用时按1.5%往Buffer中加入CTAB,在电炉上烧开;在通风
橱里加入1%的疏基乙醇(现配现用)。
DNA的提取:
1取2~5g叶片或愈伤组织,加入适量液氮研碎,转入预冷的50ml离心管,加入20mlDNA提取
缓冲液充分摇匀,于65℃水浴60~9。111吊,中途轻轻摇匀两次。
2加入15ml氯仿:异戍醇(24:1)轻轻摇匀10分钟,于BECKMAN离心机中4000rpm离心
15分钟。
3取上清液于另一50ml离心管加入10ml氯仿:异成醇(24:1)重复步骤2。
4吸上清液于一干净的50ml离心管,加入15ml冷冻的异丙醇,轻轻摇匀后于-20℃冷冻半小时,
4000rpm离心10分钟。弃上清液,加入5ml76%的乙醇(含10mM
NH4AC)浸泡5h(或过夜),中途换乙醇2-3次。
5弃乙醇风干沉淀约半小时,加入3.0mlTE缓冲液(10mMTris-HClpH8.0;1mMEDTA,pH8.0),
20mRNaseA(lOmg/ml),37℃温浴过夜。
6溶液转入一10ml离心管,加入3.0ml苯酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)充分颠倒混匀,4000
rpm离心15min,吸上清液于另一10ml的离心管中,(可重复一次)。
7加入1ml5.0M的NaCl和3.0ml水饱和乙醛,充分混匀,4000rpm离心5min。
8弃乙酸,用20w枪头挡住离心管管口内侧,用力下压枪头,使枪头与管壁间形成一狭缝,让下
清液从缝中流入另一10nil离心管。
9加入5ml冷冻的异丙醇,轻轻摇匀后于-20℃冷冻半小时,4000rpm离心10分钟。弃上清液,
加入3ml70%的乙醇浸泡4~6h(或过夜),中途换乙醇2-3次。风干乙醇,加入500M1TE溶解,
或浸在乙醇中长期保存。
DNA检测
1取DNA原液15gl稀释至3.0ml,用UV-1601型紫外分光光度计测定230nm、260nm及280nm
的吸光值。
局质量的DNA要求:A26O/A23O>2.O;1.7<A260/A28O<1.9
2将DNA原液适当稀释后,用1XTAE,0.8%琼脂糖凝胶2V/cm电泳1h进行质量检测。
3向一定量的DNA中加入限制性内切酶EcoRI至4-5U/ugDNA,37℃消化过夜,用0.5XTBE,
0.8%琼脂糖凝胶2.5V/cm电泳3h进行检测。
CTAB法微量提取DNA
1.药品的配制:
CTAB提取液:
(1)lOOmMTris-HCl(PH8.0),1.5MNaCl,50mMEDTA(PH8.0)
(2)1%PVP,2%CTAB
(3)取少许⑴加到(2)中,搅拌成糊状,后加(1)至足量,65℃水浴充分溶解备用。使用前要在65℃
温浴一会儿,然后加入-4%筑基乙醇,混均匀。
苯酚:氯仿:异戊醇(25:24:1):重蒸酚65℃水浴溶解,在烧杯中加入80ml温热的蒸储
水,加入少许8-羟基唾咻,溶解后加入100ml重蒸酚,再加入100ml氯仿:异戊醇(24:1),
加入20克TrisBase,磁力搅拌器上搅拌L5h左右至停止搅拌后很快分层,然后装入棕色瓶
中,4℃冰箱中储存备用。
2.材料的采取与保存:
在超净工作台上,取试管苗叶片,放入无菌的L5ml离心管中,置于冰盒中,然后把装有叶片
的离心管一起装在纱布袋中,置液氮中冷冻10分钟,取出后置于一70℃冰箱中可长期保存,需
要用时,取出置于冰盒中。
3.DNA的粗提
在装有叶片的离心管中加入石英砂少许(约0.07克),用事先灭过菌的一20℃冰箱中预冷的尖头
玻棒将材料戳到底部,先压后研磨,研细后加入600ulCTAB提取液,再继续研磨一会儿使其
悬浮均匀,然后在65℃水浴锅中温浴60-90分钟,隔30分钟取出上下轻轻颠倒几次,水浴之
后,加入700ul苯酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),,上下晃动10分钟以上,其间置于37℃水
浴锅中温浴一会(冬季),使之充分混匀,然后10000-12000rpm离心5-10分钟,吸取上清液转
至另一离心管中,加入60ul5MNaCL再加入-20℃冰冻无水乙醇1mL轻轻颠倒数次,混合
均匀后冰冻30分钟沉淀DNA,然后8000-10000rpm离心5分钟,弃上清液,加入1ml70%酒精
浸泡2小时或过夜,8000rpm离心5分钟,弃酒精之后在工作台上风干DNA,注意不要过干,否
则会使以后溶解困难。
4.DNA的纯化:
向风干后的DNA中加入500ulIxTE,37℃水浴15-30分钟至DNA完全溶解,然后加入700ul
苯酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),上下颠倒离心管约10分钟,至充分混匀,其间置于37℃
水浴锅中温浴一会(冬季);10000-12000rpm离心5分钟,吸取上层液至另一离心管中,加入
700ul氯仿:异戊醇(24:1),颠倒10分钟(方法同上),10000-12000rpm离心5分钟,吸取
上层液至另一离心管中,加入60ul5MNaCL再加入1ml冷冻的无水乙醇,轻轻颠倒,然后
在-20℃冰箱中置30分钟沉淀DNA,8000-10000rpm离心2-3分钟,使DNA分散状紧贴在管壁
上,弃酒精,加70%酒精1ml浸泡,2小时后换一次,后浸泡过夜,8000rpm离心3分钟后弃酒精,
风干,加50-100ullxTE充分溶解,然后每管加5ul5mg/mlRnase,37℃水浴6小时或过夜。
5.DNA检测:
(1)0.8%琼脂糖凝胶电泳30-60分钟:
TAE100mLEB30ul,样品3-5ul,电压90V,
观察A:DNA是否跑出,带型是否整齐划一;B:RNA是否除尽
(2)分光光度计检测D260/D28。的比值:在L8-2.0的范围内认为纯度较高上述方法提取的DNA
比值在1.65-1.95之间。浓度=30000x0D懒(DNA样品为5ul时)。
2、SouthernbIotting
实验前准备工作:
5XTBE溶液配制:
约800ml蒸储水中加入Tris-base54g,硼酸27.5g,充分溶解后加入0.5MEDTA(pH:8.0)定
溶到1000ml,于室温下短期存放。
1将DNA稀释至500ng/u1.,并电泳检测。欲转到同一张膜上的DNA浓度是否一致,若亮度差
异太大,则应进行进一步的浓度校正。
2在200口1微量离心管中加入25U1DNA样品,6.5口1限制性内切酶(MBI,10U/ul)和
8口1相应的buffer,上加一滴矿物油覆盖,在旋涡器上混匀并稍微离心后放于37℃水浴16-18
小时。
3取5口酶切DNA样品于0.8%的琼脂糖凝胶上检测酶是否充分。
4于DYY-II134A型电泳槽中制备3/4块0.8%的IXTBE琼脂糖凝胶需要胶260~300ml。
5向每个样品中加入5口1澳酚蓝上样缓冲液,混匀后稍微离心后点样。
(样品多时点样要迅速,以防先点的样品DNA在胶中扩散;点样时我不主张加混有二甲苯菁的上
样缓冲液,因为它影响染色后的照相效果;点样时要注意Marker最好采用不对称点样,以便在
X-光片上确定样品顺序,同时Marker的点样孔使用其配套的上样缓冲液,其中有二甲苯菁以便
确定凝胶的正反面。)
6点样后在1XTBE电泳缓冲液中250V高压电泳10分钟后把电压调至40V电泳12-14小时,
这时澳酚蓝已离开点样孔10cm左右。
7将胶置于装有EB的瓷盘中染色15-20分钟,在紫外灯下用塑料板切除多余的凝胶,凝胶点样
孔一端及两侧应留出2mm左右,澳酚蓝一端要保留澳酚蓝作为变性处理的显色指示。(这一步
非常重要,如果样品酶切不充分、电泳泳道不直、样品间相互弥散或样品间DNA量差异太大都不能再往下做,
要找出原因后重新再做。最好把待Blot的凝胶规格控制在其宽度或长度之一为10cm,因为我们使用的尼龙
膜的规格为30cmX3m这样不至于浪费昂贵的尼龙膜,同时酶切的DNAsmear长度达到10cm时各片段也能
得到很好的分离。)
SouthernBlottingontoHybond-N+NylonMembrane
Hybond-N+NylonMembrane,0.45闵poresize,20cmx3mrollsavailablefromAmersham(Cat.#RPN.
203B)
实验前准备工作:
酸变性液和碱变性液的配制:
Depurinationsolution:
11mlHCl
989mldistilledwater
Mix.storeatroomtemperatureforupto1month.
Denaturationbuffer
87.66gNaCl
20gNaOH
Addapproximately800mlofdistilledwater.Mixtodissolve.Makeuptoafinalvolume
of1000ml.Storeatroomtemperatureforupto3month.
1将切好的胶夹在两块软塑料板之间,小心翻转180度,使胶底面向上。
2将胶放入20X30cm的瓷盘中加入500ml脱喋吟溶液(酸变性液),偶尔轻轻振荡至澳酚蓝完
全变成黄色,大约需要15~30分钟。
3用软塑料板小心将胶转入另一洗净的瓷盘,用水漂洗凝胶2~3次,将水倒尽,加入碱变性液500
ml偶尔轻轻振荡至澳酚蓝完全恢复到原来的蓝色(大约需要20~30分钟)。
4洗净一块15X25cm的玻璃板和4块旧的X光片条;切两块20X30cm的滤纸。
5取一洗净的20x30cm瓷盘,把干净玻板横放于盘上,把切好的滤纸在碱变性液中浸湿,平整地
铺在玻板上,使纸的两端自然下垂到盘中,用玻棒赶尽玻板与纸之间的气包后再按同样的方法
铺上第二层滤纸,往盘中加入500ml碱变性液。
6经碱变性处理好的胶用软塑料板小心转移到滤纸桥上,用X光片条把胶的四周约0.5cm宽与滤
纸隔开,使转膜液必须经过胶进入吸水纸,使胶上的DNA能充分印迹到尼龙膜上。
7用尺子量好胶的尺寸后,用锋利的剪刀剪取同样大小的尼龙膜,用铅笔在膜的一角做好标记如
点样顺序、使用的内切酶,膜的编号、转膜日期等,将膜用蒸储水浸湿后放于胶上,使膜与胶
完全重合,用玻棒赶尽膜与胶之间的气泡(膜一旦放到胶上就不能再移动)。
8切两块与膜同样大小的滤纸,用水浸湿后覆于膜上,赶尽气包;在上面放10cm厚的吸水纸,
上面放一小玻板,板上加一500g左右的重物。
94~6小时后换一次吸水纸,之后隔8~10小时再换一次吸水纸,印迹18~24小时胶上的DNA一
般都能充分转移至尼龙膜上。
10取出尼龙膜,用滤纸包好放入80℃烘箱烘烤2小时后用保鲜膜包好放于4℃保存。
Southern杂交
实验准备工作:
试剂配制:
50xDenhardfssolution
1.0gBovineserumalbumin(BSA,牛血清蛋白)
1.0gFicollMT400(聚蔗糖)
1.0gPolyvinylpyrrolidone(PVP)
Addapproximately50mlofdistilledwater.Mixtodissolve.Makeuptoafinalvolumeof
100ml.Storeat-20℃forupto3months.
25xSSC
219gNaCl
110gTri-sodiumcitrate(柠檬酸三钠)
Addapproximately800mlofdistilledwater.Mixtodissolve.CheckthepHis7~8.Makeup
toafinalvolumeof1000ml.Storeatroomtemperatureforupto3months.
P/HStocksolution
165mlIMTris-8.0
66ml0.5MEDTA-8.0
660ml25xSSC
Adddistilledwatertomakeuptoafinalvolumeof1000ml.StoreatRTforupto3months.
TEbuffer
1.21gTrizmabase
0.372gEDTA,sodiumsalt
Addapproximately800mlofdistilledwater.Mixtodissolve.AdjusttopH8.0with
concentratedhydrochloricacid.Makeuptoafinalvolumeof1000ml.Storeatroom
temperatureforupto3months.
第一天早上做好以下步骤:
1将所有欲杂交的尼龙膜用2XSSC浸泡10-30分钟。
2打开同位素室的空调,把杂交管放入杂交炉,并将杂交炉调至65℃预热,用塑料桌布铺好防护
罩内的台面,桌布上再铺一层滤纸,从冰箱中取出装同位素的铅罐,拧松罐盖,使同位素在室
温下解冻。
3打开一楼的电炉,用500ml玻璃杯烧2/3杯开水。
4将配好的10mg/ml鲜鱼精DNA在开水中变性10分钟后立即放入冰中冷确至少10分钟。
5按15ml/200cm2配制预杂交液,并预热至65℃,带入同位素室。
STOCK105075100125150175200250
ddH2O6.834516885102119136170
50xDenhardfs0.21.01.52.02.53.03.54.05.0
10%SDS0.21.01.52.02.53.03.54.05.0
P/HStock2.7013.520.252733.7540.547.255467.5
10%稣鱼精DNA(ml)0.21.01.52.02.53.03.54.05.0
6按计划把尼龙膜放入各杂交管,加入预杂交液于65℃预杂交6小时。放膜时要注意:几张膜叠
放在一起时要把膜浸有在2XSSC或蒸储水中,赶尽膜与膜之间的气泡后把几张膜同时放入杂
交管,并用玻棒赶尽膜与管壁之间的气泡,最后加入预杂交液,盖好管盖。
7按下表配制探针标记体系。
探针标记体系(按顺序进行):
ddH2O(ul)20
Probe(50ng/u1)(u1)3.0
X/HindIII(Ing/u1)(u1)1.5
2.0ng/ulPrimer(u1)20.0
2.0mMdNTP(A,T,G)(ul)8.0
10XKlenowBuffer(P1)6.0
8100℃煮10分钟,放入冰中冷确10分钟
Klenow大片段酶(SABC)5U
32P-dCTP(uCi)30
以上体系可杂交约400cm2的杂交膜,根据杂交膜的面积,按比例增减体系即可。
9从37℃水浴锅中取1.5升37℃温水,倒入同位素室的保温筒。把放探针的小冰盒带入同位素室,
加入同位素并用枪头反复吸几次使探针标记体系充分混匀,插入一块小泡沫块后放入保温筒,
使装探针的小离心管漂在水面上,37℃保温6小时。
10预杂交半小时左右,要检查杂交管盖是否盖好。
第一天下午3:30左右:
11配制杂交液按10~20ml/管配制,将杂交液预热至65℃o
杂交液的配制:(按顺序加入,10ml/200cm2膜)
总体积(ml)10152025303540455060100
硫酸葡聚糖(g)1.01.52.02.53.03.54.04.55.06.010.0
ddH2O(ml)6.810.213.617.020.423.827.230.634.040.868.0
50XDen(ml)0.20.30.40.50.60.70.80.91.01.22.0
10%SDS(ml)0.20.30.40.50.60.70.80.91.01.22.0
P/HStock(ml)2.74.55.46.88.19.511.012.213.516.227.0
10%鲜鱼精DNA(ml)0.50.751.01.251.51.752.02.252.53.05.0
配制:
(1)+(2)+(3)+(4)+(5)加热至65℃充分溶解
"混匀后加入杂交管
10%鳞鱼精DNA于100℃煮10分钟,冰上冷确10分钟
12倒尽杂交管中的预杂交液后加入杂交液。
13打开杂交室的电炉,烧300~500ml开水,待水开后将电炉恒温在90℃左右。
14从保温筒中取出标记的探针,加入20口1终止液和200口1的TE后在开水杯中变性处理10分
钟;再放入冰中冷确10分钟。
15在防护罩内小心将探针加入到杂交管中,适当拧紧管盖65℃杂交16~20小时。
16过20分钟左右要认真检查一下杂交炉看管盖是否盖好,严防同位素泄漏。
17到晚上下班时要到同位素室检查一下杂交炉的运转是否正常。
第二天上午:
18配制洗膜液
低严谨1升(2XSSC+0.1%SDS):
STOCKVOLUME(ml)
25XSSC80
10%SDS10
dH2O
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