DB43-T 958.1-2023 实验用小型猪 第1部分：遗传质量控制

ICS70.080CCSB44代替DB43/T958.1—2014第1部分：遗传质量控制ExperimentalminipigPart1:Geneticqualitycontrol DB43/T958.1—2023I前言 Ⅲ Ⅴ 12规范性引用文件 13术语和定义 14遗传分类及命名 2 26近交系实验用小型猪的遗传质量监测 37封闭群实验用小型猪的遗传质量监测 48基因修饰小型猪的遗传质量监测 6DB43/T958.1—2023本文件按照GB/T1.1—2020《标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定起草。本文件是DB43/T958《实验用小型猪》的第1部分。DB43/T958已发布了以下部分：——第1部分：遗传质量控制；——第2部分：微生物、寄生虫学等级与监测；——第3部分：配合饲料；——第4部分：病理学诊断规范；——第5部分：环境与设施。本文件替代DB43/T958.1—2014《实验用小型猪第1部分：遗传质量控制》，与DB43/T958.1—2014相比，除结构调整和编辑性改动外，主要技术变化如下：a）增加了“引言”一章；b）更改了术语“近交系”定义（见3.2，2014版的3.2c）更改了术语“远交群”和“封闭群”定义（见3.3、3.4，2014版的3.3d）增加了术语“基因修饰小型猪”和定义（见3.5e）更改了“表1近交系实验用小型猪遗传检测抽样要求”、“表4封闭群实验用小型猪遗传检测抽样要求”中“抽样数量”（见6.2、7.2，2014版的6.2、7.2）；f）增加了近交系微卫星检测内容（见表3）；g）更改了封闭群微卫星检测内容（见表5，2014版的表4h）增加了“基因修饰小型猪的遗传质量监测”（见8）。请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。本文件由湖南省科学技术厅提出并归口。本文件起草单位：中南大学湘雅三医院，湖南赛诺生物科技股份有限公司。本文件主要起草人：王维、胡鹏志、马小倩、李桑、徐畅、王佳、石兴勇。本文件及其所替代文件的历次版本发布情况为：——2014年首次发布为DB43/T958.1—2014；——本次为第一次修订。DB43/T958.1—2023V引言实验用小型猪标准化能更好的促进器官移植、人工智能医疗器械等生物医药研发领域和相关产业发展，为湖南省生物医药领域科学研究、产品效验、鉴定测试等活动开展提供质量保证，有利于湖南省政府部门行政审批和监管工作的实施。为了保证实验用小型猪研发、生产和应用的稳定、高效进行，对实验用小型猪进行标准化管理已成为首要任务。在这方面，湖南省已建立了实验用小型猪基础性地方标准体系。在该体系中，DB43/T958《实验用小型猪》是指导湖南省实验用小型猪培育的基础性和通用性的标准。DB43/T958旨在确立普遍适用于标准化实验用小型猪遗传质量控制、微生物检测、饲料、病理学检测、环境设施的准则，拟由五个部分构成。——第1部分：遗传质量控制。目的在于维持实验用小型猪的遗传质量稳定性。——第2部分：微生物、寄生虫学等级与监测。目的在于保证实验用小型猪的生物安全性。——第3部分：配合饲料。目的在于保障实验用小型猪饲料的安全和营养。——第4部分：病理学诊断规范。目的在于标准化实验用小型猪病理学检测内容和方法。——第5部分：环境与设施。目的在于标准化不同等级实验用小型猪环境条件控制和设施建设。遗传质量控制标准化是为了建立稳定且高质量的实验用小型猪种群。为了做好这项工作，湖南省在2014年发布了有关实验用小型猪遗传质量控制规定的地方标准。DB43/T958.1发布实施已九年，这期间实验用小型猪遗传质量控制受到越来越广泛的重视，与遗传质量控制有关的理论研究和实践都发生了变化。首先，我国实验动物遗传质量控制检测内容和方法的研究不断深入，逐步建立和明晰不同物种遗传质量控制标准体系，充实和完善了实验用小型猪的相关部分。其次，随着DB43/T958.1的广泛应用以及遗传质量控制检测实践的逐渐深入，新的需求与建议不断产生。鉴于此，确有必要修订完善DB43/T958.1，以不断适应国内外相关遗传质量控制检测的新变化以及实验用小型猪发展的新需求，确保高质量实验用小型猪的稳定发展。对实验用小型猪遗传质量控制进行标准化，首先需要明确其遗传分类；其次是检测标准。本次对DB43/T958.1的修订，重点考虑了近交系和封闭群的区分、基因修饰猪以及检测方法，明确了近交系、封闭群和基因修饰猪的定义，并进一步清晰的规定近交系和封闭群微卫星检测方法，提高了各项检测的抽样标准。通过更加严谨的检测方法和抽样数量，让实验用小型猪遗传质量控制更加稳定，从而提高实验用小型猪的质量和应用效率，更好地促进实验用小型猪的发展、研究和应用。DB43/T958.1—20231实验用小型猪第1部分：遗传质量控制本文件规定了实验用小型猪的遗传分类、繁殖方法、近交系及封闭群的遗传质量标准。本文件适用于实验用小型猪的遗传质量控制。2规范性引用文件下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。GB14923实验动物遗传质量控制NY/T1673畜禽微卫星DNA遗传多样性检测技术规程3术语和定义下列术语和定义适用于本文件。3.1实验用小型猪experimentalminipig经人工饲养与培育，对其携带的病原微生物、寄生虫进行控制，遗传背景明确或者来源清楚，12月龄体重宜不超过50kg，用于科学研究（非临床应用研究）、教学、生产、质量控制鉴定以及其他科学实验的小型猪。3.2近交系inbredstrain一个动物群体中，任何个体基因组中98.6％以上的座位为纯合的品系。注：经典近交系经至少连续20代的全同胞兄妹交配培育而成代数的一对共同祖先。经连续20代以上亲子交配与全同胞兄妹交配有等同效果。近交系的近交系数3.3远交群outbredstock为了维持群体的最大杂合度、以非近亲交配方式进行繁殖生产的实验动物种群。3.4封闭群closedcolony不引进外部动物、在群体内随机选择动物进行繁殖，以维持有限杂合度的实验动物种群。3.5基因修饰小型猪geneticmodifiedminipig2DB43/T958.1—2023用基因修饰等技术手段对特定基因改造所获得的小型猪。4遗传分类及命名4.1遗传分类根据遗传特点的不同，实验用小型猪分为近交系和封闭群。4.2命名4.2.1近交系命名近交系一般以大写英文字母命名，亦可以用大写英文字母加阿拉伯数字命名，符号应尽量简短。如XENO等。4.2.2近交代数近交系的近交代数用大写英文字母F表示。例如当一个近交系的近交代数为30代时，写成（F30）。4.2.3其它近交系亚系、支系、重组近交系、同源突变近交系以及同源导入近交系的定义和命名按照GB14923执行。4.2.4远交群和封闭群命名远交群和封闭群的命名按照GB14923执行。4.2.5基因修饰小型猪命名基因修饰小型猪属于特殊近交系，其命名按照GB14923执行。5繁殖5.1近交系的繁殖5.1.1原则选择近交系实验用小型猪繁殖方法的原则是保持近交系小型猪的同基因性及基因纯合性。5.1.2引种作为繁殖用种猪的近交系实验用小型猪，应来自于近交系的基础群或血缘扩大群，遗传背景明确，有完整的资料（包括品系名称、近交代数、遗传基因特点及主要生物学特征等）。5.1.3方法stock）。当近交系实验用小型猪生产供应数量不是很大时，一般不设血缘扩大群，仅设基础群和生产群。基础群、血缘扩大群和生产群的具体繁殖方式按照GB14923执行。5.2远交群和封闭群小型猪的繁殖DB43/T958.1—202335.2.1原则选择封闭群实验用小型猪繁殖方法的原则是尽量保持封闭群小型猪的基因异质性及多态性，避免近交系数增速过快。5.2.2引种5.2.2.1作为繁殖用种子的封闭群实验用小型猪应遗传背景明确或来源清楚，有完整的资料（包括种群名称、来源、遗传基因特点及主要生物学特性等）。5.2.2.2根据繁殖方式，在保证每代近交系数增量不大于1％的前提下，决定最小引种规模。如采用循环交配方式，引种数量不得少于13对无血缘关系（三代以内无共同祖先）的公母猪；若采用随机交配方式，引种数量不得少于25对无血缘关系的公母猪。5.2.3方法封闭群应保持封闭群实验用小型猪的遗传基因的稳定，并尽量避免近亲交配。具体繁殖方法按照6近交系实验用小型猪的遗传质量监测6.1检测方法采用微卫星DNA标记检测方法。具体方法按照NY/T1673执行，各微卫星DNA标记的染色体位置、等位基因数、等位基因片段范围、引物序列、荧光标记、PCR反应的Tm值、镁离子浓度等见表3。6.2抽样对基础群，凡在子代留有种猪的双亲动物都应进行检测。对生产群，按表1要求从每个近交系中随机抽取非同窝成年猪。表1近交系实验用小型猪遗传检测抽样要求生产群中种母猪数量（N）抽样数量>100头6.3结果判定近交系实验用小型猪遗传检测结果的判定按表2执行。表2近交系实验用小型猪遗传检测结果判定标准6.4判定结论所有样品检测位点的等位基因都符合品系的特征，没有新的等位基因出现为合格实验用小型猪近交DB43/T958.1—20234系，否则判为不合格。6.5检测频率近交系实验用小型猪生产群每年至少进行一次遗传质量检测。表3各微卫星DNA分子标记所在的染色体位置、等位基因数、等位基因片段范围、荧光标记、两侧引物序列（左侧：F，右侧：R）、退火温度和镁离子浓度座位名称染色体等位基等位基因1CGA1250-320FAMF-ATAGACATTATGTAAGTTGCTGATR-GAACTTTCACATCCCTAAGGTCGT2736455SW240292-114TAMRAF-AGAAATTAGTGCCTCAAATTGGR-AAACCATTAAGTCCCTAGCAAA67SW7238TAMRAF-ATCAGAACAGTGCGCCGTR-GTTTGAAAATGGGGTGTTTCC8S00904244-251TAMRAF-CCAAGACTGCCTTGTAGGTGAATAR-GCTATCAAGTATTGTACCATTAGG9S0218XTAMRAF-AAGATCATTTAGTCAAGGTCACAGR-TCTGATAGGGAACATAGGATAAATSW24896-121FAMF-CTTTGGGTGGAGTGTGTGCR-ATCCAAATGCTGCAAGCG7封闭群实验用小型猪的遗传质量监测7.1检测方法采用微卫星DNA标记检测方法。具体方法按照NY/T1673执行，各微卫星DNA标记的染色体位置、等位基因数、等位基因片段范围、引物序列、荧光标记、PCR反应的Tm值、镁离子浓度等见表5。7.2抽样按表4要求从每个封闭群中随机抽取非同窝成年猪。表4封闭群实验用小型猪遗传检测抽样要求群体数量抽样数量DB43/T958.1—202357.3结果判定群体内遗传变异采用平均杂合度指标或群体平衡状态方法进行评价。当平均杂合度在0.5-0.7时，且期望杂合度与观测杂合度经卡方检验无明显差异时，群体为合格的封闭群实验用小型猪群体。或用群体是否达到平衡状态来判定，如果没有达到平衡状态，说明群体的基因频率或基因型频率发生变化，该封闭群实验用小型猪群体判为不合格。具体方法按照NY/T1673执行，各微卫星DNA标记的染色体位置、等位基因数、引物序列及荧光标记，PCR反应的Tm值、镁离子浓度7.4检测频率封闭群实验用小型猪生产群每两年至少进行一次遗传质量检测。表5各微卫星DNA分子标记所在的染色体位置、等位基因数、等位基因片段范围、荧光标记、两侧引物序列（左侧：F，右侧：R）、退火温度和镁离子浓度染色体等位基等位基因1SW9741F-GGTGAAGTTTTTGCTTTGAACCR-GAAAGAAATCCAAATCCAAACC2S0091296-174F-TCTACTCCAGGAGATAAGCCAGATR-CAGTGACTCCATCACAGTTATGA3SW240292-114F-AGAAATTAGTGCCTCAAATTGGR-AAACCATTAAGTCCCTAGCAAA4SW10663F-GCAGGATGAACCACCCTGR-CTCTTGAGGCAACCTGCTG5SW10894F-TTTTCCCCTTCACTCACCCR-GATCAAAGTCCCTTACTCCGG65F-TCCTTCCCTCCTGGTAACTAR-GCACTTCCTGATTCTGGGTA7SW10576F-TCCCCTGTTGTACAGATTGATGR-TCCAATTCCAAGTTCCACTAGC8SW63279F-TGGGTTGAAAGATTTCCCAAR-GGAGTCAGTACTTTGGCA98F-CCAATCCTATTCACGAAAAAGCR-CAACCCACTTGCTCCCACC8F-AGGGTGGCTAAAAAAGAAAAGGR-ATCAAATCCTTACCTCTGCAGCSW9119F-CTCAGTTCTTTGGGACTGAACCR-CATCTGTGGAAAAAAAAGCCSW5119AAGCAGGAATCCCTGCATCCCCAGCCACCAGTCTGACSWr158F-TCCAATTCAACTCCTGGCTCR-GAATGTGCACATACCACATGCSW951F-TTTCACAACTCTGGCACCAGR-GATCGTGCCCAAATGGACSW2713F-TTCCATGGCTTTCTTCR-CATTCATTCCCAGTGAAACTTGDB43/T958.1—20236表5各微卫星DNA分子标