T∕SAASS 308-2025 耐盐马铃薯分子育种技术规程

ICS65.020.01CCS

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SAASS团 体 标 准T/SAASS308—2025耐盐马铃薯分子育种技术规程Technicalcodeofpracticeformolecularbreedingofpotatoinsalttolerance2025-12-22发布 2025-12-22实施山东农会 发布T/SAASS308—2025T/SAASS308—2025II目 次前言 III112范引文件 13语定义 14略语 15本择群构建 1轮亲本 1供亲本 1杂交 1实苗得 1组苗繁 26型定 2含培基备 2胁处理 2调与计 2耐性定 27基组测序 3基组DNA3全因测与数据控 4序比与异鉴定 48联析 49记发 5遗区选择 5引设与PCR5标有性证 510助择用 5亲选择 5后选择 5背选择 511案数管理 5总原则 5材标与案 5数管理 6附录A（料）MS养基方母配要求 7A.1MS养配方 72MS养母配制 7T/SAASS308—2025T/SAASS308—2025IIII附录B（料）PCR应体和增序 81PCR反体系 8B.2PCR扩程序 8T/SAASS308—2025T/SAASS308—2025IIIIII前 言本文件按照GB/T1.1—2020《标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定起草。本文件由山东农学会归口。T/SAASS308—2025T/SAASS308—2025PAGEPAGE1耐盐马铃薯分子育种技术规程范围本文件适用于利用分子育种技术培育耐盐马铃薯新品种。（GB18133马铃薯种薯GB/T30988-2014多酚类植物基因组DNA提取纯化及测试方法GB/T40664用于高通量测序的核酸类样本质量控制通用要求GB/T43584.2生物技术大规模并行测序第2部分：测序数据的质量评估/pubs/dm8本文件没有需要界定的术语和定义。缩略语下列缩略语适用于本文件。DNA：脱氧核糖核酸（DeoxyribonucleicAcid）BWA-MEM：Burrows-WheelerAligner软件的MaximalExactMatches算法模块BAM：SAM的二进制版本（BinarycompressedSAMFormat）GATK（GenomeAnalysisToolkit）SNP（SingleNucleotidePolymorphism）PCR（PolymeraseChainReaction）选择农艺性状优良但盐敏感材料作为轮回亲本（P1）。种薯应符合GB18133的要求。选择耐3‰～5‰中度及以上盐胁迫的材料作为供体亲本（P2）。种薯应符合GB18133的要求。杂交以P1为母本，以P2为父本，去雄授粉，获得杂交F1实生种子，记为P3群体，群体大小一般为200个～500个单株（基因型）。2%M20～2℃、2300lx16h8组培苗扩繁11cm5.46～77cm～8cm25d3100mmol/L～120mmol/LMSMSA31cmMS5135.4NaClMS20d株高0.1cm总鲜重0.1mg0.1mg根鲜重0.1mg按公式（1）计算： 𝑋=A/B (1)式中：X——耐盐系数；A——胁迫下的指标值，B——对照下的指标值。按公式（2）计算： =𝜎𝑖/𝜇i (2)式中：CVi——变异系数；i——第1，2，3，…，n个指标；σi——为各指标耐盐系数标准差；μi——为各指标耐盐系数平均值。权重按照公式（3）计算： 𝑊=𝐶𝑉/∑

𝐶𝑉···································································(3)𝑖式中：i——第1，2，3，…，n个指标；

𝑖 𝑖=1Wi——第i个综合指标在所有综合指标中的重要程度；CVi——主成分分析所得的各个综合指标的贡献率。按照公式（4）计算： 𝑈(𝑋𝑖)=−𝑋𝑚𝑖𝑛)/(𝑋𝑚𝑎𝑥−𝑋𝑚𝑖𝑛)·····················································(4)式中：i——第1，2，3，…，nXi——第Xmax——第i个指标中的最大值；Xmin——第i个指标中的最小值。按照公式（5）计算： 𝐷(𝑋)=∑

[𝑈(𝑋)×𝑊]····························································(5)𝑖式中：D(Xii——第1，2，3，…，n

𝑖=1 𝑖 𝑖根据D值对马铃薯组培苗耐盐性进行分级，分级标准见表1。表1 马铃组苗盐分标准级别加权隶属函数耐盐性1D(x)≥0.7高耐(HT)20.5≤D(x)＜0.7耐(T)30.3≤D(x)＜0.5中等(MT)4D(x)＜0.3弱(S)基因组DNA提取亲本和杂交后代群体的基因组DNA按照GB/T30988-2014中第8章的要求进行。所提取DNA样本的质GB/T40664DNA全基因组测序与原始数据质控测序5150bp测序原始数据的质量评估按照GB/T43584.2的要求执行，去除接头污染和低质量的序列，Q30碱基比例不低于85%，得到过滤后的高质量序列，用于后续分析。序列比对与变异位点鉴定T2T载DM8.1_genome.fasta.gz。SNP使用软件BWA-MEM将过滤后的序列与DM8.1基因组序列进行比对，使用Picard工具建立BAM文件，使用GATK检测SNP位点，每个SNP位点在群体中的有效检测率须达到85%以上。bin-markerSNP选择亲本间测序深度大于5以上的位点，去除亲本间双杂合位点，筛选亲本间有多态性的SNP标记，仅保留位于染色体上的标记。SNPSNPBin-markerSNP10～20SNP111SNP1bin0kb的bb-mrkrP＜001Bin-marker（bin-map）母本bin-map：由所有在亲本P1中杂合、在P2中纯合的bin-marker构成，反映了母本染色体的重组情况。父本bin-map：由所有在亲本P2中杂合、在亲本P1中纯合的bin-marker构成，反映了父本染色体的重组情况。采用混合线性模型对耐盐性表型数据和亲本bin-map进行全基因组关联分析，模型包含bin-marker基因型作为固定效应，亲缘关系矩阵作为随机效应。以-log10（P）大于等于5（即P小于等于10-5）作为bin-marker遗传区段选择100kb200kb500kb7.3.2引物设计与PCR扩增使用Primer5SNP10018bp～25含量40%～60%，Tm5580bp～200bp根据6.4各性状隶属函数值挑选极端耐盐和极端盐敏感材料20个～25个，根据7.1获得极端材料和亲本的基因组DNA。PCRPCR反应体系、PCR扩增程序参见附录B，使用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。根据电泳胶图记录标记在亲本与极端材料间的多态性，记录标记在极端耐盐与极端盐敏感基因型5在杂交育种中，利用分子标记筛选具有优良目标性状基因的亲本。（F2F3代SNP总体原则建立统一的档案管理系统，对耐盐马铃薯分子育种过程中涉及的育种材料及相关数据进行系统化、规范化的管理，确保材料的可追溯性和数据的安全性与完整性。材料标识与档案数据管理系统收集分子育种全流程数据，确保准确、及时、格式统一。数据范围包括：：SNP、bin-markerDMSA.1

附录A（资料性）MS培养基配方和母液配制要求表A.1MS母液成分化学试剂质量浓度（mg/L）大量元素硝酸钾（KNO3）1900硝酸铵（NH4NO3）1650磷酸二氢钾（KH2PO4）170硫酸镁（MgSO4·7H2O）370氯化钙（CaCl2·2H2O）440微量元素碘化钾（KI）0.83硼酸（H3BO3）6.2硫酸锰（MnSO4·4H2O）22.3硫酸锌（ZnSO4·7H2O）8.6钼酸钠（Na2MoO4·2H2O）0.25硫酸铜（CuSO4·5H2O）0.025氯化钴（CoCl2·6H2O）0.025铁盐乙二胺四乙酸二钠（Na2EDTA·2H2O）37.3硫酸亚铁（FeSO4·7H2O）27.8有机成分肌醇100甘氨酸2.0盐酸硫胺素（维生素B1）0.1盐酸吡哆醇（维生素B6）0.5烟酸（维生素B3）0.5MSKNO3NH4NO37MSMS30g/L6.5g/L，pH为5.6～5.8PCR

附录B（资料性）PCR反应体系和扩增程序PCR10μLB.1表B.1PC