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文档简介
ICS11.220
CCSB41
团体标准
T/CVMAXXXXX—XXXX
非洲猪瘟病毒基因Ⅰ/Ⅱ型重组毒株、基因
Ⅰ型弱毒株和基因Ⅱ型毒株鉴别三重荧光
PCR检测方法
AfricanSwineFeverVirusTriplexFluorescencePCRKitfor
DifferentiatingGenotypeⅠandⅡRecombinantStrain,GenotypeⅠLow
VirulentStrainandGenotypeⅡStrain
征求意见稿
XXXX-XX-XX发布XXXX-XX-XX实施
中国兽医协会发布
T/CVMAXXXXX—XXXX
非洲猪瘟病毒基因Ⅰ/Ⅱ型重组毒株、基因Ⅰ型弱毒株和基因Ⅱ型毒
株鉴别三重荧光PCR检测方法
1范围
本文件规定了非洲猪瘟病毒基因Ⅰ/Ⅱ型重组毒株、基因Ⅰ型弱毒株和基因Ⅱ型毒株鉴别的荧光PCR检
测方法技术要求。
本文件适用于猪血清、组织、口腔拭子、肛门拭子等样品中的非洲猪瘟病毒核酸检测及基因Ⅰ/Ⅱ型
重组毒株、基因Ⅰ型弱毒株和基因Ⅱ型毒株的鉴别诊断。
2规范性引用文件
下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中,注日期的引用文件,
仅该日期对应的版本适用于本文件;不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本
文件。
GB/T6682分析实验室用水规格和试验方法
GB19489实验室生物安全通用要求
NY/T541兽医诊断样品采集、保存与运输技术规范
NY/T1948兽医实验室生物安全要求通则
3术语和定义
本文件没有需要界定的术语和定义。
4符号和缩略语
下列缩略语适用于本文件。
实时荧光PCR:实时荧光聚合酶链式反应(Real-timefluorescencepolymerasechainreaction)
ASFV:非洲猪瘟病毒毒(Africanswinefevervirus)
BHQ:无荧光淬灭基团(Blackholequencher)
Ct值:每个反应管内的荧光信号量达到设定的阈值所经历的循环数(Cyclethreshold)
DEPC:焦炭酸二乙酯(diethypyrocarbonate)
DNA:脱氧核糖核酸(Deoxyribonucleicacid)
FAM:羧基荧光素(Carboxyfluorescein)
HEX:六氯-6-甲基荧光素(Hexachlorofluorescein)
PBS:磷酸盐缓冲液(Phosphatebufferedsaline)
PCR:聚合酶链式反应(polymerasechainreaction)
RNA:核糖核酸(Ribonucleicacid)
ROX:无活性荧光参考染料(Carboxy-X-rhodamine)
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CY5:花青素荧光染料(Cyanine5)
Taq酶:TaqDNA聚合酶(TaqDNApoiymerase)
TEBuffer:Tris-EDTA缓冲液(Tris-EDTAbuffersolution)
5试剂
5.1提取试剂
选取商品化的病毒DNA与RNA共提取试剂盒并参照说明书进行核酸提取。
5.2扩增试剂
选取商品化的Taq酶扩增试剂盒并参照说明书进行配液与扩增。
5.3引物探针
本方法使用引物、探针信息见表1。
表1引物、探针信息表
检测靶标名称序列
B646L-F15’-TGGTATTCCTCCCGTGGC-3’
B646LB646L-R15’-TGCAGCTCTTACATACCCTTCC-3’
B646L-Probe1FAM-5’-CCGATGATCCGGGTGCGAT-3’TAMRA-N
X64R-F15’-GGTTCCAAAACAATATTGGCC-3’
X64RX64R-R15’-TATTTCACATCCGTGGCATCT-3’
X64R-Probe1VIC-5’-ATGGCTTACATGGTATATAC-3’-MGB
MGF-F15’-AGGATTTTAGGTTGGCCACT-3’
MGF_360-1
MGF-R15’-CGGCTGTGTGCGGAACT-3’
4L
MGF-Probe1CY5-5’-CAGAAGACGGGGTTCGGATACA-3’-BHQ2
IC-F15’-TGGTACATGGCGGCGAAT-3’
IC-GIC-R15’-TCGGCGAGAAGCTGATGTCT-3’
IC-P-ROXROX-5’-ACAGCATCCAGGGCCATTCAGATGTC-3’-BHQ2
5.4阳性对照及阴性对照
阳性对照的制备见附录A.1。
阴性对照的制备见附录A.2。
5.5其它试剂
dNTPMixture(2.5mMeach),Lyo-TaqStorageBuffer,1×TE缓冲液,DEPC处理水均为商品化产品,
PBS的制备见附录A.3。
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6仪器和耗材
超净工作台、离心机、电脑、实时荧光PCR仪及配套反应管(板)、组织研磨器、-20℃冰箱、微
量移液器(0.5~10μl,5~50μl,20~200μl,100~1000μl),移液器吸头(10μl,200μl,1000μl),1.5ml
无菌离心管,无菌注射器等。
7操作步骤
7.1样品采集
7.1.1血清样品采集:用无菌注射器抽取受检猪静脉血5ml,置于无菌离心管内,室温或者37℃倾斜
放置自然凝集20~30min,2000~3000r/min离心10min,分离血清装入新的离心管中,密封后冷藏或冷
冻保存。
7.1.2组织样品采集:采集受检猪的组织样品,首选脾脏,其次为淋巴结等。脾脏采集约3cm×3cm大
小,淋巴结选取出血严重的整体采集,将所采集样品放入50%甘油-PBS保存液中,密封后冷藏或冷冻
保存。
7.1.3口腔拭子样品采集:用医用棉签在口腔转动至少3次,采集口腔分泌物;蘸取分泌物后,立即
将拭子浸入1ml50%甘油-PBS保存液中,剪去露出部分,盖紧离心管盖,密封后冷藏或冷冻保存。
7.1.4肛门拭子样品采集:用棉拭子深入直肠,转圈,蘸取到粘液,立即将拭子浸入1ml50%甘油-PBS
保存液中,剪去露出部分,盖紧离心管盖,密封后冷藏或冷冻保存。
7.2样品保存与运输采集的样品可立即用于检测。不能立即检测的样品,2~8℃保存应不超过24h。
-20±5℃下应不超过3个月,-70℃以下可长期保存。样品运送采用低温保存进行运输,并在规定温度下
的保存期内送达。
7.3样本处理及核酸提取
7.3.1血清样品:无需进行前处理,直接用于核酸提取。
7.3.2组织样品:取待检组织样品约1g剪碎置于灭菌的组织研磨器中充分研磨,加入PBS混匀制备
10%组织匀浆液,3000r/min离心15min,取上清用于核酸提取。
7.3.3口腔拭子样品、肛门拭子样品:充分涡旋震荡含有口腔拭子的管子30s,尽力挤压拭子后,
3000r/min离心1min,取上清用于核酸提取。
7.3.4处理后的样本使用市售商品化病毒DNA与RNA共提取试剂盒提取病毒核酸,提取步骤严格参
照说明书。
8荧光PCR检测
8.1反应液配制(试剂准备区)根据检测样品数量n(n=待测样品数+阴性对照数+阳性对照数),按
下表每1反应配比,配制n+1个反应用量,最后充分混匀,瞬时离心,定量(20µl/管)分装至PCR反
应管中盖上PCR反应管盖,转移至样本处理区备用。A-ⅠH/ⅠL/Ⅱ-ExROX-反应液的制备见附录A.4,
A-ⅠH/ⅠL/Ⅱ-ExROX-酶混合液的制备见附录A.5,A-ⅠH/ⅠL/Ⅱ-ExROX-内标的制备见附录A.6。
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表2反应液配制
组分体积(µl)/反应
A-ⅠH/ⅠL/Ⅱ-ExROX-反应液18.50
A-ⅠH/ⅠL/Ⅱ-ExROX-酶混合液1.00
A-ⅠH/ⅠL/Ⅱ-ExROX-内标0.50
8.2加样(样本处理区)待测样品提取核酸、阴性对照和阳性对照各5µl,分别加入对应PCR反应
管,盖好管盖,转移至扩增区。
8.3荧光PCR扩增(PCR扩增区)(1)开机预热并检验仪器性能。(2)将PCR反应管放入扩增仪检
测孔内,按对应顺序设置阴性对照、阳性对照以及待检样本名称;按下表设置相关参数,进行荧光PCR
扩增。
体系反应体系设为25µl
信号采集FAM、HEX/VIC、ROX、CY5通道采集荧光信号
阶段条件循环数
预变性95℃:2min1
反应条件
变性95℃:15s
40
退火,延伸,荧光采集60℃:30s(此阶段结束时采集荧光信号)
9判定
9.1合理调整阈值线,不同仪器可根据仪器噪音情况进行调整。
9.2试验成立的条件
对照名称FAM通道HEX/VIC通道CY5通道ROX通道
Ct值>38.00或无Ct值>38.00或无Ct值>38.00或无
Ct值≤35.00,呈
阴性对照Ct值,无典型扩增Ct值,无典型扩增Ct值,无典型扩增
典型扩增曲线
曲线曲线曲线
Ct值≤38.00,呈Ct值≤38.00,呈典Ct值≤38.00,呈典Ct值≤35.00,呈
阳性对照
典型扩增曲线型扩增曲线型扩增曲线典型扩增曲线
9.3结果判定
FAM通道HEX/VIC通道CY5通道ROX通道结果判定
Ct值≤38.00,呈典Ct值≤38.00,呈典型Ct值≤38.00,呈典Ct值≤35.00,呈典
Ⅰ/Ⅱ型重组毒株
型扩增曲线扩增曲线型扩增曲线型扩增曲线
Ct值≤38.00,呈典Ct值≤38.00,呈典型Ct值>38.00或无Ct值≤35.00,呈典
Ⅰ型弱毒株
型扩增曲线扩增曲线Ct值,无典型扩增型扩增曲线
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曲线
Ct值>38.00或无
Ct值≤38.00,呈典Ct值≤35.00,呈典
Ct值,无典型扩增任意值Ⅱ型毒株
型扩增曲线型扩增曲线
曲线
Ct值>38.00或无Ct值>38.00或无Ct值>38.00或无
Ct值≤35.00,呈典非洲猪瘟病毒
Ct值,无典型扩增Ct值,无典型扩增Ct值,无典型扩增
型扩增曲线阴性
曲线曲线曲线
Ct值>35.00或无
任意值任意值任意值Ct值,无典型扩增结果无效*a
曲线
注:*a无效结果,应查找并排除原因,并对此样本进行重复实验。
10实验室生物安全要求
10.1本方法涉及非洲猪瘟感染性样品的实验操作应在(动物)生物安全三级试验室中进行,实验室生物
安全管理要求见GB19489。国家农业行政主管部门另有规定的,按其规定执行。
10.2使用过的实验器材和液体废弃物应先经过消毒液浸泡处理,再经高温高压处理后废弃。剩余样品
等固体废弃物应在生物安全柜中密封包装,经表面消毒后移出,再经高温高压处理后废弃。
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附录A
(规范性)
阳性对照、阴性对照及荧光PCR主要反应组分
A.1阳性对照
扩增非洲猪瘟病毒HLJ/18株B646L基因全长(1941bp),序列参见附录B.1,将非洲猪瘟病毒B646L基
因全长(1941bp)连接于pCAGGS载体,构建重组质粒pCAGGS-3P;扩增非洲猪瘟病毒SD/DY-I/21株X64R
基因全长及其两端序列(963bp),序列参见附录B.2,将非洲猪瘟病毒X64R基因全长及其两端序列(963bp)
连接于pCAGGS载体,构建重组质粒pCAGGS-3X;扩增非洲猪瘟病毒JS/LG/21株MGF_360-14L基因全
长及其两端序列(1321bp),序列参见附录B.3,将非洲猪瘟病毒MGF_360-14L基因全长及其两端序列
(1321bp)连接于pCAGGS载体,构建重组质粒pCAGGS-3M;用1×TE缓冲液将重组质粒pCAGGS-3P、
pCAGGS-3X、pCAGGS-3M稀释至分别约104copies/µl,保存于-20℃备用。pCAGGS载体质粒图谱及序
列参见附录B.4。
A.2阴性对照
阴性对照为DEPC处理水。
A.3PBS(0.01mol/L磷酸盐缓冲液,pH7.4)
PBS(0.01mol/L磷酸盐缓冲液,pH7.4)配方见表A.3
试剂用量
氯化钠(NaCl)8.00g
氯化钾(KCl)0.20g
磷酸氢二钠(Na2HPO4)1.44g
磷酸二氢钾(KH2PO4)0.24g
蒸馏水加至1000mL
将上述成分依次溶解,用盐酸(HCl)调pH至7.4,高压灭菌,4℃保存备用。
A.4A-ⅠH/ⅠL/Ⅱ-ExROX-反应液
A-ⅠH/ⅠL/Ⅱ-ExROX-反应液配方见表A.4
表A.4A-ⅠH/ⅠL/Ⅱ-ExROX-反应液配方
组分体积(µl)/反应
DEPC处理水4.625
10×HABuffer2.50
5×ProbeqPCRBuffer5.00
dNTPMixture(2.5mMeach)2.00
B646L-F1(10µM)0.50
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组分体积(µl)/反应
B646L-R1(10µM)0.50
B646L-Probe1(10µM)0.25
X64R-F1(10µM)0.50
X64R-R1(10µM)0.50
X64R-Probe1(10µM)0.25
MGF-F1(10µM)0.50
MGF-R1(10µM)0.50
MGF-Probe1(10µM)0.25
IC-F1(10µM)0.25
IC-R1(10µM)0.25
IC-P-ROX(10µM)0.125
Total18.50
A.5A-ⅠH/ⅠL/Ⅱ-ExROX-酶混合液
A-ⅠH/ⅠL/Ⅱ-ExROX-酶混合液配方见表A.5
表A.5A-ⅠH/ⅠL/Ⅱ-ExROX-酶混合液配方
组分体积(µl)/反应
HighAffinityHotStartTaq(5U/µl)0.25
Lyo-TaqStorageBuffer0.75
A.6A-ⅠH/ⅠL/Ⅱ-ExROX-内标
人工合成一段随机DNA片段(67bp)作为内标序列片段,序列参见附录B.5,将合成的内标序列片
段(67bp)连接于pUC57载体,构建重组质粒pUC57-IC-G;用1×TE缓冲液将重组质粒pUC57-IC-G稀释至
约104copies/µl,保存于-20℃备用。pUC57载体质粒图谱及序列参见附录B.6。
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附录B
(资料性)
非洲猪瘟病毒B646L基因、X64R基因、MGF_360-14L基因、内标及相关载体质粒序列
B.1非洲猪瘟病毒HLJ/18株B646L基因全长(1941bp)
非洲猪瘟病毒HLJ/18株(GenBank:MK333180.1)基因组103,618-105,558bp
genecomplement(103618..105558)
/gene="B646L"
CDScomplement(103618..105558)
/gene="B646L"
/codon_start=1
/product="B646L"
/protein_id="QBH90570.1"
/translation="MASGGAFCLIANDGKADKIILAQDLLNSRISNIKNVNKSYGKPDPEPTLSQIEETHLVHFNAHFKPYVPVGFEYN
KVRPHTGTPTLGNKLTFGIPQYGDFFHDMVGHHILGACHSSWQDAPIQGTSQMGAHGQLQTFPRNGYDWDNQTPLEGAVYTLVDPFGRP
IVPGTKNAYRNLVYYCEYPGERLYENVRFDVNGNSLDEYSSDVTTLVRKFCIPGDKMTGYKHLVGQEVSVEGTSGPLLCNIHDLHKPHQ
SKPILTDENDTQRTCSHTNPKFLSQHFPENSHNIQTAGKQDITPITDATYLDIRRNVHYSCNGPQTPKYYQPPLALWIKLRFWFNENVN
LAIPSVSIPFGERFITIKLASQKDLVNEFPGLFVRQSRFIAGRPSRRNIRFKPWFIPGVINEISLTNNELYINNLFVTPEIHNLFVKRV
RFSLIRVHKTQVTHTNNNHHDEKLMSALKWPIEYMFIGLKPTWNISDQNPHQHRDWHKFGHVVNAIMQPTHHAEISFQDRDTALPDACS
SISDISPVTYPITLPIIKNISVTAHGINLIDKFPSKFCSSYIPFHYGGNAIKTPDDPGAMMITFALKPREEYQPSGHINVSRAREFYIS
WDTDYVGSITTADLVVSASAINFLLLQNGSAVLRYST"
B646L基因全长序列
ATGGCATCAGGAGGAGCTTTTTGTCTTATTGCTAACGATGGGAAGGCCGACAAGATTATATTGGCCCAAGACTTGCTGAATAGCAGGAT
CTCTAACATTAAAAATGTGAACAAAAGTTATGGGAAACCCGATCCCGAACCCACTTTGAGTCAAATCGAAGAAACACATTTGGTGCATT
TTAATGCGCATTTTAAGCCTTATGTTCCAGTAGGGTTTGAATACAATAAAGTACGCCCGCATACGGGTACCCCCACCTTGGGAAACAAG
CTTACCTTTGGTATTCCCCAGTACGGAGACTTTTTCCATGATATGGTGGGCCATCATATATTGGGTGCATGTCATTCATCCTGGCAGGA
TGCTCCGATTCAGGGCACGTCCCAGATGGGGGCCCATGGGCAGCTTCAAACGTTTCCTCGCAACGGATATGACTGGGACAACCAAACAC
CCTTAGAGGGCGCCGTTTACACGCTTGTAGATCCTTTTGGAAGACCCATTGTACCCGGCACAAAGAATGCGTACCGAAACTTGGTTTAC
TACTGCGAATACCCCGGAGAACGACTTTATGAAAACGTAAGATTCGATGTAAATGGAAATTCCCTAGACGAATATAGTTCGGATGTCAC
AACGCTTGTGCGCAAATTTTGCATCCCAGGGGATAAAATGACTGGATATAAGCACTTGGTTGGCCAGGAGGTATCGGTGGAGGGAACCA
GTGGCCCTCTCCTATGCAACATTCATGATTTGCACAAGCCGCACCAAAGCAAACCTATTCTTACCGATGAAAATGATACGCAGCGAACG
TGTAGCCATACCAACCCGAAATTTCTTTCACAGCATTTTCCCGAGAACTCTCACAATATCCAAACAGCAGGTAAACAAGATATTACTCC
TATCACGGACGCAACGTATCTGGACATAAGACGTAATGTTCATTACAGCTGTAATGGACCTCAAACCCCTAAATACTATCAGCCCCCTC
TTGCGCTCTGGATTAAGTTGCGCTTTTGGTTTAATGAGAACGTGAACCTTGCTATTCCCTCAGTATCCATTCCCTTCGGCGAGCGCTTT
ATCACCATAAAGCTTGCATCGCAAAAGGATTTGGTGAATGAATTTCCTGGACTTTTTGTACGCCAGTCACGTTTTATAGCTGGACGCCC
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CAGTAGACGCAATATACGCTTTAAACCATGGTTTATCCCAGGAGTCATTAATGAAATCTCGCTCACGAATAATGAACTTTACATCAATA
ACCTGTTTGTAACCCCTGAAATACACAACCTTTTTGTAAAACGCGTTCGCTTTTCGCTGATACGTGTCCATAAAACGCAGGTGACCCAC
ACCAACAATAACCACCACGATGAAAAACTAATGTCTGCTCTTAAATGGCCCATTGAATATATGTTTATAGGATTAAAACCTACCTGGAA
CATCTCCGATCAAAATCCTCATCAACACCGAGATTGGCACAAGTTCGGACATGTTGTTAACGCCATTATGCAGCCCACTCACCACGCAG
AGATAAGCTTTCAGGATAGAGATACAGCTCTTCCAGACGCATGTTCATCTATATCTGATATTAGCCCCGTTACGTATCCGATCACATTA
CCTATTATTAAAAACATTTCCGTAACTGCTCATGGTATCAATCTTATCGATAAATTTCCATCAAAGTTCTGCAGCTCTTACATACCCT
TCCACTACGGAGGCAATGCGATTAAAACCCCCGATGATCCGGGTGCGATGATGATTACCTTTGCTTTGAAGCCACGGGAGGAATACCA
ACCCAGTGGTCATATTAACGTATCCAGAGCAAGAGAATTTTATATTAGTTGGGACACGGATTACGTGGGGTCTATCACTACGGCTGATC
TTGTGGTATCGGCATCTGCTATTAACTTTCTTCTTCTTCAGAACGGTTCAGCTGTGCTGCGTTACAGTACCTAA
注:划线部分为质粒pCAGGS-3P构建用引物覆盖部分,加粗部分为非洲猪瘟病毒基因Ⅰ/Ⅱ型重组毒株、Ⅰ型弱毒株
和Ⅱ型毒株鉴别三重荧光PCR检测方法中FAM通道检测靶标(B646L基因)所使用引物、探针序列覆盖部分。
B.2非洲猪瘟病毒SD/DY-I/21株X64R基因全长及其两端序列(963bp)
非洲猪瘟病毒SD/DY-I/21(GenBank:MZ945537.1)基因组15,777-16,739bp
gene16113..16307
/gene="X64R"
CDS16113..16307
/gene="X64R"
/codon_start=1
/product="X64R"
/protein_id="UEN73189.1"
/translation="MLLYIVIIVAYVSYKLVPKQYWPILMFMAYMVYTHEKLDINERSGFWKYIIAKLFRCHGCEICK"
X64R基因全长及其两端序列
TGGTTTGCTGACTATTTGGAATTTATAGAAGCAAAAATAGATACTTTTACTAATAGCAGTGCATTATAAGTGATCAAAATTTAATATCT
CATAAAAAAGGTACACATCAACATCATTCATTTGTTTCATGATGTTTGATTCATTACTTTCTACAATCACTGGGGGGGGGGTCTCTCAT
AGCTTTAGTATTGCTATGGTTTACTAATTATTATGTAGAATTTATAGGAGCAGATATATATGGTGGTAATTGTACTCTATAAGTTTATA
AAAATTTCAGTATATTTTTTTTGTTAATATAACAGAAATGATTTAAATTACAAAAAAAAGAGAATCATCATGCTATTATACATTGTTAT
TATAGTAGCATATGTAAGTTATAAATTGGTTCCAAAACAATATTGGCCAATACTCATGTTTATGGCTTACATGGTATATACCCATGAA
AAATTAGATATAAATGAAAGATCCGGATTTTGGAAATATATTATAGCAAAACTATTCAGATGCCACGGATGTGAAATATGTAAGTGAT
ATTAAAAACATAATACGAAGTGTAATAATTGACTATTTTTTGTTGAATGGAAACTGTTTTTGAGTAATATGTTGAACATAATGGTTTTT
ATAGATGTTAAATCATTTGATTGTAGTAATTGTACTAAATGATGTGAGATATAAACCTAGTTCAATCAAAATTTAATTTTTTTATAAAA
AGCTACAGAGTGTTTTATTAAACGTAGCTTATTTAAAAAGTTACACAATGTTAAAATCTCTACTTACTTTAATTCTTTGTGGGGTTTTA
tTAACTTTATCCATATTATGGCTTATTACTTACCATGTAGAACTTATAGAAGCAATAGATGATTTCTACGACTGAAATATAGAATAGTT
CATTTTCTATTTGTAAAATAATGATTTATATTCTCTCCTAAAAATACGATCGATCCTTTATATGCTTTGAAAACG
注:划线部分为质粒pCAGGS-3X构建用引物覆盖部分,加粗部分为非洲猪瘟病毒基因Ⅰ/Ⅱ型重组毒株、Ⅰ型弱毒株和
Ⅱ型毒株鉴别三重荧光PCR检测方法中HEX/VIC通道检测靶标(X64R基因)所使用引物、探针序列覆盖部分。
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B.3非洲猪瘟病毒JS/LG/21株MGF_360-14L基因全长及其两端序列(1321bp)
非洲猪瘟病毒JS/LG/21株(GenBank:OQ504956.1)基因组27,272-28,592bp
genecomplement(27568..28431)
/gene="MGF_360-14L"
CDScomplement(27568..28431)
/gene="MGF_360-14L"
/codon_start=1
/product="MGF_360-14L"
/protein_id="WFS78480.1"
/translation="MLSLQTLAKKVVACNYLSSDYDYTLQRFGLWWDLGPIHLCNNCKQVFSYKHLQCFSEDDLCLEAALVKAVKSDNL
ELIRLFVDWGANPEYGLIRVPAVYLKRLCAELGGLTPVSEPRLLEILKEVARLKSCAGVLLGYDMFCHNPLLETVTRTTLDTVTYTCSN
IPLTGDTAHHLLTKFWFALALRHNFTKAIHYFYKRHKNHLYWRVACSLYFNNIFDIHELCREKEICISPNLMMKFACLREKNYAAIYYC
HRLGASLDYGMNLSIYNNNTLNMFFCIDLGGCRF"
MGF_360-14L基因全长及其两端序列
TAATAACGCTAGAAGGCTTGTTTATAAGACAGTCATAAGCAGTCTATAAGACAGTCTATAAGCAGTCTATAAGACAGTCTATGACTTAG
TCTATAACTATAATTTCTGGATGGGCTGTAAGATACTCTTCGGCTCGTTTCAGATTTTTTGAAGTATATGTCTTTAGCATATCATATAT
TTCCTGGGGTTCGGTTACATCTAATACCAAGGTCACATCACGGCTGAAAAGCTGCTTTACTAAGAAAATGTTGCTCAAGTTATACATAT
AAGCTTTGTGCGCAATGAGTTGTGCCCTATCAAAATCGGCAGCCCCCCAAATCAATACAGAAAAACATGTTTAAAGTATTATTGTTATA
GATAGAAAGATTCATGCCATAATCGAGACTAGCCCCCAACCTATGACAGTAATAAATGGCCGCGTAATTTTTTTCCCGCAAGCAAGCAA
ATTTCATCATCAGATTAGGGCTGATGCAAATCTCTTTTTCACGACACAACTCGTGTATGTCAAAAATGTTATTAAAATAAAGGCTACAA
GCTACCCGCCAATAGAGGTGATTTTTATGCCTTTTATAGAAATAGTGAATAGCCTTTGTAAAATTATGTCGTAATGCCAGGGCAAACCA
AAACTTTGTTAATAGGTGGTGCGCCGTATCCCCCGTCAACGGAATGTTTGAACAGGTGTACGTAACTGTGTCTAAAGTGGTTCTAGTTA
CGGTTTCCAAGAGTGGATTATGACAAAACATGTCATAACCCAGCAGAACTCCTGCACAGGATTTTAGCCTGGCCACTTCTTTTAAAAT
TTCCAGAAGACGGGGTTCGGATACAGGCGTTAAGCCTCCCAGTTCCGCACACAGCCGCTTTAGATACACGGCAGGAACACGTATAAGC
CCATATTCAGGATTTGCGCCCCAATCCACAAATAAACGTATAAGTTCAAGATTATCGCTCTTCACGGCCTTTACTAGCGCCGCTTCGAG
ACAAAGATCATCCTCAGAAAAACACTGTAAATGTTTATACGAAAAAACTTGCTTACAATTGTTACATAGGTGAATAGGACCTAAATCCC
ACCACAAACCAAAACGCTGCAACGTATAATCATAGTCACTTGAAAGATAATTGCATGCCACAACTTTTTTGGCCAACGTTTGTAAAGAC
AACATACTAAGTTTAAAACATCTTAAATCTAAGCTAGCTAACTTTCAAGAAAACCCTCTATCCCTAAGAATATATCTTATAACTAGACT
TATAGCAGTAAAAATCAACTTTGGTTATTCTTTTTAATATAAAACGTCTAATTACTTGCAAAGGACTATAAAGCCCA
注:划线部分为质粒pCAGGS-3M构建用引物覆盖部分,加粗部分为非洲猪瘟病毒基因Ⅰ/Ⅱ型重组毒株、Ⅰ型弱毒株和
Ⅱ型毒株鉴别三重荧光PCR检测方法中CY5通道检测靶标(MGF_360-14L基因)所使用引物、探针序列覆盖部分。
B.4pCAGGS载体质粒图谱及序列
质粒图谱
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PropagationinE.coli
(1)克隆菌株:DH5α、TOP10、XL1-Blue等均可。
(2)原核抗性:Amp+,工作浓度建议为100ug/ml。
(3)培养温度:37℃。
DNA序列
GTCGACATTGATTATTGACTAGTTATTAATAGTAATCAATTACGGGGTCATTAGTTCATAGCCCATATATGGAGTTCCGCGTTACATAA
CTTACGGTAAATGGCCCGCCTGGCTGACCGCCCAACGACCCCCGCCCATTGACGTCAATAATGACGTATGTTCCCATAGTAACGCCAAT
AGGGACTTTCCATTGACGTCAATGGGTGGACTATTTACGGTAAACTGCCCACTTGGCAGTACATCAAGTGTATCATATGCCAAGTACGC
CCCCTATTGACGTCAATGACGGTAAATGGCCCGCCTGGCATTATGCCCAGTACATGACCTTATGGGACTTTCCTACTTGGCAGTACATC
TACGTATTAGTCATCGCTATTACCATGGGTCGAGGTGAGCCCCACGTTCTGCTTCACTCTCCCCATCTCCCCCCCCTCCCCACCCCCAA
TTTTGTATTTATTTATTTTTTAATTATTTTGTGCAGCGATGGGGGCGGGGGGGGGGGGGCCGCGCGCCAGCCGGGGCGGGGCGGGGCGA
GGGGCGGGGCGGGGCGAGGCGGAGAGGTGCGGCGGCAGCCAATCAGAGCGGCGCGCTCCGAAAGTTTCCTTTTATGGCGAGGCGGCGGC
GGCGGCGGCCCTATAAAAAGCGAAGCGCGCGGCGGGCGGGAGTCGCTGCGTTGCCTTCGCCCCGTGCCCCGCTCCGCGCCGCCTCGCGC
CGCCCGCCCCGGCTCTGACTGACCGCGTTACTCCCACAGGTGAGCGGGCGGGACGGCCCTTCTCCTCCGGGCTGTAATTAGCGCTTGGT
TTAATGACGGCTCGTTTCTTTTCTGTGGCTGCGTGAAAGCCTTAAAGGGCTCCGGGAGGGCCCTTTGTGCGGGGGGGAGCGGCTCGGGG
GGTGCGTGCGTGTGTGTGTGCGTGGGGAGCGCCGCGTGCGGCCCGCGCTGCCCGGCGGCTGTGAGCGCTGCGGGCGCGGCGCGGGGCTT
TGTGCGCTCCGCGTGTGCGCGAGGGGAGCGCGGCCGGGGGCGGTGCCCCGCGGTGCGGGGGGGCTGCGAGGGGAACAAAGGCTGCGTGC
GGGGTGTGTGCGTGGGGGGGTGAGCAGGGGGTGTGGGCGCGGCGGTCGGGCTGTAACCCCCCCCTGCACCCCCCTCCCCGAGTTGCTGA
GCACGGCCCGGCTTCGGGTGCGGGGCTCCGTGCGGGGCGTGGCGCGGGGCTCGCCGTGCCGGGCGGGGGGTGGCGGCAGGTGGGGGTGC
11
T/CVMAXXXXX—XXXX
CGGGCGGGGCGGGGCCGCCTCGGGCCGGGGAGGGCTCGGGGGAGGGGCGCGGCGGCCCCGGAGCGCCGGCGGCTGTCGAGGCGCGGCGA
GCCGCAGCCATTGCCTTTTATGGTAATCGTGCGAGAGGGCGCAGGGACTTCCTTTGTCCCAAATCTGGCGGAGCCGAAATCTGGGAGGC
GCCGCCGCACCCCCTCTAGCGGGCGCGGGCGAAGCGGTGCGGCGCCGGCAGGAAGGAAATGGGCGGGGAGGGCCTTCGTGCGTCGCCGC
GCCGCCGTCCCCTTCTCCATCTCCAGCCTCGGGGCTGCCGCAGGGGGACGGCTGCCTTCGGGGGGGACGGGGCAGGGCGGGGTTCGGCT
TCTGGCGTGTGACCGGCGGCTCTAGAGCCTCTGCTAACCATGTTCATGCCTTCTTCTTTTTCCTACAGCTCCTGGGCAACGTGCTGGTT
GTTGTGCTGTCTCATCATTTTGGCAAAGAATTCGAGCTCATCGATGCATGGTACCCGGGCATGCTCGAGCTAGCAGATCTTTTTCCCTC
TGCCAAAAATTATGGGGACATCATGAAGCCCCTTGAGCATCTGACTTCTGGCTAATAAAGGAAATTTATTTTCATTGCAATAGTGTGTT
GGAATTTTTTGTGTCTCTCACTCGGAAGGACATATGGGAGGGCAAATCATTTAAAACATCAGAATGAGTATTTGGTTTAGAGTTTGGCA
ACATATGCCATATGCTGGCTGCCATGAACAAAGGTGGCTATAAAGAGGTCATCAGTATATGAAACAGCCCCCTGCTGTCCATTCCTTAT
TCCATAGAAAAGCCTTGACTTGAGGTTAGATTTTTTTTATATTTTGTTTTGTGTTATTTTTTTCTTTAACATCCCTAAAATTTTCCTTA
CATGTTTTACTAGCCAGATTTTTCCTCCTCTCCTGACTACTCCCAGTCATAGCTGTCCCTCTTCTCTTATGAAGATCCCTCGACCTGCA
GCCCAAGCTTGGCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGC
ATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCT
GTCGTGCCAGCGGATCCGCATCTCAATTAGTCAGCAACCATAGTCCCGCCCCTAACTCCGCCCATCCCGCCCCTAACTCCGCCCAGTTC
CGCCCATTCTCCGCCCCATGGCTGACTAATTTTTTTTATTTATGCAGAGGCCGAGGCCGCCTCGGCCTCTGAGCTATTCCAGAAGTAGT
GAGGAGGCTTTTTTGGAGGCCTAGGCTTTTGCAAAAAGCTAACTTGTTTATTGCAGCTTATAATGGTTACAAATAAAGCAATAGCATCA
CAAATTTCACAAATAAAGCATTTTTTTCACTGCATTCTAGTTGTGGTTTGTCCAAACTCATCAATGTATCTTATCATGTCTGGATCCGC
TGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCTCTTCCGCTTCCTCGCTCACTGACTCGCTGCGCTCG
GTCGTTCGGCTGCGGCGAGCGGTATCAGCTCACTCAAAGGCGGTAATACGGTTATCCACAGAATCAGGGGATAACGCAGGAAAGAACAT
GTGAGCAAAAGGCCAGCAAAAGGCCAGGAACCGTAAAAAGGCCGCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATC
ACAAAAATCGACGCTCAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAAGCTCCCTCGTGCGC
TCTCCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGAAGCGTGGCGCTTTCTCAATGCTCACGCTGTAG
GTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTGGGCTGTGTGCACGAACCCCCCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTA
ACTATCGTCTTGAGTCCAACCCGGTAAGACACGACTTATCGCCACTGGCAGCAGCCACTGGTAACAGGATTAGCAGAGCGAGGTATGTA
GGCGGTGCTACAGAGTTCTTGAAGTGGTGGCCTAACTACGGCTACACTAGAAGGACAGTATTTGGTATCTGCGCTCTGCTGAAGCCAGT
TACCTTCGGAAAAAGAGTTGGTAGCTCTTGATCCGGCAAACAAACCACCGCTGGTAGCGGTGGTTTTTTTGTTTGCAAGCAGCAGATTA
CGCGCAGAAAAAAAGGATCTCAAGAAGATCCTTTGATCTTTTCTACGGGGTCTGACGCTCAGTGGAACGAAAACTCACGTTAAGGGATT
TTGGTCATGAGATTATCAAAAAGGATCTTCACCTAGATCCTTTTAAATTAAAAATGAAGTTTTAAATCAATCTAAAGTATATATGAGTA
AACTTGGTCTGACAGTTACCAATGCTTAATCAGTGAGGCACCTATCTCAGCGATCTGTCTATTTCGTTCATCCATAGTTGCCTGACTCC
CCGTCGTGTAGATAACTACGATACGGGAGGGCTTACCATCTGGCCCCAGTGCTGCAATGATACCGCGAGACCCACGCTCACCGGCTCCA
GATTTATCAGCAATAAACCAGCCAGCCGGAAGGGCCGAGCGCAGAAGTGGTCCTGCAACTTTATCCGCCTCCATCCAGTCTATTAATTG
TTGCCGGGAAGCTAGAGTAAGTAGTTCGCCAGTTAATAGTTTGCGCAACGTTGTTGCCATTGCTACAGGCATCGTGGTGTCACGCTCGT
CGTTTGGTATGGCTTCATTCAGCTCCGGTTCCCAACGATCAAGGCGAGTTACATGATCCCCCATGTTGTGCAAAAAAGCGGTTAGCTCC
TTCGGTCCTCCGATCGTTGTCAGAAGTAAGTTGGCCGCAGTGTTATCACTCATGGTTATGGCAGCACTGCATAATTCTCTTACTGTCAT
GCCATCCGTAAGATGCTTTTCTGTGACTGGTGAGTACTCAACCAAGTCATTCTGAGAATAGTGTATGCGGCGACCGAGTTGCTCTTGCC
CGGCGTCAATACGGGATAATACCGCGCCACATAGCAGAACTTTAAAAGTGCTCATCATTGGAAAACGTTCTTCGGGGCGAAAACTCTCA
AGGATCTTACCGCTGTTGAGATCCAGTTCGATGTAACCCACTCGTGCACCCAACTGATCTTCAGCATCTTTTACTTTCACCAGCGTTTC
TGGGTGAGCAAAAACAGGAAGGCAAAATGCCGCAAAAAAGGGAATAAGGGCGACACGGAAATGTTGAATACTCATACTCTTCCTTTTTC
AATATTATTGAAGCATTTATCAGGGTTATTGTCTCATGAGCGGATACATATTTGAATGTATTTAGAAAAATAAACAAATAGGGGTTCCG
CGCACATTTCCCCGAAAAGTGCCACCTG
12
T/CVMAXXXXX—XXXX
B.5内标序列片段(67bp)
TGGTACATGGCGGCGAATAACAGCATCCAGGGCCATTCAGATGTCGGAGACATCAGCTTCTCGCCGA
注:加粗部分为猪流行性腹泻病毒、猪A群轮状病毒、猪delta冠状病毒三重荧光RT-PCR检测方法中检测检测内标
(HEX/VIC通道)所使用引物、探针序列覆盖部分。
B.6pUC57载体质粒图谱及序列
质粒图谱
DNA序列
GAATTCGAGCTCGGTACCTCGCGAATGCATCTAGATATCGGATCCCGGGCCCGTCGACTGCAGAGGCCTGCATGCAAGCTTGGCGTAAT
CATGGTCATAGCTGTTTCCT
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