肿瘤免疫治疗研究整体方案培训课件

肿瘤治疗进入了免疫治疗的时代传统疗法手术切除(中早期首选)化疗放疗针对---癌细胞相对便宜放、化疗副作用相对大靶向疗法小分子靶向药（中晚期、有药敏位点的病人）单抗针对---癌细胞价格贵出现耐药免疫疗法调动机体的免疫系统，增强肿瘤免疫力针对---免疫系统（免疫细胞）超贵！疗效长，有效比例低联合治疗未来新方向多种联合手段；如多种免疫治疗联用；免疫治疗+靶向治疗等ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.1免疫治疗——可应用于不同肿瘤的治疗膀胱癌1-3乳腺癌4-8结直肠癌1,4,6,9-11胃癌8,11头颈癌12,13

肝细胞癌14,15白血病16肺癌6,8,11,17-19淋巴瘤6黑色素瘤4,6,11,15,20,21骨髓瘤22-25食管癌1,4,8卵巢癌1,4,6,8,11,15,20,21,26胰腺癌5,11

前列腺癌4,27肾细胞癌1,4,6,15,28已已在在多多种种肿肿瘤瘤中中观观察察到到肿肿瘤瘤介介导导的的免免疫疫系系统统抑抑制制现现象象ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.2肿瘤免疫治疗方法一览治疗性疫苗2,3强化免疫细胞功能1细胞输注2,3抗肿瘤单克隆抗体2,3利妥昔单抗曲妥珠单抗西妥昔单抗过继性细胞输注3（如CAR-T、TCR-T疗法）调节T细胞功能2,3细胞因子1TG40104Belagenpumatucel-L5Racotumomab6DRibbles7免疫检查点治疗CTLA-4抑制剂2PD-1抑制剂2PD-L1抑制剂2被动(获得性)1,2靶向肿瘤，基于免疫机制抗击肿瘤主动1直接作用于患者自身的免疫系统免疫治疗抗原依赖2非抗原依赖2CSCO2017ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.3肿瘤免疫治疗难点？？？哪些患者适用于免疫治疗？有哪些Biomarker适用于免疫治疗人群筛选？是否有单一Biomarker进行评估？如何对免疫治疗预后进行监测？……ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.4肿瘤免疫治疗获益肿瘤免疫原性肿瘤微环境免疫组库肿瘤免疫治疗标记物的研究思路MMR/MSI肿瘤突变负荷PD-L1表达肿瘤微环境表达谱T细胞浸润（TIL）T细胞组库1. 肿瘤免疫原性微卫星不稳定性肿瘤突变负荷2.肿瘤微环境PD-L1表达肿瘤微环境表达谱肿瘤免疫环境复杂，如何评估/预测免疫治疗疗效？——肿瘤免疫的标记物研究3. 免疫组库免疫淋巴细胞浸润TILT细胞组库（TCR测序）ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.5微卫星不稳定性（MSI/MMR）—肿瘤免疫治疗的“广谱”标记物FDA批准第一个“广谱抗癌药”Keytruda所有dMMR/MSI-H实体瘤结直肠癌子宫内膜癌胃癌…MSI检测方法：PCR+毛细管电泳微卫星不稳定性常规检测方法MMR：IHC（MLH1/MSH2/MSH6/PMS2）ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.6微卫星稳定性并非肿瘤免疫治疗的万能biomarker肿瘤突变负荷（TMB/TML）可能是更好的肿瘤免疫标记物？MSI-H患者普遍(83%)具有高肿瘤突变负荷并非所有肿瘤都是

dMMR/MSI-H，如该类型肺癌的比例很低子宫内膜癌、胃癌、结肠癌、直肠癌ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.7肿瘤突变负荷TMB/TML——肿瘤免疫治疗焦点肿瘤突变负荷(TMB/TML)肿瘤每Mb基因组序列中的体细胞非同义突变累积数量；TMB越高，新抗原产生越多，肿瘤免疫原性强，T细胞反应和抗肿瘤反应越强，越适合I-O治疗 ESMO2017,POPLAR&OAK. BettersurvivalCheckmate227——首次证实无论PD-L1表达水平如何，

I-O/I-O一线联合治疗能够为TMB高表达的NSCLC患者带来PFS显著获益的III期临床研究；使用组织TMB检测；

组织TMB与临床获益有关

组织TMB与血液TMB一致性不高ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.8赛默飞提供可靠、快捷、节省样本的肿瘤突变负荷TML方案OncomineTumorMutationLoad解决方案优化设计，为组织TMB检测提供更可靠数据——1.7MB，409

基因；肿瘤ONLY，无需癌旁，节省样本&精力——20ng

FFPE

DNA，强大的数据分析流程定位体细胞突变；更全面的数据报告——提供突变负荷，突变位点报告，FFPE样本质量和癌症突变诱因等多方位信息；兼容全自动化或手动流程，节省人工——样本到数据仅需45分钟手动操作时间；ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.9赛默飞TML方案数据分析流程一览赛默飞IonReporterTML胚系突变过滤链：只关注SNV基于1000基因组数据的过滤*（dbSNP数据库）基于5000外显子组的过滤*基于ExAc的过滤*去除来源于大于7bp

homopolymer序列的突变*只关注未注释突变或MAF

(MinorAllele

Frequency)

≤10-6Ion

Reporter使用的Population

Database——dbSNP(1000Genomes)EVS(5000Exomes)ExomeAggregationConsortium10赛默飞提供可靠、全面的肿瘤突变负荷TML报告每Mb基因组的突变负荷ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.11分析参数样本信息QC指标体细胞&体细胞+胚系突变情况突变模式分析突变诱因分析(吸烟、UV、FFPE质量等)赛默飞肿瘤突变负荷方案客户应用示例（IPATIMUP）“我们曾在一个结肠癌回顾性队列研究中使用了OncomineTumorMutationLoadAssay。结果显示，该试剂盒能将高突变负荷和低突变负荷的样本有效分离，其结果与肿瘤微卫星不稳定性具有很好的相关性。该试剂盒利用其简单的信息学，能够产生快速稳定的结果。结合其他的Oncomine试剂盒，我们确实拥有了全面的肿瘤样本检测方案。”——JoséCarlosMachado教授，博士IPATIMUP董事会成员兼集团协调人ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.12赛默飞TML方案与全外检测一致性高，助力临床获益的预测研究409genescovering1.7MbforexcellentcorrelationwithexomewidedataCOSMIC

v8021,056

exomesPan-cancerr2=

0.986赛默飞TML方案与全外检测一致性高ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.13数据分析发现，赛默飞方案可以对免疫治疗获益人群有效分类肿瘤免疫治疗获益肿瘤免疫原性免疫组库肿瘤免疫治疗标记物的研究思路MMR/MSI肿瘤突变负荷肿瘤微环境PD-L1表达肿瘤微环境表达谱T细胞浸润（TIL）T细胞组库1. 肿瘤免疫原性微卫星不稳定性肿瘤突变负荷2.肿瘤微环境PD-L1表达肿瘤微环境表达谱ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.14肿瘤免疫环境复杂，如何评估/预测免疫治疗疗效？——肿瘤免疫的标记物研究3. 免疫组库免疫淋巴细胞浸润TILT细胞组库（TCR测序）PD-L1表达不足以准确判断免疫治疗的获益人群PD-L1表达越高，临床获益越明显但表达<1%仍有获益人群NSCLCPD-L1（单靶点）效果不好肿瘤微环境的可量化检测免疫组化（IHC）方法不准ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.15肿瘤微环境中的基因表达谱助力肿瘤免疫的疗效与机理研究肿瘤微环境(tumormicro-environment，TME)

肿瘤细胞生活的特殊环境，由肿瘤间质、邻近的各种组织细胞、微血管、多种

免疫细胞和免疫分子组成。Nivolumab获益病人治疗前的TME表达谱明显不同 • 病人治疗前后的TME表达谱变化PreResponseOnCell171,934–949,November2,2017BritishJournalofCancer(2017)117,1–7|doi:10.1038/bjc.2017.136赛默飞肿瘤免疫微环境表达谱方案——OncomineImmuneResponseResearchAssay(OIRRA)多靶点代替单靶点，分子检测代替传统IHC；助力肿瘤免疫治疗的疗效与机理研究ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.16赛默飞肿瘤微环境表达谱方案（OIRRA）检测内容一览OIRRA选定的基因和通路ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.17肿瘤微环境方案OIRRA数据可靠、可高灵敏度检测低表达基因13例卵巢癌样品（OncomineImmune-Chef/Proton;TaqmanqPCR）OIRRA可高灵敏度地检测低表达基因，有助于研究肿瘤微环境中重要而表达量较低的通路OIRRA的基因表达检测结果与qPCR，IHC一致，数据可靠13例卵巢癌样品（OncomineImmune-Chef/Proton;Taqman

qPCR）ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.18赛默飞肿瘤微环境客户应用示例（RoswellParkCancerCenter+OmniSeq）ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.19赛默飞肿瘤微环境客户应用示例（RoswellParkCancerCenter+OmniSeq）获益预测打分高获益：人数占比26%，91.3%准确率；灰区：人数占比25%；低获益：人数占比49%，93%准确率。Training

Dataset：88位患者，包含

黑色素瘤，肾癌，膀胱癌，头颈癌，非小细胞肺癌；治疗方案：一种或多种FDA-approved

CPIs；64基因免疫表达谱分型：Predictive

valueoftheImmuneScoreforresponsetoCheck

Point

Inhibitors。ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.20肿瘤免疫治疗获益肿瘤免疫原性肿瘤微环境免疫组库肿瘤免疫治疗标记物的研究思路MMR/MSI肿瘤突变负荷PD-L1表达肿瘤微环境表达谱T细胞浸润（TIL）T细胞组库1. 肿瘤免疫原性微卫星不稳定性肿瘤突变负荷2.肿瘤微环境PD-L1表达肿瘤微环境表达谱肿瘤免疫环境复杂，如何评估/预测免疫治疗疗效？——肿瘤免疫的标记物研究3. 免疫组库免疫淋巴细胞浸润TILT细胞组库（TCR测序）ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.21T细胞组库（TCR测序）—肿瘤免疫治疗研究重要方向“使用T细胞受体（TCR）测序检测T细胞组库，发现Nivolumab肿瘤免疫治疗响应与T细胞组库变化相关”Cell171,934–949,November2,2017T细胞组库研究的应用方向：肿瘤免疫检查点治疗的机理研究、标记物开发、基于TCRβ的免疫治疗副作用研究免疫细胞治疗、其它免疫相关疾病（病毒类疾病、自身免疫疾病）赛默飞免疫组库分型方案——IonAmpliSeq™ImmuneRepertoire

AssayPlus,TCR

betaForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.22样品制备 文库制备模板制备、测序数据分析赛默飞TCR免疫组库NGS方案介绍RNA起始；血液，新鲜/冰冻组织，分选细胞；Ion

AmpliSeq多重PCR技术扩增CDR1/2/3区域；400bp文库IonGeneStudio

S5Ion

Reporter生成TCR分型报告（ShannonDiversity,Evenness,VJcombinations等）更全面——AmpliSeq多重PCR技术，实现了CDR1/2/3区域的全覆盖；实验和数据分析简便、快捷——自动化程度高，2天获得内容丰富的分析报告；上样量灵活——兼容(10ng~2.5ug)起始RNA；数据可靠——成熟的检测和分析流程，避免引物偏好带来的误差；ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.23肿瘤免疫治疗获益肿瘤免疫原性肿瘤微环境免疫组库肠道菌群研究——肿瘤免疫治疗新思路MMR/MSI肿瘤突变负荷PD-L1表达肿瘤微环境表达谱T细胞浸润（TIL）T细胞组库肠道菌群ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.242018新年首期Science，重磅三连发——肠道菌群影响肿瘤免疫治疗效果肠道菌群对免疫治疗有重要影响特定肠道菌群缺乏，使肺癌、肾癌患者的抗PD-1疗法响应差1；肠道菌群的组成和多样性，与黑色素瘤患者的免疫治疗获益相关2,3；肠道菌群有助于免疫治疗的疗法优化，Biomarker开发和机理研究肠道菌群的常用研究手段——16s

rRNA基因测序鸟枪法宏基因组测序；赛默飞肠道菌群方案ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.251.Routyetal.,Science359,91–97(2018)；2.V.Gopalakrishnanetal.,Science10.1126/science.aan4236(2017)；3.Matsonetal.,Science359,104–108(2018)扩增16s区域文库构建模板制备测序数据分析更长、更快、数据分析更简单的赛默飞16s检测方案为分型更准，测更多V区，reads是否够长？为提高效率，数据分析够不够简单？16s客户疑问赛默飞提供：长达600bp

reads，业界最长；出具16s数据分析、注释、分类完整报告；2天内完成样本到报告的工作Ion

16s宏基因组试剂盒(或)根据需求设计V区引物IonXpress™

Plus片段文库试剂盒IonChef，Genestudio

S5自动化模板制备和测序平台Ion

Reporter16s分析流程ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.26可靠的赛默飞鸟枪法宏基因组方案Routy等人在2018首期Science发表文章——“应用IonTorrentNGS平台，和鸟枪法宏基因组测序，发现肠道菌群与NSCLC和RCC的抗PD-1疗效相关”Routyetal.,Science359,91–97(2018)；文库构建模板制备测序数据分析IonXpress™

Plus片段文库试剂盒IonChef，Genestudio

S5自动化模板制备和测序平台数据可承接多种成熟分析软件ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.27肿瘤免疫治疗获益肿瘤免疫原性肿瘤微环境免疫组库肠道菌群赛默飞方案多角度、全方位支持肿瘤免疫治疗研究ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.28PD-L1表达肿瘤微环境表达谱T细胞浸润（TIL）T细胞组库MMR/MSI肿瘤突变负荷赛默飞肿瘤突变负荷方案OncomineTumorMutation

Load赛默飞肿瘤微环境研究方案OncomineImmuneResponseResearchAssay赛默飞免疫组库方案AmpliSeqImmuneRepertoireAssay,TCRbeta肠道宏基因组赛默飞肠道菌群研究方案16srRNASequencingShortgun

Sequencing赛默飞助力中国肿瘤免疫治疗研究2