2025年合成生物学基因功能模块性能退化模型开发合同

2025年合成生物学基因功能模块性能退化模型开发合同合同编号：__________

第一章总则

第一条合同名称

本合同名称为《2025年合成生物学基因功能模块性能退化模型开发合同》。

第二条合同目的

本合同旨在通过双方合作，共同开发合成生物学基因功能模块性能退化模型，以提升基因功能模块在合成生物学应用中的稳定性和可靠性。

第三条合同依据

本合同的订立和履行，依据《中华人民共和国合同法》、《中华人民共和国生物技术促进法》及相关法律法规的规定。

第四条合同期限

本合同有效期为自双方签字盖章之日起三（3）年，自合同期满前三十（30）日内，双方可协商续签合同。

第五条合同主体

1.甲方（委托方）：[甲方名称]

（1）法定代表人：[法定代表人姓名]

（2）注册地址：[注册地址]

（3）联系方式：[联系方式]

2.乙方（研发方）：[乙方名称]

（1）法定代表人：[法定代表人姓名]

（2）注册地址：[注册地址]

（3）联系方式：[联系方式]

第六条合同价款

1.乙方完成本合同约定的研发任务后，甲方应向乙方支付研发费用共计人民币[金额]元（大写：[金额大写]）。

2.支付方式：甲方应在本合同签订之日起十（10）日内向乙方支付首付款，金额为人民币[金额]元（大写：[金额大写]）；剩余款项应在乙方完成研发任务并提交成果后十（10）日内支付。

第二章研发内容

第七条研发目标

1.开发合成生物学基因功能模块性能退化模型，包括但不限于基因表达调控、蛋白稳定性、代谢通路优化等方面。

2.模型应能够准确预测基因功能模块在不同环境条件下的性能退化情况，并提供相应的优化方案。

第八条研发内容

1.收集和分析基因功能模块的相关数据，包括基因序列、表达量、蛋白结构等。

2.建立基因功能模块性能退化模型，包括退化机理分析、退化路径预测、退化抑制策略等。

3.通过实验验证模型的准确性和可靠性，并进行必要的调整和优化。

4.提供模型的应用指南和操作手册，包括模型使用方法、参数设置、结果解读等。

第九条研发成果

1.研发成果包括但不限于基因功能模块性能退化模型、模型验证报告、应用指南和操作手册等。

2.乙方应向甲方提供研发成果的电子版和纸质版各一份，并在交付成果时提供相应的知识产权证明文件。

第三章知识产权

第十条知识产权归属

1.本合同项下的研发成果，其知识产权归甲方所有。

2.乙方在履行本合同过程中产生的其他知识产权，归乙方所有，但乙方应保证不侵犯甲方的知识产权。

第十一条知识产权保护

1.甲方应负责保护本合同项下的研发成果的知识产权，包括但不限于申请专利、登记软件著作权等。

2.乙方应配合甲方进行知识产权保护工作，提供必要的协助和证明文件。

第十二条知识产权许可

1.甲方有权在本合同有效期内及期满后五（5）年内，以任何方式使用、许可或转让本合同项下的研发成果。

2.乙方在未经甲方书面同意的情况下，不得以任何方式使用、许可或转让本合同项下的研发成果。

第四章保密条款

第十三条保密内容

1.本合同项下的所有技术信息、商业信息、财务信息等均属于保密内容。

2.双方应对保密内容进行严格保密，未经对方书面同意，不得向任何第三方披露。

第十四条保密期限

1.本合同项下的保密期限为自本合同签订之日起五（5）年。

2.保密期限届满后，双方仍有义务对在本合同履行过程中获悉的对方商业秘密进行保密。

第十五条保密例外

1.依法或依据法律规定应披露的保密内容。

2.双方均已知悉且已披露的保密内容。

3.第三方合法获取且未违反保密义务的保密内容。

第五章违约责任

第十六条违约情形

1.甲方未按合同约定支付研发费用，应向乙方支付违约金，违约金为未支付金额的百分之二十（20%）。

2.乙方未按合同约定完成研发任务，应向甲方支付违约金，违约金为合同总金额的百分之二十（20%）。

3.任何一方违反保密义务，应向对方支付违约金，违约金为合同总金额的百分之五十（50%）。

第十七条违约处理

1.违约方应在收到违约通知后十（10）日内纠正违约行为。

2.若违约方未能纠正违约行为，守约方有权解除合同，并要求违约方承担违约责任。

第六章争议解决

第十八条争议解决方式

1.本合同项下的争议，双方应友好协商解决；协商不成的，任何一方均有权向甲方所在地人民法院提起诉讼。

第十九条争议处理原则

1.争议处理应遵循公平、合理、合法的原则。

2.争议处理过程中，双方应积极采取措施，避免争议扩大，并保护双方的合法权益。

第七章合同生效及终止

第二十条合同生效

本合同自双方签字盖章之日起生效。

第二十一条合同终止

1.本合同在下列情况下终止：

（1）合同期限届满，双方未续签合同的。

（2）双方协商一致终止合同的。

（3）因不可抗力导致合同无法履行的。

2.合同终止后，双方应按照本合同约定进行善后处理，包括知识产权保护、保密义务履行等。

第八章其他条款

第二十二条通知方式

1.本合同项下的所有通知、文件等均应采用书面形式，并通过专人递送、挂号信、电子邮件等方式送达。

2.通知送达后，应在三（3）日内产生法律效力。

第二十三条合同修改

1.本合同的任何修改，均须经双方书面同意，并签署书面补充协议。

2.补充协议与本合同具有同等法律效力。

第二十四条不可抗力

1.不可抗力是指不能预见、不能避免并不能克服的客观情况，包括但不限于自然灾害、战争、政府行为等。

2.不可抗力发生时，双方应立即通知对方，并采取措施减少损失。

3.因不可抗力导致合同无法履行的，双方互不承担违约责任。

第二十五条法律适用

本合同的订立、履行、解释及争议解决均适用中华人民共和国法律。

第二十六条合同完整

本合同及其附件构成双方之间就本合同标的达成的完整协议，取代双方此前就此达成的所有口头或书面协议、谅解等。

第二十七条不可分割性

本合同的任何条款均不可分割，若任何条款被认定为无效或不可执行，不影响其他条款的效力。

第二十八条文本及份数

本合同一式两份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。

甲方（盖章）：____________________

法定代表人（签字）：______________

日期：____________________

乙方（盖章）：____________________

法定代表人（签字）：______________

日期：____________________

**一、生物制药领域基因功能模块性能退化模型开发**

在生物制药领域，基因功能模块性能退化模型的开发主要应用于新药研发，特别是通过基因工程改造微生物或细胞以生产药物。这种应用场景下，合同应特别关注以下几个方面：

1.**研发内容条款（第八条）的修正说明**

在研发内容中，需明确基因功能模块的性能退化模型需与药物生产工艺紧密结合，包括但不限于：药物靶点基因的稳定性、药物合成通路中关键酶的活性退化、药物产物在异源表达系统中的折叠和分泌效率退化等。需增加"模型应能预测不同宿主细胞（如大肠杆菌、酵母、哺乳动物细胞）中基因功能模块的性能退化差异"这一子条款，以适应不同生物反应器的工艺需求。

2.**知识产权条款（第十条、第十二条）的特别约定**

由于生物制药领域研发成果直接关系到药品审批和商业利益，建议增加"研发成果的专利申请策略"这一子条款，明确专利申请的主体、时间节点及费用承担。同时，在知识产权许可条款中增加"模型输出参数的商业化使用许可"这一子条款，以保障甲方在后续工艺优化中的自主权。

**二、农业生物技术领域基因功能模块性能退化模型开发**

在农业生物技术领域，该模型主要应用于作物改良，如抗逆性、产量提升等性状的基因工程改造。针对这一场景，合同需关注以下特殊条款：

1.**研发内容条款（第八条）的适应性调整**

需增加"模型应考虑农业生态环境因素（如土壤、气候、病虫害）对基因功能模块性能的影响"这一子条款，并明确"需建立不同农业环境下的退化模型参数库"。同时，在研发成果中增加"模型对不同基因型作物的性能退化预测报告"，以适应品种选育需求。

2.**保密条款（第十三条）的特殊约定**

农业生物技术成果常涉及国家品种审定标准，建议增加"模型退化机理分析中涉及到的核心基因序列信息，未经国家农业农村部批准不得对外披露"这一保密条款，以符合农业生物新品种保护的法规要求。

**三、工业生物技术领域基因功能模块性能退化模型开发**

在工业生物技术领域，该模型主要应用于通过基因工程改造微生物生产生物材料、生物能源等。针对这一应用场景，合同需特别关注：

1.**研发内容条款（第八条）的专业化扩展**

需增加"模型应考虑工业生产中的发酵参数（温度、pH、通气量等）对基因功能模块性能的影响"这一子条款，并明确"需建立不同工业发酵工艺下的退化模型参数库"。同时，在研发成果中增加"模型对生产成本（培养基、能源消耗）影响的评估报告"，以符合工业生物技术的经济性要求。

2.**合同价款条款（第六条）的调整**

建议增加"根据工业生物技术成果的产业化潜力，可在模型开发后期增加额外奖励条款"，例如"若模型被成功应用于工业化生产并产生经济效益，甲方应按实际收益的[比例]%给予乙方额外奖励"，以激励乙方提供更优化的工业级模型。

**四、环境修复领域基因功能模块性能退化模型开发**

在环境修复领域，该模型主要应用于通过基因工程微生物降解污染物。针对这一场景，合同需关注以下特殊条款：

1.**研发内容条款（第八条）的专业化扩展**

需增加"模型应考虑污染物浓度、存在形式、环境微生物群落等因素对基因功能模块性能的影响"这一子条款，并明确"需建立不同污染环境下的退化模型参数库"。同时，在研发成果中增加"模型对环境生物安全性的评估报告"，以符合环保法规要求。

2.**知识产权条款（第十条）的特殊约定**

由于环境修复技术常涉及公益属性，建议增加"模型应用于公益性行业环境修复项目时，可申请政府相关科技专项支持"这一条款，并明确"乙方应优先向国家生态环境部提供模型应用示范案例"。

**五、合成生物学基础研究领域基因功能模块性能退化模型开发**

在合成生物学基础研究领域，该模型主要应用于理解基因功能模块的复杂行为规律。针对这一场景，合同需关注以下特殊条款：

1.**研发内容条款（第八条）的理论深度要求**

需增加"模型应建立基因功能模块性能退化的理论框架，包括但不限于系统生物学、非线性动力学等理论模型"这一子条款，并明确"需发表至少两篇同行评议的学术期刊论文"作为研发成果的一部分。

2.**保密条款（第十三条）的豁免约定**

基础研究领域的部分成果可能需要快速公开发表以促进学术交流，建议增加"对于模型中涉及的基础性理论突破，经双方协商一致，可在保密期内申请提前发表"这一豁免条款，以平衡知识产权保护与学术交流的需求。

**实际操作过程中可能遇到的问题及解决办法**

1.**问题：模型验证数据不足**

解决办法：在合同中增加"甲方应在合同签订后三十（30）日内提供至少[数量]组完整验证数据，包括但不限于基因序列、表达量、蛋白活性等原始数据"这一条款，并明确"若甲方未能按时提供数据，每延迟一日，应向乙方支付合同总金额的千分之一（0.1%）作为违约金"。

2.**问题：研发过程中出现不可预见的退化现象**

解决办法：在不可抗力条款（第二十四条）中增加"由于基因功能模块本身的复杂性导致的不可预见退化现象，经双方专家委员会鉴定后，可调整研发目标和技术路线，但调整后的研发周期相应顺延"这一特殊约定。

3.**问题：模型应用效果未达预期**

解决办法：在违约责任条款（第十六条）中增加"若最终模型应用效果与合同约定的性能指标相比下降超过[百分比]%，甲方应支付合同总金额的[百分比]%作为补偿金，并协助乙方进行模型优化"这一特别约定。

4.**问题：知识产权归属争议**

解决办法：在知识产权条款（第十条）中增加"对于基础研究成果的知识产权，双方可共同申请专利或选择发表学术论文，具体方式由双方在项目启动后三十（30）日内协商确定"这一争议解决机制。

**原始合同所需的所有详细附件**

1.附件一：基因功能模块性能退化模型开发技术路线图

包括但不限于：文献调研清单、实验设计方案、数据分析方法、模型建立步骤、验证方案等。

2.附件二：基因功能模块原始数据清单

包括但不限于：基因序列数据、表达谱数据、蛋白结构数据、代谢通路数据等。

3.附件三：模型验证指标体系

包括但不限于：预测准确率、退化机理解释力、参数鲁棒性、不同环境适应性等。

4.附件四：知识产权清单

包括但不限于：已申请专利、待申请专利、学术论文发表计划、技术秘密保护范围等。

5.附件五：保密信息清单

包括但不限于：核心算法、关键参数、实验数据、未公开成果等。

6.附件六：专家委员会组成名单

包括但不限于：合成生物学、系统生物学、生物信息学、生物工艺学等领域专家。

7.附件七：项目进度时间表

包括但不限于：各阶段任务节点、里程碑事件、交付成果时间等。

8.附件八：模型应用示范案例清单

包括但不限于：生物医药、农业、工业、环境修复等领域的应用场景。

9.附件九：费用支付计划表

包括但不限于：首付款、进度款、尾款、奖励金等支付节点和金额。

10.附件十：合同补充协议模板

用于记录双方在履行合同过程中达成的所有补充约定。

多方为主导时的，附件条款及说明

第三十一条甲方为主导时的特殊条款

第三十一条之一主导权行使范围

本合同项下，甲方作为主导方，对其主导的研发方向、技术路线选择、阶段性成果的验收标准及最终模型的整体性能要求拥有最终决定权。但甲方行使主导权时，应充分尊重乙方的专业意见，特别是在涉及基因功能模块复杂系统行为分析、退化机理的科学解释、模型算法的优化选择等专业性较强的领域，乙方的意见应作为甲方决策的重要参考。

第三十一条之二研发资源投入承诺

作为主导方，甲方承诺将为本合同项下的研发工作提供必要的资源支持，包括但不限于提供符合研发需求的实验场地、基础仪器设备、特定生物材料（如特殊菌株、细胞系、试剂耗材等），并确保这些资源的质量和供应稳定性。甲方应指定专门的项目管理接口人，负责协调内部资源需求，及时解决研发过程中遇到的环境、条件类问题，确保乙方研发工作的顺利开展。甲方未按本条款约定提供必要资源或支持，导致研发工作延误或受阻的，应承担相应责任，并可能需要调整合同履行期限或相应减免乙方部分研发费用。

第三十一条之三阶段性成果主导验收

本合同项下的阶段性成果（如模型原型、中间数据报告、初步验证结果等）的验收，由甲方主导进行。甲方应设立由内部技术专家及项目管理人员组成的验收小组，负责对乙方提交的阶段性成果进行评审。甲方应在收到乙方提交的阶段性成果后十五（15）日内组织验收，并给予乙方明确的验收结论（通过、有条件通过或未通过）。若验收结论为有条件通过，甲方应书面明确列出需乙方整改的具体事项、整改标准及完成时限；若验收结论为未通过，甲方应书面说明未通过的具体原因，并给予乙方合理的机会进行补充或修改。甲方无故拖延验收或无正当理由拒绝验收的，视为验收通过，并承担由此可能产生的责任。

第三十一条之四主导方向变更机制

甲方作为主导方，有权根据项目进展、技术突破或市场需求变化，提出对研发方向或技术路线的调整建议。若需调整，甲方应至少提前三十（30）日书面通知乙方，双方应就调整方案进行协商。若调整涉及重大变更，可能影响合同原定目标、费用或周期，双方应签署书面补充协议进行变更。甲方提出的变更建议应基于合理商业考量或技术必要性，但应尽量避免因非必要变更给乙方带来额外负担。

第三十一条之五主导成果的优先应用权

对于本合同项下基于甲方主导方向研发产生的成果，甲方享有在同等条件下优先将其应用于甲方自有项目或商业化开发的权利。但甲方行使此项权利时，不得侵犯乙方在本合同项下的知识产权，且应公平合理地给予乙方相应的支持或补偿，具体事宜由双方另行协商确定。

第三十一条之六主导方风险承担

在甲方主导决策范围内产生的风险（如技术路线选择风险、市场预期风险等），由甲方承担相应后果。但若因乙方违反合同约定或自身技术能力不足导致研发失败或成果不达标，甲方仍可行使主导权，要求乙方承担相应责任，并可能调整合同履行方式或解除合同。

第三十二条乙方为主导时的特殊条款

第三十二条之一主导权行使范围

本合同项下，乙方作为主导方，对其研发方案的具体设计、技术路径选择、实验方法确定、数据处理分析及模型构建等专业技术环节拥有主导权。乙方的专业判断和决策应基于科学原理和项目需求，并应定期向甲方汇报进展，接受甲方的监督和指导，特别是对于关键性技术决策，需获得甲方的书面确认。

第三十二条之二研发方案主导制定

乙方作为主导方，负责制定详细、科学、可行的研发方案，包括但不限于实验设计、模型假设、算法选择、验证方法等。该方案应充分论证其合理性和可行性，并考虑项目的整体目标和预算限制。乙方应向甲方提供至少两套备选研发方案供甲方选择，并详细说明各方案的优缺点、预期成本和周期。甲方应在收到方案后二十（20）日内做出选择或提出修改意见，逾期未回复的，视为默认乙方提交的方案。

第三十二条之三主导技术路线的调整

在乙方主导的技术路线实施过程中，如遇技术瓶颈或预期外情况，乙方有权根据专业判断调整具体技术实施路径，但调整后的方案不得根本性偏离合同约定的研发目标和范围。乙方实施任何重大调整前，应至少提前十五（15）日书面通知甲方，并附详细说明和论证。甲方应在收到通知后十（10）日内进行评估，并给予乙方明确反馈。若甲方认为调整方案不合理或偏离合同宗旨，有权要求乙方恢复原方案或提出替代方案。

第三十二条之四主导技术的知识产权保护

对于乙方在本合同履行过程中，基于其主导权研发产生的独创性技术成果（如新的模型算法、独特的参数设置、特殊的实验方法等），乙方享有优先申请专利或作为技术秘密进行保护的权利。甲方应积极配合乙方进行知识产权申请和保护工作，包括提供必要的背景信息、实验数据支持等。双方应就知识产权归属和利益分配达成书面协议，并作为本合同附件。

第三十二条之五主导成果的初步验证责任

乙方作为主导方，对其构建的模型及其输出结果负有初步验证和解释的责任。乙方应向甲方提供详细的模型验证报告，包括验证方法、数据结果、误差分析、机理解释等内容。若模型性能未达预期，乙方应主导进行原因分析和改进尝试，并承担主要的技术责任。甲方对乙方提交的验证报告有最终确认权，但应基于专业意见进行判断。

第三十二条之六主导方风险承担

在乙方主导决策范围内产生的风险（如实验设计缺陷、模型算法错误、数据处理失误等），由乙方承担相应后果。但若因甲方提供的原始数据存在重大瑕疵或未按约定提供必要支持导致研发困难或成果偏差，甲方应承担相应责任，并可能需要调整对乙方成果的验收标准。

第三十三条有第三方中介时的特殊条款

第三十三条之一中介角色及职责

本合同项下，若有第三方中介机构（以下简称"中介方"）参与，中介方应作为甲乙双方的独立第三方，主要履行以下职责：

（1）提供专业的项目管理服务，协调双方沟通，监督项目进度，确保合同按计划履行。

（2）组织或参与关键里程碑的评审会议，提供客观的评审意见。

（3）协助双方进行知识产权的评估、申请和管理。

（4）提供必要的法律、技术或商务咨询。

（5）处理合同履行过程中产生的争议，提出调解建议。

中介方不应干预甲乙双方基于合同约定的技术决策权和管理权。

第三十三条之二中介方的选任与更换

中介方的选任由甲乙双方协商一致后共同确定。任何一方均有权在合同履行期间，因不满中介方服务表现，提前[天数]日书面通知对方，要求更换中介方。更换中