细叶榕基因组简单重复序列与tRNA的鉴定分析

-PAGE2PAGE目录摘要……………………1关键词…………………1Abstract………………1Keywords……………1引言 41材料与方法 51.1细叶榕全基因组数据的获取 51.2tRNA基因预测 51.3SSR位点检索 51.4GBrowse创建 51.5数据分析 52结果与分析 52.1细叶榕tRNA基因组成及序列 62.2细叶榕tRNA基因二级结构预测 72.3GBrowse基因组浏览器创建结果 82.4细叶榕染色体长度、SSR数量及频度密度分布特征 92.4.1细叶榕染色体长度、数量 92.5细叶榕全基因组SSR不同核苷酸类型特征分析 92.5.1不同核苷酸类型长度分布 92.5.2完全型SSR不同核苷酸和重复类型的数量 92.5.3一至六核苷酸特征分析 103讨论 143．1细叶榕tRNA基因 143．2细叶榕SSR特征 14致谢 16参考文献 17

细叶榕基因组简单重复序列与tRNA的鉴定分析摘要：细叶榕（Ficusmicrocarpa.L.f.）属于桑科榕属植物，采用了生物信息学的方法获得细叶榕全基因组，以细叶榕全基因组序列为研究对象，预测其tRNA基因及其分析SSR特征。在tRNA方面，通过tRNAscan-SE2.0和RNAstructure6.5测20种tRNA二级结构，结果发现其中13种tRNA均能折叠形成典型的三叶草结构，碱基错配类型主要为G-U错配，并且利用MEGA11分析tRNA基因碱基含量，结果显示G含量最高，并且有明显G/C偏好。可为后续进一步研究细叶榕tRNA三级结构及其修饰类型奠定基础。在SSR方面，通过MISA对细叶榕全基因组序列进行SSR位点搜索，发现细叶榕全基因组共有72567个SSR位点，其中完全型有57114个，占79.14%。细叶榕SSR类型包括从单核苷酸至六核苷酸，说明其SSR类型丰富。其中单核苷酸数量最多，共38890个，占比68.00%，六核苷酸最少，只有200个，只占0.30%。丰富了细叶榕的SSR分子标记数据库，可为后续细叶榕遗传多样性分析、品种鉴定及分子标记辅助育种等研究奠定基础。关键词：细叶榕tRNA基因SSRtRNAscan-SEMISAIdentificationandanalysisofsimplerepeatsequencesandtRNAsintheFicusmicrocarpagenomeAbstract:FicusmicrocarpaL.f.,aspecieswithintheMoraceaefamily,hashaditscompletegenomesequencedusingbioinformaticsmethodologies.ThegenomicsequenceofFicusmicrocarpaservedasthesubjectofinvestigationforthepredictionoftRNAgenesandtheanalysisofSSRcharacteristics.InthecontextoftRNA,thesecondarystructuresof20tRNAmoleculesweredeterminedusingtRNAscan-SE2.0andRNAstructure6.5.Theresultsindicatedthat13ofthesetRNAmoleculescouldfoldintothecanonicalcloverleafstructure,withG-Umismatchesbeingthepredominanttypeofbasemismatch.Furthermore,theanalysisoftRNAgenebasecompositionusingMEGA11revealedthatguanine(G)wasthemostabundantbase,withanotableG/Cbias.ThesefindingsprovideafoundationforsubsequentresearchintothetertiarystructureandmodificationtypesoftRNAinFicusmicrocarpa.RegardingSSRs,asearchforSSRlociacrosstheentiregenomeofFicusmicrocarpawasconductedusingMISA,identifyingatotalof72,567SSRloci,ofwhich57,114(79.14%)wereperfectrepeats.TheSSRtypesinFicusmicrocarparangedfrommononucleotidetohexanucleotiderepeats,indicatingarichdiversityofSSRtypes.Mononucleotiderepeatswerethemostabundant,with38,890instances(68.00%),whilehexanucleotiderepeatsweretheleastcommon,withonly200instances(0.30%).ThisenrichmentoftheSSRmolecularmarkerdatabaseforFicusmicrocarpalaysthegroundworkforfuturestudiesongeneticdiversityanalysis,cultivaridentification,andmolecularmarker-assistedbreedinginthisspecies.Keywords:Ficusmicrocarpa.L.f.;tRNAgene;tRNAscan-SE2.0;MISA引言细叶榕（Ficusmicrocarpa.L.f.），隶属蔷薇目（Rosales）桑科（Moraceae）榕属（Ficus），别称赤榕、万年青，为常绿阔叶乔木典型代表。该物种以独特的形态学特征和卓越的环境适应性著称，在植物分类学及园林应用研究中具有重要地位。其形态特征是成熟植株垂直高度可达15—25米，冠幅扩展系数显著，老龄植株的气生根系统常呈现锈褐色，形成独特的“独木成林”生态景观。花果特征是隐头花序腋生对出，成熟时呈现黄至微红色泽，形态呈典型扁球状，花期集中于5-6月，果实成熟周期为9-10月REF_Ref25734\r\h[1]。在地理分布上，该物种原生境为热带及亚热带气候区，在我国南方、东南亚和印度次大陆形成优势种群REF_Ref25734\r\h[1]。生态适应性分析表明，其对多种生态逆境具有显著抗性，包括干旱胁迫、水涝环境及大气污染。细叶榕还具有极高的药用价值，细叶榕含有三萜化合物、黄酮类物质以及芳香化合物和氨基酸等，具有镇痛抗炎、降血糖等作用REF_Ref25940\r\h[2]。转运RNA（tRNA）是由RNA聚合酶Ⅲ催化产生的；也是将遗传信息从mRNA传递给蛋白质的核心分子，能够将相应的氨基酸带到核糖体上延伸多肽链用于合成蛋白质，同时读取mRNA上定义蛋白质序列的三个碱基密码子REF_Ref28922\r\h[3]；除此之外，tRNA还是细胞中含有稀有碱基最多的RNA，这与tRNA的结构稳定性以及与mRNA配对的准确性和与核糖体的相互作用有关REF_Ref28987\r\h[4]。近年来，国内研究主要聚焦于细叶榕的生态价值。林咏园，税伟，冯洁等人（2025）通过测量比较受试者在细叶榕（Ficusmicrocarpa)、高山榕（F.altissima)、雅榕（F.concinna）等树下的体温变化以及脉搏变化等，发现细叶榕的遮阳效果显著高于其他树种REF_Ref29052\r\h[5]。除此之外，陈小贞（2022）通过研究细叶榕隐头果内榕小蜂空间分布规律，从而更有助于我们理解榕果-传粉蜂-非传粉蜂之间的共存机制REF_Ref29167\r\h[6]。关于细叶榕基因组研究，国内外主要进行叶绿体基因组的解析，从而分析榕属植物之间的系统发育关系与进化。黄玉英、李静等人（2022）通过比较10种榕属植物发现，细叶榕叶绿体中约30个tRNA基因的分布模式与近缘种高度保守，其中tRNA-UUU（编码苯丙氨酸）和tRNA-GCG（编码丙氨酸）是榕属植物中使用最多和最少的REF_Ref30244\r\h[7]。因此，对于细叶榕的研究，更多的研究是利用叶绿体基因组或者线粒体基因组特征进行分析，但对tRNA基因及其结构的研究仍较薄弱。GBrowse（GenericGenomeBrowser）是一款基因组浏览器，基于Perl开发，可部署在Windows、macOS及Linux系统，能够集成多种数据类型，包括DNA序列、蛋白质结构、基因注释、SNP位点、RNA测序（RNA-seq）数据等，主要用于可视化基因组序列及其注释信息。广泛应用于基因组学、非编码RNA与比较基因组数据分析。本研究基于生物信息学手段，利用tRNAscan-SE2.0对细叶榕全基因组序列进行tRNA基因预测，并利用MEGA11对tRNA基因特征进行分析，最后通过在线版RNAstructure6.5对tRNA的二级结构进行可视化，旨在为未来的细叶榕植物的tRNA基因深入研究提供理论基础和新视角。简单重复序列（SimpleSequenceRepeat，SSR），又叫作微卫星DNA（SimpleSequenceRepeat）由1到6个碱基对（如A、T、CA、CT、GAA等）组成的重复单元串联形成的DNA片段，重复次数可高达50次，广泛分布于基因组的编码区和非编码区，包括内含子、基因间区等。并且它们存在于原核生物和真核生物的基因组中，其中不同物种中SSR的分布密度和类型存在差异，例如人类基因组中平均每10-50kb存在一个SSR位点。SSR标记具有多态性高、特异性高、工作简单、成本相对较低、易于检测、遗传共显性等优点。它们已广泛应用于种群分化、遗传多样性研究、亲缘关系分析、连锁分析、基因定位和遗传多样性研究，为各种作物的分子育种提供了便利REF_Ref29287\r\h[8]。SSR分子标记已用于各种植物，例如茶树（TeaPlant）（张磊，赵翊暄，陈强，等，2024）REF_Ref30443\r\h[9]、玉米（Zeamays）（闫雪纯，马昕，兰进好，2025）REF_Ref30522\r\h[10]、五指毛桃（FicushirtaVahl）（LuYetal.,2022）REF_Ref30633\r\h[11]小麦（Triticumaestivum）（赵吉平，权宝全，任杰成，等2024），REF_Ref30724\r\h[12]等植物构建遗传连锁图谱，进行品种鉴定，并分析遗传多样性。在水旱杂交稻种群中，SSR标记用于QTL鉴定，鉴定了7个QTL用于抗旱，可直接应用于抗性研究的标记辅助选择（MAS）（孔德艳，刘毅，王飞名，等，2025）REF_Ref30809\r\h[13]。本文利用MISA对SSR进行筛选并进行分析，为后续开展细叶榕植物的物种鉴定、分子标记开发、遗传背景分析、种质资源保护、系统发育进化等研究奠定基础。1材料与方法1.1细叶榕全基因组数据的获取在NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation）官网（）的Genome数据库中搜索Ficusmicrocarpa（登录号：JAINRI010000497.1），获取研究所需细叶榕的基因序列，以FASTA文件格式导出，在tRNAscan-SE2.0和MISA等上准备进行下一步操作。1.2tRNA基因预测利用tRNAscan-SE2.0软件对细叶榕全基因组序列进行tRNA基因预测，设置标准参数，并且利用在线版RNAstructure（/RNAstructure.html）对tRNAscan-SE2.0结果中的tRNA二级结构进行可视化。同时，利用MEGA11对细叶榕tRNA基因序列进行碱基含量分析。1.3SSR位点检索利用gMISA软件对细叶榕全基因组序列进行SSR位点搜索，参数标准设为由一到六核苷酸重复次数依次为10、6、5、5、5、5。细叶榕全基因组大小81.9Mb，核型为2n＝2x＝261.4GBrowse创建使用细叶榕基因组序列文件、GFF3注释信息、SSR.MISA、tRNA.out和tRNA.ss文件创建GBrowse基因组浏览器，使用版本为GBrowse2.54。1.5数据分析文中的数据分析和图表制作均使用Microsoft2024Excel软件完成。2结果与分析2.1细叶榕tRNA基因组成及序列利用tRNAscan-SE软件扫描了细叶榕的基因组中的tRNA基因（LoweandEddy1997）。使用默认设置，获得了620个tRNA基因，其中55个被tRNAscan-SE2.0归类为假基因。在剩余的565个tRNA基因中，并无编码硒代半胱氨酸tRNA，563个指定20个标准氨基酸的tRNA。其中461个编码标准氨基酸tRNA基因的Cove评分均高于58位（远高于默认的20），并被包含在最终的功能性tRNA基因集中。在编码标准氨基酸的tRNA基因当中，只有36个tRNA基因含有内含子，分别包括1个tRNA-Ala(TGC），1个tRNA-Thr(TGT),1个tRNA-Ser（GCT）,13个tRNA-Met(CAT），20个tRNA-Tyr（GTA）。细叶榕的tRNA基因全长为49241bp，其碱基组成为：A＝20.57％、G＝30.48％、T＝24.73％、C＝24.22％；AT含量（45.30%）＜CG含量（54.70％），存在明显的GC偏好。表1细叶榕全基因组tRNA基因序列组成Table1CompositionoftRNAGenesintheWholeGenomeofFicusmicrocarpa基因名称总数占比长度/bp反密码子类型数目tRNA-Arg508.2%70~806tRNA-Ser467.6%58~924tRNA-Gly457.4%70~913tRNA-Leu447.2%71~835tRNA-Pro426.9%71~743tRNA-Glu345.6%64~742tRNA-Val345.6%68~914tRNA-Ala335.4%71~784tRNA-Lys325.3%71~852tRNA-Asn284.6%69~902tRNA-Asp284.6%71~771tRNA-Met284.6%69~901tRNA-Thr264.3%70~784tRNA-Phe254.1%70~731tRNA-Gln233.8%71~742tRNA-Ile223.6%71~763tRNA-Tyr213.4%83~931tRNA-His162.6%71~732tRNA-Trp142.3%71~811tRNA-Cys101.6%70~7122.2细叶榕tRNA基因二级结构预测对20种tRNA基因的二级结构进行研究发现，tRNA-Leu，tRNA-Cys，tRNA-Ala，tRNA-Glu，tRNA-Lys，tRNA-Tys，tRNA-Pro，tRNA-Try，tRNA-Ser，tRNA-Asp，tRNA-Val，tRNA-His这13种tRNA基因可通过折叠形成三叶草二级结构，包括氨基酸臂、二氢尿嘧啶环、反密码子环和ＴΨC环。其他tRNA基因中缺少反密码子环的是tRNA-Arg，tRNA-Met和tRNA-Asn，缺少ＴΨＣ环的是tRNA-Glu，缺少二氢尿嘧啶环的是tRNA-Phe、tRNA-Gly。其中，氨基酸接受臂长度为3～8nt，反密码子茎长度为4～10nt，反密码子环长度为4～8bp，TψC臂长度为4～9nt，TψC环长度为4～10bp，Ｄ茎长度为3～10nt，Ｄ环长度为4～9bp，碱基错配情况在氨基酸臂和ＴΨＣ环出现较多，而在二氢尿嘧啶臂（DHU）臂和反密码子臂错配较少并且碱基错配出现在反密码子臂时常出现在第一位。碱基对基本上能够满足互补配对原理，即各核苷酸碱基按Ａ与Ｔ之间通过两个氢键相连，Ａ与U之间通过两个氢键相连，Ｇ与Ｃ之间通过三个氢键相连。发生的错配情况符合Ｇ⁃Ｕ摆动配对原则。图1细叶榕基因组部分tRNA二级结构图Fig.1PartialtRNAsecondarystructurediagramoftheFicusmicrocarpa.Genome2.3GBrowse基因组浏览器创建结果登录34/cgi-bin/gb2/gbrowse/ER/，得到如图2所示界面。能够获得SSR以及tRNA相关信息，包括SSR在染色体上的位置、长度和重复类型等以及tRNA在染色体的位置、长度。图2GBrowse基因组浏览器Fig.2GBrowseGenomeBrowser2.4细叶榕染色体长度、SSR数量及频度密度分布特征2.4.1细叶榕染色体长度、数量利用MISA软件对细叶榕全基因组进行SSR搜索，共检索到72567个SSR，长度在10～674bp，平均长度为29.99bp。细叶榕基因组全长为81.9Mb，SSR出现频率为886.04bp/个。对检测到的SSR进行分类，可分为2大类：（1）完整型核苷酸：即一至六核苷酸；（2）混合型核苷酸：不完全型（c）、复合型（c*）。检索到的SSR在染色体上，共有72172个，占总数的99.45%（一至六核苷酸共有57114个，占比79.14%；混合型核苷酸15058个占，比20.86%）。本研究主要对染色体上完全型核苷酸进行特征分析，染色体上完全型核苷酸共计57114个，其SSR位点分布较为稳定。平均每1Mb中含886个SSR位点。2.5细叶榕全基因组SSR不同核苷酸类型特征分析2.5.1不同核苷酸类型长度分布SSR长度范围在10～108bp，不同核苷酸SSR长度存在极显著差异，SSR长度≤15bp的有30748个，均由一、二、三核苷酸构成，分别有24696、4091、1961个，占总比的43.24%、7.16%、3.43%；SSR长度＞15bp的有26366个，并且在每一种类型核苷酸中均有出现，一至六核苷酸分别有14194、8291、2599、961、221、200，占总比的24.85%、14.52%、4.55%、1.68%、0.39%、0.35%。2.5.2完全型SSR不同核苷酸和重复类型的数量细叶榕完全型核苷酸共计57114个，从一至六核苷酸分别有38890、12382、4560、861、221、200个，数量最多的是一核苷酸，占完全型核苷酸68.00%，最少的是六核苷酸，占比0.3%；其不同重复类型种类共有1124种，一至六核苷酸分别有138、200、383、152、87、164种不同重复类型，重复基序类型数共计1124种，分别有4、12、60、70、56、152种，其中六核苷酸最多，但其仅占对应核苷酸重复基序理论数值3.71%。（表2）表2细叶榕完全型SSR不同核苷酸和重复类型的数量Table1NumberofdifferentnucleotidesandrepeattypesofcompleteSSRsinFicusmicrocarpa核苷酸类型核苷酸总数占完全型比例%重复类型数重复基序类型数重复基序理论数占重复基序理论值比例%单核苷酸3889068.09%13844100二核苷酸1238221.68%200121675三核苷酸45607.98%383606493.75四核苷酸8611.51%1527025627.34五核苷酸2213.87%875610245.47六核苷酸2203.50%16415240963.71总计57114100%112435454606.482.5.3一至六核苷酸特征分析一核苷酸共有38890个，其数量在完全型核苷中最多，长度范围在10～86bp，重复频次在10～86，不同重复类型共138种，相对应的不同重复基序类型有4种（图3）。一核苷酸长度主要分布在10～20bp，占总数的88.90%。其中，（T）10的长度最长，为45700bp，数量最多，共4570个；（T）86重复频次最高，为86次；重复序列的重复频次有97.60%集中在T和A。一核苷酸重复基序中数量最多的是T，占比为63.00%，其次是A、G、C，分别有13545、549、387个，各占比34.60%、1.40%、1.00%。二核苷酸SSR数量共有12382个，在完全型SSR中数量仅次于单核苷酸，占完全型核苷酸的21.68%。图3一核苷酸SSR位点中长度分布Fig.3DistributionofLengthsofOne-nucleotideSSRLoci二核苷酸长度在12～108bp，主要分布在12、14、16、18、20bp，各有2385、1706、1641、1525、1304个SSR，分别占二核苷酸总数的19.26%、13.78%、13.25%、12.32%、10.53%；其重复频次在6～54，二核苷酸SSR重复频次主要集中在6～10，共有8559次，占二核苷酸总数的69.12%。二核苷酸不同重复类型有200个，不同重复基序有12种，重复基序中数量最多的是AT，共有4334个，占二核苷酸总数的35.00%，占完全型SSR的7.59%；其次是TA，共2663个，占二核苷酸总数的21.51%，占完全型SSR的4.66%，重复基序数量最少的是CG，仅7个，占二核苷酸总数的0.06%（图4）。图4二核苷酸SSR位点中长度分布Fig.4DistributionofLengthsofBinaryNucleotideSSRLoci三核苷酸SSR共有4560个，占完全型核苷酸的7.98%，长度范围在15～63bp，重复频次在5～21次。三核苷酸长度主要分布在15bp和18bp，分别占比43.00%、24.12%。三核苷酸重复频次数量最多在0～5次，共计1961个SSR；不同重复基序类型中以AAT、TTA重复频次总和数量最多，分别为345、448次；（TTC）21长度最长，为63bp。三核苷酸不同重复类型数383种，不同重复基序类型数60种。不同重复频次数量最高的SSR基序是TTC，重复频次21次，其次是AAT，为20次。三核苷酸以TTA、AAT、TTC最多，分别有448、345、257个，占三核苷酸总数的9.82%、7.57%、5.64%。（图5）图5三核苷酸SSR位点中长度分布Fig.5DistributionofLengthsofTri-nucleotideSSRLoci四核苷酸SSR数量共有861个，占比为1.51%，长度范围在20～44bp，重复频次在5～10。其长度主要分布在20bp和24bp，分别占比65.16%、20.21%。四核苷酸重复频次数量最多的在5～6次，共735个SSR；四核苷酸SSR有152种不同重复类型，70种不同重复基序类型，其中以TATG、TTTC、AAAT重复频次总和数最高，不同重复频次计数分别为56、35、35次；（TATG）11和（AATA）11的长度最长均为44bp。四核苷酸以TTTA、ATTT、TTAT的SSR数量最多，分别有142（16.49%）、65（7.55%）、59（6.85%）个SSR（图6）。图6四核苷酸SSR位点中长度分布Fig.6DistributionofLengthsofFour-nucleotideSSRLoci五核苷酸数量共221个，长度范围在25～45bp，意味着重复频次在5～9。五核苷酸长度主要分布在25bp，占比为73.76%。其中以（CTTTT）9重复频次最高以及长度最长。五核苷酸SSR不同重复类型共有87种，且有56种不同种类的重复基序。以重复基序TTTTG、TTTTA、TTTTC、AAAAT的SSR数量最多，分别有23（10.41%）、22（9.95%）、18（8.14%）、18（8.14%）个SSR。不同重复类型的SSR数量大于10的仅有5种，且SSR数量小于10个的占66.97%。同一基序不同重复频次计数总和最多的SSR是CTTTT，有27个，其次是AAAAT、ATTTT、TTTTA、TTTTG、TTTCT、TTTGT、GTTTT，不同重复频次计数总和分别为26、19、18、18、18、18、18。（图7）。图7五核苷酸SSR位点中长度分布Fig.7DistributionofLengthsofFive-nucleotideSSRLoci六核苷酸SSR共有200个，是完全型核苷酸中数量最少的，仅占0.35%，长度范围在30～48bp，重复频次在5～8次。六核苷酸长度主要分布在30bp，占比74.00%。六核苷酸重复频次数量最多在0～5次，共计148个SSR；以重复基序TTTTTA、AAAAAT数量最多，分别有13、7个SSR，分别占六核苷酸总数的6.50%、3.50%。不同重复基序类型中以（AGGCTC)8、(AGCCTC)8、(GATTCC)8、(TGGCGA)8长度最长且重复频次最多，均长48bp，重复频次8次。六核苷酸不同重复类型数164种，不同重复基序类型数152种。同一基序不同重复频次计数总和最多的SSR是TTTTGT、GTTGGG、GATTCC，各有18、13、13个。在不同重复序列中数量最多的为TTTTTA，有10个，其次为AAAAAT、AAAAAC，分别有5、4个。（图8）图8六核苷酸SSR位点中长度分布Fig.8DistributionofLengthsofSixNucleotideSSRLoci3讨论3．1细叶榕tRNA基因细叶榕隶属于桑科榕属的乔木类别，在我国西南与华南区域广泛分布。于广东民间，该植物常被奉为“神树”“佛树”，承载着繁荣与长寿的美好寓意。此外，细叶榕具备较强的抗污染能力，适合作为行道树栽植，并且能够提供良好的遮荫效果。在药用价值层面，细叶榕可用于治疗糖尿病、溃疡、出血等多种病症，涵盖麻风病、皮肤瘙痒、肝脏疾病及牙痛等多个领域REF_Ref31083\r\h[14]。本研究借助tRNAscan-SE2.0、MEGA11等生物信息学工具，对细叶榕（Ficusmicrocarpa）全基因组tRNA基因的碱基构成与二级结构特征展开了分析。研究结果表明，其tRNA基因的GC含量存在明显的偏向性，其中G碱基的比例最高，而A碱基的占比相对较低，这一特性与榕属植物基因组的GC偏好性进化趋势相契合REF_Ref31234\r\h[15]。通过二级结构预测，在细叶榕基因组中成功鉴定出20种tRNA分子，其中13种能够形成典型的三叶草结构模型，与RobertW.Holley提出的经典三叶草结构高度一致。研究还发现，碱基错配现象主要出现在氨基酸接受臂和TψC臂区域，而DHU臂与反密码子臂的碱基配对较为完整，这表明这些关键功能域在进化过程中保持着较高的结构稳定性。在碱基配对规则方面，大多数配对位点遵循Watson-Crick互补原则，仅有少量位点存在非经典配对情况。分子进化分析显示，G-U错配在细叶榕中最为常见，这也是榕属植物的普遍特征。基于研究结果推测，G-U错配可能通过两种机制实现结构优化：一是发生G-U→G-C的转换突变，二是出现G-U→A-U的颠换突变。这种动态平衡机制在打破严格互补配对限制的同时，维持了茎区结构的稳定。此外，部分错配位点可通过RNA编辑机制进行修正REF_Ref31498\r\h[16-17]，这一发现为理解tRNA基因的进化与功能调控提供了新的视角。3．2细叶榕SSR特征本研究利用MISA软件对细叶榕全基因组进行搜索并分析SSR特征，检测到SSR位点数共72567个，完全型核苷酸有57114个，少于同为药用植物的无患子REF_Ref31681\r\h[18]、茉莉REF_Ref31746\r\h[19]、桂花REF_Ref31805\r\h[20]。细叶榕SSR重复类型数量共1124种，多于望春玉兰REF_Ref31893\r\h[21]、油茶REF_Ref32079\r\h[22]、无患子，由此说明细叶榕全基因组SSR重复类型数量丰富。经过统计细叶榕全基因组SSR数量丰富，不同核苷酸类型的SSR数量差异较为明显，细叶榕全基因组中单核苷酸SSR数量最多，占比为68.00%，这与桂花、无患子、茉莉一致，而在中六核苷酸数量是望春玉兰、油茶最多的，分别占总SSR数量的62.13%和64.39%。本研究结果显示，细叶榕完全型简单重复序列（SSR）的分布特征呈现出显著规律性。通过对单核苷酸至六核苷酸重复基序的系统分析发现，其完全型SSR数量与重复基元长度呈负相关关系，即随着重复单元碱基数目的增加（由单核苷酸向六核苷酸过渡），SSR位点数目呈现梯度递减趋势。该分布模式与植物基因组进化特征的研究结论相吻合，有研究表明，物种基因组中重复基序越少，其数目越多，则表明该物种的进化水平较高REF_Ref32475\r\h[23]，由此可以推断细叶榕具有较高的物种进化水平。细叶榕全基因组SSR不同重复基元中，从一至六核苷酸各优势重复基元依次为T、AT、TTA、TTTA、TTTTG、TTTTTA，细叶榕SSR序列在一定程度上偏好于A与T所构成的碱基。三核苷酸重复类型中TTA、AAT和TTC占比较多，表明不同物种之间SSR重复基序普遍存在显著差异。碱基偏好性可以反映密码子的使用偏好情况，不同的密码子能够形成不同的氨基酸种类，使得不同植物有着不同的表型特征和生理表达。有研究表明，在植物中，会普遍存在二核苷酸基序（AT)n重复类型REF_Ref32589\r\h\#[0"[24-25]，出现这种现象的原因有可能是因为富含A/T碱基的重复序列只通过两个氢键相连，相比G/C碱基的重复序列在DNA中比较容易解链REF_Ref17\r\h[26]。综上所述，本研究丰富了细叶榕的SSR分子标记库，可为细叶榕群体遗传多样性、品种鉴定、分子标记辅助育种及资源保护提供一定的研究基础。但是由于研究层次、研究范围、研究时间等原因，本研究还存在许多局限性。例如，在tRNA方面，本研究的研究对象仅聚焦于预测tRNA二级结构，旨在揭示tRNA结构的保守性和变异性，实验对象非常局限，仅仅只研究了tRNA基因的基础内容，之后可以将目光放远至研究tRNA的修饰类型及其功能，并且加以实验进行验证。在SSR方面，本研究只利用MISA对细叶榕全基因组进行SSR搜索，旨在揭示细叶榕基因SSR的多样性，为以后研究细叶榕物种鉴定和遗传多样性提供理论基础，未能进一步利用primer设计引物，分析细叶榕的遗传多样性。参考文献中国科学院中国植物志编辑委员会.中国植物志（第23（1）卷）[M].北京:科学出版社,1999:332.胡娟霞,张和禹.桑科植物的药用价值[J].蚕桑茶叶通讯,2011,(01):3-5.BergMD,BrandlCJ.TransferRNAs:diversityinformandfunction.RNABiol.2021Mar;18(3):316-339.doi:10.1080/15476286.2020.1809197.Epub2020Sep9.PMID:32900285;PMCID:PMC7954030.WarrenJM,Salinas-GiegéT,HummelG,CootsNL,SvendsenJM,BrownKC,DrouardL,SloanDB.CombiningtRNAsequencingmethodstocharacterizeplanttRNAexpressionandpost-transcriptionalmodification.RNABiol.2021Jan;18(1):64-78.doi:10.1080/15476286.2020.1792089.Epub2020Jul25.PMID:32715941;PMCID:PMC7834048林咏园,税伟,冯洁,等.基于高温现场实验的榕树遮阳环境与人体生理健康效益的影响研究[J].中国园林,2025,41(01):31-38.DOI:10.19775/j.cla.2025.01.0031.陈小贞.榕小蜂在细叶榕榕果内的空间分布及Meselatusbicolor虫龄划分[D].福建师范大学,2022.DOI:10.27019/ki.gfjsu.2022.002179HuangY,LiJ,YangZ,AnW,XieC,LiuS,ZhengX.ComprehensiveanalysisofcompletechloroplastgenomeandphylogeneticaspectsoftenFicusspecies.BMCPlantBiol.2022May23;22(1):253.doi:10.1186/s12870-022-03643-4.PMID:35606691;PMCID:PMC9125854.XuY,ChenS,ChenS,WeiX,ShangH,ZhangQ,ZhangJ.Genome-widedevelopmentofSSRmolecularmarkersformodernsugarcanecultivars.FrontPlantSci.2025Apr1;16:1573967.doi:10.3389/fpls.2025.1573967.PMID:40235918;PMCID:PMC11996920.张磊,赵翊暄,陈强,等.福建省茶树种质资源DNA分子标记研究综述[J].茶叶学报,2024,65(06):1-9.DOI:10.20045/ki.issn.2096-0220.2024.06.001.闫雪纯,马昕,兰进好.利用SSR分子标记分析玉米种质资源的遗传多样性[J].青岛农业大学学报(自然科学版),2025,42(01):7-13.LuY,ChenJ,ChenB,LiuQ,ZhangH,YangL,ChaoZ,TianE.HighgeneticdiversityandlowpopulationdifferentiationofamedicalplantFicushirtaVahl.,uncoveredbymicrosatelliteloci:implicationsforconservationandbreeding.BMCPlantBiol.2022Jul12;22(1):334.doi:10.1186/s12870-022-03734-2.PMID:35820829;PMCID:PMC9277808.赵吉平,权宝全,任杰成,等.小麦遗传育种中DNA分子标记技术及应用[J].大麦与谷类科学,2024,41(01):9-13.DOI:10.14069/ki.32-1769/s.2024.01.0