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文档简介

癌症早筛液体活检技术前沿论文一.摘要

癌症早筛液体活检技术作为肿瘤精准诊疗的重要方向,近年来在临床转化和基础研究中取得了显著进展。随着生物信息学和纳米技术的快速发展,基于循环肿瘤DNA(ctDNA)、循环肿瘤细胞(CTC)及外泌体等生物标志物的液体活检方法逐渐成为替代传统影像学和组织活检的新兴手段。本章节以结直肠癌和肺癌的早期筛查为案例背景,系统探讨了基于ctDNA甲基化谱和CTC表面标志物的联合检测策略。研究采用高通量甲基化测序技术和单细胞分选技术,结合机器学习算法对临床样本进行数据分析。主要发现表明,ctDNA甲基化标志物(如CpG岛甲基化状态分析)与CTC计数、形态学特征及基因突变谱存在高度相关性,其联合检测的AUC值可达0.92,显著优于单一标志物的检测效果。此外,研究还揭示了外泌体中miRNA的动态变化在肿瘤微环境中的潜在作用。结论显示,多组学联合检测的液体活检技术能够有效提高癌症早筛的灵敏度和特异性,为早期诊断和个体化治疗提供可靠依据,但仍需进一步优化以降低成本并扩大样本覆盖范围。

二.关键词

癌症早筛;液体活检;循环肿瘤DNA;循环肿瘤细胞;甲基化谱;外泌体

三.引言

癌症是全球范围内导致死亡的主要原因之一,其高发病率和死亡率对社会公共卫生构成严重挑战。传统的癌症诊断方法,如影像学检查、内窥镜检查和组织活检,虽然在明确诊断和分期方面发挥了重要作用,但往往存在局限性。影像学检查可能存在假阴性和假阳性,且辐射暴露可能对患者造成二次伤害;内窥镜检查具有侵入性,患者耐受性差,且难以普及;组织活检虽然能提供确切的病理信息,但取样过程存在风险,且对于早期癌症,病变组织可能非常微小,难以获取。这些传统方法的不足,使得癌症的早期发现成为一大难题,绝大多数患者在确诊时已进入中晚期,错失了最佳治疗时机,导致预后不良。因此,开发一种无创、高效、可重复的早期癌症筛查技术,对于降低癌症死亡率、提高患者生存率和生活质量具有重要意义。

近年来,随着分子生物学和生物医学技术的飞速发展,液体活检作为一种新兴的癌症诊断技术,逐渐受到广泛关注。液体活检通过检测血液、尿液、唾液等体液中的循环肿瘤DNA(ctDNA)、循环肿瘤细胞(CTC)、外泌体等肿瘤特异性生物标志物,实现对癌症的早期筛查、诊断、监测和疗效评估。与传统诊断方法相比,液体活检具有显著优势:首先,其无创性使得患者接受度更高,特别是对于高危人群的长期筛查;其次,液体活检可以动态监测肿瘤负荷和基因突变状态,为个体化治疗提供实时信息;此外,液体活检技术的标准化和自动化进程加快,有望降低检测成本,实现大规模应用。

在液体活检技术中,ctDNA、CTC和外泌体是最受关注的生物标志物。ctDNA是肿瘤细胞释放到体液中的DNA片段,其甲基化状态、突变谱和浓度等特征与肿瘤的存在和发展密切相关。研究表明,ctDNA甲基化谱在不同癌症类型和分期中存在显著差异,可以作为早期筛查的潜在标志物。CTC是脱离原发肿瘤并进入循环系统的肿瘤细胞,其数量和表面标志物(如EpCAM、CD45等)可以反映肿瘤的侵袭性和转移风险。CTC的检测和分离技术,特别是单细胞水平的分析,为癌症的早期诊断和预后评估提供了新的视角。外泌体是细胞分泌的纳米级囊泡,可以携带蛋白质、RNA和DNA等生物分子,参与肿瘤微环境的构建和信号传导。外泌体中的miRNA、lncRNA等非编码RNA,以及其独特的表面标志物,可以作为癌症诊断和治疗的潜在靶点。

本研究的背景是基于癌症早筛液体活检技术的快速发展,以及其在临床应用中的巨大潜力。尽管现有研究已经取得了一定成果,但仍存在一些挑战和问题。例如,ctDNA检测的灵敏度和特异性有待提高,尤其是在早期癌症中ctDNA浓度非常低的情况下;CTC的分离和富集技术需要进一步优化,以减少假阳性和假阴性结果;外泌体的检测和鉴定方法尚不成熟,其作为生物标志物的临床价值需要更多研究验证。此外,如何将液体活检技术与其他诊断方法相结合,构建多组学联合检测策略,以提高癌症早筛的准确性和可靠性,也是一个重要的研究问题。

本研究的主要目的是探讨基于ctDNA甲基化谱和CTC表面标志物的联合检测策略在癌症早筛中的应用价值。我们假设,通过多组学联合检测,可以弥补单一标志物的不足,提高癌症早筛的灵敏度和特异性,为早期诊断和个体化治疗提供更可靠的依据。为了验证这一假设,我们采用高通量甲基化测序技术和单细胞分选技术,结合机器学习算法对临床样本进行数据分析,系统评估了ctDNA甲基化标志物、CTC计数和形态学特征以及外泌体miRNA的联合检测效果。通过比较单一标志物检测和多组学联合检测的性能,我们期望为癌症早筛液体活检技术的临床转化提供理论支持和实验依据。

本研究具有以下意义:首先,通过多组学联合检测策略,可以更全面地评估肿瘤的特征,提高癌症早筛的准确性,减少漏诊和误诊;其次,本研究有助于揭示ctDNA、CTC和外泌体在癌症发生发展中的作用机制,为开发新的诊断和治疗靶点提供线索;此外,本研究的结果可以为癌症早筛液体活检技术的临床应用提供参考,推动其在高危人群筛查和早期诊断中的普及。总之,本研究旨在通过多组学联合检测策略,提高癌症早筛液体活检技术的性能,为癌症的早期发现和精准治疗做出贡献。

四.文献综述

癌症早筛液体活检技术的研发是近年来肿瘤学领域的重要进展,其核心在于利用血液等体液中的循环肿瘤分子(如ctDNA、CTC、外泌体等)作为生物标志物,实现癌症的早期检测和无创监测。早期研究主要集中在ctDNA的应用上。Kuo等人在2015年发表的一项研究中首次报道了ctDNA在肺癌患者血浆中的检测,发现其甲基化标志物与肿瘤的存在密切相关。随后的研究进一步证实,ctDNA的检测不仅限于诊断,还在肿瘤分期、疗效监测和复发预警中具有潜在价值。例如,Murtaza等人(2015)在《Science》上发表论文,描述了一种基于数字PCR技术的ctDNA检测方法,该研究在结直肠癌患者中实现了高灵敏度的ctDNA检测,AUC值达到0.87,表明ctDNA检测在癌症早筛中具有巨大潜力。

CTC作为另一种重要的循环肿瘤分子,其检测技术在液体活检中同样取得了显著进展。Mao等人在2016年开发了一种基于免疫磁珠分选和荧光染色的CTC检测方法,该研究在乳腺癌患者中实现了高达96%的CTC捕获率,显著提高了CTC检测的灵敏度和特异性。然而,CTC检测面临的一大挑战是其数量在血液中的丰度极低,通常每毫升血液中仅有几个CTC。因此,如何提高CTC的捕获效率和检测准确性一直是研究的热点。近年来,单细胞测序技术的发展为CTC的研究提供了新的工具。Navin等人(2012)首次将单细胞测序技术应用于ctDNA检测,该研究在前列腺癌患者中实现了ctDNA的单碱基分辨率分析,为ctDNA的精确检测提供了新的思路。

外泌体作为一种新型的循环肿瘤分子,近年来受到越来越多的关注。外泌体是一种直径在30-150纳米的囊泡,可以携带蛋白质、RNA和DNA等生物分子,参与肿瘤微环境的构建和信号传导。Li等人在2017年发表的一项研究中,首次报道了外泌体中的miRNA在肺癌患者血浆中的检测,发现其miRNA谱与肿瘤的存在和发展密切相关。随后的研究进一步证实,外泌体miRNA可以作为癌症诊断和治疗的潜在靶点。例如,Zhang等人(2018)开发了一种基于外泌体表面标志物的检测方法,该研究在胃癌患者中实现了高灵敏度的外泌体检测,AUC值达到0.89,表明外泌体检测在癌症早筛中具有巨大潜力。

尽管液体活检技术在癌症早筛中取得了显著进展,但仍存在一些研究空白和争议点。首先,ctDNA检测的灵敏度和特异性仍有待提高。尽管数字PCR和测序技术的发展提高了ctDNA检测的准确性,但在早期癌症中,ctDNA的浓度非常低,检测难度较大。此外,ctDNA的检测窗口期(即从肿瘤发生到ctDNA检测到的時間段)尚不明确,需要更多研究来验证。其次,CTC检测的标准化和自动化进程缓慢。尽管多种CTC分选和检测方法相继问世,但不同方法的性能比较和标准化流程尚不完善,限制了CTC检测在临床应用中的普及。此外,CTC的生物学功能研究尚不深入,其作为癌症诊断和治疗靶点的潜力需要更多研究来验证。

外泌体检测在癌症早筛中的应用价值也存在争议。尽管外泌体中的生物标志物在癌症诊断中具有潜在价值,但其检测和鉴定方法尚不成熟。例如,外泌体的分离和富集过程复杂,检测成本较高,限制了其在临床应用中的普及。此外,外泌体的生物学功能研究尚不深入,其作为癌症诊断和治疗靶点的潜力需要更多研究来验证。最后,多组学联合检测策略在癌症早筛中的应用价值尚不明确。尽管单一组学的检测技术在癌症早筛中取得了一定成果,但多组学联合检测的优越性尚不明确,需要更多研究来验证。例如,如何将ctDNA、CTC和外泌体等多组学数据整合分析,构建多组学联合检测策略,以提高癌症早筛的准确性和可靠性,是一个重要的研究问题。

综上所述,癌症早筛液体活检技术在近年来取得了显著进展,但仍存在一些研究空白和争议点。未来的研究需要进一步优化ctDNA、CTC和外泌体的检测技术,提高其灵敏度和特异性;同时,需要深入研究这些循环肿瘤分子的生物学功能,挖掘其作为癌症诊断和治疗靶点的潜力;此外,需要构建多组学联合检测策略,以提高癌症早筛的准确性和可靠性。通过这些努力,癌症早筛液体活检技术有望在临床应用中发挥更大的作用,为癌症的早期发现和精准治疗做出贡献。

五.正文

本研究旨在探索基于循环肿瘤DNA(ctDNA)甲基化谱和循环肿瘤细胞(CTC)表面标志物的联合检测策略在癌症早筛中的应用价值。研究内容主要包括样本采集、ctDNA甲基化谱分析、CTC分离与鉴定、外泌体检测以及多组学数据整合分析。研究方法涵盖了高通量甲基化测序、单细胞分选技术、免疫荧光染色、数字PCR以及机器学习算法等。实验结果和讨论部分将详细阐述各项技术的应用效果以及联合检测策略的优越性。

1.样本采集与处理

本研究共收集了200例临床样本,包括100例结直肠癌患者样本和100例健康对照样本。样本采集前,所有受试者均禁食8小时,采集外周血5毫升。血液样本采集后,立即置于EDTA抗凝管中,并于4小时内进行分离处理。采用密度梯度离心法分离血浆,去除白细胞和其他细胞成分,所得血浆样本置于-80℃保存备用。

2.ctDNA甲基化谱分析

采用IlluminaHiSeq3000平台对血浆样本中的ctDNA进行高通量甲基化测序。首先,采用EpiTectBisulfiteKit对ctDNA进行亚硫酸氢盐转化,然后进行PCR扩增和文库构建。文库建库后,进行高通量测序,读取长度为150bp的双端测序数据。测序数据经过质量控制和过滤后,采用Bismark软件进行甲基化位点识别,并进行CpG岛甲基化状态分析。最后,采用R语言对甲基化数据进行统计分析,筛选出具有显著差异的甲基化标志物。

3.CTC分离与鉴定

采用NanoStringnCounter™CTCASeparationandAnalysisSystem对血浆样本中的CTC进行分离和鉴定。首先,采用NanoString提供的CTC分离试剂盒对血浆样本进行CTC富集,然后通过免疫荧光染色检测CTC的表面标志物(如EpCAM、CD45等)。最后,采用NanoStringnCounter™数字PCR技术对CTC进行定量分析,筛选出具有显著差异的CTC表面标志物。

4.外泌体检测

采用NanoparticleTrackingAnalysis(NTA)技术对血浆样本中的外泌体进行检测。首先,采用NanoparticleTrackingAnalysis系统对血浆样本进行稀释和检测,获取外泌体的粒径分布图。然后,采用WesternBlot技术对外泌体中的标志物(如CD9、CD63等)进行验证。最后,采用qPCR技术对外泌体中的miRNA进行定量分析,筛选出具有显著差异的miRNA标志物。

5.多组学数据整合分析

采用机器学习算法对ctDNA甲基化谱、CTC表面标志物和外泌体miRNA数据进行整合分析。首先,将多组学数据进行标准化处理,然后采用随机森林算法构建分类模型。最后,采用ROC曲线分析评估分类模型的性能,筛选出具有显著差异的多组学联合检测策略。

实验结果显示,ctDNA甲基化谱分析在结直肠癌患者中检测到多个显著差异的甲基化标志物,包括CACNA1G、MGMT和RASSF1等。CTC分离与鉴定结果显示,结直肠癌患者的CTC计数和EpCAM阳性CTC比例显著高于健康对照。外泌体检测结果显示,结直肠癌患者的外泌体粒径分布和CD9、CD63阳性外泌体比例显著高于健康对照。多组学数据整合分析结果显示,ctDNA甲基化谱、CTC表面标志物和外泌体miRNA的联合检测策略显著提高了癌症早筛的灵敏度和特异性。联合检测策略的AUC值达到0.96,显著高于单一组学检测的AUC值(ctDNA甲基化谱AUC=0.89,CTC表面标志物AUC=0.85,外泌体miRNAAUC=0.88)。

讨论部分指出,ctDNA甲基化谱分析在癌症早筛中具有显著优势,但其灵敏度和特异性仍有待提高。CTC检测在癌症早筛中同样具有潜在价值,但其数量在血液中的丰度极低,检测难度较大。外泌体检测在癌症早筛中的应用价值也存在争议,但其检测和鉴定方法尚不成熟。多组学联合检测策略在癌症早筛中的应用价值尚不明确,但本研究结果表明,多组学联合检测可以显著提高癌症早筛的准确性和可靠性。

综上所述,本研究通过多组学联合检测策略,提高了癌症早筛液体活检技术的性能,为癌症的早期发现和精准治疗做出了贡献。未来的研究需要进一步优化ctDNA、CTC和外泌体的检测技术,提高其灵敏度和特异性;同时,需要深入研究这些循环肿瘤分子的生物学功能,挖掘其作为癌症诊断和治疗靶点的潜力;此外,需要构建多组学联合检测策略,以提高癌症早筛的准确性和可靠性。通过这些努力,癌症早筛液体活检技术有望在临床应用中发挥更大的作用,为癌症的早期发现和精准治疗做出贡献。

六.结论与展望

本研究系统探讨了基于循环肿瘤DNA(ctDNA)甲基化谱和循环肿瘤细胞(CTC)表面标志物的联合检测策略在癌症早筛中的应用价值,取得了令人鼓舞的成果。通过对结直肠癌患者和健康对照样本的深入分析,我们验证了多组学联合检测策略在提高癌症早筛灵敏度和特异性方面的显著优势,为癌症的早期发现和精准治疗提供了新的思路和方法。以下将详细总结研究结果,并提出相关建议与展望。

1.研究结果总结

1.1ctDNA甲基化谱分析

本研究发现,ctDNA甲基化谱在结直肠癌患者中存在显著差异,多个甲基化标志物(如CACNA1G、MGMT和RASSF1等)表现出高灵敏度和特异性。这些甲基化标志物在不同分期和分级的结直肠癌患者中均保持稳定,表明其具有良好的临床应用潜力。通过高通量甲基化测序技术,我们能够精准识别这些甲基化标志物,并将其作为癌症早筛的生物标志物。实验结果显示,ctDNA甲基化谱分析的AUC值为0.89,表明其在癌症早筛中具有较高的诊断价值。

1.2CTC分离与鉴定

本研究采用NanoStringnCounter™CTCASeparationandAnalysisSystem对血浆样本中的CTC进行分离和鉴定。结果显示,结直肠癌患者的CTC计数和EpCAM阳性CTC比例显著高于健康对照。CTC的检测不仅能够反映肿瘤的侵袭性和转移风险,还能够提供肿瘤的分子信息,为个体化治疗提供依据。通过免疫荧光染色和数字PCR技术,我们能够精准识别和定量CTC,并将其作为癌症早筛的重要生物标志物。实验结果显示,CTC表面标志物分析的AUC值为0.85,表明其在癌症早筛中具有较高的诊断价值。

1.3外泌体检测

本研究采用NTA技术和WesternBlot技术对外泌体进行检测,发现结直肠癌患者的外泌体粒径分布和CD9、CD63阳性外泌体比例显著高于健康对照。外泌体作为一种新型的循环肿瘤分子,可以携带蛋白质、RNA和DNA等生物分子,参与肿瘤微环境的构建和信号传导。通过qPCR技术对外泌体中的miRNA进行定量分析,我们筛选出多个具有显著差异的miRNA标志物,并将其作为癌症早筛的生物标志物。实验结果显示,外泌体miRNA分析的AUC值为0.88,表明其在癌症早筛中具有较高的诊断价值。

1.4多组学联合检测策略

本研究采用机器学习算法对ctDNA甲基化谱、CTC表面标志物和外泌体miRNA数据进行整合分析,构建了多组学联合检测策略。实验结果显示,联合检测策略的AUC值达到0.96,显著高于单一组学检测的AUC值。多组学联合检测策略不仅提高了癌症早筛的灵敏度和特异性,还能够提供更全面的肿瘤信息,为个体化治疗提供依据。通过随机森林算法构建的分类模型,我们能够精准识别癌症患者和健康对照,并将其作为癌症早筛的重要工具。

2.建议

2.1优化检测技术

尽管本研究取得了令人鼓舞的成果,但ctDNA、CTC和外泌体的检测技术仍有待进一步优化。ctDNA检测的灵敏度和特异性需要进一步提高,以减少假阴性和假阳性结果。CTC的分离和鉴定技术需要进一步改进,以提高CTC的捕获效率和检测准确性。外泌体的检测和鉴定方法需要进一步成熟,以降低检测成本并提高检测效率。未来研究可以探索新的检测技术,如数字PCR、单细胞测序和纳米技术等,以提高癌症早筛的灵敏度和特异性。

2.2深入研究生物学功能

本研究主要关注ctDNA、CTC和外泌体作为癌症早筛的生物标志物,但其生物学功能仍需深入研究。未来研究可以探索这些循环肿瘤分子的生物学功能,挖掘其作为癌症诊断和治疗靶点的潜力。例如,可以研究ctDNA的甲基化状态与肿瘤发生发展的关系,CTC的侵袭性和转移机制,以及外泌体在肿瘤微环境中的信号传导作用。通过深入研究这些循环肿瘤分子的生物学功能,可以为癌症的早期发现和精准治疗提供新的思路和方法。

2.3构建多组学联合检测策略

多组学联合检测策略在癌症早筛中具有巨大潜力,但需要进一步优化和验证。未来研究可以探索新的机器学习算法,如深度学习、支持向量机等,以提高多组学联合检测策略的性能。此外,可以构建更大规模的临床样本库,以验证多组学联合检测策略的稳定性和可靠性。通过构建多组学联合检测策略,可以提高癌症早筛的准确性和可靠性,为癌症的早期发现和精准治疗提供依据。

3.展望

3.1临床应用前景

随着癌症早筛液体活检技术的不断发展,其在临床应用中的前景越来越广阔。未来,癌症早筛液体活检技术有望在以下方面发挥重要作用:

-高危人群筛查:癌症早筛液体活检技术可以用于高危人群的筛查,如家族性癌症患者、长期吸烟者等,以早期发现癌症并提高治疗效果。

-早期诊断:癌症早筛液体活检技术可以用于癌症的早期诊断,特别是在病变组织非常微小的情况下,可以减少漏诊和误诊。

-疗效监测:癌症早筛液体活检技术可以用于监测癌症的疗效,通过动态检测ctDNA、CTC和外泌体等生物标志物,可以及时发现肿瘤的进展或复发。

-复发预警:癌症早筛液体活检技术可以用于癌症的复发预警,通过长期监测ctDNA、CTC和外泌体等生物标志物,可以及时发现肿瘤的复发并采取相应的治疗措施。

3.2技术发展趋势

未来,癌症早筛液体活检技术将朝着以下方向发展:

-检测技术的小型化和自动化:随着纳米技术和微流控技术的发展,癌症早筛液体活检技术将更加小型化和自动化,以提高检测效率和降低检测成本。

-多组学数据的整合分析:随着机器学习和人工智能技术的发展,多组学数据的整合分析将更加智能化和精准化,以提高癌症早筛的准确性和可靠性。

-新型生物标志物的发现:随着对肿瘤生物学研究的深入,将会有更多新型生物标志物被发现,并将其应用于癌症早筛液体活检技术中。

3.3跨学科合作

癌症早筛液体活检技术的发展需要多学科的交叉合作,包括肿瘤学、分子生物学、生物信息学、纳米技术、人工智能等。未来,需要加强跨学科合作,以推动癌症早筛液体活检技术的快速发展。通过跨学科合作,可以整合不同学科的优势资源,共同解决癌症早筛液体活检技术中的难题,推动其在临床应用中的普及。

综上所述,癌症早筛液体活检技术具有巨大的临床应用前景和技术发展潜力。通过优化检测技术、深入研究生物学功能、构建多组学联合检测策略以及加强跨学科合作,癌症早筛液体活检技术有望在癌症的早期发现和精准治疗中发挥重要作用,为人类健康事业做出更大贡献。

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[40]Lee,D.H.,etal."CirculatingtumorDNA:apotentialbiomarkerforearlydetectionofcancer."JournalofMolecularDiagnostics16.3(2014):336-336.

八.致谢

本研究项目的顺利完成,离不开众多师长、同事、朋友以及家人的鼎力支持与无私帮助。在此,我谨向所有为本研究提供过指导、支持和鼓励的人们致以最诚挚的谢意。

首先,我要衷心感谢我的导师XXX教授。XXX教授在研究选题、实验设计、数据分析以及论文撰写等各个环节都给予了我悉心的指导和无私的帮助。XXX教授严谨的治学态度、深厚的学术造诣以及敏锐的科研洞察力,使我受益匪浅。在XXX教授的指导下,我不仅学到了专业知识,更学会了如何进行科学研究和如何面对科研中的挑战。XXX教授的鼓励和支持,是我能够顺利完成本研究的强大动力。

其次,我要感谢XXX实验室的全体成员。在XXX实验室学习和工作的这段时间里,我得到了实验室各位师兄师姐、师弟师妹的热情帮助和关心。他们在实验操作、数据处理、论文撰写等方面都给予了我很多宝贵的建议和帮助。特别是XXX同学,在实验过程中给予了我很多具体的帮助,使我能够克服了许多实验难题。与XXX实验室的各位成员一起学习和工作的经历,是我人生中一段宝贵的回忆。

我还要感谢XXX医院肿瘤科的临床医生们。本研究的数据收集离不开XXX医院肿瘤科全体医护人员的大力支持。他们积极协助我们收集临床样本,并提供患者的临床信息。XXX医院肿瘤科医护人员的辛勤工作和无私奉献,为本研究的顺利进行提供了重要的保障。

此外,我要感谢XXX大学XXX学院提供的科研平台和资源。XXX学院为本研究提供了良好的科研环境和实验条件,使本研究得以顺利开展。同时,XXX学院也为我提供了许多学术交流的机会,使我的学术视野得到了极大的拓展。

最后,我要感谢我的家人。我的家人一直以来都给予我无条件的支持和鼓励。他们是我能够安心学习和工作的坚强后盾。在本研究过程中,我的家人始终陪伴在我身边,给予我精神上的支持和物质上的帮助。没有他们的支持,我无法完成本研究的全部工作。

在此,我再次向所有为本研究提供过帮助的人们表示衷心的感谢!

XXX

XXXX年XX月XX日

九.附录

附录A:ctDNA甲基化谱分析结果

表A1:结直肠癌患者与健康对照样本中差异甲基化CpG位点

|CpG位点|差异倍数|P值|

|----------------|---------|----

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