化学信息学（第四版）课件 -第八章化学结构的表示与可视化

第八章化学结构的表示与可视化化学信息学化学结构的表示命名法线型编码法二维结构三维结构表面结构

苯基丙氨酸的各种化学表示命名法：Systematicname：phenylalanine；Formula:C9H11NO2;C6H5CH2CH(NH2)CO2H;IUPAC:2-amino-3-phenylpropanoicacid线型编码法:ROSDAL:1O-2=3O,2-4-5N,4-6-7=-12-7；SMILES:NC(Cc1ccccc1)C(O)=O二维结构三维结构表面结构

SMILESSimplifiedmolecularinputlineentrysystem/dayhtml/smiles/index.html苯基丙氨酸的二、三维结构表示苯基丙氨酸的表面化学结构表示苯基丙氨酸溶剂可及表面网格图苯基丙氨酸的表面化学结构表示苯基丙氨酸溶剂可及表面立体图苯基丙氨酸的范德华表面立体图苯基丙氨酸二维化学结构表示

邻接矩阵及二维连接表苯基丙氨酸成键连接表

C1C2C3C4C5C6C7C8C9O10O11N12C1010002000000C2102000000000C3020100000000C4001020000000C5000201100000C6200010000000C7000000010000C8000000101001C9000000010210O10000000002000O11000000001000N12000000010000苯基丙氨酸原子直角坐标表

XYZC1-3.73250.00380.0000C2-3.7325-1.43620.0000C3-2.4855-2.15630.0000C4-1.2384-1.43620.0000C5-1.23840.00380.0000C6-2.48550.72390.0000C70.00430.72120.0000C81.24700.00380.0000C92.48980.72120.0000O102.48982.15630.0000O113.73250.00380.0000N121.2470-1.43110.0000苯基丙氨酸MDLMOL文件三维化学结构常用的显示模式线状表示法（Line）用定长的直线表示化学键，直线的交点为原子。这种显示方法只突出了分子的骨架，类似于二维化学结构的空间连接关系，缺少立体感。棒状表示法（Stick）使用较粗的圆棒表示化学键，棒与棒的交接处表示原子，已经具有空间立体感。球棒表示法（BallandStick）使用圆球表示原子，连接圆球的化学键用圆棒表示。这是最常用的分子结构表示方法之一。不同元素的原子以不同颜色区分，圆球大小可按原子半径的比例显示。电子云空间填充表示法（SpaceFill）使用原子范德华半径的圆球来表示原子，它可体现分子中原子的拥挤程度和分子体积，更接近分子的实际形状，更容易理解分子的空间结构。Luciferin的线状图Luciferin的棒状图Luciferin的球棒状图Luciferin的比例球棒状图显示Luciferin的空间填充图显示大分子化学结构的表示原子信息是标准的三维坐标信息，它与小分子的表示相同，使用坐标表和距离矩阵存储信息。一级结构信息也称为顺序信息，蛋白质是由于多个氨基酸按一定顺序串接生成了链状结构。顺序信息以一列的标准的氨基酸缩写表示，例如以三个字母缩写氨基酸顺序：Ser-Tyr-Ser-Met-Glu-His-Phe-Arg-Trp-Gly-Lys。二级结构信息表示多个氨基酸串接的三维空间构型，主要有：alpha-helices（α螺旋）、Betasheets（β折叠）、Turns（翻转）。三级结构信息表示氨基酸的可塑长链在三维空间的折叠方式，它通常来源于坐标信息，但受多种性质的影响HIV-1Protease的Ribbon显示图HIV-1Protease的Tube显示图HIV-1Protease的Schematic显示图HIV-1Protease的PDB文件CASDrawCASDraw由CAS开发的二维分子结构编辑器特点：

1.用户操作界面友好2.模板丰富3.绘图功能强大。4.能绘制专利马库什结构。CASDraw主界面CASDraw主界面常用官能团快捷方式Cromakalim分子结构整个绘制过程ChemDraw文件窗口

ChemDraw文件窗口的基本组成部分：标题栏：含有应用文件或操作文件的窗口标题。编辑区域：在ChemDraw文件窗口的中心部分，供绘制图形结构的工作区。菜单栏：含有为操作ChemDraw应用文件和其内容的命令设置。工具栏：含有常用的命令图标，当单击这些图标，其效果与选择菜单中相应的命令一样。最大／最小化，还原／关闭按钮：使文件窗口最大／最小化。滚动栏：含有滚动框状态／信息栏：含有表述绘制图形的简捷的信息。

图形工具图标板

化学结构绘制反应方程式中间体结构复杂环结构糖结构透视结构与纽曼结构反应方程式不同键工具PartII化学结构绘制

绘制设置文本说明原子标记箭头、曲线选择应用绘制设置高级绘制技巧用快捷键标记原子hotkeys.txt按快捷键C俗名的使用常用俗名代表官能团Me,Et,Ph=多中心结构与多连接标记多中心键与多中心点Structure菜单中选择AddMulti-CenterAttachment检查化学结构信息CheckStructure右键-Analyze结构名字互译及其它功能

预测NMR不