Xcalibur教程中文（文档）

FinniganIonTrapMassSpectrometry操作手 Xcalibur是控制硬件、结果查看及解析的软件，硬件控制包括质谱和高效液相色谱，可以直接控制的液相色谱包括Surveyor,Agilent,Waters,GilsonLCQLCQDeca，LCQDecaXP，Advantages等不同型号的质谱。XcaliburRoadMapHomepage，可以直接切换为仪FinniganIonFinniganIonTrapMassSpectrometry仪器方

RoadmapFinniganIonFinniganIonTrapMassSpectrometry①查看Roadmap界面按钮②查看序列设定界面按钮③查看实事数据采集界面按钮④打开仪器状态信息栏按钮⑤在新窗口打开仪器方法设置界面按钮⑥在新窗口定性、定量及报告格式设置方法界面按钮 暂停/继续分析工具按钮； Xcalibur帮助按RoadmapHomepageFileExitXcaliburActionsCheckDiskSpaceXcalibur软件的分驱容量及可用空间StartAnalysis StopAnalysis 停止分析正在运行的样品，同按钮1－⑧；PauseAnalysis 暂停分析在运行的样品，同按钮1－⑨；DevicesOn DeviceStandby DeviceOff AutomaticDeviceonViewRoadmap HomgpageSequenceSetupviewXcailburRealTimePlotViewXcailbur控制界面切换到在线数据采集界 ViewToolbar RoadmapToolbar 在当前界面添加打开新窗口界面按钮；SequenceEditorToolbar在当前界面添加序列编辑快捷按钮同按PlotToolbar ShowLarge ToolsFoldersC:\Xcaliur\Methods文件夹，在调用报告模板时，软Browse按钮选择用户希望软件每次打开的文件夹即CustomersInfoemail等，输入的用户信息在打印分析报告中有显示。FontsPeakDetectionICIS质谱分析结果峰的积分算法，在质谱信号较低的情况下该算法Genesis算法；GenesisXcaliburMassOptionsDefaultMassTolerance2位。DefaultMassDetectLabelingandScalingYY轴显示的单位，可以是信号相对强度、毫uAU等，用户可根据需要自己设定。QueueFileCoverterSourceDatatypeDestinationData选项中选择LCQQuanl定量分析（参见？？？）LibraryManager数据库管理（参见？？？）Addtools添加工具GoToInstrument 在新窗口打开仪器方法设置界面，同按钮Processingsetup QuanlBrowser QuanBrowser在新窗口打开定量分析结果界面；LibraryBrowser HelpXcalibur帮助HomePageHelpRoadmapViewHelpContentsandIndexHowtouseXcaliburHelpHowtoUseOnlineHelpAboutHomePage用户在使用界面RoadmapHomepageSequenceSetupsuone显示系统正在分析的样品及待分析的样品在序列中的位置。在分析过程中一般将显示的仪器选为质谱或液相色谱的泵，以便查看质谱的状态或泵的压力状态。FinniganIonFinniganIonTrapMassSpectrometry2IntrumentRoadmapHomepageInstrumentSetupLCADecaXP。GeneralMSorMSn,DatadepentdentMS/MS,Datadependenttripleplay,Nthordertripleplay,DatadependentIontrap,DatadependentIontree,Ionmapping共七种预设检测方式。Tuneplus方法、扫描方式、扫GeneralMSorGeneralMSorMSnRun

Acquire4Acquire－针对样品分离出的不同组分分别采取不同的检测方式，通常需要调用预先分析的一个样品图谱，在主菜单点击LCQDecaXP子菜单下的StartStartSegments*segment中需设定的段，如点击segment2segment2settingSegmentSegmentSegment2FilterscanSegment2Tunemethod；点击该栏后的…可以浏览文件夹调用需要打开的方法，点击该栏后的<>则将目segmentsScanEvent1（Scan1，如下图所示，ScanEvent1ScanEvent1－一级质谱MS，扫描类型－全扫描，检测质量范围－100.00－ScanEvent2（Scan2，如下图所示，ScanEvent2ScanEvent2型－反应离子检测，检测质量范围－396.6－397.6DataDependentDataDependentScanDataDependent2ScanEvent为全扫描，对于信号强度超过某一设DataDependentTripleDataDependentTripleDataDependentTriple3ScanEvent为全扫描，对于信号强度超过某一设定域值的离子质谱自动进行精确质量数扫描，即第二个ScanEvent为精确质量数扫描，母离子选择根据信号强度质谱自动设定，对于已经进行精确质量数扫描的离子进行二级质谱分析即第三个ScanEventScanEvent选择的精确DataDependentZoomIonDataDependentZoomIonPolarity－正/负离子检测；

TuneMethodTuneZoomMassRange－进行精确质量数扫描的范围300.00ZoomscanWidthZoomMassStepSizeMinSignalDefaultChargeIsolationWidthNormalizedCollision–ActivationActivationTimeIonIonIonPolarity－正/负离子检测；TuneMethodTuneParentMassRange－进行二级质谱分析的质量范围ParentMassStepSize－ IsolationWidth－进行二级质谱分析选择离子的宽度；NormalizedCollision–归一化碰撞能量；ActivationActivationTimeSyringeSyringeDataDependentSyringeIonMapIonMapping操作中经常需要用机械注射泵直接进样，DivertDivertDivertContactContactopenContactClosedInjectionInjectionNeedleNeedleHeightfromSyringeSpeed（l/s）FlushFlush

WashWashInjectionPartialloop部分环进样，FullInjectionEnableTrayTemperatureColumnOvenEnableColumnOvenColumnOven质谱泵的设定主要针对液相分离，MS泵为四元泵，梯度设定在GradientProgramsesPressures－压力设定，最小压力的设定是为防止分析过程中管路泄漏，最高压力的设定是为AdvancedSettings的设定主PDA的设定主要包括数据采集时间，是否采集全波长扫描，定波长FinniganIonFinniganIonTrapMassSpectrometrySequenceFinniganIonFinniganIonTrapMassSpectrometrySequenceFinniganIonFinniganIonTrapMassSpectrometry（1）新建序列 （2）打开已经保存的序列（3）保存当前序列 打印当前序列（5）复制行 （6）粘贴行（7）撤销操作 （8）向下文件各栏相同或按顺序增（9）浏览文件名 （10）用户名标签（11添加或去除列（12根据ID改变位置或根据位置改变（13）硬盘容量信息 （14）运行单个样品（15）运行多个样品 （16）对选择的样品进行积分（17）开始分析 （18）停止分析（19）暂停或继续分析 （20）帮FileNewSequence。序列FileNamePath－存放该样品文件的文件夹，可以点击鼠标右键按左键<浏览>选择需要存>PositionInjVol－进样量，当该值与调用的仪器方法中自动进样器设定的进样量不一致FileName、InstMethodProcMethodBrowse项，用鼠标左键点点击需要添加的选项， 即可完成添加到右栏，在右栏点击需要去除的MoveMoveMove

sequence中的前后位置。New在File菜单下直接点击Newsequence或在按钮中按即出现如下界面SequenceAcquisitionChangeInstruments则出现仪InUseInUse表明分析样品调用该仪器，Yes去除调用。StartInstruments表示分仪器分析样品调用泵、自动进样器、PDAAcquisitionInstrumentInstrumentAftersequenceSet（On，AftersequenceSetRun品在序列中的序号，如运行第一到第四个样品，则直接在此栏输入Run功能与直接运行多个样品的按钮相同PriorityPriorityProcessingProcessing点 按钮后仪器开始运行样品通常需要将界面切换到时事在线检测界面点击界面左上侧按钮完成界面切换。同时按打开仪器状态信息栏FinniganIonFinniganIonTrapMassSpectrometry FinniganIonFinniganIonTrapMassSpectrometryProcessingSetupFinniganIonFinniganIonTrapMassSpectrometry选择ProcessingSetupProcessingSetupProcessingSetup量，Qual－定性，ReportsPrograms程序。定量分析方法设定在设定定量分析方法前应首先打开已经存在的样品图谱，可以在FileRawFile下打开或点击图标打开已经存在的谱图 PeakDetectionMSGenesisICIS算法，使用其它检测器时利用Avalon算法。RetentionTimeFilter和MassRange平滑；如smoothingpoint＝1，smoothingpoint＝15S/Nthreshold靠近峰尖,否则越远离峰尖；如S/N=0.5,S/N=500ValleyDetection如该参数为15和250时峰的检测，，ConstrainPeak 外标需选择TargetCompound，其中Weighting项选择计算方差的方法，CaliburationCurve标准曲线的类型，Units（include（Force；（Ignore；Reponse信号响应（面积，峰高度；要设置打印报告，则需在Sample栏 选项中单击鼠标左键，在SummaryEnable框内的Doc文件格式，也可调用模板。Program程序设定后是否需要执行某种程序或运行宏命令。样品处理结束后可在RoadmapHomepageQuanBrowser打开分析结果。FinniganIonFinniganIonTrapMassSpectrometryQualQual打开QualBrowserRoadmapHomepage主菜单Goto子菜单点击Browser或在RoadmapHomepage主界面点击按钮即可进入QualFinniganIonTrapMassSpectrometry操作手 QualQualBrowserFinniganIonFinniganIonTrapMassSpectrometryQual

Y轴全图；在选定的窗口内添加新的图谱；将窗口内其它格式的图谱切换为色谱图；将窗口内其它格式的图谱切换为质谱图；将窗口内的其它格式的图谱切换为离子地图；将质谱图切换为离子数据列表；对选定的色谱质谱图各峰积分；对选定的窗口内所有色谱质谱图各峰积分；手动添加峰积分；去除已经积分的峰积分；结果查看帮助项;打开单个文件OpenResultOpenOpenResultOpenSequence窗口排列方式，可以将某种多窗口排列方式保存为.lyt文PrintPrintPageQualPageCopyCopyPaste粘贴表格PasteCopyCopyCopyCopy

查看色谱图谱切换为质谱图，查看色谱图，如下图中将窗口内的其它格式的图谱切换为离子地图，如图下SpectrumSpectrumIonScanScanScanScanTuneMethod将窗口切换为分析样品（1；Instrumentmethod将窗口切换为分析（2；ReporSampleInformation将窗口切换为样品信息，如下图（3ReporStatusLog查看仪器状态记录，如下图（4；ErrorlogAdd在选定的窗口内添加新的图谱，同按钮，如下图，AddInfoInfoRefreshRange范围（8个扫描方式的图谱TimeRange改变选定图谱显示的时间范围，如下图设定显2.00-3.80min；FixedScaleYMassRangePlotPropertiesRawScanPlot改变扫描方式下的质谱图的质量范围，可以是MassRange，Tic，BasePeakNaturalFragment；RangeDetectorFixScaleY－3分钟，Y1000000AutomaticProcessingSmoothing Gaussian法平滑处理，BoxcarPointsBaselineSubstractionMassMassPresisionMassDisplayDisplay注释选项,添加文本或图,clearYX轴项向改变图谱显示；X轴方向，Y轴方向改变谱图显示DragwithCursor用鼠标拖动以改变Forward向前显示谱图显示的范围；Back向后显示谱图显示的范围；NextScan显示下一次扫描图谱；Previous显示前一次扫描图谱；OtherFactorClearClearallInsertInsert在选定的窗口上添加新窗口；在选定的窗口左侧添加新窗口；删除选定窗口同行的所有窗口；删除选定窗口同列的所有窗口；CellCellReduceExpandReduceExpand

GroupGroupGroupGroupGridGridSunstractSunstractrangerangesclearPeakPeakSettingToggleDetectioninthisplotToggleDetectioninallplots对选定框内的所有图谱进行峰积分；Setpeakdetectionalgorithmanddetectinthisplot设定积分算法并Setpeakdetectionalgorithmanddetectinallplots设定积分算法并AddpeaksPeakPDAPeakLibrarysearchBackgroundBackgroundInput选择需要处理的文件，检测器以及质量范围；Background选择需要作为背景或空白的文件；Scope设定需要操作的参数；Output选择输出结果文件的目录及生成文件的名称，通常软件自动BG_；ProceedIsotopeIsotopeAddAdd

NewNewArrangeArrangeFinniganFinniganIonTrapMassSpectrometryQuanQuanQuanBrowserRoadmapHo