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文档简介

1、GsNetCom平台算法分析,生物医学软件工程教研室,课题提出,基于蛋白质互作网络如何计算给定的两个基因集合之间的功能相关性？,单基因的功能研究,基于序列相似性和进化 基于表达谱 基于生物网络,基于蛋白质网络分析基因功能,基于蛋白质互作网络计算给定两个基因之间的功能相关性？ 基于网络连通性 基于网络模块性,分析基因集合的功能,富集分析,蛋白质互作网络,数据来源、数据特点 常用的网络属性 度 最短路径 聚类系数 介数等,校正的累积秩分数测度,前提假设：两个基因在网络中的距离越近它们的功能越相似，反之，两个基因在网络中的距离越远其功能相关性越弱。 定义两个基因在网络中最短路径的长度为这两个基因之间

2、的功能距离； 功能距离的倒数是两个基因之间功能关系的秩； 对基因集合之间的基因对的秩进行累加。 根据实际问题对累积的秩分数进行校正。,CCRS,CCRS方法有效性,如何说明CCRS方法是有效、合理的？ 具有统计学显著性 能够合理的反应出基因集合之间的联系,蛋白质复合物间功能关联分析,为什么选择蛋白质复合物作为基因集合？ 如何利用蛋白质复合物来验证算法的有效、合理性？ 蛋白质复合物的功能层次性 识别同功能类中的蛋白质复合物,CORUM数据库中1343个人类核心蛋白质复合物，这些蛋白质复合物利用FunCat进行功能注释。 分别利用CCRS算法计算1343个蛋白质复合物两两之间的功能相似性。,给定靶

3、蛋白质复合物，选取与靶复合物功能相关的蛋白复合物作为阳性集；选取与靶复合物功能无关的复合物作为阴性集。,11个复合物的AUC介于0.886和0.940之间； 蛋白质复合物 92和921的AUC为0.565和0.636;,CCRS算法的应用,基于CCRS算法识别疾病相关的蛋白质复合物 基于CCRS算法聚类癌症及癌症亚型,从GAD数据库中提取了141个已知与白血病相关的基因构成白血病基因集合。 利用CCRS算法计算白血病基因集合和1343个已知功能的人类蛋白质复合物之间的功能相关性。,与白血病相关基因集合CCRS分数最高的10个蛋白复合物,从GEO数据库中下载了10 套癌症表达谱数据，涉及到9 种癌症类型和共计14 种癌症亚型。利用SAM方法识别癌症差异表达基因集合(q-value0.

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