转录组测序技术原理及应用

1、核糖核酸测序技术的原理和应用，遗传的中心法则，基因组-转录组-表观遗传组-蛋白质组水平，什么是转录组？核糖核酸是解释基因组、核糖核酸、蛋白质、表现型、基因型、脱氧核糖核酸、核糖核酸测序技术、核糖核酸序列工作流程、样品检测文库制备、聚类站照明测序生物信息学分析、总核糖核酸样品检测、安捷伦2200检测od260/280:1.8 2.2核糖核酸28s 336018s1.0；RIN7，新的安捷伦2200 TapeStation系统是下一代测序(NGS)、生物微阵列分析和qPCR工作流程、蛋白质纯化和抗体生产中生物样品质量控制的理想解决方案。可扩展通量-16孔或96孔微量滴定板快速结果-平均而言，每份样

2、品可在一分钟内获得易于使用-直接使用的筛网带预制胶带简化了工作流程样品消耗更少-每次运行仅需要不到2ul的样品，测试报告-合格样品，棉铃虫/果蝇，测试报告-不合格样品，RNA-Seq工作流程，样品检测文库的制备，聚类站光照测序，生物信息学分析，真核生物mRNA的纯化，主要通过磁珠和生物素吸附原理纯化mRNA磁珠的纯化原理主要是在结合缓冲剂的作用下，mRNA的聚腺苷酸与磁珠结合。磁珠通过磁性分离器从溶液中分离出来。在与磁珠结合后，在加热下，将信使核糖核酸解离并用三盐酸洗脱到溶液中。将包被有磁珠生物素标记的寡(dT)25聚(A)链霉亲和素、原核表达产物的纯化、Ambion微表达试剂盒、LNA锁定探

3、针、逆转录-片段逆转录、纯化的表达产物样品加入到1 l片段缓冲液中，在70下反应1.5分钟。加入1l停止缓冲液终止反应。加入沉淀剂(NaAc糖原无水乙醇)沉淀产物。RT ds cDNA，末端修复(防止自连接)cDNA 3端与A衔接子连接，第一天，DNA消化，mrna分离，mRNA中断，cDNA合成，第二天，末端修复，第二天，连接子添加，凝胶回收，3端与A，第三天，PCR，PCR凝胶回收，RNA-Seq的工作流程，样品检测文库的制备，聚类站光照测序生物信息学分析，his eq 2500，RNA-seq的应用，17，RNA-seq(转录体)，RNA-seq的工作流程(转录体)，生物信息学分析，RN

4、A-seq(转录体)，以不平行的细节表征转录体，技术2，20，Rna-seq(去转录体装配)，RNA-seq(转录体再测序)，RNA-seq(去转录体装配)，文库构建，测序，装配，技术2，20，Rna-Seq(去转录体装配)，Rna-Seq(转录体再测序)，Rna-Seq(去转录体装配)， 数据输出统计和测序数据的组成和质量评估(重叠群长度分布、支架长度分布、单基因长度分布)单基因(转录本)功能注释单基因代谢途径分析的GO分类预测编码蛋白框架(CDs)单基因表达差异分析(两个或多个样本)样本间的单基因差异GO分类(需要两个或多个样本)和途径富集性分析、从头组装转录组信息分析主要内容：从头组装转

5、录组信息分析过程、单基因的GO注释、 途径分析，核糖核酸序列(转录体重测序)，CDNA文库构建，测序，与参考序列比较，转录体重测序比较流程，比较和统计基因表达注释基因差异表达分析基因结构优化选择性剪接分析预测新转录体cSNP分析，转录体重测序信息分析主要内容，转录体重测序信息分析过程，应用优化转录体注释信息，基因结构优化选择性剪接识别基因融合识别核糖核酸水平单核苷酸多态性分析。Reads Cluster，成对阅读分布，优化基因结构以识别新的转录物，成对末端(PE)阅读，阅读与参考序列的基因间区域对齐，并识别选择性剪接，外显子1，外显子3，外显子1，外显子2，外显子3，外显子1，外显子3，常见阅

6、读，连接阅读，转录组再测序比较软件：SOAP从头转录组测序：汇编软件：SOAP De novo比较软件：SoapSNP，36，转录水平比较核糖核酸测序和芯片检测基因表达的分布，基因组研究2010，案例，实验材料的收集：叶，花序，果实和根时间点：0，4，8，12，16，20和24小时，在每个时间点收集的样品被均匀混合，测序策略是：Illumina测序，1gdata，1.highlight2.heat3.cold4.salt5 .干旱，抗应激选择性剪接，外壳蛋白16 (at2g28900)，内含子保留，对照，低温，AS调节机制，CCA1，生物钟相关基因，如调节气孔的开关，RNA-Seq单端测序相当

7、于数字表达谱(DGE)，工作流程中的RNA-Seq单端测序，生物信息学分析，RNA-Seq单端测序生物信息分析内容，测序数据评价筛选差异表达基因表达模式聚类分析GO功能富集分析途径富集分析蛋白质相互作用网络分析，RNA-Seq单端测序信息分析流程，RNA-Seq与基因芯片比较，案例，植物生理学，2010，采样：葡萄5， 成熟季节开花后的10周和15周分别代表葡萄果实成熟的三个阶段(后熟期、成熟期和成熟期)。 数据量超过59M读取数据，长度在36到44 bp之间。利用核糖核酸序列技术研究了葡萄果实发育的复杂转录特性。表2显示了基因组分布、表1测序数据、葡萄RNA-Seq单端测序、浆果发育三个阶段的共同和独特基因表达图、基因表达分布、表达簇的分类和分布、基因的差异表达GO功能注释-分为19个功能组-根据三个不同时期的基因表达趋势进行分类，并分为8个簇。基因的表达与其调节的生理功能有关。浆果标记基因