电子克隆的原理和应用.ppt

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2、5252525252525252525252525252525252525252525322什么？首先，基因克隆和什么是传统的基因克隆？ 1 .什么是电子爱沙尼亚克朗？ 电子爱沙尼亚克朗(in silico cloning )是近年来伴随着染色体组和EST计划发展的基因克隆新方法，其主要原理是利用日益发展的生物信息技术，利用电子计算机的巨大运算能力，通过EST和染色体组的排列组合和连接，实现RT-PCR的基于原理化学基：同源蛋白氨基酸排列顺序的相似性(保守性)，1 .什么是电子爱沙尼亚克朗？2 .电子爱沙尼亚克朗的条件和特征：的前提条件种研究核酸序列信息丰富的比较种：多种基因研究强大的计算机，

3、对硬件和软件的子通讯端口进行分析。2 .电子爱沙尼亚克朗条件和特征：目前已基本完成染色体组测序的常见生物：小鼠线虫、果蝇、拟南芥、家鸡、各种生物的EST数：人基因电子爱沙尼亚克朗：2002年4月16日第7届国际人类基因组学大会上，中国唯一获得Poster奖的他们在电子爱沙尼亚克朗的4个人基因中，发现了3个与对应的GenBank染色体组注释不同的基因，实验确认了这是GenBank的注释错误。 证明了染色体组评语有很多问题，需要进行实验确认。 现在发表的人基因克隆大部分利用了人的染色体组和EST数据。 三分之二的人类基因需要实验确认！ 电子爱沙尼亚克朗的特点：投入低、速度快、技术要求不高等。2 .

4、电子爱沙尼亚克朗条件和特征：种子氨基酸排列顺序、tBLASTn、水稻基因组contig或BAC/PAC、外显子预测、RT-PCR、爱沙尼亚克朗、序列、人工、计算机、3 .电子爱沙尼亚克朗的基本构想和具体例：est splicing、 PCR引物、水稻幼苗、总RNA提取、RT-PCR、爱沙尼亚克朗、测序、生物信息学分析、种子氨基酸排列顺序、tBLASTn、水稻基因组接触或BAC、外显子预测、RT-PCR、爱沙尼亚克朗、测序、人工、计算机、 3 OsG6PDH的爱沙尼亚克朗，用小麦G6PDH蛋白(BAA97662 )检索水稻nr数据库的结果3 OsG6PDH的爱沙尼亚克朗，用小麦G6PDH蛋白(B

5、AA97662 )检索水稻nr数据库的结果4 OsG6PDH蛋白(baa 9772 ) 在水稻nr数据库中搜索的结果，3 OsG6PDH的爱沙尼亚克朗，小麦G6PDH蛋白质(BAA97662 )在水稻nr数据库中搜索的结果，3 OsG6PDH的爱沙尼亚克朗，3 OsG6PDH的爱沙尼亚克朗，3. OsG6PDH的爱沙尼亚克朗， 以包含取得的OsG6PDH的水稻基因组排列为对象，在基因结构的预测部：软berry站点进行基因结构的预测结合而得到的预测排列能够检索和验证水稻OsG6PDH的染色体组结构，OsG6PDH染色体组排列为约5 kb，在15个外显子、15个3. OsG6PDH的爱沙尼亚克朗是

6、对水稻OsG6PDH的染色体组结构进行预测的结果，得到预测的cDNA序列(包括ORF )，并设计了PCR引物。 但是，如何决定选择怎样来源的cDNA数字大板块？ 最后用RT-PCR的方法分离该基因，进行序列测定，得到3. OsG6PDH的爱沙尼亚克朗、种子核苷酸序列、BLASTn、水稻EST数据库、序列连接、RT-PCR、爱沙尼亚克朗、序列确定、人工、计算机、4. Os6PGDH的爱沙尼亚克朗： 或具有完全ORF的4.os6pggdh的爱沙尼亚克朗：4.os6pggdh的爱沙尼亚克朗：设计了与玉米6PGDH (AF061837 )相匹配的水稻ESTs，4.os6pggdh的爱沙尼亚克朗：EST

7、 contig，PCR引物， 水稻各组织分别检索到全RNA，合成cDNA第一链，水稻亚金属铅提取蛋白氨基酸排列顺序，得到的水稻基因组库，水稻亚金属铅指向蛋白质基因排列，PCR扩增、爱沙尼亚克朗、EST剪接、OsZFP基因家族电子爱沙尼亚克朗的程序流程图，3. OsZFP 3.OsZFP基因家族的爱沙尼亚克朗：oszpf家族、3.oszpf基因家族的爱沙尼亚克朗：对每个zpf基因进行完全性分析基因表达特性分析.设计引物、PCR扩增5末端完全性可能很难确定：序列比较Kozak规则A/GNNAUGG起始密码子上游的同读框排列中是否存在琥珀突变Northern杂交RACE技术，4 .在电子爱沙尼亚克朗

8、中最常见的问题和解决方法时很难确定其表达的时间和条件： EST的表达时间(Unigene数据库，EST profile ) 其他类似基因的表达时间从多组织中扩增(特别是基因家族的分离)，查询GEO数据库，4 .电子爱沙尼亚克朗中最常见的问题和解决方案，最常用的序列数据库GenBank，GenBank包括所有公开的染色体组、EST数据。 Nr冗馀数据库(包括mrna ) DNA.) dbEST数据库GenBank提供的搜索工具blasternnucleotide-nucleotideblastnstandardprotein-proteinblastpnucleotidequery-protei

9、n b lastxprotein stnnucleotidequery-translatedbtblastx，5 .电子爱沙尼亚克朗中常用的生物信息软件和web网站介绍，常用的染色体组分析软件：FGENESH:的最佳分析软件是预测许多生物的染色体组结构gens can 3333http:/genes.MIT.edu/gens can.html人，只能分析拟南芥和玉米的rice ha :3358 rice ha.DNA.affrc.go.jpricehmm 33333333 ricehmmsplicepredictor : web gene : r.it/web gene /， 5 .电子爱沙尼

10、亚克朗常用的生物信息学和网站介绍，常用的染色体组解析软件启动程序TATA-box/TSS预测： http:/www.fruuit /seq _ tools/promoter.html起始密码子上游2Kb的配置5 .电子爱沙尼亚克朗中常用的生物信息软件和网站介绍，5 .电子爱沙尼亚克朗中常用的生物信息软件和网站介绍，5 .电子爱沙尼亚克朗中常用的生物信息软件和网站介绍，TSS， 电子结合：3358 biotinfo.bi 3339090/clone.html，5 .电子爱沙尼亚克朗中经常使用的生物信息学和网络网站介绍，确实是人类的电子爱沙尼亚克朗进一步发展，越来越

11、多的基因以电子爱沙尼亚克朗的方式获得目前只有拟南芥和水稻在植物中发表了染色体组序列，在电子爱沙尼亚克朗中占主要地位。 特别是水稻基因的爱沙尼亚克朗，利用散发的序列信息资源的增加。 6 .电子爱沙尼亚克朗的应用前景是，随着基于遗传图和序列的物理图的整合，将目的基因(或QTL )和链标记的遗传距离直接转换为物理图距离的电子爱沙尼亚克朗可能成为取代传统二进制位爱沙尼亚克朗的重要措施(拟南芥)，6 .电子爱沙尼亚克朗的应用前景是、 抑制差异减少杂交，用差异显示和基因表达序列分析等方法得到的EST采用电子爱沙尼亚克朗的方法获得完整基因的策略成为取代RACE和cDNA实况拉力赛的最佳方案。电子爱沙尼亚克朗

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