核酸序列分析 PPT课件

1、第五章核酸序列分析，2，生命书阅读1，生物个体阅读2，同种生物个体之间的比较分析3，不同种类更重要的是发现差异的结果，3，核酸序列有什么，4，我们可以用生物信息学如何分析核酸序列在DNA序列中它们是遗传的是外显子吗？ 是内含子吗？ 这些个的基因查询密码什么样的蛋白质？ 在这些个的基因中有那些差异，差异会带来什么样的效果呢？会引起蛋白质的变化吗？ 这个核酸序列有特别的功能部位吗？ 种子之间有什么差别？ 该序列中重复序列为有木有、5、基因识别、基因识别是生物信息学领域中重要的研究内容基因识别问题，近年来，人类基因组研究进入系统测序阶段时，为了处理大量测得但未知的功能和无注释的DNA序列，有了可靠的

2、自动染色体组序列翻译解释基因识别是利用计算机手段识别DNA序列上带有生物学特征的片段，其对象主要是蛋白质查询密码基因，也包括其他具有生物科学功能的因子，如RNA、MicroRNA基因等非查询密码基因，基因识别是生物信息学领域中的重要研究内容基因语言的特征真核生物有很多重复序列，从几百到几万个拷贝。 通常，非查询密码序列的真核生物基因在不连续真核生物的启动子和增强子真核生物的基因中有特定的模式，由于进化的原因，基因排列保守，8，基因预测的基本原则，1，如果某个序列的某个区域出现重复序列，该区域就难以出现在查询密码区域。 2 .如果某个片断与其他基因或基因产物有序列相似性，则该片断极有可能是外显子

3、。 3 .一级序列有统一的规定性，表现为密码子偏好，是蛋白查询密码区最显着的标识牌。 4 .可以按照数字大板块模式指出DNA上功能部位的位置。 9、密码子择优查询密码蛋白存在对某种密码子择优的现象，被称为密码子择优。 10、进行基因预测的基本方法1、遮蔽重复序列寻找DNA序列中不出现基因的区域，将其遮蔽2、进行序列比较寻找相似性寻找预测的DNA和数据库中的DNA数据aligment，寻找维护区域。 3 .搜索功能性部位搜索开始密码，搜索结束密码和切断部位等4 .找到编码区域，将收集到的所有信息整体尽可能汇总成一致的频谱。 5、DNA翻译、11、神经网络系统很多进行预测的软件都采用神经网络系统，

4、赋予软件“学习”的功能，在应用前必须经过输入一定训练集的学习过程，所以使用预测工具时必须12、1 .原核染色体组的特点，长开放阅读框的简单基因结构高基因密度GC含量是操纵子结构，13、转录起始部位、起始密码子、结束密码子、转录，基因水平转移，许多细胞球染色体组是具有不同GC含量的区域的14、非翻译区(UTR )查询密码区两端的DNA，一部分虽然进行了转录但未进行翻译，将该部分称为非翻译区5UTR-基因上游区的非翻译区3UTR-基因，例如， 将序列ATTCGATCGCAA的三个读取顺序称为读取信息帧、CAA、a、ATT、CGA、TCG、a、TTC、GAT、CGC、AA等原核基因识别塔斯克的要点是

5、识别开放的阅读框，或者识别长的查询密码区域。 形成17、6个开放引导人信息帧的氨基酸已被三联密码查询密码，DNA序列包括3个不同的开放引导人信息帧并从第一、第二或第三位核苷酸开始(第四位和第一位相同的信息帧)。 双链DNA双链都可以转录RNA，后者翻译蛋白质。 因此，一个DNA序列及其互补链可以具有6个不同的读取信息帧。 18，2 .真核基因识别问题，真核基因远比原核基因复杂：另一方面，真核基因的查询密码区域是不连续的，查询密码区域被分割成了若干个小片段。 而真核基因具有更丰富的基因调控信息，这些个信息主要分布在基因上游区域。 19、真核染色体组特征：大型人类基因组3109 bp大肠菌群染色体

6、组5 107 bp巨大非查询密码序列复杂的基因结构、启动区、5UTR、外显子、体位点、剪切受体部位、20、 复杂的基因转录调控内含子GT-AC规律pG岛真核生物染色体组含量虽不及原核生物差异显着，但人类基因端有p岛，约有一半这类岛与居家基因有关。 等值区可变剪接(alternativee splicing )密码子是偏性的，21，cDNA序列染色体组序列，蛋白质理化性质二级结构预测结构域分析重要信号部位分析三级结构预测，contents，1 .分子质量，盐化学基组成，盐化学基分布，序列转换， 核酸序列基本分析2 .限制酶催化剂切断分析3 .爱沙尼亚克朗测序分析4 .测序分析中的运载体序列的识别

7、和去除5 .核酸序列拼接6 .核酸序列的电子延长7 .开放引导人信息帧(ORF ) 分析8 .染色体组序列查询密码区域内含子结构性分析9. CpG岛分析10. cDNA和Genomic DNA .比较基因启动子分析，进行测序分析需要几个工具，这些个的工具包括上线了工具和本地化工具。 上线了工具资源可以阅读资料、阅读相关文章(如上述“核酸研究”的网上服务音乐专辑)，也可以使用检索工具(如google )询问法到联机检索或论坛。 当地的化学工业有免费的也有收费的，免费的一般可以从网际网络下载。 其中，www.bio-收录、介绍了大量生物软件和生物软件的使用方法，云同步有几个在线分析工具。24、核酸

8、序列的分子质量、盐化学基组成、盐化学基分布等分析序列应通过dnaSTAR、Bioedit、Genetool、DNA等常用软件，对逆序列、互补序列、逆互补序列进行变换，显示双良，变换为RNA，变换为蛋白质1、分子质量、盐化学基组成、盐化学基分布、序列转换酸序列基本分析，以25、DNAMAN软件为例，26、打开序列、27、显示序列： Sequence-Display Sequence，28、得到的结果、序列基本信息、具体序列、转换后的异常限制酶催化剂数据库提供了比较全面的限制酶催化剂相关信息地址，大多数分子生物学软件具有限制酶催化剂切断分析功能，可以完全简单地实现限制酶催化剂切断分析功能，如DNA

9、MAN、Bioedit、DNAStar封装等。 30、限制性酶催化剂切割位点，识别特殊短核苷酸序列，可在DNA位点切割的蛋白质。 细菌中含有400种这样的酶催化剂，可以识别和切断100种以上的不同DNA序列。例如，可以输入EcoRI标识数组、GAATTC GTTAAC、31、受限关酶催化剂数据库页的屏幕截图、核酸内切酶的名称，然后检查该标识数组和酶催化剂切断点，以32、DNAMAN为例，加载该数组。 当您选取了34、酶催化剂档案、全部选取、长度、末端等选项时，完成。 DNase或DNA核酸内切酶、选择酶催化剂、35、甲基化情况、分析结果、36、酶催化剂切点为线状、酶催化剂切点为环状、37、残奥

10、仪选择区、40、显示排列中的酶催化剂切点、41、显示核酸内切酶识别的位置、显示排列中不存在的核酸内切酶、42、 43、3 .爱沙尼亚克朗序列分析、爱沙尼亚克朗序列分析是分子生物学实验的日常操作之一，一般来说，订单次数序列分析将生成300的序列判定峰值图识别为序列的过程称为盐化学基读取(base calling )。 如果送达专业公司并返回测序结果，则需要对测量的序列进行一系列后续分析，如查看测序峰图、去除载波序列和组装序列等。 当然，服务良好的测序公司的后续工作也很好。 一般来说，单次序列的正解率为500bp左右。 查看分序峰值图可能需要直接分析分序峰值文件以验证分序的精准性。 Windows

11、环境中最简单的峰值统计图表显示计程仪计划是澳大利亚的Chromas.exe计程仪计划，它是一个专业的计程仪计划，运行快，操作简单。 其他的软件，BioEdit和DNAMAN等也有这个功能。 查看Chromas.exe序列峰值映射，然后打开. ab1文件。 开始某排列的信号杂乱，几乎难以判别的主要是残留的染料单体造成的干扰峰。 由于该干扰作用峰与正常序列峰重合，且测序阳离子电泳开始阶段的电压有稳定期，所以跟在20-50 bp引物之后的片段无法很好地读取，有时更长。 可以将文本格式文件通讯端口为. txt。 然后，可以查看DNAMAN序列峰值映射，调节按钮以导出从序列峰值映射导出的文本，加载“序列

12、”“选择”，然后直接加载到软件中进行分析。Bioedit序列峰值统计图表、调整按钮和“复制快速格式化”相当于将文件中的序列复制并粘贴到记事板中。 4、识别和去除序列中的运载体序列，收集许多数据库中经常使用的序列运载体序列，并利用Blast计程仪方案对这类数据库进行相似性分析，发现该目的序列可能包括运载体序列，否则，在对计量资料进行一头地分析之前尽管这一过程很简单，但核酸序列数据库中仍有一些序列含有运载体序列污染。 NCBI的载体识别堆计程仪程序http:/www.NCBI.NLM.NIH.gov/vec屏幕/vec屏幕. html embl的载体识别堆计程仪程序http:/www.ebi.ac

13、.uk。 运载体序列、EMBL中的运载体分析服务网页的截图、结果显示：5.核酸序列的连接，两个以上的测序反应所得到的序列全部连接成一个完整的序列，实验室小规模测序所得到的各序列非常简单形成一个完整序列的这种软件包括DNAMAN、DNASTAR、Genetool等。 以DNAMAN软件为例，数组的连接、某序列的结果有两个数组，将它们合并成一个。 导出的是史迪奇后的序列、序列史迪奇网上服务、核酸上线了史迪奇软件： cap3(contigassemblyprogram ) http:/pbil.univ-Lyon1.序列连接网上服务，粘贴序列，结果网络链接，结果，69，70， 对于尚未决定染色体组序

14、列的物种，只知道某些基因的部分CDs区，随着各染色体组修正图像的顺顺利利进展，许多实验室使用cDNA实时拉力赛的大规模测序策略进行大量表达序列标签条(expressess ) 然而，全长cDNA的获得往往严重制约着新的基因发现。 在云同步中，许多实验室包括差异显示PCR (different display PCR，DD-PCR )、代表性差异分析(representationaldifferenceanalysis )， RDA )等技术发现了大量具有潜在应用价值的新基因片段，6 .核酸序列的电子延长，通过RACE实验可以有效地解决全长cDNA问题，但该实验操作具有要求高、费时、费钱、费力气

15、等缺点。 生物信息学领域的电子扩展，电子克隆技术为解决全长cDNA问题提供了理论上的捷径，电子爱沙尼亚克朗也被称为虚拟爱沙尼亚克朗原理：通过大量的EST彼此具有重叠的性质，获得了具有纠错能力的cDNA全长序列。 电子爱沙尼亚克朗从部分cDNA开始，与GenBank的EST数据库进行BLAST检索，得到与5或3端相似的排列的EST，将该EST作为数字大板块，进一步检索EST数据库，一直到找到琥珀突变为止进行直溜溜扩展，得到全长cDNA。在通用数据库(如GenBank/EMBL )中存在大量顺序表示标签条的电子爱沙尼亚克朗。 http:/www.NCBI.NLM.NIH.gov/dbest，这些个的est序列很可能与研究者感兴趣的基因排列重叠，可以表示相同的cDNA序列。 因此，新获得的EST序列基于公共数据库中的EST序列或长cDNA序列从生物信息原理电子地扩展可以获得总长度的cDNA。 电子爱沙尼亚克朗的原理来源于大片段测序的组装，主要是由于片段末端的重叠。 基本过程是用blast软件检索GenBank的EST数据库，选择与其具有高一致性的EST序列(称为匹配序列)作为要分析的核酸序列(或蛋白质序列、种子序列)。 匹配序列和种子序列