GenBank数据库检索及其应用.ppt

1、GenBank数据库检索及其应用Entrez检索功能,重庆医科大学图书馆 李 轶,简介,GenBank数据库是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）维护的一级核酸序列数据库。,GenBank数据库的数据来源有三种： 1、直接来源于测序工作者提交的序列； 2、与其它数据机构协作交换的数据； 3、美国专利局提供的专利数据。,NCBI网站网址： ,GenBank和PubMed(序列数据)检索的比较：,1、GenBank的检索结果是序列及其注释信息； PubMed的检索结果是与序列数据相关的文献信息。 2、GenBank数据更新早于PubMed，Ge

2、nBank数据库的检全率高于PubMed。 3、 GenBank可对序列数据进行限制检索，而PubMed只能对文献、杂志、作者等进行限制检索，因而GenBank数据库的检准率也高于PubMed。,检索界面,简介,基本检索输入框,基本检索界面：,执行检索按钮,基本检索输入框,基本检索界面：,rasGENE,点击进入跨库检索,跨库检索界面：,rasGENE,执行检索按钮,跨库检索界面：,点击进入GenBank数据库,GenBank数据库界面：,GenBank数据库界面：,点击进入核苷酸序列数据库检索界面,GenBank数据库界面：,特征栏提供 辅助检索功能,核苷酸序列数据库检索界面：,核苷酸序列数

3、据库检索界面：,简介,检索界面,基本检索功能,（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算,（二）特殊标志符检索,（五）范围检索,（三）序列长度检索,（四）分子重量检索,简介,检索界面,基本检索功能,（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算,检索限定词：,1、基因名称的检索限定词：GENE 2、生物体名称的检索限定词：ORGN 3、作者姓名的检索限定词：AUTH,简介,检索界面,基本检索功能,（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算,（二）特殊标志符检索,特殊标志符的格式（核酸序列） ：,2、GenBank/EMBL/DDBJ序列接受号： (1)1个字母+5个阿拉伯数字 e.g.：U1

4、2345 (2)2个字母+6个阿拉伯数字 e.g.：AY123456，Af123456,1、序列辨认号（GI）：一串阿拉伯数字 e.g.：6995995,（1）mRNA 记录（NM_*）: e.g.:NM_000492 （2）基因组DNA重叠群（NT_*）: e.g.:NT_000347 （3）完整的基因组或染色体（NC_*）: e.g.:NC_000907 （4）基因组的局部区域（NG_*）: e.g.:NG_000019 （5）从人类基因组序列注释、加工得到的序列模型记录（XM，XP，or XR_*）： e.g.:XM_000483,特殊标志符的格式（核酸序列）：,3、RefSeq（Ref

5、erence Sequence）序列接受号:,特殊标志符的格式（核酸序列）：,4 、 PDB序列接受号：个阿拉伯数字个字母 e.g.：TUP,序列接受号的检索限定词为 ACCNorACCESSION,AF123456ACCN,简介,检索界面,基本检索功能,（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算,（二）特殊标志符检索,（三）序列长度检索,1510SLEN,序列长度的检索限定词：SLEN,简介,检索界面,基本检索功能,（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算,（二）特殊标志符检索,（三）序列长度检索,（四）分子重量检索,2009MOLWT,分子重量的检索限定词：MOLWT,简介,检索界面

6、,基本检索功能,（一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算,（二）特殊标志符检索,（五）范围检索,（三）序列长度检索,（四）分子重量检索,范围检索：中间用冒号连接,1、序列接受号范围检索： AF114696:AF114714ACCN 2、序列长度范围检索： 3000：4000SLEN 3、分子重量范围检索： 2002：2009MOLWT 4、日期范围检索： 2005/01：2006/09/26MDATorPDAT,简介,检索界面,基本检索功能,特征栏辅助检索,限制检索（Limits）,预检索/索引检索（Preview/Index）,检索史管理（History）,剪贴板管理（Clipboard

7、）,详细匹配过程（Details）,限制检索,预检索/索引检索,检索史管理,剪贴板管理,详细匹配过程,简介,检索界面,基本检索功能,特征栏辅助检索,限制检索（Limits）,限制检索界面：,限制检索界面：,核苷酸序列数据库分为三个子数据库：,EST :表达序列标记数据库 GSS :基因组测序序列数据库 CoreNucleotide :包含所有未被以上两个子数据库收录的核苷酸序列,核苷酸序列数据库检索界面：,核苷酸序列数据库检索界面：,限制检索界面：,限制检索界面：,检索结果显示界面：,限制检索范围,限制检索（Limits）：,限制检索范围,ras,排除某种类型的序列,限制分子类型,限制分子类型

8、,限制基因位点,限制基因位点,限制序列片段的显示,限制序列片段的显示,限制数据来源,限制数据来源,限制数据修订日期,限制数据修订日期,简介,检索入口,基本检索功能,特征栏辅助检索,限制检索（Limits）,预检索/索引检索（Preview/Index）,预检索/索引检索界面：,hepatitis b,索引检索输入框,索引检索按钮,索引检索按钮,序列特性关键词索引,rasGENE,序列特性关键词索引,简介,检索界面,基本检索功能,特征栏辅助检索,限制检索（Limits）,预检索/索引检索（Preview/Index）,检索史管理（History）,剪贴板管理（Clipboard）,详细匹配过程（Details）,penicillin-binding,mycobacterium tuberculosis,#8 AND #4,penicillin-binding AND mycobacterium tuberculosisORGN,简介,检索入口,基本检索功能,特征栏辅助检索,检索结果的显示,检索结果显示界面：,选择检索结果的显示格式,选择检索结果的显示格式,选择检索结果的显示格式,摘要格式：,联接,Genbank 格式：,Genbank 格式：,Genbank 格式：,Genbank 格式：,Genbank 格式：,Ge