第二章internet上生物信息学资源上

第二章Interent上生物信息学资源w Internet提供了 大量生物息学资源 在内的多种资源 。w 20世纪 90年代以来 ,由于生物大分子序列和结构测定技术的突破 , 人类基因组计划初步完成 ,使不同物种、不同分子序列、结构和功能信息 ,每天都以惊人的速度增长 ,大量数据库也涌现，如 :基因组数据库、蛋白质序列库、基因图谱库、酶类数据库、生物反应数据库等 。w 人类基因组计划研究已从结构基因组学(Structural Genomics)、 序列基因组学(Sequence Genomics)向 功能基因组学(Functional Genomics)转变 ,后基因组学与蛋白质组学时代已经到来 。w 对蛋白质及核酸序列等各种信息的检索、整理、分析、解读是现代生物信息学的重要研究内容。掌握生物信息学资源与数据库的使用已成为生物信息学研究的关键。第一节第一节 生物信息学重要网站生物信息学重要网站w 1.1 美国国家生物技术信息中心 (NCBI)w 美国生物技术信息中心 (National Center for Biotechnology Information,NCBI,网址:)是 美国国立卫生研究院医学图书馆的一个机构。w 创建于 1988年 11月 4日 ,是美国国家分子生物学信息资源中心 ,也是全球最有影响的生物学网站之一。 NCBI开发有 Genbank,Medline等公共数据库 ,提供 PubMed、 Entrez、 BLAST、 OMIM、 Taxonomy、 Structure等工具 ,可对国际分子数据库和生物医学文献进行检索和分析。美国生物技术信息中心美国生物技术信息中心 (NCBI)主页主页 ：NCBI的主要贡献l NCBI的使命是开发新的信息技术工具 ,以协助更好地理解和研究影响人类健康疾病的分子与遗传过程。 NCBI同时从事计算生物学研究 ,开发基因组数据分析和生物医学信息方面的软件工具。除了 GenBank以外 ,NCBI还支持许多种医学及科技方面的数据库 ,包括 :孟德尔人类遗传 (Online Mendelian Inheritance in Man, OMIM)、 三维蛋白质结构的分子模型数据库 Molecular Modeling Database, MMDB)、 特殊人类基因序列集 (Unique Human Gene Sequence Collection, UniGene) 、 人类基因组草图 (Gene Map of the Human Genome)、 生物分子浏览器 (Taxonomy Browsed） 以及与国立癌症研究所合作的 癌症基因组解剖学项目 (Cancer Genome Anatomy Project, CGAP)。NCBI的集成检索系统 : EntrezwEntrez是 NCBI的查询检索系统 ,用户可通过该系统查询、检索的数据有：核酸序列、蛋白质序列、图谱、三维结构；全部基因组汇编、 GenBank中的生物分类；孟德尔人类遗传、 MEDLINE中的生物医学文献。通过相关链接 ,Entrez可将这些数据库有机地结合在一起，进行序列、结构及文献数据的相关交叉检索查询。 Entrez也提供序列和染色体图的图像浏览。NCBI的集成检索系统 : Entrezw2001年起 ,NCBI在网站上开始提供人类全部基因组草图的检索服务及通过网站对人类全部基因组序列数据进行图像浏览： /Genomes/w 碱基局部核对查询工具 (Basic Local Alignment Search Tool, BlAST )是该中心开发的蛋白质或 DNA序列相似性查询程序。用户可通过 BLAST将获得的序列数据与基因组或基因产物进行对比。NCBI-Entrez 最新跨库检索系统首页网址：/gquery//EntrezNCBI的 分子模型数据库 -MMDBw 是 NCBI的分子模型数据库 (Molecular Modeling Database, MMDB, Http://Structure/)w 包括来自于 PDB (Protein Data Bank, /pdb ) 由晶体衍射和核磁共振实验研究得到的所有大分子三维结构数据。w MMDB还增加了一些附加信息 ,包括已验证的显性化学图像信息、对二级结构衍生一致性定义 ,并可与 PubMed交叉检索等。w 从该数据库也可以链接到 PDB大分子三维结构数据库网站 ,网上浏览生物分子的平面或三维立体图像。NCBI的分子模型数据库 - MMDB,/Structure/PDB-Protein Data Bank,/pdb 首页PDB的三维结构查询NCBI-新建立的数据库w1) PubMed CentralPMC w它是 NCBI的生命科学数字化期刊论文集。w可使得用户在检索文献的同时也可以链接到期刊网站免费检索、阅读文献全文。NCBI在 2001年又开发了几个新的数据库 :NCBI-PubMed CentralNCBI-Bookshelfw 2) Bookshelf (/entrez/query.fcgi?db=Books) w Bookshelf是 NCBI建立的生物医学图书全文数据库。Bookshelf提供对某一种特定图书或所收录的全部图书的概念检索 ,也可以对所收录图书进行免费全文阅读。该数据库现包括以下有影响的专业图书 :w Introduction to Genetic Analysis,7th ed. Griffiths 1999w Modern Genetic Analysis, 1999w Molecular Biology of the Cell ,3rd ed, Alberts,1994w Molecular Cell Biology,4th ed. Lodish2000年Retroviruses Coffin,1997NCBI-Bookshelf主页与图书列表NCBI提供匿名服务器下载wNCBI提供的所有数据库和程序软件皆可在NCBI的匿名 FTP服务器上下载。NCBI的匿名 FTP服务器内容用 LeapFTP工具登陆的 NCBI-FTP网站w1.2 欧洲分子生物学实验室欧洲分子生物学实验室 (EMBL)与与欧洲生物信息学研究所欧洲生物信息学研究所 (EBI)欧洲分子生物学实验室 (European Molecular Biology Laboratory, EMBL）w 网址 : 19