ms晶体建模基本方法(团簇模型)

【分享】MS 晶体建模基本方法（团簇模型） 作者: guolianshun (站内联系 TA) 收录: 2010-10-11 发布: 2010-09-28 第一种情况: 从程序自带的各种晶体及有机模型中导入体系的晶胞 1 打开 MS，由 fileimportstructuresmetalspure-metalsFe 导入 Fe 的晶胞。 2 由 buildSurfacescleave Surfaces 打开对话框. 在对话框中输入要建立的晶面（hkl） ，选择 position，其中 depth 控制晶面层数。 3 进入 buildSupercell，输入 A 、B 、C 的值，得到想要的超晶胞。 4 到该步骤，我们已经建立了一个周期性的超晶胞。如果要做周期性计算，则应选择 buildCrystalsbuild vaccum slab，其中真空层通常选择10 埃以上。如果建立团簇模型则 选择 buildSymmetryNon-periodic Structure，去掉模型的周期性， 并跟据自己的实际需 要删除部分原子，得到想要的团簇模型。 5 在表面插入分子时通过菜单栏上的几个小图标添加即可。 第二种情况: 手动建模，优点是可控制晶格常数。 6 首先从文献中查到晶体的晶格常数的实验值。 7 打开 buildCrystalsbuild crystals，可见到对话框。 在对话框中选择空间群与点群，然后在 Lattice Parameter 中设置晶胞基矢的长度及 夹角。 8 然后打开 buildAdd atom，从对话框中输入坐标。这里只需输入几个有代表性的原子 的坐标，不必全部输入。在坐标输入前首先在 option 页面中选择 coordinate system，或 者分数坐标或者卡迪尔坐标。 9 以下步骤重复2-5步。 10 需要注意的是，采取什么样的团簇并不是任意的。原因是很多模型构造出来后在优 化过程中往往不收敛。要避免这个问题的办法是查阅文献，参考文献上模型进行选取，因 为它们的模型通常是经过试验证实收敛的。 几点说明 1 与高斯相比，dmol3 能够计算的体系更大。如果要研究表面的吸附，而模拟表面的团 簇模型又比较大，建议采用 dmol3。如果计算的是局部化学反应，而体系也不是很大，则 可以使用高斯。 2 关于是否考虑周期性条件的问题 研究金属表面时，团簇计算方法在前些年由于计算量小曾经被广泛的应用过，直到现在也 被很多人在使用着，主要被用来计算吸附和多个分子的共吸附等，即不考虑化学键的断裂。 近年来由于国际上计算能力的提升，人们开始考虑周期性条件，这点从 JPCA，JPCB，PRL，PRB，JACS 等杂志上刊出的文章里也可以看出，但是计算量要大 很多。 需要注意的是，由于团簇计算方法没有考虑周期性，即在 k 空间里只计算了 点，采用该 方法计算表面的化学键的断裂（即表面扩散问题等）时有可能受到质疑。 3在研究表面时，通常把团簇固定，只优化吸附在表面的分子，这一点可以通过菜单栏 上的 ModifyConstraint 实现。首先选定团簇中需要固定的原子，然后在下面的对话框中 打勾。同时也可以在 Measurement 里固定部分键长和键角。 4. 关于计算参数设置 主要有几个参数需要注意 1 对于 Electronic 页面，需要注意的是 Core treatment,对于过渡金属原子通常需要考虑 相对论效应，因此一般不使用 All Electron 方法。其他几种方法任选。 Basis set 应为 DNP，Setup 下的 Quality 一般选 fine。为了提高计算速度，一个较好 的办法是先用粗糙的 Basis set 和 Quality 进行优化，然后再提高精度。 2 还有一个非常重要的选项是 ElectronicMoreSCF 里的 Use smearing。这个关键字有 助于加快收敛，但是设的多大往往会产生错误的结果，它也相当于允许的误差范围。具体 设置办法可参考 help。 其他的关键字可酌情设置。 chpzmm(站内联系 TA) 好贴啊，对于初学者来说可以少走很多弯路，摸着石头过河了。谢谢！ liuchan1023(站内联系 TA) 嗯，不错，是好东西。 awmc2008(站内联系 TA) D:D 学习学习，谢谢楼主。 jphuang_63(站内联系 TA) 我正需要计算不同密勒指数方向上的磁性,感谢分享! avast2009(站内联系 TA) 主要建模方法提到了，不错 lgxyz(站内联系 TA) 请问用 dmol 算团簇和用 vasp 算团簇的区别： dmol 里只有一个，vasp 里每个团簇在一个格子里，也是有周期性的。 请教二者的区别？ hooge(站内联系 TA) 实实在在的好东西，可是你这里的团簇是怎么定义的，周期性和团簇的关系是什么，为什 么要切个表面开始呢。 xiaoqian830606(站内联系 TA) 如何去除模型中的周期性呢？具体的操作是什么呢？ guolianshun(站内联系 TA) Originally posted by xiaoqian830606 at 2010-10-18 2250: 如何去除模型中的周期性呢？具体的操作是什么呢？ 把例子摆上来，方法不一。可以直接 P1也可以超胞等等，多试试，或者加专业群 lidaoyong(站内联系 TA) “对于过渡金属原子通常需要考虑相对论效应，因此一般不使用 All Electron 方法” ，请问有 没有相关参考文献？ cuimingshan(站内联系 TA) Originally posted by guolianshun at 2010-09-28 1014: 第一种情况: 从程序自带的各种晶体及有机模型中导入体系的晶胞 1 打开 MS，由 file