基因检测技术在肺癌精准治疗中的应用靶向捕获测序与ddpcr比较课件

基因检测技术在肺癌精准治疗中的应用 靶向捕获测序与ddPCR比较 Li TH, et al. J Clin Oncol 31:1039-1049 测序技术的发展带来靶向治疗的纵深研究 PCR技术也经历了3代的进化 1987年，KRAS基因突变在当时50%的肺腺癌患者中被发现。 2004年，EGFR突变作为新的肺腺癌驱动基因被发现。 2014年，随着TCGA计划的完成，肺腺癌的基因突变图谱被进一步完善。 对NSCLC驱动基因的认知随着分子检测技术 的进步在不断深入 Ashley J. Vargas et al，Nature Reviews Cancer 16, 525537 (2016) 遗传易感性 早期筛查 伴随诊断用药指导 复发与疾病进展监控 血液组织 良恶性判断 NGS在肿瘤临床领域的应用 遗传易感性 早期筛查 伴随诊断用药指导 复发与疾病进展监控 良恶性或分子分型 非小细胞肺癌 NGS在肺癌临床领域的应用 NG S +ddPC R NG S +ddPC R NG S 肿瘤的异质性对传统分子组织诊断提出了挑战 NGS和ddPCR都是通过计算，看检测出多少带有突变的DNA（突变型），和 检测到的所有的DNA（野生型+突变型）的比值来确定等位基因突变频率（AF ）。 等位基因突变频率=4/14=28.5% 未突变的DNA来自正常组织或肿瘤中的其他亚克隆 NGS和ddPCR都能够报告等位基因突变频率， 反映不同亚克隆的比例关系 EGFR L858 通过等位基因突变频率在结合样本病理评估中的肿瘤细胞占比，我们能够对肿瘤内 部带有不同驱动基因的肿瘤细胞亚克隆有一个大致的比例上的了解。对了解肿瘤异 质性有帮助。 NGS和ddPCR都可分辨分子顺式/分子反式 K.S. Thress, et al. Nat Med, 2015. 21(6): p. 560-562. 有研究发现T790M和C797S突变分子顺式/分子反式信息影响EGFR TKI治疗疗效 ； NGS和ddPCR都能够提供EGFR突变的in cis/in tran信息，具有重要的临床意义， 传统PCR检测则会遗漏这一信息； 基于靶向捕获的NGS能够同时检测已知突变 和未知突变 ddPCR Capture NGS 热点1 热点2热点3热点4 检测基因 NCCN指南建议初诊患者进行多靶点平行检测 针对非小细胞肺癌的8个基因NGS可以完全覆盖 NGS与ddPCR在肺癌8基因检测对检测对 比 检测检测 基因型NGS组织组织NGS血液ddPCR组织组织ddPCR血液 EGFR突变检测已知+未知检测已知+未知已知已知 ALK融合检测已知+未知检测已知+未知已知难（已知） HER2突变检测已知+未知检测已知+未知已知已知 BRAF突变检测已知+未知检测已知+未知已知已知 MET扩增可以难很好好 MET14外显子跳读检测已知+未知检测已知+未知已知已知 ROS1融合检测已知+未知检测已知+未知已知难（已知） KRAS突变检测已知+未知检测已知+未知已知已知 MET 14 exon skipping，HER2 20 exon insertion等情况复杂的突变 EGFR等热点基因的非热点突变位点 ALK等热点基因的非常见融合方式 约3/4 ALK融合为经典的EML4-ALK融合， 但有1/4为与其他基因的融合，包括： STRN-ALK CATSPERB-ALK ACVR1-ALK CLIP1-ALK DPH6-AS1-ALK KIF5B-ALK RP11-320M2.1-ALK UGP2-ALK 罕见的EGFR-19Del 可能会造成PCR方法假阴性 NGS能够覆盖传统方法和ddPCR无法检测的突变种类 NGS能够发现新的耐药机制 15例患者一代TKI进展， T790M+，应用 AZD9291后耐药，经检 测发现三种类型： 6例出现C797S 5例仍保持T790M，无 C797S T790M消失 Thress KS et al, Nat Med.2015 Jun;21 发现AZD9291获得性耐药机制- C797S突变 与EGFR不同ALK-TKI的耐药机制更加复杂 NGS检测EGFR和ALK的 耐药位点都没有问题。 ddPCR只能做T790M这 种比较集中出现的耐药位 点检测。 随着建库技术和生物信息分析策略的进步NGS液体 活检敏感性已经远超ddPCR u在肿瘤克隆进化的过程 中，劳拉替尼耐药相关 亚克隆L1198F重拾对克 唑替尼的敏感性 Shaw AT et al, N Engl J Med. 2016;374(1):54-61. Bordi P et al, N Engl J Med. 2016;374(18):1790. u评论：相比反复活检 在临床面临的巨大挑 战，ctDNA动态随访 是对肿瘤克隆进化监 控的最佳方式 NGS检测能够帮助分析肿瘤克隆的进化 N. Rizvi et al, Science, vol 348