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文档简介

用PHYLIP构建进化树,冯伟，北医三院血管医学研究所,,进化树（Phylogenetic tree）分析,对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤,当前的任务是：,第一种方法：最大简约法,首先用CLUSTALX对齐序列，输出1.phy，文本编辑器打开后如下图：,共8个序列，每个序列50个碱基。,然后，打开软件SEQBOOT，如下图,输入刚才生成的1.PHY文件,输入一个4N+1的数字后，比如5。,Bootstraping法就是从整个序列的碱基（氨基酸）中任意选取一半，剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列。这样，一个序列就可以变成了许多序列。一个多序列组也就可以变成许多个多序列组。根据某种算法（最大简约性法、最大可能性法、除权配对法或邻位相连法）每个多序列组都可以生成一个进化树。将生成的许多进化树进行比较，按照多数规则（majority-rule）我们就会得到一个最“逼真”的进化树。,R选项让使用者输入republicate的数目。所谓republicate就是用Bootstrap法生成的一个多序列组。,打开输出文件，如图，得到了100组序列集。,文件为2,out,打开DNAPARS,输入Seqboot的输出文件，2,out,新建dnapars的输出文件 3,out,修改参数M,确定运行后就会出现下面这个,采用变通的办法，下载新版Dnapars ver3.61,同样修改参数M,成功运行！,最后Dnapars ver3.61输出二个文件，分别命名为dnapars,outfile和dnapars,outtree,最后运行consense，导入dnapars,outtree,打开consense,outfile,第二种方法，邻位相连法,首先执行SEQBOOT软件将这8个序列变成100个republicate ； DNADIST软件，把SEQBOOT生成的文件输入； 执行NEIGHBOR，输入DNADIST的输出文件； CONSENSE，查看最后结果。,运行DNADIST，导入Seqboot的输出文件,并且命名DNADIST的生成文件为dnadist,outfile,修改参数T，键入15-30之间的数字； 修改参数M，改为100,运行后生成文件如下图,这个文件包含了与输入文件相同的100个republicate，只不过每个republicate是以两两序列的进化距离来表示。文件中的每个republicate都省略了第一排的Mo3 Mo5 Mo6 Mo7 Mo8 Mo9 Mo12 Mo13。,以这个输出文件为输入文件，执行NEIGHBOR软件,修改M的参数为100,修改后结果如图，选Y后运行，最后得到两个文件neighbor,outfile和neighbor,outtree,最后用CONSENSE读入neighbor,outtree，运行后生成
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