生物信息学作业题目汇总

第一次作业1.生物信息学定义（NIH版）2.生物信息学研究意义及主要研究内容3.人类基因组计划开始及结束日期，我国参与的内容，有什么意义；4.什么是功能基因组学，其研究内容有哪些？5.检索至少两个在线翻译工具，将/berry.phtml?topic=index&group=programs&subgroup=gfind网页内容翻译后，贴到word中。6.搜索生物信息学国内外教学相关网站（至少5个），将其网址拷贝到作业中。7.搜索生物信息学应用网站，（至少5个），将其网址拷贝到作业中。第二次作业登陆NCBI(学号为单数)EMBL(学号为双数）网站 熟悉网站结构 分别查找抗冻蛋白核酸序列、氨基酸序列、结构信息和五篇最新文献。第三次作业1.UniProt蛋白质序列数据库由哪几部分组成？各有什么特点？2.登陆UniProt蛋白质序列数据库2.1.查找人体血红蛋白亚基（学号单数）或亚基（学号偶数）的蛋白质序列。2.2.通过交叉链接到GenBank检索人体血红蛋白相关亚基的mRNA编码序列。2.3.通过交叉链接查找人体血红蛋白晶体结构的相关文献。2.4.找出结合血红素的两个组氨酸。2.5.通过交叉链接查找人体血红蛋白晶体结构2.6.以2.1中序列为检测序列，检索uniprot数据库中所有哺乳动物的血红蛋白，找出前10个高分匹配序列；2.7以2.2中序列为检测序列，检索核酸数据库所有序列，找出前10个高分匹配序列；其于6中结果有什么不同？第四次作业请下载Human Papillomavirus type XX（学号后两位）L1核苷酸序列1.给出序列检索号，发布时间；2.给出该序列的反向互补序列；3.该序列中有哪些识别位点6，酶切后末端是平末段（Blunt）的核酸限制性内切酶的位点；4.通过blast软件检索该序列，给出最相似的5个序列的检索号；5.下载学号附近的5个L1序列（学号后两位-2，学号后两位-1，学号后两位，学号后两位+1，学号后两位+2），通过多重序列比较后，输出（output）homology tree。第五次作业1.DDBJ或NCBI数据库下载Human Papillomavirus type （学号后两位）L2核酸序列，记录该序列检索号2.设计能扩增长度最接近350bp的一对引物；3.画一个分子量大小为5110的pM-L2质粒示意图，要求：包含a.RepA序列（50-950）;b.Emr序列（2300-1450）;c.P32序列（24002450）;d.EcoRI位点（2462），L序列（2462-3962）；XbaI位点（3962）；e.T序列（4400-4450）。4.将上述序列翻译成氨基酸，并分析其等电点，分子量；5.试分子该序列被CNBr作用后的片段大小与分子量；6.预测该蛋白序列可能的抗原肽7.在http:/www.jcat.de/网站(学号单数)或http:/genomes.urv.cat/OPTIMIZER/网站（学号偶数）上分别将下载的L2基因的碱基序列按照宿主细胞（Escherichia coli K12）最适密码子进行优化，上交相应的优化序列；序列中避免出现因子依赖性的终止子、原核生物核糖体结合位点和EcoRI位点。8.用DNAMAN软件比较优化后核酸序列的区别。第六次作业请到教学材料上机实验中调取AC_000160.1序列请分析该序列中可能包含的开放阅读框；将预测的开放阅读框序列在Genbank中比对，推测该开放阅读框编码什么基因，可能具有什么功能；试预测该基因的上游调控序列、CpG岛与polyA的结合位点的位置；查找该基因最相似的另外两个物种的mRNA序列，多重比对后输出可能的系统进化树；试分析该序列中基因编码的蛋白质的基本理化性质；试预测该序列中基因编