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文档简介

DS2.5使用教程小分子1. 画图:小分子结构用chemidraw画好。另存为mol格式，文件名不支持中文。Check快捷键为V2. 启动DS2.5打开小分子 Fileopen注意:3. Minimization搜Minimization单击Tools中的Minimization，屏幕左侧，Tools栏展开Simulate structures：Forcefield：选CHARMm单击Apply Forcefield单击展开区最下方 Minimization4. 准备搜prepare单击protocols下的prepare Ligands 屏幕左侧展开双击屏幕左侧展开区 prepare Ligands屏幕右下角出现 prepare Ligands 的相关表5. Run （F5） Job提示运行结果 双击查报告蛋白质1. 蛋白质从/pdb下载，或在DS中用open URL功能输入protein ID号2. 打开（同小分子）3. 去水：选中左任务栏中的water，Delete4. 加H：点chemistry到Hydrogens到H Add5. 准备搜prepare命令，单击Protocols中的prepare protein命令区展开，双击prepare protein，单击Run（F5），右下角Job区显示进程，sucess后可双击看结果6. 定义活性位点（1） 选中配体小分子（如果有）（2） 搜define命令（3） Tools中单击define and edit binding site下面的define sphere from selection7. 删除活性位点原有的配体小分子否则无法对接8. 对接搜cdocker命令点Protocols中Receptor-Ligand Interactions下面的Dock Ligands（CDOCKER）展开左侧栏双击Protocols中的Dock Ligands（CDOCKER）右下侧表中Input Receptor：选protein I
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