NCBI数据库检索课件.ppt

NCBI数据库检索,NationalCenterofBiotechnologyInformation,NCBI简介,NCBI就是美国国家生物技术信息中心（NationalCenterofBiotechnologyInformation）NLM是美国国家医学图书馆（NationalLibraryofMedicine）NIH是美国国立卫生研究院（NationalInstitutesofHealth）,NCBI中通过Entrez可互查的数据库,NCBI数据库,Nucleotide：DNA序列数据库Protein：蛋白质序列数据库Genome：基因组序列数据库Structure：分子结构模型数据库Popset：种群、种系发生或突变序列数据库Taxonomy：微生物类别数据库OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库。,一.Nucleotide(GenBank),该数据库由国际核苷酸序列数据库成员美国国立卫生研究院GenBank、日本DNA数据库(DDBJ)和英国HinxtonHall的欧洲分子生物学实验室数据库(EMBL）三部分数据组成。,二.Genome,即基因组数据库，提供了多种基因组、完全染色体、临近序列图谱以及一体化基因物理图谱。,三.Structures,即结构数据库或称分子模型数据库（MMDB），包含来自X线晶体学和三维结构的实验数据。MMDB的数据从PDB（ProteinDataBank）获得。,四.Taxonomy,即生物学门类数据库，可以按生物学门类进行检索或浏览其核苷酸序列、蛋白质序列、结构等。,五.PopSet,包含研究一个人群、一个种系发生或描述人群变化的一组组联合序列。PopSet既包含核酸序列数据又包含蛋白质序列数据。,六.OMIM,孟德尔遗传学(OMIM)数据库是人类基因和基因疾病的目录数据库。该数据库包括原文信息、图片和参考信息，同时还可以链接到Entrez系统MEDLINE数据库中相关文献和序列信息。,PubMed数据库检索,一、PubMed数据库简介,PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的医学数据库查询系统。PubMed的网址：/pubmed/entrez/query.fcgi,PubMed,数据类型：期刊论文、综述、以及与其他数据资源链接。特点：1.免费提供题录和文摘2.可与提供原文的网址链接(部分免费获取）3.操作简便、快捷,期刊来源地理分布,北美(31%),欧洲和中东(52%),非洲(1%),中南美洲(2%),ASIAN,Australia(14%),MEDLINE2919独有,BIOSIS3071,2043shared,BIOSIS与MEDLINE的覆盖范围,MEDLINE：联机医学文献分析和检索系统,BIOSIS(BiosciencesInformationService,美国生物科学信息服务社),4,400Employees,11,500Employees,2,800Employees,9,900Employees,IntlLegal2.初步的功能分析：细胞周期，caspase酶的抑制因子，等等。,NM_001168.2：Survivin,HumanSurvivin！,获取蛋白质的序列信息,Survivin：142aa,结论2,人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.2,获取FASTA序列,FASTA格式的序列,PHI-BLAST:finddomain,填入蛋白质的FASTA序列,BIRdomain,结论3,Survivin具有保守的功能结构域BIR,如何进行Survivin功能分析。如：亚细胞定位，活性中心位点，3D结构。,/,UniProt:蛋白质数据库,在人中做BLAST搜索,Survivin：O15392,Survivin的蛋白质信息,功能注释,结论4：功能分析,1.在瘤形成过程中可能起一定作用；2.阻碍G2/M期的细胞编程性凋亡；3.Chromosomalpassengercomplex(CPC)的成员之一。细胞亚定位：胞质，核。,PDB：三级结构数据库,Survivin的三级结构信息,Raswin:三级结构显示,Raswin:三级结构显示,总结,1.该基因为人的Survivin基因，染色体定位：17号染色体，73721872-73733311；基因标识符：NM_001168.2;2.人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.23.Survivin具有保守的功能结构域BIR4.Survivin的细胞亚定位：胞质，核，其功能有：(1)在瘤形成过程中可能起一定作用；(2)阻碍G2/M期的细胞编程性凋