RNA提取及常见失败原因.doc

RNA提取及常见失败原因目的研究基因的表达和调控时，需要从组织或细胞中分离纯化RNA。RNA质量的高低常常影响RT-PCR、cDNA库构建和NorthernBlot等分子生物学实验的成败。主要试剂Trizol是一种新型总RNA抽提试剂，内含异硫氰酸胍等物质，能迅速破碎细胞，抑制细胞释放出的核酸酶。1.Trizol试剂含有苯酚，具有毒性和刺激性，注意操作。2.RNase污染的主要来源是操作过程中手和空气中的浮沉，注意配带手套，样品尽可能盖严；3.细胞裂解必需充分且操作迅速。裂解不完全会降低最后得率，因为一部分RNA会残留在未裂解的细胞中。细胞裂解之后要看不见颗粒状物质（结缔组织和骨除外）。在清洗和裂解细胞时最好在低温下操作，防止在操作过程中释放的内源RNase降解了RNA。4.酵母和一些细菌由于细胞壁的特殊结构，可以加入Trizol试剂同时加入无RNase的玻璃珠并剧烈振荡，使细胞裂解充分。2-8避光保存一年。准备工作RNA酶（Rnase）是导致RNA降解最主要的物质。此酶非常稳定，在一些极端的条件下只可暂时失活，但限制因素去除后又迅速恢复活性。常规高温高压灭菌方法和蛋白抑制剂不能使所有的Rnase完全失活。1.它广泛存在于人的皮肤上，因此制备RNA时必须戴2.手套RNase的又一污染源是取液器。根据取液器制造商的要求对取液器进行处理。一般情况下采用以DEPC配制的%乙醇擦洗取液器的内部和外部，可基本达到要求。3.塑料制品、玻璃和金属物品的处理（1）塑料制品：尽量使用一次性无菌塑料制品。已标明RNase-free的塑料制品，如没有开封使用过，通常不必再处理。处理的步骤如下：在玻璃烧杯中注入去离子水，加入DEPC使其终浓度为0.05%0.1%（DEPC-H2O）。（DEPC二乙基焦碳酸酯为活性很强的剧毒物，须在通风橱中小心使用）将待处理的塑料制品放入一个可以高温灭菌的容器中，注入DEPC-H2O，使塑料制品的所有部分都浸泡到溶液中，在通风柜中37或室温下处理过夜。将DEPC-H2O小心倒入废液瓶中，将装有DEPC-H2O处理过的塑料制品的容器以铝箔封口，高温高压蒸汽灭菌至少30分钟。灭菌塑料制品烘烤干燥，置洁净处备用。（2）玻璃和金属物品250烘烤3小时以上。DEPC(二乙基焦碳酸酯)DEPC是RNA酶的化学修饰剂,它和RNA酶的活性基团组氨酸的咪唑环反应而抑制酶活性。DEPC与氨水溶液混合会产生致癌物,因而使用时需小心。试验所用试剂也可用DEPC处理,加入DEPC至0.1%浓度,然后剧烈振荡10分钟,再煮沸15分钟或高压灭菌以消除残存的DEPC,否则DEPC也能和腺嘌呤作用而破坏mRNA活性。但DEPC能与胺和巯基反应,因而含Tris和DTT的试剂不能用DEPC处理。实验步骤如下：1.取50100mg的组织,加入1mlTrizol试剂，用匀浆器打匀(Trizol先放于冰上)。2.将匀浆室温放置5min。3.加入200l氯仿,剧烈震荡混匀30s，冰上静置3min。4.12000rpm，4离心15min。5.将上清液小心转移到新的1.5ml离心管中（取400l），加入等量体积的异丙醇，上下颠倒几次混匀，室温下放置15min。（此步中注意：不要吸取任何中间层物质，宁缺勿烂。）6.12000rpm，4离心15min。7.小心移去上清液，防止RNA沉淀丢失。8.用70%乙醇（DEPC处理的水配制）洗涤1次，加入700l乙醇，将RNA沉淀弹起，漂洗。（此时RNA是不溶解的）9.8000rpm，室温离心10min。10.尽可能彻底地吸走上清，防止RNA沉淀丢失。11.真空离心干燥35分钟，或放在室温下使乙醇完全挥发掉。12.沉淀用30lDEPC-H2O溶解。如发现沉淀难溶，68处理10min。13.RNA检测(1)测定样品在260nm和280nm的吸光值按1OD=40g/mlRNA计算RNA的产量。OD260/OD280在1.8-2.0。(2)进行甲醛变性琼脂糖凝胶电泳,确定RNA的完整性和污染情况。低得率A样品裂解或匀浆处理不彻底B最后得到的RNA沉淀未完全溶解A260/A2801.65A检测吸光度时，RNA样品不是溶于TE，而 是溶于水。低离子浓度和低pH条件下，A280值会较高。B样品匀浆时加的试剂量太少。C匀浆后样品未在室温放置5分钟。D水相中混有有机相。E最后得到的