建树分析方法.doc

在进行MrBayes分析前,先进行MODELTEST测试, 需要nst=MrBayes:打开.nex文件,将文件开始部分的分类单元删去,注意文件中不要有中文.begin mrbayes; set autoclose=yes; outgroup AMB499; lset nst=6 rates=invgamma; mcmc ngen=1000000 samplefreq=100 printfreq=100 nchains=4 savebrlens=yes startingtree=random;sump burnin=250；sumt burnin=250； sumt filename=TriB.nex.t contype=allcompat burnin=2500; quit; end;MLoutgroup Vr AMB499;set criterion=likelihood;Lset Base=(0.3498 0.2613 0.1573) Nst=6 Rmat=(2.7499 15.6247 2.7813) 注：本行数据需要建Model计算出来。 hsearch addseq=random nreps=10;savetrees file=0718nj.tre root=yes brlens=yes;END;2 Bootstrap Testoutgroup Vr AMB499;bootstrap nreps= 10 search=heuristic/addseq=random nreps=10 end; 运算savetrees file=bootstrapMP.tre root=yes brlens=yes; 保存结果打开PAUP里的edit-edit display buffer-save as (保存类型：DOS/windows test format(.nex),文件名。.txt).结束MP首先，在paup软件里打开.Nex文件,执行后，挨个输入以下命令。1. Treeoutgroup Vr AMB499;hsearch addseq=random nreps=1000;savetrees file=X.tre;contree all/file=Mpstrictcon.tre;pscore all/CI=yes RI=yes RC=yes;2 Bootstrap Testbootstrap nreps=1000（ML树为10） search=heuristic/addseq=random nreps=10 end; 运算savetrees file=bootstrapMP.tre root=yes brlens=yes; 保存结果打开PAUP里的edit-edit display buffer-save as (保存类型：DOS/windows test format(.nex),文件名。.txt).结束3. Partition-Homogenety test（片断同源性检验）begin paup;outgroup ?;charpartition genes=cytb:1-N, 12S: N+1-M(碱基始末),16s:M+1- ?;hompart partition=genes nreps=1000 search=heuristic/addseq=random nreps=2;end;Modeltest打开paup, 打开原始的nex文件,先定义外群.然后file打开example file 中的model block3.score执行开始execute File.nexoutgroup XXX; execute block3.score将example fi